대도시 공장을 지방으로 옮기면서 구공장 부지와 건물을 양도하고 법인세·특별부가세 감면을 신청한 회사가, 감면세액이 줄어든 부과처분에 불복함

【심급】 1심 【세목】 기타 【주문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 공장부지 및 건물의 양도 (1) 원고는 직물류, 섬유제품의 제조 및 판매업을 사업의 목적으로 하여 1974. 12. 27. 설립된 회사로서, ****외 35필지 합계 16,815㎡의 토지 위에 연건평 6,642.25㎡의 공장 및 창고, 사무실 등의 건물을 지어 1975. 1. 1.부터 자수직물 제조공장(이하 ‘구공장’이라 한다)으로 운영하다가, 1988년 경 섬유산업의 침체와 인력난에 의한 인건비 상승으로 경영난에 부딪치자 영세 제조업체를 운영하는소외 ****외 20인에게 구공장 부지 중 3,176.8㎡, 구공장 건물 중 연면적 3,176.8㎡(이하 ‘임대부지, 임대건물’이라고 한다)를 임대하여 그 때부터 4년간 위소외 ****등이 위 임대부지 및 임대건물을 사용하였고, 원고는 나머지 구공장 부지 및 건물을 사용하였다. (2) 그러던 중 원고는 섬유공업의 침체와 불황을 탈피하고자 공장을 지방으로 이전하기 위하여 1992. 7. 1. 소외 ****(이하 ‘소외 회사’라 한다)와의 사이에 구공장 부지 중 5,085㎡와 구공장 건물 중 1,816.7㎡를 소외 회사에게 매도하는 매매계약을 체결하고, 1993. 4. 12. ****소재 토지 15,270㎡를 매입하여 그 지상에 연건평 4,166.2㎡인 공장을 신축하여 이 곳으로 회사를 이전한 다음, 1993. 5. 12. 위 부지 5,085㎡와 건물 1,816.7㎡를 명도하고 소외 회사로부터 잔금을 받았고, 같은 날 구공장부지 16,815㎡ 중 위 매도하고 남은 11,730㎡(= 16,815㎡ - 5,085㎡, 이하 ‘이 사건 토지’라 한다)와 구 공장 건물 중 위 매도하고 남은 4,825.4㎡(위 구공장 건물 6,642.25㎡에서 위 1,816.7㎡를 공제하면 4,825.55㎡가 되나, 원고와 소외 회사 사이의 매매계약서에는 건물의 면적이 4,825.4㎡로 기재되어 있다)를 금 13,040,000,000원(= 토지 금 12,697,000,000원 + 건물 금 343,000,000원)에 소외 회사에 매도하고 1994. 4. 19. 이 사건 토지를 명도하고 소외 회사로부터 잔금을 받았다. 나. 부과처분 (1) 원고는 1995. 3월 경 1994 사업년도 귀속 법인세 신고를 하면서 대도시 안 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 법인세 및 특별부가세의 면제를 규정한구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정된 것) 부칙 제16조 제2항,구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라고만 한다) 제42조 제1항, 제2항,같은법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법시행령’이라 한다) 제36조,같은법시행규칙(1994. 4. 13. 재무부령 제1970호로 전문개정되기 전의 것, 이하 ‘법시행규칙’이라 한다) 제13조의 2규정에 따라 법인세 및 특별부가세를 면제받고자 이 사건 토지 11,730㎡ 및 위 건물 4,825.4㎡의 양도에 따른 양도차익에 대하여 법인세 금 4,317,191,841원(= 본세 금 2,211,968,257원 + 특별부가세 금 2,105,223,584원)의 감면신청을 하고(당시 원고는 감면세액 산정시 기준이 되는 공장입지기준면적을 산출함에 있어 위 임대건물의 면적 3,176.8㎡를 포함한 6,642.25㎡ 전부를 공장건축물 연면적으로 하였다) 별지 1 세액산출내역 “당초”란 기재와 같이 산정된 법인세 합계 금 2,236,302,113원(= 본세 금 1,338,782,031원 + 특별부가세 금 897,520,082원)을 신고납부하였다. (2) 피고는 1996. 9. 16. 