원고 회사가 아파트형공장용 부동산을 분양받아 취득하며 취득세 등을 면제받았으나, 취득 후 1년 이내에 공장용으로 직접 사용하지 않고 본점사무실·설계사무소로 사용함

【심급】 1심 【세목】 취득세 【주문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 건축자재 제조판매업, 건설기자재 제조판매업, 전자부품 제조 및 납품업 등을 목적으로 1991. 2. 9. 설립된 회사로서 (원고 회사의 상호는 원래 ‘****’였는데, 2000. 7. 23.에 현재의 명칭으로 변경되었다), 1999. 5. 20.경 ****소재 ****(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 그 설립자인 ****로부터 분양받아 취득하고 그 시경 이에 관한 소유권이전등기를 마치면서, 피고에게 취득세 및 등록세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)에 대한 면제를 신청하여, 구서울특별시세감면조례(2000. 3. 31. 조례 제3731호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정전 조례’라 한다) 제19조 제2항 본문에 의하여 피고로부터 취득세 등을 면제받았다. 나. 그런데, 피고는 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업에 사용하지 않고 본점사무실 및 설계사무소로 사용하였다는 이유로, 2000. 7. 10. 이 사건 부동산 중 본점사무실부분에 대한 취득세 등을 추징하였으며, 2001. 10. 9. 이 사건 부동산 중 설계사무소부분에 대하여도 같은 이유로 취득세 12,163,200원, 등록세 18,244,800원, 지방교육세(지방세법에 의하여 납부하여야 할 등록세액을 과세표준으로 한다) 3,344,880원을 추징하는 이 사건 처분을 하였다 (피고는 처음에는 농어촌특별세 1,114,960원도 부과고지하였으나, 위 농어촌특별세는 취득신고시 이미 납부하였다는 이유로 그 후 이에 관한 부과처분을 취소하였다). 다. 원고는 이 사건 처분에 대하여 2001. 12. 11. ****에게 이의신청을 하였으나, 2002. 1. 30. 위 이의신청을 기각한다는 결정의 통지를 받았다. 【인정근거】갑 1의 1,2, 갑 2의 1,2 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 당사자의 주장 피고는 이 사건 처분이 위 처분사유와 관계법령에 따른 것으로서 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같이 다툰다. 즉, 피고는 개정전 조례 제19조 제2항 단서에 의하여, 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 면제된 취득세 등을 추징하였으나, 공업배치및공장설립에관한법률에 의하면 벤처기업을 영위하기 위한 시설도 아파트형공장에 입주할 수 있는 시설 중의 하나이고, 이에 따라 서울특별시세감면조례가 2000. 3. 31.에 개정되어 아파트형공장용 부동산을 취득한 날로부터 1년 이내에 벤처기업용에 사용하는 경우에도 면제된 취득세 등을 추징할 수 없게 되었으며, 원고는 벤처기업으로서 이 사건 부동산을 벤처기업을 영위하기 위한 시설로 이용했음에도 불구하고 이를 간과한 채 면제된 취득세 등을 추징한 이 사건 처분은 위법하다. 나. 관계법령 지방세법 제7조 (공익등 사유로 인한 과세면제 및 불균일과세) ①지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 과세를 부적당하다고 인정할 때에는 과세하지 아니할 수 있다. ②지방자치단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 필요한 때에는 불균일과세를 할 수 있다. 제9조 (과세면제등을 위한 조례) 제7조 및 제8조의 규정에 의하여 지방자치단체가 과세면제 불균일과세 또는 일부과세를 하고자 할 때에는 행정자치부장관의 허가를 얻어 당해지방자치단체의 조례로써 정하여야 한다. 구 서울특별시세감면조례(2000. 3. 31. 조례 제3731호로 개정되어, 2000. 12. 30. 조례 제3813호로 전문개정되기 전의 것, 이하 ‘개정후 조례’라 한다) 제1조(목적) 이 조례는 지방세법 제9조의 규정에 의하여 서울특별시세의 과세면제 및 불균일과세에 관한 사항을 규정함을 목적으로 한다. 제19조(아파트형공장 및 협동화공장에 대한 감면) ② 아파트형공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 공업배치및공장설립에관한법률 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 아파트형공장 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 사업 또는 벤처기업용에 직접 사용하지 아니하거나 취득일부터 5년 이내에 정당한 사유없이 타인에게 양도 또는 임대하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. 