정리회사가 초경사업 자산을 외국 회사에 양도한 뒤, 과세관청이 법인세를 추가로 매기고 이를 근거로 주민세를 부과한 처분을 두고 다툰 사건.

【심급】 1심 【세목】 주민세 【주문】 1. 피고가 1999. 9. 10.정리회사 ****에 대하여 한 1998년도 주민세 2,036,187,730원의 부과처분 중 1,866,512,760원을 초과하는 부분을 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용은 이를 10분하여 그 9는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다. 【이유】 1. 처분의 경위 아래의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제8호증, 갑 제9호증의 1, 갑 제10호증, 갑 제11호증의 1, 갑 제12호증의 1 내지 33, 갑 제13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있고, 반증이 없다. 가.정리회사 ****(이하 ‘정리회사’라 한다)는 1952. 9. 12. 설립된 초경합금제품 제조업 등을 주목적으로 하는 법인으로서, 1974. 7. 1. ****공장용지 88,235㎡외 70필지 합계 263,694㎡를 취득한 후, 1995. 6. 15. 그 지상에 공장건물, 연구소, 탈의실, 아파트 등(이하 이 사건 부동산이라 한다)을 신축하고, 그 곳을 본점으로 하여 초경사업 공장을 운영하여왔다. 나.정리회사는 1998. 5. 14. 이스라엘 이스카사의 자회사인****(변경전 상호는 ‘****'임. 이하 ’대한중석초경’이라 한다)와 사이에 자산양도계약을 체결하였는데(이하 이 사건 계약이라 한다), 그 주요내용은 다음과 같다. ⑴ 양도자산 :정리회사의 텅스텐 관련사업(중석분말제품, 초경합금공구제품, 텅스텐 와이어제품의 3개 부분을 포함하는 초경사업)의 재산, 사무기기, 지적재산권,정리회사의 명칭 및 상표사용독점권, 영업권, 재고, 매출채권, 고정설비, 기기등. ⑵ 대금 : 미화 150,000,000달러로 하되, 계약 당시 자산의 장부 가액과 차후대한중석초경의 회계사가 결정하는 자산의 장부 가액 사이의 차액만큼 상향 또는 하향 조정하고, 별도의 에스크로우(ESCROW)계약 내용에 따라 지급받는 조건. ⑶ 계약이행기 : 1998. 7. 31.까지대한중석초경에 양도완료. ⑷ 고용승계 :정리회사의 초경사업부분에 관련된 근로자들 고용승계. ⑸ 채무승계 :정리회사의 부채 중 외상매입금, 지급어음, 기타 미지급금, 선수수익, 선수금, 예수금, 미지급비용, 퇴직충당금, 국민연금전입금 등 초경사업영업과 직접적인 관련이 있는 부채만 인수. 다. 그 다음날인 1998. 5. 15.정리회사는 외환위기에 따른 경영악화로 대구지방법원(이하 정리법원이라 한다)에 정리절차개시 신청을 하고 같은 달 18. 부도를 내었는바, 위 법원은 같은 해 6. 8. 재산보전처분결정을 하고 같은 달 23. 이 사건 계약을 허가한 후, 1998. 7. 25.정리회사가 이 사건 계약의 이행완료후 청산을 내용으로 하는 정리를 계획하고 있고, 이 사건 계약의 경제적 효용가치가정리회사의 청산가치 및 계속기업가치를 상회하는 4,260억 9,000만원으로 추정되어 위 계약의 경제적 효용을 실현하고 후속조치를 취하기 위하여는 회사정리절차를 개시하는 것이 타당하다는 이유로 정리절차개시결정을 하였다. 라.정리회사의 관리인이던김승희(관리인은 정리법원의 선임결정에 의하여 2001. 1. 3.최장식으로, 그 후 2004. 2. 26. 원고로 각 변경되었다)는 1998. 7. 29.회사정리법 제103조 제1항에 의거하여 이 사건 계약을 이행하기로 선택한 후, 그 이행조건의 일부를 보충하기 위하여 같은 날대한중석초경과 사이에서, 위 계약의 효력발생시기를 1998. 7. 31. 24:00 또는 계약종료가 지연되는 경우에는 실제로 계약종료가 이루어지는 날의 24:00로 하고, 양도자산에 설정된 근저당권 및 담보를 모두 해지하기로 하는 등 일부 내용을 수정하는 제1차 보충계약을 체결하고, 같은 달 30. 