시행사로부터 공사대금 1030억 원을 받지 못한 상태에서 484억 원을 지급받아 대여금 변제에 충당한 후, 시행사 파산으로 공사대금 전액에 대해 대손세액 공제를 청구함.

• 원고는 2013년 시행사와 도급계약을 체결하고 공사를 완료했으나, 공사대금 1030억 원을 전혀 지급받지 못했습니다.
• 2016년 원고는 시행사에 490억 원을 대여했고, 이후 시행사로부터 484억 원을 지급받아 대여금 변제에 충당했습니다.
• 2021년 시행사가 파산하자 원고는 공사대금 전액에 대해 대손세액 공제를 청구했습니다.
• 그러나 세무서는 484억 원 상당의 부가가치세 33억 원에 대해 공제를 거부했습니다.

원고(시공사)가 파산한 시행사로부터 공사대금을 회수하지 못해 부가가치세 대손세액 공제를 청구했으나, 법원은 원고가 이미 지급받은 484억 원을 대여금 변제에 충당한 것은 공사대금 회수와 무관하므로 해당 금액에 대한 부가가치세 33억 원은 공제 대상이 아니라고 판단하여 원고의 청구를 기각했습니다.

• 원고가 시행사로부터 받은 484억 원은 대여금 변제에 충당되었으므로, 이는 공사대금 채권의 회수로 볼 수 없습니다.
• 대손세액 공제는 실제로 회수하지 못한 공사대금에 대한 부가가치세를 공제해주는 제도인데, 원고는 484억 원을 이미 회수했으므로 그 부분에 대한 세액 공제는 인정될 수 없습니다.
• 원고와 시행사 사이의 변제충당 합의는 유효하며, 원고가 대여금 변제를 먼저 충당하기로 한 이상 공사대금 채권은 여전히 남아 있다고 하더라도 이미 회수한 금액에 대한 세액 공제는 부당합니다.

이 사건은 대손세액 공제를 받기 위해서는 실제로 회수하지 못한 채권에 대해서만 공제가 가능하다는 점을 확인해줍니다. 채권자가 채무자로부터 일부 금액을 받았을 때, 그 금액을 어떤 채권에 충당할지에 따라 세금 공제 여부가 달라질 수 있으므로 변제충당 순서를 신중히 정해야 합니다.