대학 교수 겸 연구책임자가 외국인 학생연구원에게 지급된 학생인건비 중 1,427만 원을 회수하여 아르바이트생 인건비 등 다른 용도로 사용함

- 1 - 서 울 행 정 법 원 제 8부 판 결 사 건2021구합54156 국가연구개발사업 제재조치 처분 취소의 소 원 고A 피 고과학기술정보통신부장관 변 론 종 결2026. 6. 10. 판 결 선 고2026. 7. 8. 주 문 1.피고가 20xx. xx. xx. 원고에게 한 5년의 국가연구개발사업 참여제한처분을 취소한 다. 2.소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다. 이 유 1. 처분의 경위 가. 원고는 19xx년부터 **** 수의과대학 수의학과 교수로 재직하면서 복제견 연 - 2 - 구 등 다수 연구과제의 연구책임자로 활동하여 오던 중 20xx. x. xx.경 직위해제된 사 람이다. 나. 피고는 20xx년부터 국가연구개발사업인 ‘바이오ᆞ의료기술개발사업(차세대응용오 믹스)’(이하 ‘이 사건 연구개발사업’이라 한다)을 추진한 중앙행정기관의 장이고, B대학 교 산학협력단은 20xx. x. x.경부터 이 사건 연구개발사업의 연구개발과제인 ‘인간 유 전질환 및 면역결핍질환 돼지모델의 생산과 바이오마커 개발’(이하 ‘이 사건 과제’라 한 다)을 주관하여 수행한 기관이다. 원고는 20xx. x. xx.경부터 이 사건 과제의 세부과제인 ‘인간 신장유전질환 및 무감 마글로불린혈증 모델 유전자 결손 돼지의 개발’의 연구책임자로서 이 사건 연구개발사 업에 참여하였다. 다. 피고는 원고가 20xx. x.부터 20xx. xx.까지 총 16차례에 걸쳐 C 국적의 학생연구 원 ○○○○ D(비실명화로 생략, 이하 ‘D’이라 한다)에게 지급된 학생인건비 합계 24,122,760원 중 14,270,000원(이하 ‘이 사건 금원’이라 한다)을 회수하여 사용용도 외 의 용도로 사용하였다는 이유로, 20xx. xx. xx. 원고에게 구 과학기술기본법(2020. 6. 9. 법률 제17343호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조의2 제1항 제5호에 따라 5년의 국가연구개발사업 참여제한 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 7, 26호증, 을 제1, 2, 16 내지 20호증(가지 번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 관계 법령 별지 기재와 같다. 3. 이 사건 처분의 적법 여부 - 3 - 가. 원고의 주장 1) 이 사건 금원 중 200만 원(= 20xx. x. xx. 자 100만 원 + 20xx. x. xx. 자 100만 원)은 원고가 D에게 비자 발급을 위하여 빌려준 350만 원 중 일부를 변제받은 것에 불과하고, 나머지 금원은 돼지 난소 채취 및 운반 업무를 수행할 아르바이트생 인건비 로 사용된 것이므로, 원고가 연구개발비를 사용용도 외의 용도로 사용하였다고 볼 수 없다. 2) 설령 원고가 연구개발비를 사용용도 외의 용도로 사용하였다고 하더라도, 이 사건 처분은 지나치게 무거워 재량권을 일탈ᆞ남용하였다. 나. 판단 1) 처분사유 부존재 주장에 관한 판단 앞서 든 증거, 갑 제4, 5, 9, 14, 20 내지 24, 27, 28호증의 각 기재 및 변론 전 체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 금 원을 사용용도 외의 용도로 사용하였다는 이 사건 처분의 처분사유는 인정된다고 봄이 타당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 가) 먼저 이 사건 금원 중 200만 원(= 20xx. x. xx. 자 100만 원 + 20xx. x. xx. 자 100만 원)의 경우 원고가 D에게 비자 발급을 위하여 빌려준 돈을 변제받은 것에 불과하다는 주장은, 20xx. x. xx. 