구 서울특별시세감면조례(2000. 3. 31. 조례 제3731호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정전 조례’라 한다) 제19조(아파트형공장에 대한 감면) ② 아파트형공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 공장설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 공장용에 직접 사용하지 아니하거나, 취득일부터 5년 이내에 타인에게 양도 또는 임대하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. 공업배치및공장설립에관한법률 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1. "공장"이라 함은 건축물 또는 공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계·장치 등 제조시설과 그 부대시설(이하 "제조시설등"이라 한다)을 갖추고 대통령령이 정하는 제조업을 영위하기 위한 사업장으로서 대통령령이 정하는 것을 말한다. 6. "아파트형공장"이라 함은 동일건축물안에 다수의 공장이 동시에 입주할 수 있는 다층형 집합건축물로서 대통령령이 정하는 것을 말한다. 제28조의5 (아파트형공장에의 입주) ①아파트형공장에 입주할 수 있는 시설은 다음 각호의 시설로 한다. 1. 제조업 기타 대통령령이 정하는 사업을 영위하기 위한 시설 2. 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업을 영위하기 위한 시설 공업배치및공장설립에관한법률시행령 제36조의4 (아파트형공장에의 입주) ①법 제28조의5 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 사업"이라 함은 다음 각호의 사업을 말한다. 1. 소프트웨어개발촉진법 제2조 제4호의 규정에 의한 소프트웨어사업 2. 제6조 제2항 및 동조 제3항의 규정에 의한 지식산업 및 정보통신산업 3. 영화진흥법 제4조의 규정에 의한 영화제작업 4. 음반·비디오물및게임물에관한법률 제4조의 규정에 의한 음반·비디오물·게임물제작업 5. 기타 특정 산업의 집단화 및 지역경제의 발전을 위하여 아파트형공장에의 입주가 필요하다고 시장·군수 또는 구청장이 인정하는 사업 벤처기업육성에관한특별조치법 (2001. 2. 3. 법률 제6416호로 개정되기 전의 것) 제2조 (정의) ①이 법에서 "벤처기업"이라 함은 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다. 1. 당해기업의 자본금중 다음 각목의 1에 해당하는 자의 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 대통령령이 정하는 기준이상인 기업 가. 중소기업창업지원법 제2조제4호의 규정에 의한 중소기업창업투자회사(이하"중소기업창업투자회사"라 한다) 나. 중소기업창업지원법 제2조제5호의 규정에 의한 중소기업창업투자조합(이하"중소기업창업투자조합"이라 한다) 다. 여신전문금융업법 제2조제14호의 규정에 의한 신기술사업금융업을 영위하는자(이하 "신기술사업금융업자"라 한다) 라. 여신전문금융업법 제41조제3항의 규정에 의한 신기술사업투자조합(이하"신기술사업투자조합"이라 한다) 마. 제4조의2의 규정에 의한 한국벤처투자조합 바. 제4조의3의 규정에 의한 다산벤처주식회사 2. 당해기업의 연간 총매출액에 대한 연구개발비의 비율이 대통령령이 정하는 기준 이상인 기업 3. 다음 각목의 권리·신기술 또는 지식을 이용하여 사업화하는 기업으로서 사업화의 정도가 제3조의 규정에 의한 기준에 적합한 기업 가. 특허권 또는 실용신안권(특허출원 또는 실용신안등록출원중인 기술로서 특허청장이 인정하는 기술을 포함한다) 나. 외국인투자촉진법 제25조의 규정에 의하여 도입된 기술로서 동법 제26조의 규정에 의한 조세면제 대상인 고도기술 다. 다른 법률에 의한 기술개발사업으로서 대통령령이 정하는 사업에 의하여 개발된 신기술 또는 지식 4. 다음 각목의 1에 해당하는 기업으로서 대통령령이 정하는 기관으로부터 기술성 또는 사업화능력이 우수한 것으로 평가받은 기업 가. 창업중인 기업이거나 자체개발한 기술을 응용하여 사업화하는 기업 나. 의장권(의장등록출원중인 기술로서 특허청장이 인정하는 기술을 포함한다)을 이용하여 사업화하는 기업 다. 제3호 가목 내지 다목에 해당하는 권리·신기술 또는 지식을 이용하여 사업화하는 기업으로서 사업화의 정도가 제3조의 규정에 의한 기준에 미달하는 기업 다. 