회사가 채권금융기관과의 약정에 따라 채무를 주식으로 전환하면서 발생한 차액을 채무면제이익으로 처리한 후, 이를 주식발행액면초과액으로 보아 법인세 경정청구를 하였으나 거부됨.

【원 고】 쌍용양회공업 주식회사 (소송대리인 법무법인 바른 담당변호사 박승헌) 【피 고】 남대문세무서장 (소송대리인 법무법인 디카이온 담당변호사 서정호) 【변론종결】 2009. 8. 14. 【주 문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【청구취지】 피고가 2008. 5. 30.(소장에 기재된 “2008. 6. 3.”은 오기로 보인다) 원고에 대하여 한 2005 내지 2007 사업연도 각 법인세의 경정청구 거부처분을 모두 취소한다. 【이 유】1. 처분의 경위 가. 원고는 양회 제조 및 판매업 등을 목적으로 설립된 회사로서, 2001년경 기업구조조정촉진법에 의한 부실징후기업으로 지정된 후, 2003. 8. 5. 채권금융기관과 사이에 원고 회사의 채무를 2005년 말까지 액면가액(1주당 5,000원)으로 출자전환하는 내용이 포함된 경영정상화 약정을 체결한 다음, 위 약정에 따라 2005. 2. 4.부터 2005. 11. 30.까지 사이에 아래 표와 같이 그 채무의 출자전환(이하 ‘이 사건 출자전환’)을 완료하였다. 일자발행주식수시가액면가액발행가액2005. 2. 4.8,460,000주1,230원5,000원 5,000원2005. 3. 29.1,897,701주1,465원5,000원 5,000원2005. 11. 23.105,000주15,800원5,000원40,000원2005. 11. 25.2,589,000주15,800원5,000원40,000원2005. 11. 28.29,896,895주15,800원5,000원40,000원2005. 11. 30.53,650주15,800원5,000원40,000원 나. 원고 회사는 2005 내지 2007 사업연도 각 법인세의 세무조정을 하면서 이 사건 출자전환 과정에서 2005. 11. 23.부터 2005. 11. 30.까지 사이에 발행된 주식의 발행가액과 시가와의 차액(이하 ‘이 사건 쟁점금액’)을 채무면제이익으로 보아 익금산입하고 이를 결손금과 상계 처리하였다. 다. 원고 회사는 2008. 5. 6. 피고에 대하여 “이 사건 쟁점금액은법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’) 제17조 제1호에서 정한 주식발행액면초과액이므로, 익금산입 대상에 해당하지 않는다”고 주장하며 2005 내지 2007 사업연도 각 법인세의 경정청구를 하였으나, 피고는 2008. 5. 30. 원고 회사에 대하여 “이 사건 쟁점금액은법인세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되고, 2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법 시행령’) 제15조 제1항 후문에 비추어 익금산입 대상인 채무면제이익에 해당됨이 명백하다”는 이유로 원고 회사의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’). 【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증의 각 1 내지 9, 갑 제4호증, 갑 제5호증의 각 기재 2. 이 사건 거부처분의 적법 여부 가. 원고 회사의 주장 원고 회사는 다음과 같은 사유로 이 사건 거부처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다. 1)법인세법 시행령 제15조 제1항 후문은 법률의 위임 없이법인세법 제17조 제1호에 규정된 주식발행액면초과액의 범위를 함부로 제한하고 있어 조세법률주의의 원칙에 위배되어 무효임에도 불구하고, 피고는 위 법인세법 시행령 규정이 유효임을 전제로 이 사건 거부처분을 하였다. 2) 원고 회사가 채권금융기관과 사이에 위와 같이 경영정상화 약정을 체결할 당시 재정경제부에서 “법정관리법인이 법정관리계획에 따라 채무를 출자전환하는 경우, 주식의 액면가액을 초과하는 금액은 채무면제이익이 아니라 주식발행액면초과액에 해당한다”고 유권해석을 한 바 있으므로, 피고의 이 사건 거부처분은 신의성실의 원칙 또는국세기본법 제18조 제3항에 위배된다. 3) 이 사건 출자전환은 원고 회사가 기존에 발행한 전환사채를 주식으로 전환하는 방식으로 이루어졌는데, 이와 같은 방식으로 출자전환이 이루어지는 경우에는 원고 회사에게 채무면제이익이 발생하지 않고, 또한 이 사건 출자전환 과정에서 발행된 주식의 시가를 신주 발행 이후 매매재개일에 있어서의 종가로 보는 것은 부당함에도 불구하고, 피고는 이와 다른 전제에서 이 사건 거부처분을 하였다. 