비영리종교법인이 병원 직원들의 체육복지시설로 사용하던 토지를 양도하면서 법인세 신고를 하지 않음

• 원고는 천주교 성가회에서 설립한 비영리종교법인으로, 1967년 부천시 소사동 토지를 증여받아 테니스코트 등 체육복지시설로 사용함.
• 1977년 서울 성북구 하월곡동 토지를 매수하여 소유하다가 각각 1987년에 두 토지를 양도함.
• 원고는 양도에 따른 법인세 신고를 하지 않았고, 피고는 실거래가액과 환산가액을 기준으로 세금을 부과함.
• 원고는 소사동 토지가 종교법인의 고유목적에 직접 사용된 토지이며, 8년 이상 경작한 토지로서 양도차익 산정 시 기준시가를 적용해야 한다고 주장함.
• 피고는 양도가액은 실거래가액, 취득가액은 환산가액으로 계산해 법인세 및 방위세를 부과함.

비영리종교법인이 병원 직원들의 체육복지시설로 사용하던 토지를 양도하면서 법인세를 신고하지 않아 세무서가 세금을 부과했다. 쟁점은 이 토지가 종교법인의 고유목적에 직접 사용된 토지인지 여부였고, 법원은 직원 복지시설로 사용된 토지는 고유목적 토지로 보기 어렵다고 판단했다. 다만 세금 계산 방식 중 일부는 잘못되었으니 그 부분만 취소했다.

• 원고가 운영하는 병원 인근 토지에 테니스코트와 배구코트를 설치해 병원 직원인 수녀들의 체육복지시설로 사용한 점을 인정함.
• 이 토지는 종교의 보급이나 교화활동에 직접 사용된 토지가 아니라 의료업에 종사하는 직원들의 복지시설로 제공된 것으로 봄.
• 토지가 8년 이상 경작되어 농지로서 비과세 대상이라는 주장도, 실제로는 체육시설로 사용되거나 나대지 상태였기에 인정하지 않음.
• 법인세법과 시행령에 따라 양도가액과 취득가액 모두 기준시가로 계산해야 하는데, 피고가 취득가액을 환산가액으로 계산한 것은 법리에 맞지 않음.
• 이에 따라 피고가 부과한 세금 중 일부 초과 부분은 취소하고, 나머지는 인정함.

비영리종교법인이 병원 직원들의 체육복지시설로 사용하던 토지는 종교법인의 고유목적에 직접 사용된 토지로 보기 어렵다. 또한 세금 계산 시 양도가액과 취득가액 모두 기준시가를 적용해야 하므로 일부 세금 부과는 잘못되었다고 판단되었다.