제재조치평가단의 심의 결과에 대한 이의신청 단계에 서 ‘D가 변제한 금액은 200만 원(= 100만 원/회 × 2회)이 아니라 190만 원(= 95만 원/ 회 × 2회)으로 보아야 하고, 학생인건비 회수금액 산정 시 이미 반영되었다’는 이유로 배척된 바 있고, 20xx. x. xx. **** 산학협력단을 피해자로 하는 사기 사건(서울중 앙지방법원 2020고단xxxx호)의 제1심판결에서 ‘대여금의 변제라고 볼 만한 객관적인 - 4 - 자료가 없을 뿐만 아니라, 원고의 진술이 일관되지도 않다’는 이유로 배척된 바 있다. 원고는, D가 20xx. xx. xx. 작성한 이메일(갑 제22호증의 1)에 ‘원고가 비자 발급 을 위하여 350만 원을 빌려주었고, D가 4차례에 걸쳐 현금으로 갚았다’고 기재되어 있 다는 점을 강조하나, 위 이메일에 의하더라도 D는 변제일이 언제인지 기억하고 있지 않다는 것이므로, 원고가 주장하는 200만 원(= 20xx. x. xx. 자 100만 원 + 20xx. x. xx. 자 100만 원)의 회수가 대여금 변제를 위한 것임을 뒷받침하는 증거라고 단정하기 어렵다. 나아가 설령 원고가 주장하는 200만 원(= 20xx. x. xx. 자 100만 원 + 20xx. x. xx. 자 100만 원)의 회수가 대여금 변제를 위한 것이라고 보더라도, 구 과학기술기본법 상 국가연구개발사업 참여제한 처분에 있어 용도 외로 사용된 학생인건비의 액수는 처 분양정을 정하기 위한 전제가 되는 사실에 불과하므로, 나머지 금원이 사용용도 외의 용도로 사용되었다고 인정되는 이상 처분사유가 부존재한다고 볼 수 없다. 나) 나머지 금원의 경우 원고가 당초 돼지 난소 채취 및 운반 업무를 수행할 아 르바이트생을 연구원으로 등록하려고 하였으나, **** 산학협력단으로부터 최저임금 기준에 미달하여 불가능하다는 답변을 듣고, D의 학생인건비를 과다 청구한 뒤 그 차 액을 회수하여 아르바이트생 인건비로 사용한 것으로 보이기는 한다. 그러나 중앙행정기관이 지급하는 연구개발비의 비목별 사용 용도를 정하고 있는 구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(2019. 3. 19. 대통령령 제29625호로 개정 되기 전의 것, 이하 ‘이 사건 규정’이라 한다) 제12조 제5항 [별표 2]는 ‘비고’ 제2호에 서 ‘대학, 특정연구기관 및 학연협동 석사ᆞ박사 과정을 운영하는 정부출연연구기관의 학생연구원에게 지급되는 학생인건비는 공동관리해서는 안 된다’고 규정하고 있으므로, - 5 - 원고가 D에게 지급된 학생인건비 중 일부를 회수하여 공동으로 관리 또는 사용한 이 상 ‘사용용도 외의 용도로 사용’하였다고 볼 수밖에 없다. 다) 비록 이 사건 규정 제12조의3 제1항이 ‘피고가 대학, 학연협동 석사ᆞ박사과 정을 운영하는 정부출연연구기관 및 석사ᆞ박사과정을 운영하는 특정연구기관 중에서 연구비 관리체계 평가 결과 등 피고가 별도로 정하는 기준을 충족하는 기관을 지정하 여 직접비 중 학생인건비를 연구관리 부서에서 연구기관 또는 연구책임자 단위로 통합 하여 관리(이하 ’학생인건비 통합관리‘라 한다)하도록 할 수 있다’고 정하고 있기는 하 나, D에게 지급된 학생인건비가 학생인건비 통합관리 대상에 해당한다고 보이지는 않 는다. 2) 재량권 일탈ᆞ남용 주장에 관한 판단 가) 관련 법리 (1) 구 과학기술기본법 제11조의2는 중앙행정기관의 장은 소관 국가연구개발 사업에 참여한 연구책임자가 연구개발비를 사용용도 외의 용도로 사용한 경우 5년의 범위에서 소관 국가연구개발사업의 참여를 제한할 수 있고(제1항 제5호), 그 참여제한 기간 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하였다(제9항). 그 위임을 받은 이 사건 규정 제27조 제1항 [별표 4의2] 제2호 나목 2) 라)(이 하 ‘이 사건 별표’라 한다)는 학생인건비를 용도 외로 사용한 경우의 국가연구개발사업 참여제한기간을 위반횟수에 따라 1회 ‘5년’, 2회 ‘7년 6개월’, 3회 이상 ‘10년’으로 정하 고 있다. 이 사건 별표가 법규명령이기는 하나, 모법의 위임규정의 내용과 취지 및 헌 법상의 과잉금지의 원칙과 평등의 원칙 등에 비추어 보면, 학생인건비를 용도 외로 사 - 6 - 용한 경우에도 그 규모나 기간, 사회적 비난 정도, 행위자의 개인적 사정 및 위반행위 로 얻은 이익의 규모 등 여러 요소를 종합적으로 고려하여 구체적인 사안에 따라 적정 한 참여제한기간을 정하여야 할 것이다. 