비영리법인이 수익사업 시작 전 토지 6필지를 양도하고, 이후 부동산임대업 수익사업을 시작함.

• 비영리법인인 원고는 2003년 9월에 수익사업을 하지 않은 상태에서 토지 6필지를 두 차례에 걸쳐 매도함.
• 원고는 2003년 11월에 양도소득에 대해 소득세법에 따른 과세특례를 적용해 예정신고 및 자진납부를 함.
• 2003년 12월에 원고는 부동산 임○○이라는 수익사업을 새로 시작하고 사업자등록증을 받음.
• 세무서장인 피고는 원고가 2003년 사업연도에 수익사업을 했으므로 과세특례를 적용할 수 없다며 법인세를 부과함.
• 원고는 이 처분이 잘못되었다며 취소를 요구하는 소송을 제기함.

비영리법인인 원고가 수익사업을 시작하기 전 토지를 팔아 얻은 소득에 대해 세무서장이 과세특례를 적용하지 않고 법인세를 부과한 사건이다. 쟁점은 수익사업 개시 시점과 양도소득 발생 시점 중 어느 시점을 기준으로 과세특례를 적용할지였으며, 법원은 양도 당시 수익사업을 하지 않았으면 과세특례를 적용할 수 있다고 판단해 원고의 손을 들어주었다.

• 법 조문과 시행령을 보면 과세특례는 자산 양도일이 속하는 사업연도 단위로 적용하되, 수익사업을 영위하는 비영리법인에는 적용하지 않는다고 규정되어 있음.
• 그러나 문언과 취지를 종합하면 수익사업을 하고 있는지 여부는 자산을 양도한 시점을 기준으로 판단하는 것이 자연스럽고, 이는 세무 신고 및 납부 시점과도 일치함.
• 원고는 토지를 팔 때 수익사업을 하지 않았고, 수익사업은 그 이후에 시작했으며, 수익사업을 시작한 기간에는 별도의 양도소득이 발생하지 않았음.
• 따라서 수익사업 개시 이후 발생한 양도소득이 없으면, 수익사업 개시 전 발생한 양도소득에 대해서는 과세특례를 적용할 수 있다고 봄이 타당함.
• 시행령 규정은 사업연도 내 여러 양도소득 중 일부에만 과세특례를 적용하는 것을 제한할 뿐, 사업연도 중 일부 기간만 수익사업을 한 경우 전체 양도소득에 과세특례를 배제하는 취지는 아님.
• 이런 이유로 세무서장이 과세특례를 배제하고 법인세를 부과한 처분은 잘못되었다고 판단함.

비영리법인이 수익사업을 시작하기 전에 발생한 토지 양도소득에 대해서는 과세특례를 적용할 수 있다. 수익사업을 시작한 이후에 별도의 양도소득이 없으면, 그 이전 양도소득에 대해 세무서장이 과세특례를 배제하는 것은 부당하다는 판결이다.