공유수면 매립지 귀속 관련 부가가치세 매입세액 공제 다툼

【원 고】 강호만 【피 고】 서부산세무서장 【주 문】 피고가 1990.9.4. 원고에 대하여 한 1988년 2기분 부가가치세 금 14,043,670원, 1989년 1기분 부가가치세 금 32,250,700원, 1989년 2기분 부가가치세 금 22,912,170원의 각 부과처분과 1990년 1기분 부가가치세 신고금액 중 환급할 세액에서 금 11,285,122원을 공제한 처분은 각 이를 취소한다. 소송비용은 피고의 부담으로 한다. 【청구취지】 주문과 같다. 【이 유】 1. 원고는 미행산업이라는 상호 아래 수산물냉동공장 및 냉동창고등을 건설하여 운영할 목적으로 1984.11.23. 해운항만청장으로부터 부산 서구 암남동 산 99 지선의 공유수면 84,949.39평방이터에 대한 매립면허를 얻어 1988.10.8. 소외 삼성종합건설주식회사에게 공사대금 5,600,000,000원(부가가치세 포함)에 도급주어 그 매립공사를 시행한 사실, 원고가 1988년 2기분부터 1989년 2기분까지의 부가가치세 신고를 하면서 위 매립공사에 관련된 매입세액의 공제신고를 하여 그에 따른 공제를 받은 다음 1990년 1기분 부가가치세 신고시에도 같은 매입세액의 공제신고를 한 사실, 그런데 피고는 위 매립으로 인하여 조성되는 토지 중 접안시설 5,847.3평방미터, 빈지 798.03평방미터는 국가에, 도로용지 14,658,32평방미터는 부산직할시 각 귀속되므로 이들 토지 부분의 매립조성 비용에 관련하는 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에 의하여 공제될 수 없다고 하여 1990.9.4. 원고에게 그 부분의 매입세액에 상당하는 금액으로서 이미 공제하였던 1988년 2기분 금 14,043,670원, 1989년 1기분 금 32,250,700원, 같은 해 2기분 금 22,912,170원의 부가가치세를 각 추징 과세함과 동시에 1990년 1기분의 부가가치세 신고금액 중 환급할 세액에서 금 11,285,122원을 공제한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 2. 원고 소송대리인은,공유수면매립법 제14조에 의하면 매립면허를 받은 자는 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지를 제외한 나머지 매립지 중 그 매립에 소요되는 사업비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득하게 되어 있으므로 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 매립지의 조성비용은 매립면허를 받은 자의 소유로 되는 매립지의 취득원가에 포함된다고 하여야 할 뿐만 아니라 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 매립지의 조성 자체도 매립면허를 받은 자의 자기사업에 속한다고 할 것이고, 따라서부가가치세법 제17조 제1항 제1호에 의하여 매립면허를 받은 자는 전체 매립지의 매립비용에 대한 매입세액을 공제받게 되어 있으므로 이 사건 과세처분은 위법하다고 주장함에 대하여, 피고 소송수행자는 위 매립지 중 접안시설 등 21,303.65평방미터 부분의 매립지가 국가와 부산직할시에 귀속되는 것은 원고가 그 매립지 부분을 국가와 부산직할시에 무상으로 공급한 셈이 되므로 이는부가가치세법 제12조 제1항 제12호 및제18호와같은 법 제17조 제2항 제4호에 해당되어 그 부분의 매립조성비용에 관련한 매입세액을 공제받을 수 없다 하겠으므로 이 사건 과세처분은 적법하다고 주장한다. 그러므로 먼저 관계법규를 살피건대,공유수면매립법 제14조 제1항은 매립의 면허를 받은 자는 제12조의 규정에 의한 준공인가를 받은 날에 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지를 제외한 매립지 중 준공인가신청시에 본인이 원하는 위치의 매립지로서 그 매립에 소요되는 사업비(순 공사비, 조사비, 보상비, 기타 당해 매립에 관한 공사에 소요된 비용을 포함한다.)에 상당하는 매립지의 소유권을 취득한다고 규정하고, 제2항은 제1항의 규정에 의하여 매립면허를 받은 자가 취득한 매립지와 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지를 제외한 매립지 중 대통령령으로 정하는 비율의 매립지는 제12조의 규정에 의한 준공인가시에 국가에 귀속하여, 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지는 제12조의 규정에 의한 준공인가시에 대통령령이 정하는 바에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속한다고 규정하고 있고,부가가치세법 제12조 제1항은 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하면서 제12호에서는 토지를, 제18호에서는 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역을 들고 있고,같은 법 제17조 제1항은 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 다음 각 호의 매입세액을 공제한 금액으로 하되 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급세액으로 한다고 규정하면서 제1호에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액을 들고 있으며,같은 법 제17조 제2항은 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서 제4호에서 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)을 들고 있다. 그렇다면 이 사건 공유수면매립에 의하여 국가와 부산직할시에 21,303.65평방미터의 매립지가 귀속되는 것은 위공유수면매립법 제14조 제2항의 규정에 의한 것일 뿐으로서 국가와 부산직할시가 원고로부터 이 매립지를 공급받은 것은 아니라 하겠으므로 이에 대하여 위부가가치세법 제12조 제1항 제12호 또는제18호 및제17조 제2항 제4호가 적용될 여지는 없고 오히려 원고는 위 전체 매립지 84,949.39평방미터 중 국가와 부산직할시에 귀속되는 21,303.65평방미터 부분을 제외한 나머지 매립지 63,645.74평방미터를 취득하여 그 지상에 수산물냉동공장 및 냉동창고를 건설하기 위한 자기사업의 일환으로 위 전체 매립지에 대한 매립비용을 지출한 셈이 되어 원고가 취득한 매립지 부분과 전체 매립비용은 대가관계에 있다 할 것이므로 원고로서는 위부가가치세법 제17조 제1항 제1호에 의하여 그가 지출한 전체 매립비에 대한 매입세액을 공제받을 수 있다 할 것이다. 3. 따라서 이 사건 전체 매립지 중 국가와 부산직할시에 귀속되는 매립지 부분에 대한 매입세액 공제를 부인하여서 한 이 사건 과세처분은 위법하다 할 것이므로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 주문과 같이 판결한다. 판사 유지담(재판장) 신우철 이세형