원고가 물류센터 신축공사 계약에 따라 선급금 지급 전에 세금계산서를 발급받고 선급금을 지급함.

• 원고는 2011년 7월에 대양산업개발과 물류센터 신축공사 계약을 맺고, 10월 31일까지 30억 원의 선급금을 지급하기로 약속함.
• 대양산업개발은 10월 초에 세금계산서 2장을 발급했고, 원고는 10월 31일에 선급금을 지급함.
• 세무서는 세금계산서가 용역 공급 시기인 10월 31일 이전에 발급되었다는 이유로 매입세액 공제를 인정하지 않고 부가가치세를 부과함.
• 원고는 이에 불복해 소송을 제기함.
• 법원은 세금계산서 발급일과 공급 시기, 그리고 매입세액 공제 가능 여부가 쟁점임을 확인함.

원고가 선급금 지급 전에 받은 세금계산서의 매입세액 공제 여부가 문제되었고, 세무서는 공급 시기 이전 발급을 이유로 공제를 거부했다. 쟁점은 공급 시기 이전에 발급된 세금계산서라도 같은 과세기간 내에 대가 지급과 용역 제공이 완료되면 매입세액 공제가 가능한지였다. 법원은 원고의 손을 들어 세금계산서가 공급 시기 이전에 발급되었어도 매입세액 공제가 가능하다고 판단했다.

• 계약에 따르면 용역 공급 시기는 선급금 지급일인 2011년 10월 31일로 봐야 하며, 세금계산서 발급일은 10월 18일로 공급 시기 이전임.
• 전자세금계산서 발급일은 국세청 전산에 입력된 날짜를 기준으로 판단하며, 전송일은 발급일과 다름.
• 부가가치세법 시행령에 따르면 공급 시기 이전에 세금계산서를 발급하고 7일 이내에 대가를 지급하면 세금계산서 발급이 인정되나, 원고는 13일 후에 지급해 이 규정은 적용되지 않음.
• 그러나 같은 과세기간 내에 실제 대가 지급과 용역 제공이 모두 이루어진 경우에는 매입세액 공제를 인정해야 한다고 봄.
• 세금계산서에 일부 착오가 있어도 거래 사실이 확인되면 매입세액 공제를 할 수 있다는 법령 해석에 따라 원고의 주장이 받아들여짐.
• 세무서가 매입세액 공제를 거부하고 가산세까지 부과한 것은 과잉금지 원칙과 신뢰 보호 원칙에 어긋난다고 판단함.

원고는 선급금 지급 전에 세금계산서를 받았지만, 실제 용역 공급 시기는 선급금 지급일로 봐야 한다. 법원은 공급 시기 이전에 발급된 세금계산서라도 같은 과세기간 내에 대가 지급과 용역 제공이 완료되면 매입세액 공제를 인정해야 한다고 판결했다.