원고의 구공장 중 위 임대부지 및 건물이 1988년 경부터 위 양도일까지 타에 임대되고 나머지를 원고가 고유사업에 사용하다가 위와 같이 양도하였음을 이유로 원고의 구공장 건물 전체 면적 6,642.25㎡ 중 임대건물부분 3,176.8㎡를 제외하고 제조업에 직접 사용되는 공장건물면적 3,465.45㎡에 의하여 공장입지기준면적 7,623.99㎡(= 3,465.45㎡ × 1/50% × 1.1)을 산출하고, 이 면적의 구공장 전체 토지면적 16,815㎡에 대한 비율 45.34%(= 7,623.99/16,815㎡ × 100)을 구한 다음, 법인세 본세의 경우 위 산출세액 금 3,547,549,210원 중 위 비율 45.34%에 해당하는 금 1,608,458,811원(= 금 3,547,549,210원 × 0.4534)만을, 특별부가세의 경우 위 산출세액 금 3,002,743,666원 중 위 비율에 해당하는 금 1,361,443,978원(= 금 3,002,743,666원 × 0.4534)만을 법규정에 의한 각 감면세액으로 인정하고, 별지 1 산출세액내역 “정정”란 기재와 같이 산정된 합계 금 1,634,531,070원(= 본세 금 732,177,660원 + 특별부가세 금 902,353,410원)을 증액하여 청구취지와 같이 1994 사업년도 법인세를 부과고지(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다) 하였다. [인용증거] 다툼이 없거나, 갑 제1호증호증의 1, 2, 갑 제2호증, 갑 제3호증, 갑 제5호증, 갑 제11호증의 1, 2, 갑 제19호증(을 제3호증과 같다), 갑 제20호증, 갑 제21호증, 갑 제22호증, 갑 제23호증의 1 내지 4, 갑 제24호증의 1 내지 5, 갑 제25호증의 1 내지 4, 갑 26 내지 28호증(다만, 갑 제26 내지 28호증의 각 기재 중 뒤에서 믿지 않는 부분 각 제외), 을 제1호증, 을 제2호증, 을 제4호증(을 제8호증과 같다)의 각 기재, 변론의 전취지 [배척증거] 갑 제26 내지 28호증의 각 일부 기재 2. 처분의 적법 여부 가. 당사자의 주장 피고가 이 사건 부과처분은 위 처분사유 및 관계 법령에 의하여 적법하다고 주장함에 대하여 원고는 첫째, 이 사건 부과처분의 세목은 이 사건 부동산의 양도로 인한 법인세 및 특별부가세로서 각 과세표준액과 세율이 다르므로 납세고지서에 과세객체별로 과세표준 및 세율을 분리하여 기재하여야 함에도 불구하고 이를 일괄하여 기재하였을 뿐만 아니라 세율의 기재를 누락하였으므로 이 사건 부과처분은 국세징수법 제9조, 제37조에 반하여 위법하고 둘째, 법 소정의 공장입지기준면적을 산정함에 있어 임대용 건물의 면적을 제외한다는 규정이 없으므로 피고가 공장입지기준면적 산정시 적용되는 공장건축물 연면적에 임대건물의 면적을 포함하지 아니한 것은 위법하고 가사, 공장입지기준면적 산정시 임대용 건물의 면적을 제외한다고 하더라도 원고는 구공장 건물 중 임대건물을 위 양도일 이전인 1991년 경에 모두 그 임차인으로부터 반환받아 공장건물 또는 공장시설물의 야적장으로 사용하였으므로 이를 임대용 건물로 볼 수 없으며 셋째, 비록 공장입지기준면적에 임대건물 및 무허가건물이 제외된다고 하더라도, 1992. 7. 1.에 매매계약된 구공장부지 중 5,085㎡ 지상의 허가건물면적은 1,857.9㎡이고 이 사건 토지 11,730㎡ 지상의 허가건물은 약 4,480.8㎡이어서 구공장 부지상의 허가건물면적은 약 6,638.7㎡(= 1,857.9㎡ + 약 4,480.8㎡)이고, 원고가소외 ****등 임차인들에게 임대하였다가 반환받은 허가건물면적은 1,638.6㎡이므로 구공장 부지상의 허가건물 중 원고가 직접 제조업에 사용한 건물면적은 5,000.1㎡(= 6,638.7㎡ - 1,638.6㎡)가 되고, 이에 따라 공장입지기준면적을 산정하면 11,000.22㎡(= 5,000.1㎡/0.5 × 1.1)가 되며, 이 공장입지기준면적의 구공장 부지에 대한 비율은 65.419%(= 11,000.22㎡/16,815㎡ × 100)가 되어 이 비율을 별지 1 세액산출내역의 각 산출세액에 적용하여 감면세액을 계산하면, 법인세 본세의 경우 2,302,771,217원(= 3,547,549,210원 × 0.65419), 특별부가세의 경우 1,964,364,878원(= 3,002,743,666 × 0.65419), 합계 4,267,136,095원이 되므로, 이 사건 부과처분 중 위 금 4,267,136,095원에서 피고가 감면세액으로 인정한 합계 금 2,969,902,789원(= 본세 금 1,608,458,811원 + 특별부가세 금 1,361,443,978원)을 공제하고 남은 금 1,297,233,306원 부분을 피고가 감면하지 아니한 것은 위법하다고 주장한다. 나. 관계 법령 별지 2 기재와 같다. 다. 