사회복지법인이 출연받은 부동산을 설립허가조건에 따라 3년 내에 양도함.

• 1995년 8월, 사회복지법인(원고)은 천주교서울대교구유지재단(출연자)로부터 고양시 OO지역 부동산 등 여러 필지를 출연받아 설립허가조건에 따라 3년 이내에 매각하기로 함.
• 1997년 11월, 원고는 이 부동산을 학교법인 고양학원 등에 약 44억 원에 양도하고, 양도차익 3,422만 원에 대해 법인세 특별부가세를 신고·납부함.
• 세무서장(피고)은 출연자가 부동산을 취득한 당시 가액을 기준으로 양도차익을 약 21억 5천만 원으로 재산정하고, 이에 따른 특별부가세 약 5억 9천만 원을 추가 부과함.
• 원고는 설립허가조건에 따른 매각이며, 양도소득세 회피 목적이 아니라고 주장하며 부과처분에 불복하여 소송을 제기함.

사회복지법인이 설립허가조건에 따라 출연받은 부동산을 3년 이내에 양도하자 세무서장이 출연자의 취득가액을 기준으로 특별부가세를 추가 부과하였다. 쟁점은 단기간 내 양도한 경우 출연자의 취득가액을 기준으로 특별부가세를 산정하는 규정의 적용 여부와 헌법적 문제였으며, 법원은 해당 규정이 적법하다고 판단하여 원고의 청구를 기각하였다.

• 법원은 비영리 공익법인이 출연받은 자산을 단기간 내에 처분하는 경우, 그 처분대금을 직접 출연받은 것과 같다고 보고 출연자의 취득가액을 취득가액으로 산정하는 규정의 취지를 인정함.
• 공익법인이 자산을 1년 이상 목적사업에 직접 사용한 경우에는 예외로 두고 있으나, 설립허가조건에 따른 단기간 처분은 예외에 해당하지 않는다고 봄.
• 해당 법률과 대통령령 규정은 조세법률주의와 포괄위임금지 원칙에 위배되지 않으며, 출연재산의 성격에 따른 차별은 평등원칙에 반하지 않음.
• 또한, 출연자가 직접 처분한 경우보다 불리한 지위에 놓이지 않아 과잉금지 원칙에도 위배되지 않는다고 판단함.
• 원고가 주장한 설립허가조건 이행 목적과 양도소득세 회피 목적이 다르다는 점은 법률 적용의 예외 사유가 되지 않음.

비영리 공익법인이 출연받은 부동산을 3년 이내에 양도하면, 세법상 출연자의 취득가액을 기준으로 특별부가세를 부과할 수 있다. 법원은 이 규정이 헌법에 위배되지 않으며, 설립허가조건에 따른 단기간 처분도 예외가 아니라고 판단했다.