관세조사 결과 실제 수입자로 변경되어 발급받은 수입세금계산서에 대해 매입세액 공제를 신청함.

【원 고】 에이치앤와이컴퍼니 주식회사 (소송대리인 법무법인 정담 담당변호사 김현수) 【피 고】 삼성세무서장 【변론종결】2015. 6. 12. 【주 문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【청구취지】 피고가 2014. 2. 18. 원고에 대하여 한 별지 1 기재 각 부가가치세 합계 290,120,000원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다. 【이 유】1. 처분의 경위 가. 원고는 의류 제조 및 도소매 업체로서, 인천세관장은 2013. 9.경 원고에 대한 관세조사를 실시한 결과 일구상사(주) 및 ㈜누리상사(이하 ‘일구상사 등’이라 한다)의 명의로 중국산 남성용 의류를 수입한 건과 관련하여 원고가 모든 통관 업무를 직접 수행한 것으로 보아 수입자를 원고로 판단하고, 당초 일구상사 등에게 발급한 수입세금계산서를 취소하고 원고에게 별지 1 기재와 같은 수입세금계산서(이하 ‘이 사건 수입세금계산서’라 한다)를 발급하였다. 나. 원고는 이에 따라 2013. 12. 18. 피고에게, 2011년 2기부터 2013년 1기까지의 부가가치세 과세기간에 대하여 이 사건 수입세금계산서의 과세표준(합계 2,901,213,000원) 상당에 대한 매입세액(합계 290,120,870원)의 공제가 누락되었다고 주장하면서 위 매입세액 상당의 환급을 구하는 과세표준 및 세액의 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 2. 18. 원고에게 관세조사를 통해 받은 이 사건 수입세금계산서는 매입세액공제의 대상이 아니라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다). 다. 원고는 이에 불복하여 2014. 7. 11. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2014. 12. 16. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 원고의 주장 이 사건 수입세금계산서는 인천세관장이 수입주체를 변경하여 진정한 수입업자인 원고에게 발급한 세금계산서로서 매입세액 공제 대상에 해당하는데, 원고는 당초 해당 과세기간에 이 사건 수입세금계산서와 같은 세금계산서를 발급받지 못하여 이를 공제받지 못하였으므로 그 환급을 요구할 권리가 있고, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다. 3. 관계 법령 별지 2 기재와 같다 4. 판단 가. 관련 법령 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제16조 제1항, 제5항, 제17조 제1항, 제2항 제2호, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조, 제60조 제2항 제3호에 의하면, 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 재화나 용역이 공급되는 시기에 재화나 용역을 공급받은 자에게 필요적 기재사항이 기재된 세금계산서를 발급하여야 하고, 세관장은 수입되는 재화에 대하여 수입자에게 수입세금계산서를 발급하여야 한다. 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(매출세액)에서 공급받은 재화나 용역에 대한 세액 및 수입한 재화에 대한 세액(매입세액)을 공제한 금액으로 하는데, 세금계산서나 수입세금계산서(이하 포괄하여 ‘세금계산서’라고 한다)를 발급받지 아니한 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하되, 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받은 경우의 매입세액은 공제대상에 해당한다. 나. 이 사건 수입세금계산가 매입세액 공제 대상에 해당하는지 여부 이와 관련하여 피고는, 이 사건 수입세금계산서가 당초 과세기간이 경과한 후 소급하여 작성된 것으로서 매입세액 공제 대상에 해당하지 않는다고 주장하므로 살피건대, 갑 제4호증, 을 제1호증의 1 내지 8의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 인천세관장은 원고에 대한 관세조사 결과에 따라 2013. 11. 7. 2011년 2기부터 2013년 1기까지의 부가가치세 과세기간에 대하여 일구상사 등에게 발급한 수입세금계산서의 수입자를 원고로 변경하여 별지 1 기재와 같은 이 사건 수입세금계산서를 발급한 사실이 인정되는바, 따라서 이 사건 수입세금계산서는 해당 재화의 수입시기가 속하는 각 과세기간 내에 발급받은 세금계산서에 해당하지 아니하고, 달리 원고가 위 각 부가가치세 과세기간에 일구상사 등의 명의로 수입한 재화에 대하여 각 해당 과세기간 내에 원고의 명의로 수입세금계산서를 발급받았음을 인정할 자료가 없다. 그렇다면 원고는 이 사건 수입세금계산서의 매입세액 상당액을 각 해당 과세기간의 매출세액에서 공제받을 수 없다고 할 것이므로 같은 전제에서 이루어진 이 사건 거부처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다. 5. 결론 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. [별지 생략] 판사 김병수(재판장) 강효인 장인혜