재건축 조합원이 신축주택을 양도할 때, 청산금을 추가로 납부한 부분에 대해서도 기존주택의 거주기간을 합산하여 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부.

【원 고】 원고 (소송대리인 법무법인 효천 담당변호사 이종수) 【피 고】 송파세무서장 【변론종결】2024. 7. 24. 【주 문】 1. 피고가 2022. 11. 7. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 56,566,780원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청구취지】 주문 제1항과 같다. 【이 유】1. 처분의 경위 가. 원고는 2005. 4. 22. 서울 강남구 (지번 1 생략) 외 2필지 ○○아파트 (동호수 1 생략)(이하 ‘이 사건 기존주택’이라고 한다)을 취득하여(당시 주택법에 따른 조정대상지역에 있는 주택은 아니었다), 2005. 4. 25.부터 2010. 12. 29.까지 거주하였다. 나. 이 사건 기존주택에 대해서는 2006. 12. 22. 관리처분계획인가 후 2011. 7.경부터 2014. 1.경까지 사이의 기간 동안 철거 및 신축공사가 진행되어 서울 강남구 (지번 2 생략) (아파트명 1 생략) (동호수 2 생략)(이하 ‘이 사건 신축주택’이라고 한다)으로 재건축되었고, 그 사용승인일은 2014. 1. 24.이다. 원고는 이 사건 신축주택을 취득하기 위해 청산금 284,904,531원을 납부하였다. 다. 원고는 2020. 3. 6. 이 사건 신축주택을 양도하였는바, 이 사건 기존주택과 이 사건 신축주택별로 보유기간과 거주기간은 아래와 같다. 라. 원고는 2020. 3. 10. 양도가액을 23억 원으로 하고 실지취득가액을 597,906,000원으로 하여 ‘기존건물분 양도차익’과 ‘청산금납부분 양도차익’ 전체에 대하여 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17488호로 개정되기 전, 이하 같다) 제95조 제2항 단서 표 2에 따른 장기보유특별공제율 80%(1세대 1주택, 10년 이상 보유)를 적용하여 산출세액 43,926,025원을 신고·납부하였다. 이는 원고가 아래 표 2의 보유기간 구간 중 10년 이상에 속할 뿐 아니라, 구 소득세법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제31380호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제159조의3이 규정하는 ‘보유기간 중 거주기간이 2년 이상일 것’이라는 요건이 전부 충족되었음을 전제로 한 것이었다. 라. 피고는 원고에 대한 세무조사 결과 원고가 ‘기존건물분 양도차익’에 대해서는 이 사건 기존주택에서 보유기간 및 거주기간 요건을 모두 충족하였으므로 신고한 바 그대로 장기보유특별공제율 80%를 적용받을 수 있지만, ‘청산금납부분 양도차익’에 대해서는 이 사건 신축주택에서 원고가 2년 이상 거주한 사실이 없으므로 단지 구 소득세법 제95조 제2항 본문 표 1에 따른 장기보유특별공제율 26%(13년 이상 14년 미만 보유)만을 적용받을 수 있을 뿐이라고 보아, 2022. 11. 7. 원고에게 ‘청산금납부분 양도차익’에 대하여 양도소득세 56,566,786원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 13, 14호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다. 3. 처분의 적법 여부 가. 원고 주장 요지 피고는 이 사건 처분을 함에 있어, ‘청산금납부분 양도차익’에 대한 장기보유특별공제는 이 사건 신축주택 자체에서의 거주기간이 2년 이상이어야만 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표2에 따른 장기보유특별공제를 적용받을 수 있음을 전제로 삼았으나, 소득세법령 중 어느 곳에도 신축주택에서의 거주기간이 2년 이상일 것을 별도로 요하는 규정이 존재하지 아니한다. 이 사건 처분은 조세법률주의에 반하는 것으로서 위법하므로 취소되어야 한다. 나. 판단 1) 구 소득세법 제94조 제1항 제1호는 과세대상인 양도소득의 하나로서 ‘토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득’을 규정하고, 제95조 제2항은 양도소득에서 차감할 장기보유특별공제액을 규정하면서 그 본문에서 ‘소득세법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 표 1(보유기간에 따라 100분의 10부터 100분의 30까지)에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액’을, 그 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 표 2(보유기간에 따라 100분의 24부터 100분의 80까지)에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 각각 들고 있으며, 제95조 제4항 본문은 "제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다."라고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 시행령 제159조의3은 "법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다."