원고가 부동산 지분을 양도하고 실지거래가액으로 양도차손을 신고했으나, 과세관청이 이를 인정하지 않고 기준시가로 양도소득세를 부과함

【심급】 2심 【세목】 기타 【주문】 1. 제1심 판결을 취소한다. 2. 피고가 1999. 4. 9. 원고에 대하여 한 양도소득세 158,753,400원의 부과처분을 취소한다. 3. 소송비용은 제1, 2심 모두 피고의 부담으로 한다. 【이유】 1. 양도소득세부과처분의 경위 【증거】다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제12호증의 1, 2, 갑 제22호증, 갑 제25호증, 갑 제26호증의 2, 갑 제27호증의 1, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 1, 2, 을 제6호증, 을 제7호증의 1 내지 4, 을 제10호증의 1, 2, 을 제21호증, 을 제22호증의 1, 2의 각 기재, 갑 제19호증의 14의 일부 기재, 제1심 증인****의 일부 증언, 제1심 감정인****의 시가감정결과, 변론의 전취지 가. 원고는 1988. 8. 30.****과함께****,****,****으로부터 ****대 90.6㎡(이하 ‘이 사건 대지’라고 한다) 및 그 지상 목조함석지붕 단층 영업소 204.73㎡ 내 63.04㎡(이하 ‘종전건물’이라고 한다)를 매수하였고, 같은 해 9. 20. 위 각 부동산 중 각 2분의 1 지분에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다. 나. 이 사건 대지의 인접 토지들인 ****, 36, 37(이 3필지는 후에46-10으로 합필되었다) 위에는 원래 목조 함석지붕 2층 영업소가 있었는데, 원고와****은1989년경 종전건물을 철거한 후 위 인접 토지의 소유자들과 함께 이 사건 대지를 포함한 4필지의 토지 위에 세멘벽돌조 스라브즙 판넬마감 지하 1층 지상 4층 층당 면적 약 272.34㎡의 상가건물 1동(명칭: ****)을 신축하여(그에 따라 종전건물과 종전 2층 영업소 건물은 현존하지 않는다, 이하 신축된 건물을 ‘이 사건 건물’이라고 한다) 그 내부를 수백 개의 점포로 나눈 다음 상인들에게 이를 분양하였으며, 위 신축행위에 관하여 건축허가를 받지 못하였기 때문에 이 사건 건물의 지분권에 관한 거래는 편의상 종전건물과 종전 2층 영업소 건물의 등기부를 이용하여 이루어지고 있다. 다. 원고는 1996. 5. 3.홍성수에게 이 사건 대지와 건물 중 자신의 지분을 양도한 다음(같은 해 6. 21. 이 사건 대지와 종전건물 중 각 2분의 1 지분에 관하여홍성수명의로 소유권이전등기가 경료되었다), 1997. 5. 31.경 피고에게 양도소득세 과세표준 확정신고를 하면서 이 사건 대지와 종전건물 중 각 2분의 1 지분을 350,000,000원에 매수한 뒤 이를 300,000,000원에 매도함으로써 양도차손 50,000,000원이 발생하였으므로 납부할 세액이 없다고 신고하였다. 라. 그러나 피고는, 원고가 실지거래가액으로 신고한 취득가액 및 양도가액이 신빙성이 없다고 보고, 이 사건 대지와 종전건물 중 각 2분의 1 지분의 기준시가에 의하여 양도차익을 계산한 다음 그에 따라 1999. 4. 9. 원고에게 양도소득세 158,753,400원의 부과고지처분(이하 ‘이 사건 과세처분’이라고 한다)을 하였다. 2. 이 사건 과세처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 원고는, 첫째 양도소득세의 과세통지에 있어서는 납세고지서에 과세연도, 세목, 과세표준, 세율, 세액 및 그 산출근거 등 필요한 사항을 기재하여 통지하도록 되어 있음에도 이 사건 과세처분에 있어서는 토지, 건물별로 양도가액과 취득가액의 산정 근거와 금액을 구체적으로 밝히지 않았으므로 이 사건 과세처분은 절차상 위법하며, 둘째 원고가 신고한 취득가액 및 양도가액이 진정한 것임에도 이 사건 과세처분은 이를 무시하고 기준시가를 토대로 양도소득세를 산출하였으므로 위법하다고 주장한다. 