축산용 기자재 공급에 영세율 적용 여부 다툼

- 1 - 대구지방법원 행정부 판결 사 건2012구합2889 부가가치세부과처분취소 원 고원고 **** 대표이사 소송대리인 변호사 피 고**** 소송수행자 변 론 종 결2013. 3. 8. 판 결 선 고2013. 4. 19. 주문 1. 피고가 2010. 12. 1. 원고에 대하여 한 부가가치세 2006년 1기분 39,174,720원, 2006년 2기분 74,450,880원, 2008년 2기분 49,896,960원, 2009년 1기분 14,958,360 원, 2009년 2기분 184,481,650원의 각 부과처분과 2007년 2기분 41,087,926원의 부 과처분 중 13,092,000원, 2008년 1기분 105,678,567원의 부과처분 중 11,258,431원 을 각 초과하는 부분을 취소한다. - 2 - 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 피고가 2010. 12. 1. 원고에 대하여 한 부가가치세 2006년 1기분 39,174,720원, 2006 년 2기분 74,450,880원, 2007년 2기분 41,087,926원, 2008년 1기분 부가가치세 105,678,567원, 2008년 2기분 부가가치세 49,896,960원, 2009년 1기분 14,958,360원, 2009년 2기분 184,481,650원의 각 부과처분을 취소한다. 이유 1. 처분의경위 가. 원고는 2006. 3. 23. 축산기구 제조.판매업, 축사 및 농사용 창고 건축업 등을 사업목적으로 설립되어 축사신축 및 축산기구판매를 해오다가 2011. 9. 15. 폐업을 하 였다. 나. 원고는 2006년 1기부터 2009년 2기까지 별지 목록 기재와 같이 축산업자에게 축 산용 기자재 합계 4,164,549,396원, 축사 설치공사 합계 2,678,069,523원 상당을 공급하 였고, 전자에 대해서는 영세율 적용 세금계산서를, 후자에 대해서는 일반세율 적용 세금 계산서를 각 발행 1) 하였으며, 피고에게도 같은 내용으로 부가가치세 신고를 하였다. 다. 피고는 2010. 12. 1. 원고가 축산업자 등에게 공급한 축산용 기자재가 구 조세특 례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 일부개정되기 전의 것) 제105조 제5호 라목 1) 다만 2007년 2기분과 2008년 1기분에 일부 매출누락, 세금계산서 미교부 사실이 있음 - 3 - 소정의 축산용 기자재에 해당하지 않고 주된 거래인 축사신축 용역의 공급에 필수적으 로 부수되는 재화라는 이유로 영세율의 적용을 배제하고 일부 매출누락액을 포함하여 부가가치세 2006년 1기분 39,174,720원, 2006년 2기분 74,450,880원, 2007년 2기분 53,727,676원, 2008년 1기분 142,530,560원, 2008년 2기분 96,430,080원, 2009년 1기분 14,958,360원, 2009년 2기분 184,481,650원의 각 부과처분(이하 ‘당초 처분’이라 한다) 을 하였다. 라. 이에 불복하여 원고는 2011. 3. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원 은 2012. 4. 8. 원고가 공급한 축사건설용역 중 분뇨저장탱크의 시공 부분에 대하여는 영세율을 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고 나머지 청구는 기각한다는 내용의 결정을 하였다. 마. 피고는 2012. 7. 30. 조세심판원 결정의 취지에 따라 부가가치세 2007년 2기분 12,639,750원, 2008년 1기분 36,851,993원, 2008년 2기분 46,533,120원을 감액경정하였 다(이하 당초 처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 3호증, 을 2, 4, 6, 7, 호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이사건처분의적법여부 가. 당사자들의 주장 1) 원고의 주장 원고는 축산업자에게 양돈케이지, 축산급이기, 자동급수기 등의 재화를 공급하였는 데, 이는 조세제한특례법 제105조 제1항 제5호 라목 소정의 축산 인력의 부족을 보완 하고 축산업의 생산성 향상에 기여할 수 있는 축산업용 기자재에 해당하여 영세율이 - 4 - 적용되어야 하므로, 이와 달리 영세율 적용대상이 아님을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다. 2) 피고의 주장 원고는 축사건축업자로서 축사 신축공사와 양돈케이지, 축산급이기, 자동급수기 등 축산업용 기자재의 공급.