정리법원으로부터 위 보충계약의 이행에 대한 허가를 받았다. 마. 그러나 담보물권자인 금융기관들의 담보권말소 및 채무인수 범위에 대한 의사결정이 지연되는 등의 사유로 인하여 당초 예정하였던 1998. 7. 31. 24:00까지 이 사건 계약의 이행이 완결되지 못하자,김승희와대한중석초경은 담보물권자와 협의를 거쳐 담보권말소에 대한 동의를 얻은 다음, 1998. 8. 6. 담보물권자들이 양도자산에 대하여 가진 담보권 전부를 말소함과 동시에 같은 달 7.까지 위 계약의 이행을 완결하되, 그 효력을 1998. 7. 31. 24:00로 소급하는 내용의 제2차 보충계약을 체결하였고, 정리법원으로부터 이에 대한 허가도 받았다. 바. 이에 따라정리회사는 초경사업용 부동산인 이 사건 부동산과 거기에 설치되어 있던 기계장치 및 공기구 비품 등 초경사업용 시설장비 일체를대한중석초경에게 양도하고, 1998. 8. 22. 이 사건 부동산에 관하여대한중석초경명의로 소유권이전등기를 경료하여 주었다. 사. 한편,정리회사가대한중석초경에게 양도한 시설장비에는정리회사가 투자하여 설치한 연구시험용 시설, 생산성향상시설, 에너지절약시설(이하 이 사건 시설이라 한다)도 포함되어 있었는데,정리회사는 이 사건 시설의 설치를 위하여 투자한 금액에 대하여 피고로부터구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 5584호 조세특례제한법으로 전문개정되기 전의 것, 이하 조감법이라 한다) 제10조 제1항,제25조,제26조에 따라, 1995사업연도에는 연구개발비투자공제세액 53,735,982원, 생산성향상설비투자공제세액 618,4 78,250원, 특정설비투자공제세액 21,449,000원 합계 693,663,232원의 세액을 공제받았고, 1996사업연도에는 연구개발비투자공제세액 98,683,445원, 생산성향상설비투자공제세액 208,641,642원, 특정설비투자공제세액 13,187,395원 합계 320,512,482원의 세액을 공제받았다. 아.대한중석초경은정리회사로부터 양수하거나 인수한 이 사건 부동산을 비롯한 이 사건 시설 등 시설장비와 인력자원을 이용하여정리회사가 영위하던 사업과 동일한 초경사업을 계속하고 있다. 자.김승희는 이 사건 부동산의 양도대금을 89,777,574,685원으로 평가한 후, 1999. 3.경 피고에게, 이 사건 부동산의 양도가조감법 제40조의 3에서 규정한 재무구조개선을 위하여 금융기관협의회의 승인을 얻어 양도한 경우에 해당한다면서, 양도로 발생한 소득에 대한 특별부가세 14,140,248,182원의 면제를 신청하고, 그 나머지 법인세 631,768,024원만을정리회사의 1998사업연도 법인세로 신고·납부하였다. 차. 남대구세무서장은 ⑴ 위 특별부가세 면제신청에 대하여, ① 이 사건 부동산의 양도는 회사정리계획에 따라정리회사를 청산하기 위하여 이루어진 것이지정리회사의 존립을 전제로 재무구조개선을 목적으로 이루어진 것이 아니고, 주 채권금융기관들로 구성된 금융기관협의회에 재무구조개선계획을 제출하여 승인을 받지도 아니하였으므로,조감법 제40조의3 제1항소정의 면제요건에 해당하지 아니하고, ② 설사 면제요건을 갖추었다 하더라도,정리회사가 이 사건 부동산을 양도한 날로부터 3년 이내에 이 사건 부동산을 사업용재산으로 사용하던 당해 사업을 폐지하였으므로,조감법 제40조의3 제2항소정의 추징사유에 해당한다는 이유로 원고의 면제신청을 배제하기로 하여, ③ 특별부가세 산출세액 14,140,248,182원에 납부불성실가산세액 1,414,024,818원을 더한 15,554,273,000원을 추가고지하기로 하고, ⑵정리회사가 이 사건 시설의 설치를 위한 투자비용에 대한 세액공제를 받고도 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 종료일로부터 3년이 경과하기 전에 이 사건 시설을 처분하였다는 이유로,조감법 제124조 제3호및구 