합병으로 취득한 자기주식 일부를 팔아 양도차익을 발생시킴.

• 2012년 11월, 원고 회사가 쿠쿠홈시스 회사를 흡수합병하면서 쿠쿠홈시스가 보유하던 원고 회사 주식 165,085주를 자기주식으로 취득함.
• 2014년 3월, 액면분할로 주식 수가 1,650,850주로 늘어남.
• 2014년 8월, 이 중 45,346주를 약 47억 원에 팔고, 양도차익 약 29억 원을 회사 수입으로 신고함.
• 2016년 8월, 원고는 이 양도차익이 자본 거래에서 발생한 것이므로 수입에서 빼야 한다며 법인세 환급을 요구함.
• 2016년 9월, 세무서는 법인세법 시행령에 따라 이 양도차익은 수입에 포함되어야 한다며 환급을 거부함.
• 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구했으나 2017년 3월 기각됨.

원고 회사는 합병으로 취득한 자기주식을 팔아 생긴 이익을 법인세 계산 시 수입에서 빼야 한다고 주장했으나, 세무서는 법인세법 시행령에 따라 이익을 수입에 포함해야 한다고 판단했다. 쟁점은 합병으로 얻은 자기주식 처분이익을 수입에 포함할지 여부였으며, 법원은 세무서의 판단이 옳다고 보고 원고의 청구를 받아들이지 않았다.

• 법인세법은 회사가 자본을 늘리거나 줄이는 거래에서 생긴 수익을 수입으로 보지 않도록 규정하고, 구체적인 내용은 대통령령으로 정하도록 위임함.
• 법인세법 시행령은 합병으로 취득한 자기주식의 처분이익도 수입에 포함하도록 명확히 규정하고 있음.
• 합병으로 얻은 자기주식 처분이익은 합병 당시의 자본거래 이익과는 별개로, 합병 후 회사의 영업활동에 따른 가치 증가분이 포함되어 있어 단순한 자본거래로 보기는 어렵다고 판단함.
• 따라서 합병으로 취득한 자기주식 처분이익을 수입에서 빼는 것은 법률 위임 범위를 벗어난 무효가 아니며, 세무서의 처분은 적법함.
• 원고가 주장한 과거 대법원 판례는 법령 개정 전의 상황에 따른 것으로, 현재 시행령 규정과는 다르므로 적용할 수 없음.
• 원고가 주장한 합병기일 이전 주식가액 차액 부분도 과세 대상에서 제외할 수 없으며, 전체 양도차익이 수입에 포함되어야 한다고 봄.

합병으로 인해 취득한 자기주식을 팔아 생긴 이익은 법인세법 시행령에 따라 회사의 수입으로 포함되어야 한다. 법원은 이 처분이익이 단순한 자본거래 이익이 아니라고 판단해 세무서의 환급 거부를 인정했다.