설치공사를 함께 계약·시공하였는데, 위 축산업용 기자재 공 급은 원고의 주된 거래인 축사 건설용역에 필수적으로 부수되는 재화의 공급에 해당하 므로 부가가치세법 제1조 제4항 및 같은 법 시행령 제3조에 따라 주된 거래인 건설용 역의 공급에 포함된다. 따라서 원고가 공급한 축산업용 기자재에 대하여 영세율을 적 용하지 않은 피고의 이 사건 처분은 적법하다. 나. 관계법령 별지 관계법령 기재와 같다. 다. 인정사실 1) 원고는 2006. 3.경부터 2009. 12.경까지 별지 목록 기재와 같이 축산업자인 ■ ■■, △△△, ○○○ 등에게 「부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정」 (이하 ‘특례규정’이라 한다) 제3조 제4항 [별표 2]에서 영세율 적용대상으로 규정하고 있는 축산급이기, 자동급수기, 양돈케이지, 축산분뇨제거기, 축산분뇨저장탱크를 공급하 였고, 그와 함께 축사 신축용역도 공급하였다. 2) 원고는 ■■■ 등과 축산용 기자재의 공급과 축사 신축에 관한 공사계약을 체 결하면서 대부분 하나의 공사계약서를 작성하였으나, 계약서상 공사금액을 축산용 기 자재 판매대금과 축사신축 공사비로 나누거나 별도로 상세한 견적서를 첨부하여 양자 의 공사금액과 작업내용을 명확하게 구분하였고, 이에 따라 영세율 적용 세금계산서와 - 5 - 공급받는자계약일자 전체지급금액(원) (계약금액) 축사용기자재대금(원)축산신축공사비(원) ■■■2006.3.24. 555,000,000 (555,000,000) 305,000,000250,000,000 △△△ (국민축산) 2006.5.11. 74,272,727 (78,272,727) 57,000,00017,272,727 △△△ (국민축산) 2009.4.15. 612,183,000 (619,576,000) 434,013,000178,170,000 ○○○ (동산농장) 2006.7.5. 906,000,000 (850,000,000) 456,000,000450,000,000 복돼지농장2007.7.2. 666,462,000 (678,500,000) 451,462,000215,000,000 산수골농장2008.5.10. 975,909,091 (975,909,091) 458,000,000517,909,091 산수골농장2008.9.1. 433,636,364 (433,636,364) 270,000,000433,636,364 목운축산2008.5.15. 300,000,000 (300,000,000) 200,000,000100,000,000 신림농장2009.4.4. 455,735,273 (455,735,273) 222,088,000233,647,273 문경양돈2009.7.3. 212,066,600 (212,066,600) 190,126,60021,940,000 문경양돈2009.8.31. 798,143,068 (627,340,593) 652,649,000145,494,068 ▽▽▽2008.6.25. 853,210,796 (853,210,796) 468,210,796385,000,000 일반세율 적용 세금계산서를 나누어 발행하였으며, 피고에게도 그와 같은 내용으로 부 가가치세를 신고하였다. 3) 원고가 ■■■ 등과 체결한 각 공사계약서상 공사금액 또는 실제 지급대금 2) 에 서 축산용 기자재 판매대금이 차지하는 비율은 대부분의 경우 아래에서 보는 바와 같 이 축사신축 공사비보다 높았다. 4) 한편 원고로부터 축산용 기자재 및 축사신축 용역을 공급받은 신림농장은 논산 시청에 보조금 지급을 신청하였는데, 논산시청에서는 자동급수기, 축산급이기 등 축산 용 기자재에 대하여는 영세율을 적용하고, 축사신축에 대하여는 일반세율을 적용하여 산정한 축사시설 현대화사업 검정 및 정산서(갑 9호증)을 작성한 후 사업비 2) 공사계약 체결후 실제 공사과정에서 다소의 공사비 증감이 있는 경우, 공사계약금액과 실제 지급금액 사이에 약 간의 차이가 발생한 것으로 보임 - 6 - 479,100,000원 중 보조금(30%) 143,619,000원, 융자(50%) 239,365,000원을 집행하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 9호증, 갑 10호증의 1 내지 42, 갑 12호증의 1 내지 5, 을 3호증의 1 내지 10의 각 기재, 변론 전체의 취지 라. 판단 1) 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제5호 라목에서는 축산 인력의 부족을 보완 하여 축산업의 생산성 향상에 기여할 수 있는 축산업용 기자재로서 대통령령으로 정하 는 것을 공급하는 경우에는 영세율을 적용한다고 규정하고, 특례규정 제3조 제4항 [별 표 2]에서는 ‘축산급이기, 자동급수기, 양돈케이지, 축산분뇨제거기, 축산분뇨저장탱크’ 를 영세율이 적용되는 축산업용 기자재로 규정하고 있다. 