피혁제조업체가 사업개시일부터 사업자등록증 교부일까지의 매입세액을 매출세액에서 공제해 달라며 부가가치세 부과처분 취소를 청구함

• 원고는 1980년대 초 OO지역에 설립등기된 피혁제조업체로, OO지역에 공장을 두고 피혁제조업을 경영하고 있었다.
• 원고는 1981년도 1기분(1월 1일~3월 31일) 부가가치세 예정신고를 하면서, 사업을 개시한 날부터 사업자등록증을 교부받은 같은 해 1월 30일까지의 매입거래분 매입세액 3,956,267원을 매출세액에서 공제하여 신고했다.
• 피고인 과세관청은 사업자등록 전 매입세액을 공제한 것이 부당하다고 보아 이를 공제하지 않은 부가가치세 4,747,520원을 부과하는 당초처분을 했다.
• 원고가 불복하여 심사 및 심판청구를 하자, 심판단계에서 사업자등록 신청일부터 등록증 교부일까지의 매입세액 1,342,356원은 공제해야 한다는 결정이 나왔고, 이에 따라 과세관청은 부과세액을 3,405,164원으로 줄이는 경정결정을 했다.
• 그래도 원고는 사업개시일부터 등록 신청일까지의 매입세액도 공제되어야 한다며 소송을 제기했고, 법원은 원고의 청구를 받아들이지 않았다.

원고인 피혁제조업체는 사업개시일부터 사업자등록증 교부일까지의 매입세액 전부를 매출세액에서 공제해야 한다고 주장했지만, 법원은 사업자등록 신청일 이후부터 등록증 교부일까지의 매입세액만 공제 대상이고 그 이전인 사업개시일부터 등록 신청일까지의 매입세액은 공제되지 않는다고 보았다. 결국 원고의 청구는 받아들여지지 않았고 소송비용도 원고가 부담하게 되었다.

• 부가가치세법 제17조 제2항 제5호는 같은 법 제5조 제1항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있다.
• 법원은 여기서 말하는 '등록을 하기 전의 매입세액'이란 사업자등록 신청을 한 때까지의 매입세액을 뜻한다고 해석했다.
• 신규로 사업을 개시하는 사람은 사업개시일 전이라도 등록할 수 있고, 사업자가 등록을 신청하면 등록 의무는 다한 것이므로, 세무관서의 등록증 교부 지연으로 인한 불이익을 사업자에게 지울 이유가 없다고 보았다.
• 또한 미등록가산세도 등록을 신청한 때를 기준으로 적용하고, 등록신청 이후에는 등록번호를 알 수 있어 세금계산서를 교부받고 매입세액을 산출할 수 있다는 점도 근거로 들었다.
• 따라서 과세관청이 등록 신청일부터 등록증 교부일까지의 매입세액만 공제하고, 사업개시일부터 등록 신청일까지의 매입세액은 공제하지 않은 처분은 정당하다고 판단했다.

사업자등록을 하기 전에 발생한 매입세액은 원칙적으로 매출세액에서 공제되지 않으며, 공제가 인정되는 시점은 사업을 실제로 시작한 날이 아니라 사업자등록을 신청한 날을 기준으로 한다는 점을 보여주는 사례다. 사업을 시작하기 전에 미리 등록을 해두는 것이 세금상 불이익을 피하는 방법이 될 수 있다.