판단 특별부가세는 법인이 토지 등을 양도함으로 인하여 발생한 양도차익에 대하여 부과되는 것이나, 이는 국세기본법 제2조 제1호에 열거된 국세의 한 종목이 아니고, 단지 법인의 청산소득 등의 경우와 마찬가지로 법인의 사업연도 소득과는 별도로 과세표준과 세액을 산정하여 법인세로서 과세될 뿐 별도의 독립한 세목이 아니므로, 피고가 납세고지서에 법인세와 특별부가세의 과세표준 등을 일괄하여 기재하였다고 하여 위법하다 할 수 없고, 피고가 법인세와 특별부가세의 세율이 달라서 납세고지서에 세율을 기재하지 아니하기는 하였으나, 원고가 법인세 신고를 하면서 법 소정의 법인세 및 특별부가세 감면신청을 하는 등으로 법인세와 특별부가세의 세율을 모두 알고 있어서 위 세율의 기재 누락으로 인하여 원고가 이 사건 부과처분에 대한 불복 여부의 결정 및 그 불복신청을 할 수 없었다고는 볼 수 없으므로 원고의 첫 번째 주장은 이유 없다. 나아가 원고의 두 번째 주장에 대하여 보건대,법 제42조 제1항 및 제2항은 대도시 안에 있는 공장의 지방으로의 이전을 촉진하는 한편 공장시설을 이전한 이후에도 계속적인 공장운영을 지속할 수 있도록 공장시설의 이전을 지원하려는데 그 입법취지가 있는 점 및 조세감면에 관한 규정은 조세형평의 원칙상 엄격히 해석하여야 한다는 점을 고려하면,법 제42조 제1항 및 제2항에서 규정하는 “대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인(또는 내국인)”이라 함은 당해 공장시설의 소유자로서 그 공장시설을 이용한 사업을 자기의 계산 아래 직접 영위한 사업자를 말하는 것으로 당해 공장시설의 소유자라 하더라도 그 공장시설의 임대인은 여기에 포함되지 아니한다고 할 것이므로(대법원 1988. 3. 8. 선고 87누745 판결 참조), 법인세 및 특별부가세 감면범위를 정함에 있어 필요한법시행규칙 제46조의 5 별표 4공장입지기준면적을 산정할 때에 적용되는 공장건축물 연면적에는 원고가 직접 자기의 사업에 사용하지 아니한 위 임대건물의 연면적은 포함되지 아니한다고 할 것이고 한편, 갑 제1호증의 2, 갑 제19호증, 갑 제22호증, 갑 제24호증의 1 내지 5, 을 제4호증의 각 기재에 의하면, 원고가 공장을 이전하고자 구공장부지 중 5,085㎡에 관하여 소외 회사와 매매계약한 날이 1992. 7. 1.이고 그 잔금을 수령한 1993. 5. 12. 이 사건 토지 및 그 지상 건물에 관하여 매매계약을 체결한 사실, 위 1992. 7. 1. 당시에도소외 ****등 임차인들이 임대건물을 사용하고 있었으며 원고가 임차인들로부터 임대부지 및 건물을 반환받은 때가 위 1992. 7. 1. 이후인 사실, 1992. 6. 21.자 항공사진에는 임대건물이 있었으나 1993. 11. 5.자 항공사진에는 임대건물이 모두 철거된 상태인 사실에 비추어 원고가 1991. 경에 임대건물 및 부지를 임차인으로부터 반환 받아 공장건물 또는 공장시설물의 야적장으로 사용하였다는 주장사실에 부합하는 갑 제26호증의 일부 기재는 믿을 수 없고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로 위 주장도 이유 없다. 원고의 마지막 주장에 대하여 살피건대, 갑 제9호증의 1 내지 7, 갑 제10호증의 1 내지 9의 각 기재만으로는 구공장 부지상의 허가건물면적이 약 6,638.7㎡라는 주장사실을 인정하기에 부족하고, 원고가소외 ****등 임차인들에게 임대하였다가 반환받은 임대건물 중 허가건물의 연면적이 1,638.6㎡이라는 주장사실에 부합하는 듯한 갑 제26호증, 갑 제27호증의 각 일부 기재(배규환의 ‘임대건물의 연면적이 3,100㎡이고 허가건물이 약 3분의 1’ 기재 부분과김복순의 ‘임대건물 중 허가건물의 연면적이 1,500㎡’ 기재 부분)은 이를 믿지 아니하며, 갑 제9호증의 6, 7, 갑 제10호증의 8, 9, 갑 제24호증의 2{항공사진판독도면(1)}, 갑 제26호증, 갑 제27호증의 각 일부 기재(위 각 믿지 않은 부분 제외)만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 오히려 원고가 구공장 부지 지상에 연면적 6,642.25㎡의 공장 및 창고, 사무실 등의 건물을 지어 사용하다가 그 중 부지 3,176.8㎡, 건물 3,176.8㎡를 위소외 ****등에게 임대한 사실은 앞서 인정한 바와 같으므로, 위 주장도 이유 없다. 3. 결론 그렇다면, 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.