법령적용의 기준시기 이 사건에서와 같이 아파트형공장용 부동산의 취득 및 등기에 대하여 취득세 등을 면제하였다가 뒤에 이를 추징하는 경우에 당해 부동산의 취득 및 등기가 취득세 등의 면제대상인지 여부는 그 취득 및 등기가 이루어질 당시의 법령을 기준으로 판단하여야 할 것이나, 추징사유의 존부는 추징사유에의 해당 여부가 문제되는 사실이 발생할 당시, 즉 취득일부터 1년이 경과한 때나 당해 부동산이 타인에게 양도 또는 임대된 때의 법령을 기준으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1992. 6. 9. 선고 91누10725 판결, 1993. 11. 9. 선고 93누15632 판결 등 참조). 따라서 원고가 1999. 5. 20. 이 사건 부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유 없이 공장용에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 취득세 등이 추징되었고, 또 「개정전 조례」를 개정한 「개정후 조례」가 2000. 3. 31.부터 시행되고 있는 이 사건에 있어서는, 이 사건 부동산의 취득일부터 1년이 경과한 2000. 5. 20.을 법령적용의 기준시기로 하여 당시 시행되고 있던 「개정후 조례」에 따라 추징사유의 존부를 판단하여야 한다. 라. 추징사유의 존부에 대한 판단 개정전 조례 제19조 제2항 단서가 ‘부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유 없이 공장용에 직접 사용하지 아니하는 경우’에 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있을 뿐인데 반하여, 개정후 조례 제19조 제2항 단서는 ‘제조업 등 사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 취득하는 아파트형공장용 부동산’이 취득세 등의 면제대상임을 전제로, ‘부동산을 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 사업 또는 벤처기업용에 직접 사용하지 아니하는 경우’에 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있다. 그런데, 당사자 사이에 다툼이 없는 사실 및 을 제1호증(취득신고 겸 자진납부 세액계산서)의 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1999. 5. 20.경 이 사건 부동산에 대한 취득신고를 할 때, 위 부동산을 원고 회사의 목적사업인 건축자재 등 제조업을 영위하기 위한 제조시설을 갖춘 공장으로 사용한다면서 개정전 조례에 의하여 취득세 등을 면제받았던 것이지, 벤처기업을 영위할 목적으로 취득하였다면서 취득세 등을 면제받았던 것은 아닌데, 그럼에도 불구하고 그로부터 1년 이내에 위 부동산을 건축자재 등 제조업을 영위하기 위한 제조시설을 갖춘 공장으로 사용한 바는 없고, 오히려 위 부동산을 본점사무실 내지 설계사무소로 사용한 사실을 인정할 수 있으므로, 개정후 조례 제19조 제2항 단서에 규정된 취득세 등의 추징사유가 발생하였다고 할 것이다. 원고는 이 사건 부동산을 벤처기업을 영위하기 위한 시설로 사용했으므로 취득세 등의 추징사유에 해당하지 않는다고 주장하나, 원고가 이 사건 부동산을 벤처기업을 영위할 목적으로 취득한 것이 아님은 위에서 본 바와 같을 뿐만 아니라, 나아가 원고가 이 사건 부동산을 그 취득한 날로부터 1년 이내에 벤처기업용에 직접 사용하였는가 하는 점에 관하여 보더라도, 갑 제3호증(기업부설연구소인정서), 갑 제4호증(벤처기업확인서)의 각 기재에 의하면, 원고는 서울지방중소기업청장에게 요청하여 2001. 6. 25. 원고 회사가 기술평가기업으로서 벤처기업에 해당한다는 확인서를 받았는데, 위 확인서에 정하여진 유효기간은 2000. 7. 6.부터 2002. 7. 5.까지인 사실, 원고는 2000. 12. 19. 한국산업기술진흥협회장에게 평산구조기술연구소(이 사건 부동산을 그 소재지로 한다)를 기업부설연구소로 신고하여서, 2001. 1. 12. 기업부설연구소로 인정받은 사실을 인정할 수 있을 뿐인데, 위와 같은 사실만으로는 원고 회사가 이 사건 부동산을 취득한 날로부터 1년이 되는 날인 2000. 5. 20. 이전에 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조 제1항 소정의 벤처기업에 해당하기 위한 요건을 갖추었다거나 원고가 이 사건 부동산을 2000. 5. 20. 이전에 벤처기업용에 직접 사용하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거도 없으므로, 원고의 위 주장은 이유가 없다. 3. 결 론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유가 없으므로 이를 기각하기로 한다.