따라서 이 사건 별표에서 정한 참여제한기간 은 확정적인 것이 아니라 상한이라고 보는 것이 타당하다(대법원 2021. 11. 11. 선고 2021두45909 판결 등 참조). 나) 구체적 판단 (1) 구 과학기술기본법에 따른 국가연구개발사업 참여제한 처분은 자칫 과학 기술발전을 위한 기반을 조성하여 과학기술을 혁신하고 국가경쟁력을 강화하고자 하는 같은 법의 입법 목적을 저해하는 결과를 초래할 우려가 있으므로, 참여제한 여부 및 그 기간 등을 정함에 있어서 행정청의 신중한 판단이 요구된다. (2) 앞서 든 증거, 갑 제17호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 처분을 통해 달성하려는 공익은 불명 확하거나 그다지 크다고 보이지 않는 반면 이 사건 처분으로 인하여 원고가 입게 될 불이익(5년의 국가연구개발사업 참여제한)은 상당히 크다고 판단되므로, 이 사건 처분 에는 재량권을 일탈ᆞ남용한 위법이 있다. ① D는 우수 외국인 대학원생 장학 프로그램(비실명화로 생략, ○○○○)으로 등록금 전액과 생활비를 지원받고 있었다. 원고는 당초 돼지 난소 채취 및 운반 업무 를 수행할 아르바이트생을 연구원으로 등록하려고 하였으나, **** 산학협력단으로 부터 최저임금 기준에 미달하여 불가능하다는 답변을 듣고, D의 학생인건비를 과다 청 구한 뒤 그 차액을 회수하여 공동으로 관리 또는 사용한 것이지, 기존에 지급된 학생 인건비를 회수하여 공동으로 관리 또는 사용한 것이 아니다. - 7 - ② 이 사건 금원은 대부분 돼지 난소 채취 및 운반 업무를 수행할 아르바이트 생 인건비로 사용된 것으로 보일 뿐이고, 원고가 이 사건 금원을 연구와 무관한 사적 인 용도로 유용하였다고 볼 만한 사정은 확인되지 않는다. D가 이 사건 금원의 용도 외 사용에 관하여 이의를 제기한 적도 없는 것으로 보인다. ③ 피고는 20xx. xx. xx. 이 사건 금원의 용도 외 사용과 관련하여 **** 산 학협력단에게 구 과학기술기본법 제11조의2 제1항 제5호, 제7항에 따라 총 21,405,000 원(= 용도 외 사용액 14,270,000원 + 제재부가금 7,135,000원)의 사업비 환수 및 제재 부가금 부과처분을 하였는데, 원고는 20xx. x. xx. **** 산학협력단을 피공탁자로 하여 위 21,405,000원을 전부 공탁한 바 있다. (3) 따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다. 4. 결론 그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한 다. - 8 - 별지 관계 법령 ▣ 구 과학기술기본법(2020. 6. 9. 법률 제17343호로 개정되기 전의 것) 제11조의2(국가연구개발사업에 대한 참여제한 등) ① 중앙행정기관의 장은 소관 국가연구개발사업에 참여한 기관, 단체, 기업, 연구책임자ᆞ연구 원 또는 소속 임직원에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 5년(과거에 이미 동일 한 참여제한 사유로 다른 국가연구개발사업 과제에서 참여를 제한받은 자에 대하여는 10 년)의 범위에서 소관 국가연구개발사업의 참여를 제한할 수 있으며, 이미 출연하거나 보조 한 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있다. (단서 생략) 5. 연구개발비를 사용용도 외의 용도로 사용한 경우 ② 중앙행정기관의 장은 다음 각 호의 경우에는 이를 각각 관계 중앙행정기관 및 관련 기관에 통보하고, 국가과학기술종합정보시스템에 해당 사항을 등록ᆞ관리하여야 한다. 1. 