조감법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 15976호 조세특례제한법시행령으로 전문 개정되기 전의 것, 이하 시행령이라 한다) 제107조 제8항에 따라, 1995사업연도에 공제받은 세액 693,663,232원에 297,442,793원의 이자를 가산한 991,106,025원 및 1996사업연도에 공제받은 세액 320,512,482원에 102,339,634원의 이자를 가산한 422,852,116원을 합한 1,413,958,141원(991,106,025 + 422,852,116)을정리회사로부터 추징하기로 하여, 특별부가세 15,554,273,000원과 추징할 법인세 1,413,958,141원을 합한 16,968,231,140원(10원 단위미만 절사)을정리회사가 추가납부하여야 할 1998사업연도 법인세액으로 보아, 1999. 7. 2.정리회사에 대하여 1998사업연도 법인세 16,968,231,140원을 추가고지하는 이 사건 법인세 부과처분을 하였다. 카. 이에 피고는 1999. 9. 10. 납기를 같은 달 30.로 하여 주민세 2,040,509,520원{2,040,709,520원(‘5’는 ‘7’의 오기인 것으로 보인다) = 본세 1,700,424,600원(97년도 주민세 3,601,488원 + 이 사건 법인세 부과처분에 근거한 98년도 주민세 1,696,823,114원) + 가산세 340,284,920원}을 부과하는 처분을 하였다(이하 98년도 주민세 부과처분 만을 이 사건 주민세 부과처분이라 한다). 타. 한편,정리회사는 1999. 1. 20. 청산을 전제로 한 정리계획안을 제출한 후, 여러 번의 수정을 거쳐 2000. 9. 6. 최종 수정허가된 정리계획안에 기한 정리계획을 인가받았는데, 위 인가된 정리계획안에 의하면,정리회사는 이 사건 계약의 양수대금을 비롯한 기타 가용자금과 자산처분대금 전액을 채무변제에 제공하고, 정리절차의 종결과 동시에 해산하는 것으로 되어 있다. 2. 이 사건 주민세 부과처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 ⑴ 이 사건 법인세 부과처분에 관한 주장 ㈎ 특별부가세 부분에 관한 주장 ①정리회사의 이 사건 부동산 양도는 외환위기에 따른 정부의 구조조정 지시에 따라 이루어진 것으로서 실제로정리회사의 재무구조개선을 위한 것이며, 또한정리회사와 금융기관협의회 사이에 직접적으로 재무구조개선계획서의 제출 및 승인 절차를 취하지는 못하였으나, 실질적으로 정리절차내에서 정리법원을 통하여 조흥은행을 대표채권자로 한 채권금융기관들 사이에 담보권 포기에 대한 동의 등 그 양도에 필요한 절차를 거쳐 이루어졌으므로 이 사건 양도는 조세감면규제법상 특별부가세 면제요건에 해당하며, 또한 ② 이 사건 부동산의 양도가 법 제40조의3 제1항에 규정한 면제요건을 충족하지 못하였다고 하더라도, 국가정책적인 필요에 의하여 산업자원부장관이정리회사와 주거래은행 및 채권금융기관들을 권유하여 이 사건 부동산에 대한 담보권을 포기하도록 함으로써 양도가 이루어졌음에도 불구하고, 피고가 이러한 취지와는 모순되게 이 사건 법인세 부과처분을 하여 피고의 조세채권보다 우선하는 담보권을 가지고 있던 주거래은행 및 채권금융기관들이 회사정리절차에서 우선하여 변제를 받지 못하는 결과를 초래하였으므로, 이는 조세정의 및 신의성실의 원칙에 반하므로, 이 사건 법인세 부과처분 중 특별부가세 부분은 위법하다. ㈏ 공제세액 추징 부분에 관한 주장 대한중석초경은정리회사로부터 이 사건 시설을 포함한 초경사업과 관련한 자산 일체를 양수하고 종업원까지 인수함으로써정리회사가 영위하던 초경사업을 승계하였으므로, 이 사건 시설이 세액공제를 받은 사업연도로부터 3년 이내에 양도되었다 하더라도,조감법 제124조 제3호단서 및시행령 제108조 제6항 제1호에 따라, 이 사건 시설에 대한 공제세액은 추징대상에서 제외되어야 하므로, 이 사건 법인세 부과처분 중 공제세액추징 부분도 위법하다. ⑵ 이 사건 주민세 부과처분에 관한 주장 이 사건 주민세 부과처분은 이 사건 법인세 부과처분을 근거로 하여 부과되는 것이며, 또한 이러한 피고의정리회사에 대한 주민세는 정리채권으로서 확정되어야 이를 징수할 수 있는 바, 위와 같이 이 사건 법인세 부과처분이 위법하다는 이유로 행정심판 등이 계속 중에 있어 법인세가 확정되지 않았음에도 불구하고, 이 사건 주민세 부과처분을 부과하는 것은 위법하다. 