라고 규정하고, 구 소득세법 시행령 제154조 제8항 제1호는 ‘거주기간 또는 보유기간을 계산할 때, 거주하거나 보유하는 중에 소실·무너짐·노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택인 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 거주기간 및 보유기간을 통산한다’고 규정하고 있다. 위 규정들의 내용과 1세대 1주택에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유특별공제율을 정한 취지 등에 비추어 보면, 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 구 소득세법 제94조 제1항 제1호에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산하여야 하고 그것이 멸실되었다가 신축되거나 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나, 다만 재건축·재개발 조합원이 기존주택과 토지를 제공하고 취득한 조합원입주권에 기하여 새로운 주택을 취득한 경우에는 구 소득세법 시행령 제159조의3에 의한 1세대 1주택에 해당하면 기존주택과 조합원입주권 등의 보유기간까지 통산하여 구 소득세법 제95조 제2항의 표 2에 규정된 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다(대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두28025 판결 참조). 그리고 이러한 법리는 거주기간에 대해서도 마찬가지로 적용되어, 재건축·재개발 조합원이 기존주택과 토지를 제공하고 취득한 조합원입주권에 기하여 새로운 주택을 취득한 경우 기존주택에서의 거주기간과 신축주택에서의 거주기간을 통산·반영한 가운데 구 소득세법 제95조 제2항의 표 2에 규정된 1세대 1주택의 장기보유특별공제율이 적용되는지가 판단되어야 한다. 구 소득세법 시행령 제159조의3의 법문 중 ‘보유기간 중 거주기간’이라는 문구와 같이, 이때의 거주기간은 시간적으로 보유기간 내에 속하도록 되어 있을뿐더러, 구 소득세법 시행령 제154조에서 규정하고 있는 보유기간 및 거주기간의 각 의미 및 계산방법은 보유기간 및 거주기간에 대하여 별도의 독자적 정의를 두고 있지 않은 위 제159조의3에 대해서도 그대로 적용된다고 보아야 하기 때문이다. 나아가 청산금납부분 양도차익의 경우에도 이때의 ‘청산금’은 통상적으로 조합원이 신규로 분양받을 건축시설의 가액이 해당 조합원의 분양기준가액(대체로 종전 토지 및 건축물의 평가액에다가 소정의 비례율을 적용하여 산출될 것이다)을 초과하는 경우의 그 차액을 가리키는 것이고, 이때 만일 종전 토지 및 건축물의 평가가 관리처분계획인가가 이루어지기 이전의 사업시행인가일을 기준으로 이루어지는 것이라면 위와 같은 방식으로 산출된 청산금 중에는 사업시행인가일 이후부터 관리처분계획인가일까지 사이의 기간 동안에 종전 토지 및 건축물(기존주택)의 가치가 상승한 부분이 일부라도 포함되었을 가능성을 완전히 배제할 수는 없을 것인바, 이를 고려하면 청산금납부분 양도차익에 관한 장기보유특별공제율의 적용 여부를 정함에 있어 기존주택의 거주기간 및 보유기간을 감안하도록 하는 것이 객관적 합리성을 결여한 것이라 평가하기도 어렵다. 다만, 구 소득세법 시행령 제166조 제5항 제2호에 따라 청산금납부분 양도차익과 기존건물분 양도차익으로 구분지어 장기보유특별공제액을 공제하는 경우에 있어서의 보유기간에 맞추어, 거주기간도 각 해당 보유기간 내에서 2년 이상인지를 살펴야 할 것이다. 구체적으로 먼저청산금납부분 양도차익에 대해서는, 구 소득세법 시행령 제166조 제5항 제2호 (가)목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간을 관리처분계획등 인가일부터 신축건물과 그 부수토지의 양도일까지로 정하고 있으므로, 청산금납부분 양도차익에 관한 거주기간도 위와 같이 정하여진 보유기간 내에서 기존주택에서의 거주기간과 신축주택에서의 거주기간을 통산하여 2년 이상인지를 살펴야 한다. 즉 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지가 양도된 날까지 사이의 기간 내에서 기존주택과 신축주택 중 어느 것인지를 불문하고 거주가 이루어진 기간을 통산하여 2년 이상의 요건을 충족하였는지를 판단하여야 한다. 2) 위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 피고가 이 사건 처분에서 대상으로 삼은 ‘청산금납부분 양도차익’에 대한 장기보유특별공제에 있어서도 구 소득세법 시행령 154조 제8항 제1호에 따라 이 사건 기존주택에서의 거주기간과 이 사건 신축주택에서의 거주기간이 합산되어야 한다. 그러므로 ‘청산금납부분 양도차익’에 관한 거주기간은 앞서 본 사실관계에 따라 관리처분계획인가일인 2006. 12. 22.부터 이 사건 기존주택에서 마지막으로 거주한 날짜인 2010. 12. 29.(또는 2010. 12. 28.)까지로 보아 2년 이상에 해당한다고 보아야 한다. 따라서 원고는 ‘청산금납부분 양도차익’에 대해서도 거주기간 요건을 충족하여, 구 소득세법 제95조 제2항 단서 표 2에 따라 장기보유특별공제율 80%를 적용받는다고 보아야 할 것임에도, 이와 달리 본 이 사건 처분은 위법하다. 4. 결론 그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. [별지 관계법령 생략] 판사 이용우