재건축 조합원이 신축주택을 양도할 때, 청산금을 추가로 납부한 부분에 대해서도 기존주택의 거주기간을 합산하여 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부.

• 원고는 OO지역에 있는 기존주택을 취득하여 약 5년 동안 거주하였습니다.
• 이후 해당 주택이 재건축되어 신축주택이 완공되었고, 원고는 신축주택을 취득하기 위해 상당한 금액의 청산금을 추가로 납부하였습니다.
• 원고는 신축주택을 양도하면서 기존주택과 신축주택의 거주기간을 합쳐 장기보유특별공제율 80%를 적용해 세금을 신고하였습니다.
• 그러나 세무당국은 청산금을 납부한 부분에 대해서는 신축주택에서의 거주기간이 2년 미만이라는 이유로 공제율을 26%로 낮게 적용하여 세금을 다시 부과하였습니다.
• 이에 원고는 세무당국의 처분이 부당하다며 법원에 소송을 제기하였습니다.

재건축 조합원이 기존주택을 헐고 새로 지은 주택을 양도할 때, 청산금을 납부한 부분까지 포함하여 전체 양도차익에 대해 높은 공제율을 적용받을 수 있는지가 쟁점이었습니다. 법원은 재건축 시 기존주택과 신축주택의 거주기간을 합산하는 것이 타당하다고 보아, 세무당국이 원고에게 세금을 더 부과한 처분을 취소하라고 판결하였습니다.

• 재건축이나 재개발로 인해 주택이 멸실되고 새로 지어진 경우, 기존주택과 신축주택의 거주기간 및 보유기간을 하나로 이어지는 것으로 보아 합산하는 것이 원칙입니다.
• 법령은 1세대 1주택자의 세금 부담을 덜어주기 위해 거주기간 요건을 두고 있는데, 재건축 조합원의 경우 기존주택에서 살았던 기간을 신축주택의 거주기간으로 인정하는 것이 법의 취지에 부합합니다.
• 세무당국은 청산금 납부분을 별개의 자산처럼 보아 거주기간 합산을 거부했으나, 법원은 청산금 납부분 역시 재건축 과정에서 발생한 주택 취득의 일부이므로 기존주택의 거주기간을 통산하여 공제율을 적용해야 한다고 판단하였습니다.
• 따라서 신축주택에서 2년 이상 거주하지 않았다는 이유만으로 공제율을 낮게 적용한 세무당국의 처분은 법적 근거가 부족하다고 보았습니다.

이 사건은 재건축 조합원이 추가로 청산금을 냈더라도, 전체 주택의 거주기간을 합산하여 장기보유특별공제를 받을 수 있다는 점을 확인해주었습니다. 납세자가 재건축 과정에서 겪는 거주 환경의 변화를 고려하여, 실질적인 거주 기간을 폭넓게 인정해 준 판결입니다.