원고 회사가 합병 과정에서 발생한 농어촌특별세를 주주들과 함께 부담하기로 하고, 분담금을 대신 납부함.

【원 고】 【피 고】 영등포세무서장 【변론종결】2006. 9. 19. 【주 문】 1. 원고의 청구를 모두 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【청구취지】피고가 2004. 8. 2. 원고에 대하여 한 2000 사업연도 법인세 금 1,205,015,440원 중 금 1,202,902,861원을 초과하는 부분, 2001 사업연도 법인세 금 3,889,054,570원 중 금 3,836,740,808원을 초과하는 부분, 2002 사업연도 법인세 금 26,942,434,942원 중 금 26,886,087,561원을 초과하는 부분을 모두 취소한다. 【이 유】1. 부과처분의 경위 다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제4호증의 1 내지 13, 갑 제5, 6호증의 각 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 9, 을 제2호증의 1 내지 10, 을 제3호증의 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다. 가. 원고 회사는 신용카드의 발행 및 관리 업무 등을 영위하는 법인으로,소외 2 주식회사,소외 3 주식회사,소외 4 주식회사,소외 5 주식회사(이하 ‘소외 회사들’이라 한다) 및소외 6과 함께소외 1 은행 주식회사의 주주였다(1999. 8. 9. 당시 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6의소외 1 은행 주식회사 주식보유 현황과 당사자들 사이의 주식보유비율은 다음 표와 같다). 구분주식수비율원고 회사35,892,129주15.91%소외 2 주식회사115,899,542주51.38%소외 3 주식회사25,226,545주11.18%소외 4 주식회사24,890,281주11.03%소외 5 주식회사11,238,083주4.98%소외 612,448,037주5.52%합계225,594,617주100% 나.소외 8 주식회사는 1999. 2. 11.소외 1 은행 주식회사에 흡수합병 되었고, 이에 따라 합병존속법인인소외 1 은행 주식회사에 대하여소외 8 주식회사의 청산소득에 대한 농어촌특별세 금 78,860,603,601원(이하 ‘이 사건 농어촌특별세’라 한다)이 부과되었다. 그 후소외 1 은행 주식회사는 1999. 9. 15.소외 7 은행 주식회사(2006. 4. 1.소외 9 은행 주식회사에 합병되었다, 이하 ‘소외 7 은행 주식회사’이라 한다)에 흡수합병 되었다. 다. 원고 회사 및 소외 회사들은소외 1 은행 주식회사를 합병한소외 7 은행 주식회사가 1999. 11. 1. 납부한 이 사건 농어촌특별세액 및 그에 대한 이자 합계 금 100,669,136,749원을소외 7 은행 주식회사에 지급하였다. 라. 그러자 피고는, 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6이 1999. 8. 10. 이 사건 농어촌특별세액을소외 1 은행 주식회사에 대한 주식 보유비율에 따라 납부하기로 합의하였음에도 원고 회사 및 소외 회사들이소외 6을 제외한 채소외 7 은행 주식회사에 이 사건 농어촌특별세액 및 그에 대한 이자 전액을 지급한 것은 업무와 무관하게 특수관계자인소외 6에게 그가 분담하기로 약정한 부분을 가지급금으로 지급한 것으로 보아 그에 대한 인정이자를 익금산입하여, 2004. 8. 2. 원고 회사에 대하여 2000 사업연도 법인세 금 1,205,015,440원(인정이자 부분 2,112,579원), 2001 사업연도 법인세 금 3,889,054,570원(인정이자 부분 52,313,762원), 2002 사업연도 법인세 금 26,942,434,942원(인정이자 부분 56,347,381원, 기납부세액 공제하고 1,504,001,220원 환급)을 각 부과·고지하였다(이하 각 사업연도 법인세 부과처분 중 위 가지급금 인정이자 부분에 대한 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다). 마. 원고 회사는 이 사건 부과처분에 불복하여 2004. 11. 1. 국세심판원에 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 2005. 12. 1. 원고 회사의 심판청구를 기각하였다. 2. 이 사건 부과처분의 적법 여부 가. 원고 회사의 주장 (1) 원고 회사 및 소외 회사들이 이 사건 농어촌특별세액을 책임지기로 약정한 1999. 8. 10.자 합의서에소외 6도 그 세액의 지급을 부담하는 당사자로서 날인되어 있는 것은 사실이나, 이는 당시소외 1 은행 주식회사와소외 7 은행 주식회사의 합병절차를 추진하던 실무자들이소외 6의 동의를 받지 아니한 채 보관하고 있던소외 6의 인장을 임의로 날인한 것이고,소외 6이 그 후 위 합의서의 내용을 추인한 사실도 없으므로, 위 1999. 