원고가 해양수산부장관과 기술개발협약을 맺고 연구를 수행하였으나, 연구 결과가 불량하다는 이유로 2년간 국가연구개발사업 참여를 제한받음.

• 원고 아이세스는 2002년 7월 해양수산부 산하 개발원과 기술개발협약을 맺고 정부출연금 6천만 원을 지원받아 연구를 시작함.
• 2003년 2월 진도평가에서 연구 진행 상황이 '양호'하다고 평가받음.
• 2003년 7월 연차평가에서 계속 과제로 선정되었으나, 8월에 주관기업 변경 신청이 불허됨.
• 2003년 10월 재평가에서 평가위원 전원이 연구 중단을 권고함.
• 2003년 11월 해양수산부장관은 연구 결과가 매우 불량하다는 이유로 원고에게 2년간 국가연구개발사업 참여 제한 처분을 내림.
• 원고는 이 처분의 취소를 요구하며 소송을 제기함.

원고 아이세스는 해양수산부장관이 연구 결과가 극히 불량하다는 이유로 2년간 국가연구개발사업 참여를 제한한 처분의 취소를 요구했다. 쟁점은 이 처분이 행정처분에 해당하는지와 그 근거 규정이 법률 위임 범위를 넘었는지였다. 법원은 이 처분이 행정처분에 해당하며, 근거 규정은 무효라고 판단했다.

• 국가연구개발사업 참여 제한 처분은 행정청이 사인에 대해 공권력을 행사하는 것으로, 법률이나 하위법령에 명확한 근거가 있어야 한다고 봄.
• 기술개발협약은 계약이지만, 참여 제한 처분은 계약 근거가 아니라 국가연구개발사업관리규정 제20조에 근거해 이루어졌고, 이는 행정처분에 해당함.
• 구 과학기술기본법 제11조는 대통령령에 연구개발사업의 원칙과 기준 설정을 위임했으나, 참여 제한과 같은 침해적 행정처분에 대한 위임은 포함하지 않아 위임 범위를 벗어난 규정임.
• 국가를당사자로하는계약에관한법률은 입찰참가자격 제한에 관한 명확한 법적 근거를 두고 있어, 이와 비교할 때 연구개발사업관리규정 제20조는 무효로 봄.
• 감정인들의 평가에서는 원고의 연구가 계획에 따라 적정하게 수행되었고, 보통과 우수 사이 수준으로 판단됨.
• 원고의 처분서 미송달 등 절차적 하자 주장도 있었으나, 주된 판단은 근거 규정의 무효성에 집중됨.

해양수산부장관이 연구 결과가 불량하다는 이유로 국가연구개발사업 참여를 2년간 제한한 처분은 행정처분에 해당하지만, 그 근거가 된 대통령령 조항은 법률 위임 범위를 넘어 무효로 판단되었다. 따라서 원고의 참여 제한 처분은 취소되었다.