나. 관계법령 별지 기재와 같다. 다. 판단 ⑴ 이 사건 법인세 부과처분에 관한 주장에 대한 판단 ㈎ 특별부가세 부과처분 부분 ① 면제대상에 해당하는지 여부 ㈀구 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전문개정되기 전의 것, 이하 법이라 한다) 제40조의3에 규정된 특별부가세의 면제는 법인이 사업용 부동산을 양도하여 그 대금으로 금융기관에 대한 부채를 상환함으로써 재무구조를 개선하는 것을 지원하기 위한 것인데 이 사건 부동산을 포함한정리회사의 초경사업 매각절차는정리회사에 대하여 청산형 회사정리절차가 개시된 후 정리법원의 감독하에 이루어졌고, 그 정리계획에 의하면정리회사는 이 사건 부동산의 양수대금을 포함하여 모든 재산을 처분한 대금으로 채무를 변제한 후 해산하도록 되어 있는 점에 비추어 이 사건 부동산의 양도는 재무구조개선을 목적으로 한 것이 아니라 사업을 폐지하고 법인을 해산하기 위한 양도에 해당한다고 보아야 하며, 또한법 제40조의3 제1항 제2호에 의하면 재무구조개선계획을 수립하여 금융기관협의회로부터 승인을 얻어야 하고, 이에 따른구 조세감면규제법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 15976호로 전문개정되기 전의 것) 제37조의3에서는 재무구조개선계획의 내용, 금융기관협의회의 구성, 재무구조개선계획 승인절차, 특별부가세 면제 후의 후속절차 등에 관하여 자세한 규정을 두고 있으므로, 가사 원고의 주장과 같이 주거래은행인 조흥은행을 비롯한 채권금융기관들이 정리절차 내에서 이 사건 양도계약에 관한 의견을 수렴하는 등 협의를 거쳤다고 하더라도, 그와 같은 사정만으로법 제40조의3에서 규정한 금융기관협의회의 승인을 얻었다고 할 수 없어정리회사의 이 사건 부동산의 양도는 위 규정에서 말하는 특별부가세 면제요건에 해당하지 아니하며, 따라서 위 규정 소정의 면제요건에 해당함을 전제로법 제40조의3 제2항소정의 추징사유에 해당하지 아니한다는 주장은 더 나아가 판단할 필요 없이 이유없다. ㈁정리회사에 대한 특별부가세 부과처분으로 말미암아 이 사건 부동산에 관하여 피고의 조세채권보다 우선하는 담보권을 가지고 있던 주거래은행 및 채권금융기관들이 회사정리절차에서 피고의 조세채권보다 우선하여 변제를 받지 못하는 결과가 초래되었다고 하더라도, 그로 말미암아 불이익을 당하는 자는정리회사의 채권자인데 과세관청이 과세처분을 함에 있어 납세의무자의 채권자의 이익까지 고려하여야 한다는 근거가 없어 위와 같은 사정만으로 이 사건 법인세 부과처분이 조세정의에 어긋난다고 볼 수는 없으며, 가사 산업자원부장관이정리회사및 채권금융기관에 대하여 이 사건 부동산의 매각 등을 권유하였다고 하더라도, 그러한 권유를 과세관청의 공적 견해표명으로 볼 수는 없고, 달리 피고가 이 사건 부동산의 양도에 대하여 비과세하겠다는 견해표명을 하였음을 인정할 자료가 없으므로 신의성실의 원칙에 반한다는 주장 역시 이유 없다. ㈂ 따라서 이 사건 법인세 부과처분 중 특별부가세 부분은 적법하다. ② 공제세액 추징의 적법 여부 ㈀조감법 제10조 제1항,제25조,제26조,제124조 제3호,시행령 제108조 제6항 제1호의 각 규정취지에 비추어 보면, 조감법이 연구시험용 시설, 생선성향상시설, 에너지절약시설 등에 대한 투자세액을 공제하여 주는 것은, 경기부양을 위하여 필요한 경우 기업의 설비투자에 대하여 투자세액을 공제하여 줌으로써 그 투자를 유인하는 제도로서, 세액공제의 대상인 투자자산을 단기간 내에 처분하여 버리는 경우에는 위 제도의 목적을 달성할 수 없으므로 공제세액을 추징하여야 할 것이나, 투자자산의 처분이 사업의 