8. 10.자 합의는소외 6에 대하여 효력이 없다. (2) 설령 위 1999. 8. 10.자 합의에소외 6이 관여한 것이라 하더라도 위 합의는소외 1 은행 주식회사의 주주들인 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6이 단지 이 사건 농어촌특별세를 연대하여 책임지기로 약정한 것에 불과하고, 각 당사자들이 구체적으로 분담할 비율을 정한 것은 아니었으며, 그 후소외 1 은행 주식회사의 법인주주인 원고 회사 및 소외 회사들은 1999. 8. 16.소외 1 은행 주식회사에 대한 주식 보유비율로 이 사건 농어촌특별세를 분담하기로 합의하고 이를 모두 이행하였으므로, 그로써소외 6의 위 1999. 8. 10.자 합의에 따른 책임은 소멸하였다고 보아야 한다. (3) 따라서,소외 6이 1999. 8. 10.자 합의에 따라 이 사건 농어촌특별세 중소외 1 은행 주식회사에 대한 주식 보유비율에 따른 분담의무가 있음을 전제로 하는 이 사건 부과처분은 위법하다. 나. 관계법령 [법인세법] 제28조 (지급이자의 손금불산입) ① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. 4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다) 나.제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계자에게 당해 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령이 정하는 것 제52조 (부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. [법인세법 시행령] 제53조 (업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입) ①법 제28조 제1항 제4호 나목에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 명칭 여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액(제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금액을 제외한다. 제87조 (특수관계자의 범위) ①법 제52조 제1항에서 "대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자"라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 "특수관계자"라 한다)를 말한다.(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호, 2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 본 조항이 개정되었으나 아래 각호는 개정되지 않았다) 1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족 2. 주주 등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 다. 인정사실 앞서 든 각 증거와 갑 제1호증, 갑 제2호증(을 제3호증의 1과 같다), 갑 제3호증의 1 내지 6의 각 기재, 증인소외 10의 일부 증언(뒤에서 믿지 않는 부분 제외), 이 법원의소외 9 은행 주식회사장에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다. (1) 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6은소외 8 주식회사의 청산소득에 대하여 이 사건 농어촌특별세가 부과된다는 점을 알지 못한 채소외 7 은행 주식회사와소외 1 은행 주식회사의 합병절차를 진행하다가 1999. 6.경 비로소 이 사건 농어촌특별세가 부과된다는 사실을 알게 되자, 이 사건 농어촌특별세로 인하여 합병절차를 다시 진행함으로써 발생하는 시간적·절차적 비용을 절감하고 종전에 약정된 합병비율을 그대로 유지하기 위하여, 1999. 8. 10.소외 7 은행 주식회사 및소외 1 은행 주식회사와 ‘농어촌특별세 보전합의서’라는 제목하에, ① 이 사건 농어촌특별세를 면제받기 위한 모든 절차를 거쳤음에도소외 1 은행 주식회사의 이 사건 농어촌특별세 납부의무가 확정되는 경우 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6은소외 7 은행 주식회사에 연대하여 이 사건 농어촌특별세액 전액(소외 7 은행 주식회사,소외 1 은행 주식회사가 선납부한 경우 그 이자상당액도 포함)을 지급하고, ② 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6은소외 7 은행 주식회사에 지급하기로 한 금액에 관하여소외 1 은행 주식회사의 다른 주주들에 대하여 분담을 요구할 수 있으며,소외 7 은행 주식회사는 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6이 약정한 사항을 모두 이행하는 경우소외 1 은행 주식회사의 다른 주주들에 대한 권리를 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6에게 그 지분비율에 따라 양도하고, ③ 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6은 위 의무를 담보하기 위하여 연대하여 금 1,046억원 상당의 선순위 담보를 제공하기로 약정하였다(소외 1 은행 주식회사와소외 7 은행 주식회사의 합병절차 및 합의서 작성은○○그룹 경영전략팀이 주도하였다, 이하 ‘이 사건 1차 약정’이라 한다). 