나. 원고의 첫 번째 주장에 대한 판단 (1) 관계법령 별지 [1]과 같다. (2) 판단 을 제15호증(결정전조사결과통지서, 갑 제5호증과 같다)의 기재 및 변론의 전취지에 의하면 피고는 이 사건 과세처분시 납세고지서에 과세연도, 세목, 과세표준, 세액 및 그 산출근거 등을 명시하여 원고에게 통지한 사실을 인정할 수 있는바, 그렇다면 피고는 국세징수법, 소득세법 소정의 통지를 다한 것이라고 할 것이고, 나아가 원고가 주장하는 바와 같은 토지, 건물별 양도가액과 취득가액의 산정 근거와 금액은 밝히지 않았다고 하더라도 이는 위 법률들이 요구하는 통지사항이라고 볼 수 없어 이 사건 과세처분이 절차상 위법하다고 할 수 없으므로 이에 관한 원고의 주장은 이유 없다. 다. 원고의 두 번째 주장에 대한 판단 (1) 관계법령 별지 [2]와 같다. (2) 판단 (가) 부동산의 양도로 인하여 발생하는 양도소득 금액은 취득 및 양도 당시의 기준시가에 의하여 산정하되, 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지관할세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액에 의하여 산정하도록 되어 있으며, 다만 신고한 실지거래가액이 거래증빙 등에 의하여 확인되지 아니하는 경우에는 실지거래가액 적용대상에서 제외할 수 있다. (나) 한편, 양도차익을 산정함에 있어 양도가액을 실지거래가액에 의할 때에는 취득가액도 실지거래가액에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의할 때에는 취득가액도 기준시가에 의하여야 한다. (다) 그러므로 먼저, 원고가 그 주장과 같이 이 사건 대지와 건물 중 자신의 지분을 300,000,000원에홍성수에게 양도하였는지 여부에 관하여 보건대(원고는 처음에 이 사건 대지와 건물 중 자신의 지분을홍성수에게 양도하였다고 주장하였다가 그 후 이를 번복하여 자신은 이 사건 건물에 대해서는 아무런 권리가 없고홍성수에게 양도한 것은 이 사건 대지에 관한 자신의 지분만이라고 주장하고 있으나 위에서 본 사실관계에 비추어 볼 때 위와 같은 원고의 새로운 주장은 이를 그대로 믿기 어렵다), 이에 부합하는 증거로서 원고가 양도소득세 과세표준 확정신고 당시 제출한 서류로는 갑 제2호증(매매계약서, 을 제2호증의 4와 같다), 갑 제4호증(거래사실확인원, 을 제2호증의 5와 같다)이 있으나 위 증거들은 을 제17호증, 을 제18호증의 1 내지 3의 각 기재와 서로 부합하지 않을 뿐 아니라 ① 원고가홍성수에게 자신의 지분을 양도할 당시 이 사건 대지와 종전건물 중 원고 지분에 관하여는홍성수을근저당권자로 하는 채권최고액 300,000,000원의 1990. 11. 20.자 근저당권이 설정되어 있었고, 그 외에도 이 사건 대지 중 원고 지분에 관하여 서울특별시 중구청 명의의 1992. 3. 9.자 압류등기가 경료되어 있었음에도(갑 제3호증의 1, 2, 을 제3호증) 위 매매계약서(갑 제2호증)상 근저당권의 피담보채권, 압류집행채권을 어떻게 처리정산할 것인지에 관하여 아무런 특약을 두고 있지 않은데 이는 통상적인 거래관행에 비추어 쉽게 납득하기 어려운 점, ② 이 사건 건물은 앞에서 본 바와 같이 이 사건 대지와 인접 3필지 토지에 걸쳐 건축된 무허가 상가건물로서 비록 편의상 그 소유자들의 권리관계를 종전건물 등기부를 이용하여 표시하여 왔다 하더라도 그 등기부의 표제부와 실제 현황이 서로 부합하지 않으므로 