종교단체가 취득세를 면제받아 산 부동산을 약 5개월 뒤 매도인 측이 지정한 사람에게 소유권 이전했다.

- 1 - 울 산 지 방 법 원 제 1행 정 부 판 결 사 건2025구합5548 취득세등부과처분취소 원 고기독교한국침례회○○○교회 대표자 담임목사 **** 피 고울산광역시 **** 소송대리인 변호사 **** 변 론 종 결2026. 5. 14. 판 결 선 고2026. 7. 2. 주 문 1. 피고가 2022. 3. 2. 원고에 대하여 한 취득세 57,649,430원, 지방교육세 1,845,520원, 농어촌특별세 4,612,140원의 각 부과처분은 무효임을 확인한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다. - 2 - 이 유 1. 처분의 경위 가. 원고는 기독교한국침례회 소속 개신교회이다. 나. 원고는 2021. 7. 7. ****으로부터 **** 대 659㎡ 및 지상 1층 66.24㎡, 2층 33.23㎡ 단독주택(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 460,000,000원에 매수(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)하고, 소유권이전등기를 마쳤 다. 원고는 같은 날 지방세특례제한법 제50조 제1항(이하 ‘이 사건 면제조항’이라 한다) 에 따라 이 사건 부동산을 원고의 수양관(어린이·중고등부·청년대학부 교육장소, 교회 내 각 소그룹 기도회나 친교모임 장소 등)으로 직접 사용하기 위하여 취득한다는 이유 로 취득세 등 감면신청을 하여 이 사건 부동산 취득에 관한 취득세 등을 면제받았다. 다. 원고는 2021. 12. 17. ****에게 이 사건 부동산을 460,000,000에 매도(이하 ‘2021. 12. 17.자 매매계약’이라 한다)하고, 2021. 12. 21. 소유권이전등기를 마쳐주었다. 라. 피고는 2022. 3. 2. 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 종교행위 목적으로 사업 에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각한 것으로 보아 원고에게 취득세 57,649,430원, 지방교육세 1,845,520원, 농어촌특별세 4,612,140원 합계 64,107,090원을 부과·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 마. 원고는 2022. 3. 22. 이 사건 처분에 관하여 이의신청을 거쳐 2022. 7. 14. 조세 심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 6. 15. 원고의 위 심판청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체 취지 - 3 - 2. 원고 주장의 요지 원고는 이 사건 부동산의 실질적 소유자인 정○구와 이 사건 매매계약을 체결한 뒤 위 매매계약을 합의해제하기로 하고, 정○구가 지정한 ****에게 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마치는 방법으로 매매계약 해제에 따른 원상회복의무를 마쳤다. 매매계약 해제에 따른 원상회복은 지방세특례제한법 제50조 제1항 단서 제3호에서 정 한 “매각·증여”에 해당하지 않으므로 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. 3. 이 사건 처분의 적법여부 가. 인정사실 앞서 인정한 증거들, 갑 제4호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같 은 사실을 인정할 수 있다. 1) 이 사건 매매계약서에는 매매대금은 별지 회의록 내용으로 정한다는 특약사항 이 기재되어 있다. 별지 회의록은 원고가 2021. 7. 4. 이 사건 매매계약과 관련하여 운 영위원회에서 한 심의내용을 기재한 것인데, 해당 운영위원회의 의사회의록에 기재된 매매조건 중 이 사건과 관련된 내용은 아래와 같다. 2) 원고와 **** 사이의 2021. 12. 21.자 매매계약서에는 특약사항으로 ‘이 사건 부동산 매매에 관련된 쌍방 합의 하에 정산금은 없다. 조건합의서와 운영위원회 회의 록을 본 매매계약에 첨부한다’는 내용이 기재되어 있다. 조건합의서 및 운영위원회 회 의록 중 이 사건과 관련된 내용은 아래와 같다. ① 기존 매도인이 수협 담보대출 실행된 금액 210,000,000원을 원고가 승계한다. 단 등기가 매수인으로 이전이 완료된 후로 한다. ② 잔금 중 192,800,000원은 원고 건물 내 26평형 6**호 오피스텔을 교환하기로 한다. ③ 잔금 중 57,200,000원은 원고 신축 준공 후 지급하기로 한다. - 4 - 3) 정○구는 2021. 12. 20. 