제1항에 따라 국가연구개발사업의 참여를 제한한 경우 ③ 제2항제1호의 경우에 해당하여 참여제한 사항을 통보받은 관계 중앙행정기관의 장은 참여 제한 조치를 받은 자에 대하여 국가연구개발사업에 대한 참여를 제한하여야 한다. ⑦ 중앙행정기관의 장은 제1항제5호에 해당하는 행위가 있을 때에는 해당 기관, 단체, 기업, 연 구책임자ᆞ연구원 또는 소속 임직원에 대하여 사용용도 외의 용도로 사용한 금액의 5배 이 내의 범위에서 제재부가금을 부과ᆞ징수할 수 있다. ⑨ 제1항 본문에 따른 참여제한 사유별 참여제한기간과 사업비 환수액에 대한 구체적인 기준, 제1항 단서에 따른 연구개발을 성실하게 수행한 사실의 인정, 참여제한기간 및 사업비 환수 액의 감면 등에 관한 기준, 제7항에 따라 제재부가금을 부과하는 위반행위의 종류ᆞ정도 등 에 따른 제재부가금의 금액 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. ▣ 구 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정(2019. 3. 19. 대통령령 제29625호로 개정되기 - 9 - 전의 것) 제12조(연구개발비의 지급) ① 중앙행정기관의 장은 연구개발비의 전부 또는 일부를 출연할 수 있다. ⑤ 연구개발비의 비목은 직접비 및 간접비(연구개발과제 수행기관이 연구개발과제를 수행하는 데에 공통적으로 들지만 개별 연구개발과제에서 직접 산출할 수 없는 비용을 말한다. 이하 같다)로 구성하며, 각 비목별 계상기준은 별표 2와 같다. 다만, 국제공동연구의 경우 중앙행 정기관의 장은 협약으로 정하는 바에 따라 해당 연구에 참여하는 외국 정부 또는 기관의 연구개발비 계상기준을 고려하여 별도의 비목별 계상기준을 적용할 수 있다. 제27조(참여제한 기간 및 사업비 환수 기준) ① 법 제11조의2제1항에 따른 참여제한 기간은 별표 4의2와 같다. [별표 2] 연구개발비 비목별 계상기준(제12조제5항 관련) 비 목 세 목 사용 용도계상기준 직 접 비 학 생 인 건 비 1. 해당 연구개발과제에 참여하는 소 속 학생연구원(「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행 령」 제2조제3호에 따른 박사후연 구원을 포함한다)에게 지급하는 인 건비 2. 「특정연구기관 육성법 시행령」 제3 조제4호부터 제11호까지의 연구기 관 및 정부출연연구소(이하 "출연연 구기관등"이라 한다)와 대학이 협약 을 체결하여 운영하는 학·연 협동과 정을 통하여 해당 연구개발과제에 참여하는 학생연구원에게 지급하는 인건비 3. 출연연구기관등에서 실시하는 6개 1. 해당 연구개발과제별로 투입되는 인원 총량을 기준으로 계상한다. 2. 참여율 100퍼센트를 기준으로 과학기술 정보통신부장관이 정한 금액을 해당 과 제 참여율에 따라 계상한다. 이 경우 연 구개발과제 참여율은 정규수업에 지장을 주지 않는 범위에서 계상한다. - 10 - 비고 2. 대학, 특정연구기관(해당하는 기관만 해당한다) 및 학연협동 석사·박사 과정을 운영하는 정부 출연연구기관의 학생연구원에게 지급되는 학생인건비는 공동관리해서는 안 된다. [별표 4의2] 끝. 국가연구개발사업의 참여제한 기간(제27조제1항 관련) 1. 적용기준 라. 제2호나목2)의 경우 중앙행정기관의 장이 사용용도 외의 사용 사실을 적발하였을 때 해당 금액이 연구개발비 계정에 이미 회복된 경우에는 해당 횟수에 따른 참여 제한 기간을 1년 이상 줄일 수 있다. 2. 참여제한 기간 나. 법 제11조의2제1항제2호ᆞ제5호 및 제7호에 따른 참여제한 사유에 대한 참여제한 기간 참여제한 사유근거법조문1회2회3회 이상 2) 연구개발비를 사 용용도 외의 용 도로 사용한 경 우 가) 사용용도 외 사용 금액이 해당 연도 연구개발비의 20퍼센트 이하인 경우 법 제11조의2 제1항제5호 3년 이내 3년 초과 4년 6개월 이내 4년 6개월 초과 6년 이내 나) 사용용도 외 사용 금액이 해당 연도 연구개발비의 20퍼센트 초과 30퍼센트 이하인 경우 4년 이내 4년 초과 6년 이내 6년 초과 8년 이내 다) 사용용도 외 사용 금액이 해당 연도 연구개발비의 30퍼센트 초과인 경우 5년 이내 5년 초과 7년 6개월 이내 7년 6개월 초과 10년 이내 라) 가)부터 다)까지의 규정에도 불 구하고 사용용도 외 사용금액 에 학생인건비가 포함된 경우 5년7년 6개월10년 월 이상의 연수프로그램을 통하여 해당 연구개발과제에 참여하는 학 생연구원에게 지급하는 인건비