원고가 산업기지개발구역 내 토지를 사업시행자에게 양도하고 특별부가세 면제신청을 하였으나, 법령상 양수자가 신청해야 하는데 양도자가 신청함.

【원 고】 한국중화학공업주식회사 【피 고】 광화문세무서장 【주 문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 【청구취지】 피고가 1989.3.15. 원고에 대하여 한 특별부가세 금 55,004,790원의 부과처분은 이를 취소한다. 소송비용은 피고의 부담으로 한다라는 판결. 【이 유】 1. 피고가 1989.3.15. 원고에 대하여 청구취지기재의 과세처분(이하, 이 사건 과세처분이라 한다)을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 성립에 다툼이 없는 갑 제2호증의 1(심사청구서), 2(결정서), 갑 제3호증의 1(심판청구서), 3(결정서), 갑 제4호증의 1(법인세과세표준 및 세액신고서), 2(세액면제신청서), 3,5(각 산업기지개발사업시행자지정서), 4(관보), 6(산업기지개발사업실시계획변경승인), 7(고시), 갑 제7호증(세무조정계산서), 을 제1호증의 1(법인세 동 방위세 과세표준금액 및 세액경정결의서), 3(법인세과세표준 및 세액경정계산서), 5(가산세액계산서), 6(조사서)의 각 기재와 증인 정계수의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 정부투자기관으로서 1968.2.6. 제2차 경제개발5개년계획의 일환으로 울산지구공업단지조성을 위해 경남 울산시 부곡동 일대 1,000,000평의 토지를 매입한 후 그 일부를 석유화학공업단지로 조성하여 분양하고, 단지로 조성되지 아니한 잔여토지 중 산업기지개발촉진법에 의하여 기지개발구역내의 토지로 지정된 경남 울산시 성암동 43의 17 등 토지 347평방미터를 1986.2.24. 당해 기지 개발구역사업시행자인 소외 한남화학주식회사에게, 역시 같은 법에 의하여 기지개발구역내의 토지로 지정된 같은 시 부곡동 361의 3 등 토지 48,166평방미터를 같은 해 9.23. 당해 기지개발구역사업시행자인 소외 한국카프로락탐주식회사에게 각 양도한 사실, 그리고 원고는 1987.3.27. 피고에게 1986.사업년도 법인세 및 특별부가세의 각 과세표준을 신고함에 있어 특별부과세과세표준을 금 247,680,541원으로 신고하면서 이 중 금 162,675,941원은 산업기지개발촉진법에 의하여 기지개발구역내의 토지로 지정된 위 성암동 43의 17등 토지 347평방미터와 위 부곡동 361의 3 등 토지 48,166평방미터를 각 당해 기지개발구역사업시행자인 위 한남화학주식회사와 한국카프로락탐주식회사에게 양도하여 얻은 소득이므로 이에 대한 특별부가세는조세감면규제법(1989.12.30. 법률 제4165호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제57조 제1항 제5호에 의하여 면제된다 하여 위 특별부가세 과세표준 금 247,680,541원을 기초로하여 산출한 특별부가세 금 61,920,130원 중 위 각 부동산의 양도로 인하여 얻은 소득 금 162,675,941원에 해당하는 특별부가세 금 40,668,980원에 대하여는 면제신청을 하고 나머지 금 21,251,150원만을 특별부가세로 자진 납부한 사실, 그런데 피고는 1989.3.15. 원고의 위 특별부가세면제신청에 대하여조세감면규제법 제57조 제3항에 의하면같은 조 제1항 제5호에 의한 특별부가세의면제는 양수자인 당해 사업시행자가 면제신청을 하는 경우에 한하여 면제하도록 되어 있는데 양도자인 원고가 그 면제신청을 하였다는 이유로 원고의 위 면제신청을 받아들이지 아니하고 원고에게 위 각 부동산이 양도로 인하여 얻은 소득 금 162,675,941원에 해당하는 특별부가세 금 40,668,980원에 이에 대한 관계법령에 따른 미납부가산세액 금 14,335,810원을 합한 금 55,004,790원을 특별부가세로 부과고지하여 이 사건 과세처분에 이른 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없다. 2. 피고는 위의 사유를 들어 이 사건 과세처분은 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는조세감면규제법 제57조 제3항에 의하면 산업기지개발촉진법에 의한 기지개발구역내의 토지 등을 당해 기지개발구역사업시행자에게 양도하는 경우 당해 사업시행자가 면제신청하는 경우에 한하여 그 특별부가세를 면제하도록 규정되어 있으나 원고는 그 면제신청을 특별부가세 납세의무자인 토지 등의 양도자가 하여야 하는 것으로 잘못 알고서 그 면제신청을 하였고 피고도 이를 받아들여 면제결정을 하였는바, 당시 피고가 원고의 면제신청에 대하여 그 보정을 요구하든가 면제결정을 하지 아니하였다면 원고가 위 각 기지개발구역사업시행자인 소외 한남화학주식회사와 소외 한국카프로락탐주식회사로 하여금 면제신청을 하도록 하여 특별부가세를 면제받을 수 있었던 것인데 피고가 그 보정을 요구하지 아니하고 면제결정을 함으로써 원고가 이를 신뢰하고 위 소외회사들로 하여금 면제신청을 하도록 하지 아니한 것이므로 피고가 이제와서 위 면제결정을 취소하고 이 사건 과세처분을 하는 것은 신의성실의 원칙과 금반언의 원칙에 반하여 위법하고, 더욱이 위 각 부동산을 양수한 위 소외회사들을 1988.5.10.