현대중공업이 합병 과정에서 조흥은행에 농특세분담금을 지급함.

• 1998년 말부터 1999년 중반까지 현대종금, 강원은행, 조흥은행이 순차적으로 합병 절차를 진행함.
• 강원은행이 현대종금의 농어촌특별세(농특세) 납부 의무를 승계했으나, 합병비율 산정에 이 부분이 반영되지 않음.
• 이에 현대그룹 계열사들은 농특세 부담액을 조흥은행에 지급하기로 합의하고, 2000년과 2001년에 총 542억 원가량을 지급함.
• 조흥은행은 농특세 부과처분 취소 소송에서 패소 확정되었으나, 원고는 농특세분담금을 주식 취득가액에 포함하거나 비용으로 인정받기 위해 경정청구를 했으나 거부당함.
• 원고는 이에 불복하여 소송을 제기함.

현대중공업(원고)은 합병 과정에서 조흥은행에 지급한 농특세분담금을 주식 취득가액에 포함하거나 비용으로 인정받으려 했으나, 세무서(피고)는 이를 거부했다. 쟁점은 이 농특세분담금이 합병 주식 취득가액에 포함되는지 여부였으며, 법원은 원고의 청구를 받아들여 거부 처분을 취소했다.

• 합병 당시 농특세 납부의무가 합병비율에 반영되지 않아, 현대그룹 계열사들이 농특세 상당액을 부담하기로 합의한 점을 인정함.
• 농특세분담금이 합병비율 조정을 대신해 지급된 것으로, 실질적으로 주식 취득 대가에 해당한다고 봄.
• 정부와 관련 기관도 금융 구조조정을 위해 농특세 보전을 권유한 사실을 고려함.
• 원고가 지급한 농특세분담금은 합병으로 취득한 주식의 취득가액에 포함되어야 하며, 비용으로 인정받는 것이 타당하다고 판단함.
• 이에 따라 세무서의 경정청구 거부 처분을 취소하고, 원고의 손금 산입 주장을 인정함.

합병 과정에서 발생한 농특세 부담을 합병비율에 반영하지 않고 별도로 분담금을 지급한 경우, 그 분담금은 주식 취득가액에 포함되어야 한다는 점이 법원에서 인정되었다. 이는 합병 절차의 실질과 경제적 실태를 고려한 판단이다.