원고 회사가 커피 원재료 매입 장부를 누락하고 완제품 매출을 장부에 제대로 기록하지 않은 것으로 조사됨.

• 피고인 용산세무서장은 1983년부터 1985년까지 원고 회사의 법인세, 부가가치세 등 세금을 조사하여 매출과 매입 장부 누락을 이유로 세금을 추가 부과했다.
• 피고는 원고 회사가 커피 관련 원재료와 완제품 매출을 제대로 기록하지 않았다고 판단해 매출 누락액을 익금에 포함시켜 세금을 산출했다.
• 원고는 매입 장부 누락만으로 매출 누락을 단정하는 것은 부당하며, 피고가 제시한 매출 누락 증거도 신뢰할 수 없다고 반박했다.
• 또한, 원고는 부가가치세 면세 원재료에 대한 의제매입세액공제 부인이 법령에 위반된 무효 조○○라고 주장했다.
• 법원은 매출 누락을 인정할 충분한 증거가 없고, 의제매입세액공제 부인 규정이 무효라고 판단해 피고의 세금 부과 처분을 모두 취소했다.

원고 회사는 매출과 매입 장부 누락을 이유로 피고로부터 법인세와 부가가치세 등 세금 부과 처분을 받았다. 쟁점은 매입 장부 누락만으로 매출 누락을 인정할 수 있는지와 의제매입세액공제 부인의 적법성이었다. 법원은 매출 누락 증거가 부족하고 의제매입세액공제 부인 규정이 무효라고 판단해 처분을 취소했다.

• 원고 회사가 매입 장부를 누락한 사실은 인정되나, 이를 근거로 완제품 매출 누락을 단정할 증거가 없었다.
• 피고가 제출한 매출 누락 증거는 출처가 불분명하고 신빙성이 떨어져 과세 근거로 삼기 어렵다.
• 부가가치세법과 시행령은 의제매입세액공제 금액 산정 방법을 규정하나, 시행규칙 제19조 단서 조항은 무효로서 의제매입세액공제 부인은 부당하다.
• 피고가 매출 누락액을 근거로 산출한 법인세, 부가가치세, 특별소비세, 방위세 및 갑종근로소득세 부과 처분은 위법하다.
• 원고의 주장은 모두 이유 있어 세금 부과 처분을 취소하는 것이 타당하다.

원고 회사의 매입 장부 누락만으로 매출 누락을 인정할 수 없으며, 피고의 매출 누락 증거도 신뢰하기 어렵다. 또한 의제매입세액공제 부인 규정은 무효이므로 세금 부과 처분은 모두 취소됐다.