승계과정에서 이루어져 사업승계인이 그 투자자산으로 사업을 계속하는 경우에는 위 제도의 목적 달성에 아무런 지장이 없으므로, 예외적으로 추징대상에서 제외하는 것인 바, 앞서 본 바와 같이,정리회사가 비록 이 사건 시설을 그 투자 완료일이 속하는 과세연도 종료일로부터 3년 이내에 양도하긴 하였지만, 그것은 이 사건 계약에서 정한 초경사업부문 양도의 일환으로 이루어진 점,대한중석초경은 이 사건 시설을 포함하여 초경사업에 관련된 일체의 영업용재산 및 영업과 직접 관련이 있는 부채 등을 양수하고, 초경사업의 운영을 위하여 필요한정리회사소속 근로자들의 고용을 승계한 다음,정리회사가 영위하던 사업과 동일한 초경사업을 계속하는 등 사업의 동일성을 그대로 유지하였고, 이 사건 시설 역시 종전과 같은 방식으로 초경사업에 사용되고 있는 점 등에 비추어 볼 때,대한중석초경은정리회사가 영위하던 초경사업을 승계하였고, 따라서 이 사건 시설의 양도는 사업의 승계로 인하여 자산의 소유권이 이전한 경우에 해당하며,대한중석초경이정리회사의 부채 중 일부를 인수하지 않았다고 하여 달리 볼 것은 아니어서, 이 사건 공제세액은 추징대상에서 제외되어야 한다. ㈁ 이에 대하여 피고는, 이 사건 시설의 양도는 사업의 승계로 인하여 당해 자산의 소유권이 이전된 것이 아니라 단순한 기계장치의 매각에 불과하고,정리회사도 이 사건 시설의 양도가 부가가치세 비과세 대상이 되는 사업양도에 해당하지 않는다는 국세청의 회신에 따라 세금계산서를 발부하고, 부가가치세 신고까지 하였으므로, 공제세액의 추징대상이라고 주장하나, 그와 같은 사정만으로 이 사건 시설의 양도가 사업승계에 해당하지 않는다고 단정할 수 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다. ㈂ 따라서, 이 사건 법인세 부과처분 중 공제세액의 추징세액에 해당하는 부분은 위법하다. ⑵ 이 사건 주민세 부과처분에 관한 주장에 대한 판단 살피건대, 주민세는 법인세에 부수하는 세목이 아니라 단지 법인세액을 과표로 하는 독립된 세목일 뿐만 아니라 법인세에 관하여 행정심판 등이 계속 중에 있다고 하더라도 위 법인세 부과처분이 권한 있는 기관의 취소 또는 경정결정이 없는 한 부과처분의 효력은 적법한 것으로 추정되는 바, 원고의 주장과 같이 이 사건 법인세 부과처분에 관하여 행정심판이 계속 중에 있다고 하더라도 권한 있는 기관의 취소 또는 경정결정이 있을 때까지는 유효하다고 할 것이므로, 법인세가 확정되지 않았음에도 주민세를 부과한 것은 위법하다는 원고의 위 주장은 이유 없다(한편, 이 사건 법인세 부과처분에 관하여 원고는 대구지방법원 2000구10084호로 법인세부과처분취소의 소를 제기하였고, 이에 위 지방법원은 2002. 10. 2. 법인세 16,968,231,140원의 부과처분 중 15,554,273,000원을 초과하는 부분을 취소한다는 판결을 선고하였는데, 이에 대하여 원고가 불복하여대구고등법원 2002누2643호로 항소를 제기하였으나, 위 고등법원으로부터 2003. 4. 11. 항소기각 판결을 선고받았고, 다시 이에 불복하여대법원 2003두4256호로 상고를 제기하였으나, 위 대법원으로부터 2004. 7. 9. 상고기각 판결을 선고받아, 위 판결은 확정되었다). ⑶ 소결 따라서 이 사건 법인세 부과처분은 특별부가세액 15,554,273,000원을 초과하는 부분에 한하여 위법하다고 할 것이므로, 이를 근거로 한 이 사건 주민세 부과처분 중 위 취소된 금액을 세액으로 한 부분 또한 위법하다고 할 것이다. 한편 1998. 당시 법인세할 주민세의 세율은 100분의 10이다. 3. 결론 그렇다면 이 사건 주민세 부과처분은 1,866,512,760원{ = 본세 1,555,427,300원( = 15,554,273,000원 × 0.1) + 가산세 311,085,460원( = 1,555,427,300원 × 0.2)}을 초과하는 부분에 한하여 위법하다고 할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.