비영리내국법인이 법인지방소득세 법정신고기한 내에 신고를 하지 못하자, 이미 특별징수된 이자소득에 대해 기한 후 신고를 통해 세액을 환급해 달라고 요구한 사건.

【심급】 1심 【세목】 지방소득세 【주문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 고유목적사업이 교육사업인 비영리내국법인으로, 2021. 5. 31. 관할 세무서장인 종로세무서장에게 2020 사업연도 귀속 법인세의 과세표준 및 세액을 신고하였으나, 지방세법 제103조의23 제1항에서 정한 기한(2021. 6. 30.까지) 내에 관할 지방자치단체의 장인 피고에게 2020 사업연도 귀속 법인지방소득세의 과세표준 및 세액을 신고하지는 않았다. 나. 원고는 지방세법 제103조의29 제1항에 따라 2020 사업연도에 발생한 이자소득에 대한 법인지방소득세로 126,996,660원을 특별징수 당하였는데(이하 ‘이 사건 기납부세액’이라 한다), 2022. 8. 8. 피고에게 2020 사업연도 귀속 법인지방소득세의 과세표준 및 세액에 관한 기한 후 신고를 하면서, 구 법인세법(2022. 12. 31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항 제1호 (가)목에 따라 이자소득이 고유목적사업준비금으로 손금에 산입되었음을 이유로, 이 사건 기납부세액(126,996,660원)을 환급하여 달라고 신고하였다(이하 ‘이 사건 기한 후 신고’라 한다). 다. 원고는 2024. 1. 5. 피고에게 이 사건 기한 후 신고가 이루어졌음을 이유로 이 사건 기납부세액을 환급해달라는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 2024. 2. 29. 지방세법 제103조의32, 같은 법 시행령 제100조의22에 근거하여 ‘비영리내국법인이 과세표준 신고를 하지 않은 특별징수된 이자소득에 대해서는 기한 후 신고 등을 통하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다’는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 관계 법령 별지 기재와 같다. 3. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 1) 지방세법 제103조의32 제1항은 비영리내국법인의 이자소득으로서 특별징수된 이자소득에 대하여는 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다고 정하고 있을 뿐이고, 이 경우 과세표준 신고를 하지 않은 이자소득에 대하여 기한 후 신고를 할 수 없다고 정하고 있지 않으므로, ‘과세표준 신고를 하지 않은 이자소득에 대해서는 기한 후 신고 등을 통하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다‘고 규정한 지방세법 시행령 제100조의22 제2항은 모법의 위임이 없거나 위임의 범위를 벗어나 무효이다(이하 ’제1 주장‘이라 한다). 2) 2019. 12. 31. 개정된 지방세법 제103조의19 제1항은 법인지방소득세의 과세표준은 법인세의 과세표준과 동일한 금액으로 한다고 정하고 있으므로, 법인지방소득세에 관하여 ‘과세표준 신고를 하지 않은 이자소득에 대해서는 기한 후 신고 등을 통하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다‘고 규정한 지방세법 시행령 제100조의22 제2항은 지방세법 제103조의19 제1항에 반하여 무효이다(이하 ’제2 주장‘이라 한다). 3) 지방세법 제103조의32 제1항은 특별징수된 이자소득에 대하여 과세표준 신고를 하지 않기로 적극적으로 선택한 경우에만 적용되고 과세표준 신고를 누락한 경우에는 적용되지 않는다고 봄이 타당한데, 원고는 특별징수된 이자소득에 대하여 과세표준 신고를 누락하였을 뿐이므로, 지방세법 제103조의32, 같은 법 시행령 제100조의22가 적용되지 않고 기한 후 신고를 할 수 있다고 보아야 한다(이하 ’제3 주장‘이라 한다). 나. 판단 1) 제1, 3 주장에 관한 판단 가) 지방세법 제103조의23 제1항에 따르면, 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 당해 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 신고하여야 하는데, 지방세법 제103조의32 제1항에 따르면, 비영리내국법인은 특별징수된 이자소득에 대하여 과세표준 신고를 하지 않을 수 있고, 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 않는다. 나) 앞서 본 지방세법의 규정에 따르면, 비영리내국법인은 특별징수된 이자소득을 당해 사업연도의 소득에 포함시켜 법인지방소득세의 과세표준 신고를 하고 이미 납부한 특별징수세액을 환급받거나(합산과세방식), 특별징수된 이자소득에 관하여 지방세법 제103조의23 제1항이 정한 기한 내에 법인지방소득세의 과세표준 신고를 하지 않고 별도의 절차 없이 이미 납부한 특별징수세액으로써 법인지방소득세 납세의무의 이행을 완료할 수 있다(분리과세방식). 다) 비영리내국법인이 지방세법 제103조의23 제1항이 정한 기한 내에 법인지방소득세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우, 특별징수된 이자소득에 대하여 지방세법 제103조의32 제1항의 규정에 의한 분리과세방법을 선택한 것으로 되어 특별징수된 이자소득에 대한 법인지방소득세 과세 절차는 분리 확정된다고 할 것이고, 법정신고기한 후에 법인지방소득세의 과세표준 신고를 하였다고 하더라도 달리 볼 수 없다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2004다4218 판결 참조). 라) 그렇다면, ‘과세표준 신고를 하지 않은 이자소득에 대해서는 기한 후 신고 등을 통하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다‘고 규정한 지방세법 시행령 제100조의22 제2항은 앞서 본 법리를 주의적으로 규정한 것에 불과하므로, 위 시행령 조항이 모법의 위임이 없거나 위임의 범위를 벗어나 무효라는 제1 주장은 받아들이기 어렵다. 앞서 본 법리에 따르면, 비영리내국법인이 지방세법 제103조의23 제1항이 정한 기한 내에 법인지방소득세의 과세표준 신고를 하지 않으면 지방세법 제103조의32 제1항의 규정에 의한 분리과세방법을 선택한 것으로 되어 과세 절차가 분리 확정되는 것이고, 비영리내국법인이 과세표준 신고를 하지 않은 주관적인 이유 내지 동기에 따라 지방세법 제103조의32 제1항의 적용 여부가 달라진다고 볼 수는 없으므로, 과세표준 신고를 단순 누락한 경우에는 지방세법 제103조의32 제1항이 적용되지 않는다는 제3 주장 역시 받아들이기 어렵다. 이에 대하여 원고는, 원고가 법정 신고기한(2021. 6. 30.까지) 내에 법인지방소득세 신고를 하지 못한 데에는 불가피한 사유(담당 직원의 코로나19 바이러스 감염)가 있어 이 사건 처분이 가혹하다고 주장하나, 원고가 2021. 5. 31. 법인세를 신고하였음을 고려할 때, 갑 제7호증의 기재만으로는 원고가 2021. 6. 30.