과 같은 해 8.19.에 각 당해 산업기지개발사업을 완료함으로써 조세감면규제법의 위 규정이 목적하는 특별부가세 면제목적이 달성되었으므로 피고가 위 면제결정을 취소하고 이 사건 과세처분을 하는 것은 부당하며, 특히 원고는 피고의 위 면제결정을 신뢰하여 위 특별부가세 금 40,668,980원을 미납부한 것이므로 원고의 위 특별부가세미납부에는 정당한 이유가 있다 할 것이어서 피고가 위 특별부가세 금 40,668,980원에 미납부가산세 금 14,335,810원을 더하여 부과한 것은 위법하다고 주장한다. 그러므로 살피건대,조세감면규제법 제57조 제1항은 다음 각 호의 1에 해당하는 공공사업용 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다고 규정하면서같은 항 제5호에서 산업기지개발촉진법에 의한 기지개발구역내의 토지 등을 당해 기지개발구역사업시행자에게 양도하는 경우를 들고 있고같은 조 제3항은제1항 제3호 내지제5호의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업시행자가 신청하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정하고 있으며 이에 따라같은법시행령(1989.12.30. 대통령령 제12880호로 개정되기 전의 것) 제47조 제1항은법 제57조 제3항의 규정에 의하여 신청을 하고자 하는 내국인은 당해 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세년도의 과세표준신고기한(양도자가 거주자인 경우에는 자산양도차익예정신고기한을 포함한다, 이하 같다)내에 재무부령이 정하는 세액면제신청서에 다음의 서류를 첨부하여 양도자의 납세관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하면서같은 항 제1호에서법 제57조 제1항 제3호의 경우에는 당해 예정지구사업시행자임을 확인할 수 있는 서류를 들고 있고 이러한 조세감면에 관한 규정들은 조세형평의 원칙상 엄격히 해석하여야 하므로 조세감면규제법의 위 규정들에 따라 특별부가세를 면제받으려면 양도부동산의 양수자가 소정의 기간내에 면제신청을 하여야 하지 양도부동산의 양수자 이외의 자가 면제신청을 한 경우에는 특별부가세를 면제받을 수 없다 할 것인바, 이 사건에 있어서 원고의 1986.사업년도 법인세과세표준신고기간내에 위 각 부동산의 양수자인 소외 한남화학주식회사와 소외 한국카프로락탐주식회사가 면제신청을 하지 아니하고 양도자인 원고가 면제신청을 하였으므로 원고는 특별부가세를 면제받을 수 없다 할 것이고, 소외회사들이조세감면규제법 제57조 제2항 소정의 기한내에 각 당해 산업기지개발사업을 완료하였다 하더라도 역시 위 소외회사들의 면제신청이 없는 이상 원고는 그 특별부가세를 면제받을 수는 없다 할 것이며, 또한 원고의 면제신청에 대하여 피고가 면제결정을 하였다는 점에 대하여는 증인 정계수의 증언만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으며, 단지 앞서 거시한 각 증거에 의하면 원고의 면제신청에 대하여 피고가 원고에게 면제신청자가 잘못되었으니 이를 보정하라고 요구하지 아니하고 있다가 1989.3.15.에 이르러 원고의 면제신청을 받아들이지 아니하고 이 사건 과세처분을 한 사실을 인정할 수 있으나 이와 같은 사실만으로는 피고가 명백히 면제결정을 하였다고 볼 수 없고 가사 이를 피고가 묵시적으로 면제결정을 한 것으로 볼 수 있다 하더라도 피고가 원고에게 이를 공적으로 표명하였다고 볼 만한 자료가 없는 이 사건에 있어서 이는 피고의 내부적 의사결정에 불과한 것이므로 피고의 이 사건 과세처분이 신의성실의 원칙이나 금반언의 원칙에 반한다고 할 수 없고, 따라서 원고가 피고의 면제결정을 신뢰하여 특별부가세 금 40,668,980원을 미납부한 것이므로 원고의 위 특별부가세 미납부에는 정당한 이유가 있다는 원고의 위 주장부분도 받아들일 수 없다 할 것이니 원고의 위 주장은 모두 이유없다 할 것이다. 3. 그렇다면 피고의 이 사건 과세처분은 적법하다 할 것이므로 이의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유없어 이를 기각하고 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다. 판사 김종화(재판장) 김건흥 김택수