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다. 다. 판단 1) 원고 회사의 첫째 주장에 대하여 가) 관계 법령의 각 규정에다가 변론 전체의 취지를 보태어 살펴볼 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 채무의 출자전환 과정에서 발행된 주식의 시가가 액면가액 이상이고 발행가액 이하에 해당하는 경우 그 발행가액에서 시가를 차감한 금액을법인세법 제17조 제1호에 규정된 주식발행액면초과액에서 제외하고 있는법인세법 시행령 제15조 제1항 후문은법인세법 제17조 제1호에 규정된 주식발행액면초과액의 의미를 구체화하는 규정에 해당하므로, 위 법인세법 시행령 규정을 법률의 위임 없이법인세법 제17조 제1호에 규정된 주식액면초과발행액의 범위를 함부로 제한하는 무효의 규정이라고 할 수는 없다. ①법인세법 제15조 제1항,제17조 제1호,법인세법 시행령 제15조 제1항,상법 제459조 제1항 제1호의 각 규정에 의하면,법인세법 제17조 제1호에 규정된 주식발행액면초과액은 법인이 주식을 발행할 때 주식의 액면가액을 초과하여 주주로부터 납입받는 금액을 의미하는 것으로 해석된다. ② 그런데 채무의 출자전환 과정에서 발행된 주식의 시가가 액면가액 이상이고 발행가액 이하에 해당하는 경우 그 발행가액에서 시가를 차감한 금액은 법인이 주식 발행과 관련하여 주주로부터 실제 납입받는 금액이 아니라 실질적으로 채권자로부터 그 채무를 면제받는 금액에 불과하므로, 이는 익금산입의 대상이 되는 수익의 금액에 해당한다. ③조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되고, 2005. 12. 31. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제44조 제2항과 조세특례제한법 시행규칙의 별지 제38호의2 서식은 채무의 출자전환 과정에서 발행된 주식의 시가가 액면가액 이상이고 발행가액 이하에 해당하는 경우 그 발행가액에서 시가를 차감한 금액이 채무면제금액에 해당함을 명확히 하고 있다. 나) 따라서 이와 다른 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다. 2) 원고 회사의 둘째 주장에 대하여 갑 제5호증, 갑 제6호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 재정경제부가 1999. 12. 6. “법정관리법인이 법정관리계획에 따라 채무를 출자전환하는 경우, 주식의 액면가액을 초과하는 금액은 채무면제이익이 아니라 주식발행액면초과액에 해당한다”고 유권해석을 하였다가, 원고 회사가 채권금융기관과 사이에 위와 같이 경영정상화 약정을 체결하기 이전인 2003. 3. 5. 이를 변경하여 “법정관리법인이 법정관리계획에 따라 채무를 출자전환하는 경우, 주식의 발행가액 중 시가를 초과하는 금액은 채무면제이익에 해당하고, 주식의 액면가액과 시가와의 차액은 주식발행액면초과액에 해당한다”고 유권해석한 후, 2003. 3. 5. 이후 개시하는 사업연도에 출자전환하는 분부터 위와 같이 변경된 유권해석을 적용하도록 한 사실을 인정할 수 있으므로, 이와 다른 전제에 선 원고 회사의 이 부분 주장도 이유 없다. 3) 원고 회사의 셋째 주장에 대하여 이 사건 출자전환이 원고 회사가 기존에 발행한 전환사채를 주식으로 전환하는 방식으로 이루어졌다고 하더라도, 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 출자전환 과정에서 2005. 11. 23.부터 2005. 11. 30.까지 사이에 발행된 주식의 시가가 액면가액 이상이고 발행가액 이하에 해당하는 이상, 원고 회사에게는 그 발행가액과 시가와의 차액에 해당하는 이 사건 쟁점금액 상당의 채무면제이익이 발생하고, 또한 상장주식인 이 사건 출자전환 과정에서 발행된 주식의 시가를 신주 발행 이후 매매재개일에 있어서의 증권거래소의 종가로 본 것은 타당한 것으로 인정되므로(대법원 2002. 5. 31. 선고 2001두6715 판결 등 참조), 이와 다른 전제에 선 원고 회사의 이 부분 주장도 이유 없다. 3. 결론 원고 회사의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각한다. [별지 관계 법령 생략] 판사 이경구(재판장) 이진석 유상호