원고와 양수인인홍성수사이에 이 사건 건물 중 원고의 지분에 상응하는 점포수를 확정하는 절차가 필요하였을 것으로 보이는데 위 매매계약서에는 이에 관한 아무런 언급이 없는 점, ③ 기준시가는 통상적으로 실지거래가액보다 낮음에도 원고가 주장하는 이 사건 대지 및 건물 중 원고 지분의 실지거래가액은 이 사건 대지 중 원고 지분의 기준시가인 724,800,000원의 41.39% 정도에 불과할 뿐인데(을 제14호증, 을 제16호증) 원고가 이 사건 대지 및 건물 중 원고 지분을 그와 같이 저렴한 가격으로 양도할 만한 특별한 사정이 보이지 않는 점, ④ 제1심 감정인****의 시가감정결과에 의하더라도 이 사건 대지 중 원고 지분의 시가는 443,668,200원에 이르고, 이 사건 건물 중 원고 지분의 재산적 가치 또한 이 사건 건물이 남대문 주변 상가지대 내에 위치하고 있는 점을 감안하면 상당할 것으로 추측되는 점, ⑤홍성수는원고 지분을 포함하여 이 사건 대지 전부와 이 사건 건물 일부를 양수한 후 1999. 11. 3.경부터 2000. 2. 10.경까지 사이에최혜란외 53인에게 이 사건 대지 및 건물의 지분을 잘게 나누어 양도하였는데(물론 이 사건 건물 지분의 양도를 위해서는 종전건물의 등기부를 이용하였다) 그 양도한 지분이 원고로부터 양수한 지분과 크게 다르다고 볼 아무런 자료가 없음에도 그 양도대금의 합계는 1,104,000,000원으로서(을 제11호증의 1 내지 54) 원고가 주장하는 거래대금의 3.5배 이상에 달하는 점 등 제반 사정에 비추어 볼 때 이를 그대로 믿기 어렵다고 할 것이고, 위와 같이 원고가 양도소득세 과세표준 확정신고 당시 피고에게 제출한 증빙서류만으로는 이 사건 대지 및 건물 중 원고 지분의 실지양도가액이 확인되지 아니하는 이상 피고가 이를 실지거래가액 적용대상에서 제외한 것은 적법하다고 할 것이다. (라) 다만, 피고는 이 사건 과세처분을 위해 기준시가에 따라 취득가액 및 양도가액을 산출함에 있어 이 사건 대지 중 원고 지분과 함께 종전건물 중 원고 지분을 그 대상으로 삼았는데, 원고가 자신의 지분을홍성수에게 양도할 당시 이 사건 대지 위에는 종전건물은 이미 현존하지 않고 대신 무허가로 신축된 이 사건 건물이 존재하고 있었고, 비록 등기부상으로는 원고가 종전건물에 관한 자신의 지분을홍성수에게 양도한 것으로 처리하였지만 실제로는 이 사건 건물에 관한 자신의 지분을 양도한 것임은 위에서 본 바와 같으므로 실질과세의 원칙상 피고로서는 마땅히 멸실된 종전건물이 아닌 이 사건 건물 중 원고의 지분이 거래의 대상으로 된 것으로 보아 그 취득가액 및 양도가액을 산출하였어야 할 것인바, 이를 간과하고 이미 멸실된 종전건물을 대상으로 한 이 사건 과세처분은 결국 위법하다고 할 것이다(덧붙여 살피건대, 이 사건 건물 중 원고 지분의 양도차익을 산정함에는 종전건물의 철거 및 이 사건 건물의 신축 등에 소요된 비용의 산출이 선행되어야 할 것인데 이 사건 과세처분에는 이 점이 전혀 고려되지 않았고, 원고와 사정이 동일한 공유자****에 대하여는 양도소득세가 부과조차 되지 않았을 뿐 아니라, 원고로부터의 양수인인홍성수에 대한 취득세액은 위 신고된 300,000,000원의 거래가액을 그대로 인정한 것인바, 이러한 제반 사정을 감안할 때 이 사건 과세처분은 형평의 원칙 등 과세의 적정성을 심히 결하였다 할 것이다). 3. 결론 그렇다면, 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 이와 결론을 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 취소하고 이 사건 과세처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다