원고는 자동차 제조회사로, 전자제어식 엔진에 대해 조세감면을 승인받았으나, 과세관청이 원가비례법을 적용하여 …

• 원고는 2000년 7월 설립된 외국인투자기업으로, 2003년 12월 전자제어식 엔진에 대해 조세감면 승인을 받았습니다.
• 원고는 2003 사업연도부터 정비용 엔진의 대리점 판매가격을 기준으로 감면소득을 신고하여 법인세를 감면받았습니다.
• 서울지방국세청장이 2012년 8월부터 2013년 1월까지 세무조사를 실시한 후, 2013년 2월 OEM 수출가격을 기준으로 감면세액을 취소하고 가산세를 부과한다고 통지했습니다.
• 원고가 과세전적부심사를 청구하자, 국세청장은 2013년 5월 원가비례법을 적용하라는 결정을 내렸습니다.
• 피고는 2013년 6월 원가비례법으로 2008~2010 사업연도 법인세를 경정·고지했습니다.
• 원고가 조세심판을 청구했으나, 조세심판원은 2015년 1월 납부불성실가산세만 취소하고 나머지는 기각했습니다.

자동차 제조사인 원고는 전자제어식 엔진에 대해 조세감면을 승인받았으나, 과세관청이 원가비례법을 적용하여 감면세액을 취소하고 법인세를 부과했습니다. 원고는 정비용 엔진의 대리점 판매가격을 시가로 해야 한다고 주장했지만, 법원은 원가비례법이 합리적이라고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다.

• 정비용 엔진의 대리점 판매가격은 시가로 볼 수 없습니다. 부품대리점은 독립된 사업자가 아니며, 가격 결정 권한이 없고, 판매 수량이 극히 적어 대표성이 없습니다.
• 이 사건 엔진의 현실적인 시가는 존재하지 않으므로, 과세관청은 합리적인 방법으로 감면소득을 계산할 수 있습니다.
• 원가비례법은 최종제품 매출액에 투입된 부품 중 감면대상 부품액 비율을 곱하여 계산하는 방법으로, 비합리적이라고 볼 수 없습니다.
• 원고가 국세청의 유권해석을 신뢰했다는 주장은 받아들여지지 않습니다. 국세청은 일반적인 견해를 표명했을 뿐, 구체적인 계산 방법을 승인한 것이 아닙니다.
• 이 사건 세무조사는 중복세무조사에 해당하지 않습니다. 1차 조사는 세무조사가 아닌 자료제출 요구에 불과했습니다.

이 사건은 조세감면 대상 소득 계산 시 시가가 존재하지 않는 경우, 과세관청이 원가비례법과 같은 합리적인 방법을 사용할 수 있음을 확인했습니다. 또한, 납세자가 과세관청의 일반적인 답변을 구체적인 승인으로 오해해서는 안 된다는 점을 보여줍니다.