사실확인서를 작성하였는데, 그 주요내용은 아래와 같다. [별지1] 조건합의서 원고가 기존에 추가 대출을 받았던 금액 중에 원고와 정○구가 가져간 돈과 또 원고가 대 출금 중에 갚았던 원금에 대하여는 정○구와 공사대금정산을 모두 종합하여 차후에 원고 신축공사대금에서 정산하기로 한다. [별지2] 운영위원회 의사회의록 매매조건 - 이 사건 부동산에 관하여 처음 매매를 할 당시의 합의된 조건들은 모두 무효로 한다. - 매매물건에 대해 정산할 금액은 서로 0원(없음)으로 한다(계약금, 잔금 모두 없음). - 매매물건에 대해 담보대출은 매수인이 승계를 하는 조건으로 등기이전을 하기로 한다. - 2021. 12. 16.에 작성된 조건합의서를 본 매매계약의 특약사항으로 한다. 이 사건 부동산에 대하여 원고에게 매도를 한 실질적 당사자는 정○구이다. 당시 원고 신축 공사 마감공사를 하고 있는 업체의 실질적 대표로서 신축 건물 내 오피스텔과 이 사건 부 동산을 서로 맞바꾸는 방식으로 의논을 하여 최종 협의를 하고, 원고와 서로 돈이 오고 간 사실은 전혀 없다. 실제 준공대출금액이 예상했던 것보다 적게 나와 제가 원고 측에게 다시 부동산을 원위치 시켜달라고 요청하였다. 그리고 원고와 마감공사 계약을 직접 체결한 것이 아니라 홍○종합 건설과 도급계약을 체결한 상황이었기 때문에 원고와 직접 대물을 서로 바꾸어 매매하는 것은 문제가 될 수 있겠다는 생각 하에 이 사건 부동산을 원위치로 돌려받는 것이 낫겠다 고 판단하였다. 그리하여 2021. 12. 16.자에 매매조건합의서와 2021. 12. 17.자에 매매계약서를 작성하여 이 사건 부동산을 다시 돌려받게 된 것이다. 이 사건 매매계약서의 매도인인 ****은 저와 금전적인 관계에 있던 사람이었고, 이 사건 부동산을 돌려받을 당시에는 ****의 신용상 문제가 생겨 은행 대출을 승계하는데 어려움 - 5 - 나. 관련 법령 별지 기재와 같다. 다. 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2004. 3. 12. 선고 2003두 7200 판결, 대법원 2004. 5. 27. 선고 2002두6781 판결 등 참조). 라. 판단 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 모두 종합하면, 원고가 이 사건 매매계약을 합의해제하고 원상회복의 방법으로 정○구 가 지정한 ****에게 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 한 것을 지방세특례 제한법 제50조 제1항 단서 제3호에 정한 “매각·증여”에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 를 전제로 한 이 사건 처분은 그 하자가 중대·명백하여 무효라고 봄이 상당하다. 1) 지방세특례제한법 제50조 제1항 단서는 종교단체 또는 향교가 취득세 등을 면제받은 부동산을 ‘수익사업에 사용하는 경우(제1호)’나 ‘정당한 사유 없이 그 취득일 부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우(제2호)’ 또는 ‘해 당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ᆞ증여하거나 다른 용도로 사 용하는 경우(제3호)’에 해당하는 경우에는 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다(이하 구 지방세특례제한법 제50조 제1항 단서 제3호를 ‘이 이 있었다. 그래서 어쩔 수 없이 후배의 아내인 ****의 명의만 빌려와서 이 사건 부동산 을 돌려받았다. - 6 - 사건 추징조항’이라 한다). 그런데 이 사건 면제조항의 취지는 특정인이나 특정집단이 아닌 불특정 다수인의 이익을 위하여 다중의 보편적 문화를 지원하는 차원에서 지방세 감면혜택을 부여하는 데에 있는바(대법원 2016. 2. 18. 선고 2015두40958 판결 등 참 조), 이 사건 추징조항은 2년 미만의 단기간 내에 부동산을 처분하거나 다른 용도로 사용하여 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하지 아니한 경우 이 사건 면제조항에 의하여 면제된 취득세를 추징하도록 함으로써 부동산의 시세차익을 목적으로 하는 경우나 세제상 혜택만을 활용하고 종교행위 등 사업에 사용하지 아니하 는 경우 등 악용 사례를 방지하여 이 사건 면제조항의 정책적 목적을 달성하려는 데에 그 취지가 있다고 봄이 타당하다. 2) 다음과 같은 사정들을 모두 종합하면, 원고가 ****으로부터 이 사건 부동 산을 매수하고 소유권이전등기를 마친 후 이를 다시 ****에게 매도하고 소유권이전 등기를 마쳐준 것은 정○구와 사이에 이 사건 매매계약을 합의해제하고 원상회복한 것 이라고 봄이 상당하다. ① 원고는 교회 신축공사의 하수급인으로 실질적으로 공사 업무를 수행하였던 정○구와 위 공사로 신축되는 건물 내 오피스텔 1채와 이 사건 부동산을 서로 교환하 기로 하되, 매매대금의 지급 등은 위 신축공사가 종료되어 지급하여야 하는 공사대금 이 확정되게 되면 이를 상호 정산하기로 하는 내용의 이 사건 매매계약을 체결하였다. ② 이 사건 매매계약과 2021. 12. 21.자 매매계약에 있어 이 사건 부동산에 관 한 매매대금이 모두 동일하며, 원고를 비롯한 정○구, ****, **** 사이에 매매대금 이 오고간 금융거래내역도 존재하지 않는다. 