한편 부가가치세법 제1조 제 4항은 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다고 규정하고, 같은 법 시행령 제3조 제2호 는 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화를 법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 용역의 공급에 포함되 는 재화의 하나로 규정하고 있다. 2) 살피건대, 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고가 ■■■ 등에게 공급하고 영세율 적용 세금계산서를 발행한 자동급수기, 양돈케이지 등 은 축산 인력의 부족을 보완하고 축산업의 생산성 향상에 기여할 수 있는 축산용 기자 재임이 분명하고, 특례규정 제3조 제4항 [별표 2]에서 영세율이 적용되는 축산용 기자 재로 명확하게 규정하고 있는 점, ② 원고는 하나의 공사계약서를 작성하였으나 계약 서상 공사금액을 축산용 기자재 대금과 축사신축 공사비로 구분하거나 별도의 상세한 견적서를 첨부하여 양자를 분명하게 구분한 점, ③ 또한 원고는 위와 같이 구분한 대 - 7 - 로 영세율과 일반세율 세금계산서를 나누어 발행하였고, 그 내용대로 피고에게 부가가 치세 신고를 한 점, ④ 축산업자는 축사만을 신축할 수 있고, 반대로 축산용 기자재만 을 구입하여 기존 축사에 설치할 수도 있으며, 축사에 어떤 축산용 기자재를 설치할 것인지도 그 목적이나 상황에 따라 상이할 것인 점, ⑤ 축산용 기자재 판매업만을 하 는 경우와 축산용 기자재 판매업 및 건설업을 함께 하는 경우를 구분하여 달리 취급할 이유가 없는 점, ⑥ 원고가 축산용 기자재와 축사 신축을 함께 공급한 사례에서 전자 의 대금이 후자의 대금보다 대부분 더 많았던 점, ⑦ 피고 스스로도 원고가 공급한 축 산용 기자재 중 분뇨저장탱크에 대하여는 영세율 적용을 인정하였는바, 분뇨제거기, 축 산급이기 등 나머지 축산용 기자재와 분뇨저장탱크 사이에 영세율 적용을 달리할 만한 본질적인 차이가 있다고 보기 어려운 점, ⑧ 축사시설 현대화사업에 따른 보조금을 집 행하는 행정기관에서도 축산용 기자재의 경우에는 영세율을 적용하여 사업비를 산정하 고 있는 점, ⑨ 축산용 기자재에 대한 영세율 적용을 부정한다면 축산업자가 부가가치 세를 추가적으로 부담해야 하는바, 이는 농민에게 공급하는 농축산용 기자재 거래를 특별히 보호하고자 하는 국가의 정책목적 및 구 조세특례제한법의 입법취지에도 반하 는 점 등에 비추어 보면, 원고가 ■■■ 등에게 공급한 축산용 기자재에 대하여는 부 가가치세 영세율이 적용되어야 하고, 축산용 기자재의 공급이 축사 신축에 필수적으로 부수되는 재화라고 볼 수도 없다. 3) 위와 같은 판단에 따라 원고가 공급한 축산용 기자재에 영세율을 적용하면, 이 사건 처분 중 2006년 1기분 39,174,720원, 2006년 2기분 74,450,880원, 2008년 2기분 49,896,960원, 2009년 1기분 14,958,360원, 2009년 2기분 184,481,650원은 전부 위법하 고, 2007년 2기분 41,087,926원 중 13,092,000원을 초과하는 부분과 2008년 1기분 - 8 - 105,678,567원 중 11,258,431원을 초과하는 부분은 위법하다. 3. 결론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 재판장 판사권순형 판사최선재 판사문중흠 - 9 - 계약 일자 공급 받는 자 과세기간 계약금액(부가가치세 제외 금액) 영세율 적용 재화일반세율 적용 용역 실제 지급액 명칭금액명칭금액 2006. 3.24. ■■■ 2006 1기 555,000,000 자동급수기35,000,000축사250,000,000 555,000,000 양돈케이지141,600,000　　 2007 2기 분뇨저장조)128,400,000　 2006. 5.11. 국민축산 (△△△) 2006 1기 78,272,727 양돈케이지 급이기 57,000,000축사17,272,72774,272,727 2009. 4.15. 국민축산 (△△△) 　 2009 2기 　 619,576,000 양돈케이지326,232,000축사58,790,000 612,183,000 양돈케이지 107,781,000축사63,850,000 　　축사55,530,000 2006. 7.5. 동산농장 (○○○) 　 2006 2기 　 850,000,000 양돈케이지180,000,000축사130,000,000 906,000,000 양돈케이지276,000,000축사220,000,000 　　축사100,000,000 2007. 7.2. 