공유수면 매립지 귀속 관련 부가가치세 매입세액 공제 다툼

원고가 공유수면 매립면허를 받아 매립공사를 하고 부가가치세 신고 시 매립비용에 대한 매입세액을 공제받았으나, 세무서장이 국가·지자체 귀속 매립지 부분의 세액 공제를 부인하며 추징 과세했습니다. 이에 원고가 소송을 제기했고, 법원은 원고의 손을 들어주어 해당 과세처분을 모두 취소했습니다.

• 원고는 1984년 11월 23일 해운항만청장으로부터 부산 서구 암남동 산 99 지선의 공유수면 84,949.39제곱미터에 대한 매립면허를 받았습니다.
• 원고는 1988년 10월 8일 삼성종합건설주식회사에 공사대금 56억 원(부가가치세 포함)에 매립공사를 도급주었습니다.
• 원고는 1988년 2기분부터 1989년 2기분까지 부가가치세 신고 시 매립공사 관련 매입세액을 공제받았고, 1990년 1기분에도 같은 공제를 신고했습니다.
• 피고(서부산세무서장)는 매립지 중 접안시설 5,847.3제곱미터, 빈지 798.03제곱미터는 국가에, 도로용지 14,658.32제곱미터는 부산직할시에 귀속되므로 이 부분의 매립비용 매입세액은 공제 불가하다며 1990년 9월 4일 추징 과세(1988년 2기분 14,043,670원, 1989년 1기분 32,250,700원, 1989년 2기분 22,912,170원) 및 환급세액에서 11,285,122원 공제 처분을 했습니다.
• 원고는 이에 불복하여 과세처분 취소 소송을 제기했습니다.

• 공유수면매립법 제14조 제2항에 따라 국가와 지방자치단체에 매립지가 귀속되는 것은 법률 규정에 의한 것이지, 국가나 지방자치단체가 원고로부터 매립지를 공급받은 것이 아니므로 부가가치세법 제12조 제1항 제12호(토지 면세)나 제18호(국가 등에 무상 공급 면세) 및 제17조 제2항 제4호(면세 사업 관련 매입세액 불공제)가 적용되지 않습니다.
• 원고는 전체 매립지 중 국가·지자체 귀속분을 제외한 나머지 매립지(63,645.74제곱미터)를 취득하여 그 위에 공장과 창고를 건설하려는 자기 사업의 일환으로 전체 매립비용을 지출한 것이므로, 원고가 취득한 매립지 부분과 전체 매립비용은 대가 관계에 있습니다.
• 따라서 부가가치세법 제17조 제1항 제1호(자기 사업을 위해 사용된 재화·용역의 매입세액 공제)에 따라 원고는 전체 매립비에 대한 매입세액을 공제받을 수 있습니다.
• 피고의 주장(국가·지자체 귀속분은 무상 공급에 해당하여 매입세액 공제 불가)은 받아들일 수 없으며, 이 사건 과세처분은 위법합니다.

이 사건은 공유수면 매립사업에서 국가나 지방자치단체에 귀속되는 매립지가 있더라도, 매립면허를 받은 사업자는 전체 매립비용에 대한 부가가치세 매입세액을 공제받을 수 있다는 점을 확인한 판결입니다. 법원은 귀속이 법률에 따른 것이지 사업자의 공급이 아니라고 보아 세무 당국의 추징을 막았습니다.