원고와 **** 사이에 작성된 2021. 12. 21.자. 계약서에는 이 사건 매매계약과 관련된 내용을 모두 무효로 하고 이 사건 부동 - 7 - 산에 관한 담보대출의 이전 등 이 사건 매매계약의 해제를 전제로 한 원상회복 방법이 기재되어 있다. ③ 이와 같은 사정에 비추어 보면, 원고의 교회 신축공사를 담당하였던 정○ 구가 예상하였던 준공대출 금액이 적게 나오게 되자 원고와 이 사건 매매계약을 합의 해제하기로 하고, 원고는 원상회복의 방법으로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기 는 정○구가 지정한 ****에게 마쳐주게 된 것이라고 봄이 상당하다. 3) 지방세특례제한법 제50조 제1항 제3호는 부동산을 취득한 후 해당 용도로 직 접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 이를 매각.증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항 제8호의2 에서는 "매각ᆞ증여"란 이 법에 따라 지방세를 감면받은 자가 해당 부동산, 차량, 선박 등을 매매, 교환, 증여 등 유상이나 무상으로 소유권을 이전하는 것을 말한다고 규정하 고 있다. 계약의 합의해제 또는 해제계약이라 함은 해제권의 유무에 불구하고 계약 당 사자 쌍방이 합의에 의하여 기존 계약의 효력을 소멸시켜 당초부터 계약이 체결되지 않았던 것과 같은 상태로 복귀시킬 것을 내용으로 하는 새로운 계약으로서(대법원 1994. 9. 13. 선고 94다17093 판결 등 참조), 합의해제의 요건과 효력은 그 합의의 내 용에 의하여 결정되는바(대법원 2001. 12. 27. 선고 2000다27794 판결 등 참조), 이 사 건 매매계약 및 2021. 12. 21.자 매매계약의 내용 등에 비추어 보면 이 사건 매매계약 의 당사자인 원고와 정○구는 이 사건 매매계약을 합의해제함으로써 당초부터 이 사건 매매계약이 체결되지 않은 것과 같은 상태로 복귀시킬 것을 상정하였다고 봄이 상당하 다. 따라서 원고가 이 사건 매매계약의 합의해제에 따라 이 사건 부동산의 소유권을 매도인인 정○구가 지정한 ****에게 원상회복하는 경우를 두고 지방세특례제한법 제 - 8 - 2조 제1항 제8호의2에서 규정한 “소유권 이전”에 해당하여, 지방세특례제한법 제50조 제1항 단서 제3호에 정한 면세액 추징사유에 해당한다고 확장해석하거나 유추해석하여 야 할 합리적인 근거가 없다. 나아가 원상회복의 형태가 소유권이전등기말소등기 형식 인지 아니면 소유권이전등기 형식인지에 따라 이를 달리 취급할 이유도 없다. 4) 나아가 원고는 이 사건 매매계약으로 시세차익 상당의 이익을 얻은 바도 없 고, 이 사건 부동산은 단기간 종교 행위를 위한 장소로 사용되다가 그대로 매도인 측 에 반환된 것으로 보이므로 이 사건 면제조항 및 이 사건 추징조항의 입법 취지를 고 려하였을 때 원고에게 면제된 취득세 등을 추징할 필요성도 낮은 것으로 판단된다. 5) 이에 대하여 피고는, 대법원 2001. 4. 10. 선고 99두6651 판결을 들어 원고가 이 사건 매매계약에 따라 이 사건 종교용지 및 지상 건물을 취득한 때에 이 사건 종교 용지 및 지상 건물의 취득에 대한 납세의무가 성립하였고 이 사건 매매계약이 해제되 었다고 하더라도 이미 성립한 납세의무에는 영향이 없다고 보아야 한다고 주장한다. 그러나 대법원 2001. 4. 10. 선고 99두6651 판결은 이 사건과 같이 지방세특례 제한법 제50조 제1항 본문에 따라 취득세 등을 감면받은 이후 단서 제3호에 따라 감 면받은 취득세 등을 징수하는 경우에 관한 것이 아니고, 법인의 비업무용 토지 취득에 관한 중과세 규정 적용에 관한 사안으로 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다. 앞서 살펴본 바와 같이 지방세특례제한법 제50조 제1항 단서 제3호에 정한 사유가 발생하 였다고 볼 만한 증거가 없으므로, 피고가 원고로부터 이미 적법하게 면제한 취득세 등 을 다시 징수 또는 추징할 수 있는 법률상 근거가 없다. 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다. 4. 결론 - 9 - 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 재판장 판사송재윤 판사이충원 판사전정우 - 10 - 별지 관계 법령 ■ 지방세특례제한법 제2조 ( 정의 ) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 8 의 2. "매각ᆞ증여"란 이 법에 따라 지방세를 감면받은 자가 해당 부동산, 차량, 선 박 등을 매매, 교환, 증여 등 유상이나 무상으로 소유권을 이전하는 것을 말 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 소유권 이전은 제외한다. 제50조 ( 종교단체 또는 향교에 대한 면제 ) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ᆞ증여하거나 다른 용 도로 사용하는 경우. 끝.