복돼지 농장 2007 2기 678,500,000 분뇨저장조81,920,000축사80,000,000 666,462,000 분뇨제거기108,800,000축사50,000,000 2008 1기 케이지,급이기 (매출누락) 260,742,000　축사　85,000,000　 2008. 5.10. 산수골 농장 2008 1기 975,909,091 분뇨제거기140,000,000　　 975,909,091 분뇨저장조100,000,000　　 2008 2기 분뇨제거기, 분뇨저장조 118,000,000축사109,090,909 분뇨저장조100,000,000축사237,000,000 　　축사171,818,182 2008. 9.1. 산수골 농장 2008 2기 433,636,364 자동급수기270,000,000축사163,636,364433,636,364 2008. 5.15. 목운축산 2008 2기 300,000,000 양돈케이지 급이기 68,000,000축사100,000,000 300,000,000 분뇨저장조132,000,000　　 2009. 4.4. 신림농장 2009 1기 455,735,273 양돈케이지111,000,000축사21,000,000 455,735,273 2009급이기34,886,000축사212,647,273 목록 - 10 - 2기 자동급수기 양돈케이지76,202,000　　 2009. 7.3. 문경양돈 2009 2기 212,066,600 양돈케이지 자동급수기 190,126,600축사21,940,000212,066,600 2009. 8.31. 문경양돈 2009 2기 627,340,593 양돈케이지60,000,000축사72,727,272 798,143,068 양돈케이지80,000,000축사72,766,796 급이기 분뇨저장조 350,000,000　　 양돈케이지162,649,000　　 2008. 6.25. ▽▽▽ 　 2008 1기 853,210,796 자동급수기21,000,000축사105,000,000 853,210,796 축산분뇨 발효건조기 52,800,000 양돈케이지138,000,000축사150,000,000 분뇨제거기 분뇨저장조 240,000,000축사130,000,000 급이기 (매출누락) 16,410,796　　 계약금액 합계6,639,247,444 총 계　4,164,549,396　2,678,069,523 6,842,618,919 - 11 - [별표 2] 영세율이 적용되는 축산업용 기자재(제3조제4항관련) 3. 축산급이기 6. 자동급수기 10. 양돈케이지 37. 축산분뇨제거기 45. 축산분뇨저장탱크 관계법령 ■ 부가가치세법 제1조(과세대상) ④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수(附隨)되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화 의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다. ■ 부가가치세법 시행령 제3조(부수재화 또는 용역의 범위) 법 제1조제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. 2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으 로 인정되는 재화 또는 용역 ■ 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 일부개정되기 전의 것) 제105조(부가가치세 영세율의 적용) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으 로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2012년 12월 31일까지 공 급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2011년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다. 5. 대통령령으로 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(「농업협동조합법」, 「엽연초생산협 동조합법」 또는 「산림조합법」에 따라 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용·축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 라. 축산 인력의 부족을 보완하고 축산업의 생산성 향상에 기여할 수 있는 축산업용 기자재로서 대 통령령으로 정하는 것 ■ 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 제3조(영세율 적용대상 농·축산·임·어업용기자재의 범위) ④ 법 제105조제1항제5호 라목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 별표 2의 축산업용 기자재를 말한다.