까지 법인지방소득세를 신고하지 못한 데에 불가피한 사유가 있었다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정하기 어렵다. 2) 제2 주장에 관한 판단 가) 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되면서, 종전에 법인세의 부가세 형태로 부과ㆍ징수되고 있었던 법인지방소득세가 독립세 방식으로 전환되었고, 지방세법은 구 법인세법 제62조(비영리내국법인의 이자소득에 대한 신고 특례) 제1항과 별도로 제103조의32(비영리내국법인에 대한 과세특례) 제1항의 규정을 둠으로써 특별징수된 이자소득에 대한 법인지방소득세 신고 여부에 따라 법인세와 법인지방소득세의 과세표준이 달라질 수 있음을 인정하고 있다. 나) 따라서 지방세법 시행령 제100조의22 제2항이 지방세법 제103조의19 제1항에 반하여 무효라는 제2 주장 역시 받아들이기 어렵다. 4. 결론 다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 별지 관계 법령 ▣ 구 법인세법(2022. 12. 31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것) 제13조(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. (단서 생략) 제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다. 제29조(비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(괄호 생략)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 1. 다음 각 목의 금액 가. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액 ③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. (후문 생략) 제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(괄호 생략) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제62조(비영리내국법인의 이자소득에 대한 신고 특례) ① 비영리내국법인은 제4조제3항제2호에 따른 이자소득(「소득세법」 제16조제1항제11호의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조 및 제73조의2에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다. 제73조(내국법인의 이자소득 등에 대한 원천징수) ① 내국법인(괄호 생략)에 다음 각 호의 금액을 지급하는 자(이하 이 조에서 “원천징수의무자”라 한다)는 그 지급하는 금액에 100분의 14(괄호 생략)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세(괄호 생략)를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다. (단서 생략) 1. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득의 금액(괄호 생략) ▣ 지방세기본법 제50조(경정 등의 청구) ① 이 법 또는 지방세관계법에 따른 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제51조제1항에 따른 납기 후의 과세표준 신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내[괄호 생략]에 최초신고와 수정신고를 한 지방세의 과세표준 및 세액(괄호 생략)의 결정 또는 경정을 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다. 1. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액(괄호 생략)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2. 과세표준 신고서 또는 납기 후의 과세표준 신고서에 기재된 환급세액(괄호 생략)이 「지방세법」에 따라 신고하여야 할 환급세액보다 적을 때 제51조(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 자는 지방자치단체의 장이 「지방세법」에 따라 그 지방세의 과세표준과 세액(이 법 및 「지방세법」에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전에는 납기 후의 과세표준 신고서(이하 “기한후신고서”라 한다)를 제출할 수 있다. ④ 기한후신고서의 기재사항 및 신고절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ▣ 지방세법 제103조의19(과세표준) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조에 따라 계산한 법인세의 과세표준(괄호 생략)과 동일한 금액으로 한다. 제103조의23(과세표준 및 세액의 확정신고와 납부) ① 「법인세법」 제60조에 따른 신고의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 신고하여야 한다. 제103조의29(특별징수의무) ① 「법인세법」 제73조 및 제73조의2에 따른 원천징수의무자가 내국법인으로부터 법인세를 원천징수하는 경우에는 원천징수하는 법인세(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이를 적용한 법인세)의 100분의 10에 해당하는 금액을 법인지방소득세로 특별징수하여야 한다. 제103조의32(비영리내국법인에 대한 과세특례) ① 비영리내국법인은 「법인세법」 제4조제3항제2호에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(「소득세법」 제16조제1항제11호의 비영업대금의 이익은 제외하고, 투자신탁의 이익을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제103조의29에 따라 특별징수된 이자소득에 대하여는 제103조의23에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제103조의19에 따라 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다. ② 제1항에 따른 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준 신고와 징수에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ▣ 지방세법 시행령 제100조의22(비영리내국법인의 과세표준 신고의 특례) ① 법 제103조의32제1항을 적용할 때에 비영리내국법인은 특별징수된 이자소득 중 일부에 대해서도 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. ② 법 제103조의32제1항에 따라 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대해서는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등을 통하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다. 끝.