2009~2013년 연구비를 지출하고 법인세 이월공제를 받았으나, 2014년 이후 법인지방소득세에 대해 이월공제 적용을 요구함.

• 원고는 2009년부터 2013년까지 연구와 인력개발비를 지출했으나, 법인세 최저한세액 제한 때문에 세액공제를 받지 못함.
• 이후 2014년부터 2017년까지 법인세에 대해 이월공제를 적용받아 세금을 신고·납부함.
• 2014년 지방세법이 개정되어 법인지방소득세가 독립세 방식으로 바뀌면서, 법인지방소득세에는 연구비 세액공제 이월공제가 적용되지 않음.
• 원고는 법인지방소득세에도 연구비 세액공제 이월공제를 적용해 환급해 달라고 요청했으나, 피고들은 이를 거부함.
• 원고는 이에 대해 경정청구를 했으나 거부처분을 받음.
• 법원에 소송을 제기했으나 청구는 모두 받아들여지지 않음.

원고는 2009~2013년 지출한 연구비에 대해 법인지방소득세에도 세액공제 이월공제를 적용해 환급받으려 했으나, 지방세법 개정으로 독립세 방식이 도입되면서 이월공제가 인정되지 않는 것이 쟁점이었다. 법원은 법인지방소득세는 법인세와 별개의 세금으로, 연구비 세액공제 이월공제가 적용되지 않는 점을 인정하며 원고의 청구를 기각했다.

• 개정 전 지방세법은 법인세액을 과세표준으로 삼아 법인지방소득세를 부과했으나, 개정 후에는 법인세 과세표준을 기준으로 하는 독립세 방식으로 변경되어 별개의 세금이 됨.
• 구 조세특례법의 연구비 세액공제 및 이월공제 규정은 법인세에만 적용되며, 법인지방소득세에 관한 별도의 공제 규정은 없었음.
• 개정 지방세법은 법인지방소득세의 세액공제 및 감면 사항을 지방세특례제한법에서 정하도록 했으나, 해당 법에는 법인지방소득세에 대한 연구비 세액공제 규정이 존재하지 않음.
• 원고가 법인지방소득세에 대해 이월공제를 받을 수 있다는 기대는 단순한 기대에 불과하며, 법적으로 보호받을 정도의 권리로 인정되지 않음.
• 법인지방소득세에 연구비 세액공제 이월공제를 적용하지 않는 것은 입법 취지에 부합하며, 불합리한 차별로 볼 수 없음.

법인지방소득세는 법인세와 별개의 세금으로, 연구비 세액공제 이월공제는 법인세에만 적용된다. 따라서 지방세법 개정 이후에는 법인지방소득세에 대해 연구비 세액공제 이월공제를 인정하지 않아도 법적으로 문제가 없다.