한편, 이 사건 1차 약정서 말미에는소외 7 은행 주식회사,소외 1 은행 주식회사, 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6의 날인이 되어 있다. (2) 원고 회사 및 소외 회사들은 1999. 8. 16. ‘합의서’라는 제목하에, 이 사건 1차 약정상 당사자들이 연대하여 부담하기로 한 이 사건 농어촌특별세는 납부의무가 최종 확정되거나 혹은 2000. 12. 31.까지 원고 회사 및 소외 회사들이 1999. 8. 9. 현재 보유하는소외 1 은행 주식회사의 주식비율(원고 회사 16.8%,소외 2 주식회사 54.4%,소외 3 주식회사 11.8%,소외 4 주식회사 11.7%,소외 5 주식회사 5.3%)에 따라 분담하여소외 7 은행 주식회사에 지급하기로 약정하였다(이하 ‘이 사건 2차 약정’이라 한다). (3) 그 후 원고 회사는 2000. 12. 29. 및 2001. 12. 29.소외 7 은행 주식회사에게 위 은행이 납부한 이 사건 농어촌특별세액 및 선납이자 중 이 사건 2차 약정의 분담비율에 따른 분담액 합계 금 16,761,851,111원(세액 14,573,439,546원 ＋ 선납이자 2,188,411,565원)을 지급하였다(소외 회사들이소외 7 은행 주식회사에 지급한 분담 내역은 다음 표와 같다). 구분세액선납이자합계원고 회사14,573,439,546원2,188,411,565원16,761,851,111원소외 2 주식회사47,190,185,194원7,086,285,069원54,276,470,263원소외 3 주식회사10,236,106,347원1,537,098,598원11,773,204,945원소외 4 주식회사10,149,359,683원2,420,285,814원12,569,645,497원소외 5 주식회사4,597,573,190원690,391,743원5,287,964,933원합계86,746,663,960원13,922,472,789원100,669,136,749원 (4)소외 7 은행 주식회사는 원고 회사 및 소외 회사들로부터 위와 같은 이 사건 농어촌특별세액 및 그 선납이자를 모두 지급받은 후 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6에게소외 1 은행 주식회사의 다른 주주들에 대한 권리를 양도한 사실은 없다. 라. 판단 (1) 이 사건 1차 약정이소외 6에 대하여 효력이 있는지 여부 원고 회사는소외 6이 이 사건 1차 약정에 관여하거나 사후에 이를 추인한 사실이 없으므로, 이 사건 1차 약정은소외 6에 대하여 아무런 효력이 없다고 주장한다. 보건대, 원고 회사의 주장에 부합하는 증인소외 10의 일부 증언은, ① 금 788억여원 상당의 세액을 연대하여 부담하고, 금 1,046억원의 담보를 제공하는 이 사건 1차 약정서에 당사자의 사전 동의나 권한부여 없이 임의로 인장이 날인된다는 것은 극히 이례적이라 할 것이고, 더욱이 이 사건 1차 약정에 참여한 당사자들은 모두 국내 최대 기업집단을 이루는 대규모 법인 내지 지배주주였다는 점, ② 이 사건 농어촌특별세가소외 1 은행 주식회사 및소외 7 은행 주식회사의 합병절차와 별개로 처리되면소외 1 은행 주식회사의 순자산이 이 사건 농어촌특별세액 만큼 과다계상 되어소외 1 은행 주식회사의 주주인소외 6도 합병존속법인인소외 7 은행 주식회사의 합병신주를 더 많이 교부받게 되는 이익이 있었던 점, ③ 실제로 이 사건 1차 약정에 따라 이 사건 농어촌특별세 문제가 해결됨으로써소외 1 은행 주식회사와소외 7 은행 주식회사의 합병절차가 순조롭게 진행된 점 등에 비추어 이를 그대로 믿기 어렵고, 달리 원고 회사의 주장을 인정할 증거가 없으며, 오히려소외 1 은행 주식회사와소외 7 은행 주식회사의 합병절차를 주도한○○그룹 경영전략팀은소외 6으로부터 합병 과정에서 발생하는 이 사건 1차 약정 내용을 포함한 모든 권한을 수권한 상태에서 이 사건 1차 약정을 체결한 것이라고 할 것이다. 원고 회사의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다. (2) 이 사건 1차 약정의 범위 원고 회사는, 이 사건 1차 약정은 단순히 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6이 외부적으로 이 사건 농어촌특별세를 연대하여 납부하기로 한 것에 불과하고, 각자가소외 1 은행 주식회사의 보유 주식비율로 분담비율을 약정한 것은 아니었으며, 그 후 이 사건 2차 약정에 따라 비로소 당사자들 사이의 구체적인 분담비율이 정해졌다는 취지로 주장한다. 보건대, 이 사건 1차 약정서에 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6이 이 사건 농어촌특별세를 연대하여 지급한다고 기재되어 있고, 각자의 분담비율이 구체적으로 명시되어 있지 아니한 것은 사실이나, 반면 ① 이 사건 1차 약정은소외 1 은행 주식회사와소외 7 은행 주식회사의 합병절차가 진행되던 중 이 사건 농어촌특별세 문제가 제기되어 합병절차가 지연될 우려가 발생하자소외 1 은행 주식회사의 지배주주들이 이를 해결하기 위하여 체결한 것인데 그들이 부담하여야 할 총 세액만 금 788억여원에 이르고, 제공하여야 할 담보도 금 1,046억원에 이르는 사정 등에 비추어 보면, 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6이 단순히 외부적으로 이 사건 농어촌특별세를 연대하여 책임지겠다는 약정만 하였다고 보기 어렵고, 그들 내부 사이에는 거액의 세액 등에 대한 각자의 분담비율에 관하여 약정이 있었다고 보아야 하는 점, ② 그런데 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6의 주식 보유비율에 커다란 차이가 있는 이상 내부적으로 각자가소외 1 은행 주식회사와소외 7 은행 주식회사의 합병으로 얻게 되는 이익의 정도 즉, 각자가 보유하는소외 1 은행 주식회사의 주식 보유비율로 이 사건 농어촌특별세를 분담하기로 약정하였다고 보는 것이 합리적인 점(민법 제424조에 의하면 연대채무자의 부담 부분은 균등한 것으로 추정한다고 규정하고 있는데, 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6의 이 사건 농어촌특별세의 내부적인 분담비율이 균등하다고 보게 되면 오히려소외 5 주식회사,소외 6 등 상대적으로 다른 회사에 비하여소외 1 은행 주식회사 주식을 적게 보유한 주주들에게 불합리한 결과가 초래된다), ③ 이 사건 1차 약정에도 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6이 이 사건 농어촌특별세를 전액 납부한 경우소외 7 은행 주식회사는 위 당사자들의소외 1 은행 주식회사 주식 보유비율에 따라소외 1 은행 주식회사의 다른 주주들에 대한 권리를 양도하기로 되어 있는 등 주식 보유비율의 차이를 전제로 하는 약정이 존재하는 점 등 변론에 나타난 제반사정을 종합하면, 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6은 이 사건 1차 약정 당시 이미 내부적으로소외 1 은행 주식회사 주식 보유비율에 따라 이 사건 농어촌특별세를 분담하기로 약정한 것이라고 할 것이다. 따라서, 이 사건 1차 약정으로 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6의 이 사건 농어촌특별세 분담비율이 정하여진 이상, 이 사건 2차 약정은 원고 회사 및 소외 회사들이소외 6을 제외한 채 그들만이 이 사건 농어촌특별세를 다시 분담하기로 함으로써소외 6에게 그의 분담 부분에 관하여 이익을 분여하기로 약정한 것에 불과하다고 할 것이다. 원고 회사의 이 부분 주장도 이유 없다. (3) 따라서, 원고 회사가 이 사건 1차 약정과 달리 이 사건 2차 약정에 따라소외 6을 제외한 채 소외 회사들과 이 사건 농어촌특별세 및 그 선납이자 전액을 지급한 것은 결과적으로 경제적 합리성을 결여하여 업무와 무관하게 특수관계자인소외 6에게 그가 분담하기로 약정한 금액을 지급한 것이라 할 것이므로, 그에 대한 인정이자를 익금산입하여 각 사업연도 법인세액을 산정한 이 사건 부과처분은 적법하다. 한편, 원고 회사는, 이 사건 농어촌특별세액의 분담의무가 원고 회사, 소외 회사들 및소외 6 이외에소외 1 은행 주식회사의 다른 주주들에게도 있음을 전제로소외 6의 분담 부분을 산정함에 있어서소외 1 은행 주식회사의 다른 주주들의 보유주식비율도 참작하여야 한다고 주장하므로 보건대,소외 1 은행 주식회사에 대하여 부과된 이 사건 농어촌특별세에 대하여소외 1 은행 주식회사의 다른 주주들이 그 납부의무가 없음은 명백하고, 앞서 본 바와 같이 이 사건 부과처분은 원고 회사가 이 사건 1차 약정에 따라 이 사건 농어촌특별세를 분담하기로 약정한소외 6을 제외한 채 소외 회사들과 이 사건 농어촌특별세액 및 그 선납이자를 지급한 것을 과세원인으로 한 것이므로, 원고 회사의 위 주장은 나아가 판단할 필요 없이 받아들일 수 없다. 3. 결론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 판사 이태종(재판장) 김선희 오태환