회사의 주식 대부분을 사들여 과점주주가 된 뒤, 회사가 보유한 기부채납 조건 부동산에 대해 취득세 비과세를 물었으나 거절당하자 세금을 신고·납부하고 취소소송을 냄

- 1 - 수 원 지 방 법 원 제 3 행 정 부 판 결 사 건2008구합10707 취득세등부과처분취소 원 고**** **** 대표이사 000 소송대리인 법무법인 **** 담당변호사 000, 000, 000 피 고1. **** 소송대리인 변호사 000 2. **** 소송대리인 법무법인 **** 담당변호사 000 변 론 종 결2009. 3. 9. 판 결 선 고2009. 4. 8. 주 문 1. 원고에 대하여, - 2 - 가. 피고 ****이 2008. 0. 00. 한 처분 중 취득세 1,963,421,090원, 농어촌특별 세 196,342,100원 부분을, 나. 피고 ****이 2008. 0. 00. 한 처분 중 취득세 1,921,385,190원, 농어촌특별 세 192,138,510원 부분을 각 취소한다. 2. 소송비용은 피고들이 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다. 이 유 1. 처분의 경위 가. 원고는 2008. 0. 00. ******** 주식회사(이하 ‘****’라 한다)의 총주식 9,897,352주 중 8,392,622주(약 84.8%)를 보유하게 됨으로써 ****의 과점주주가 되 었다. 나. 당시 ****는 **** 토지 92,789,420원, 건물 114,023,992,200원, 구축물 1,748,347,027원, 차량운반구 501,549,086원 합계 116,366,677,733원의 자산(이하 ‘**** 터미널’이라 한다)을 보유하고 있었고, **** 건물 112,097,225,021원, 구축물 1,196,484,095원, 차량운반구 273,053,151원 합계 113,566,762,267원의 자산(이하 ‘**** 터미널’이라 한다)을 보유하고 있었다(이하 위 각 터미널을 통칭할 때는 ‘이 사건 부동 산’이라 한다). - 3 - 다. 한편, **** 및 ****은 사회기반시설에 대한 민간투자법(이하 ‘민간투 자법‘이라 한다) 제4조 제3호의 사업방식에 따라 ****가 30년간 운영한 후 국가에 무상귀속되는 조건으로 취득한 부동산으로서 지방세법 제106조 제2항에 의한 취득세 비과세 대상이었다. 라. 원고는 피고들에게 **** 및 ****에 관하여 ****에 대하여 취득 세가 비과세되는 것과 마찬가지로 ****의 과점주주가 된 원고에 대하여도 취득세 가 비과세되는 것인지 여부에 관하여 질의하였으나, 피고들은 2008. 0. 00. 원고에 대 하여는 취득세 비과세 대상이 아니라는 취지의 회신을 하였다. 마. 이에 원고는 2008. 9. 16. ****에 대한 과세표준을 98,675,033,444원(= 116,366,677,733원 × 원고의 지분비율)으로 계산하여 피고 ****의 확인을 받은 후 취득세 1,973,500,660원(과세표준 × 2%), 농어촌특별세 197,350,060원(취득세액 × 10%) 합계 2,170,850,720원을 피고 ****에게, ****에 대한 과세표준을 96,300,799,191원(= 113,566,762,267원 × 원고의 지분비율)으로 계산하여 피고 ****시 장의 확인을 받은 후 취득세 1,926,015,980원(과세표준 × 2%), 농어촌특별세 192,601,590원(취득세액 × 10%) 합계 2,118,617,570원을 피고 ****에게 각 신고 납부하였다(이하 순차로 ‘이 사건 1, 2처분’이라 하고, 이 사건 1, 2처분을 통칭할 때에 는 ‘이 사건 각 처분‘이라 한다). 바. 원고는 이 사건에서 건물 및 구축물에 대한 취득세 등만 비과세라고 다투고 있 다. 즉, **** 신고 납부한 취득세 중 건물과 구축물의 합계 115,772,339,227원에 원고의 주식보유비율(8,392,622주/9,897,352주)과 취득세율 2%를 각 곱한 금액인 1,963,421,090원 부분에 관하여, **** 신고 납부한 취득세 중 건물과 구축물의 합 - 4 - 계 113,293,709,116원에 원고의 주식보유비율과 취득세율을 각 곱한 금액인 1,921,385,190원 부분에 관하여 각 취소를 구하고 있으며, 농어촌특별세는 다투는 취득 세의 10% 부분에 관하여만 그 취소를 구하고 있다. 【인정근거】다툼없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 각 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 (1) 지방세법 제106조 제2항은 기부채납을 조건으로 취득하는 “부동산에 대하여 는” 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으므로, 기부채납을 하기로 한 법인(이 하 ‘기부채납 법인’이라 한다)의 주식을 취득하여 그 과점주주가 되는 경우 그 과점주 주도 기부채납 조건이 있는 부동산을 취득하는 것이므로 비과세하여야 한다. (2) 만약, 지방세법 제105조 제6항 및 제106조 제2항을 기부채납을 하기로 한 법 인의 과점주주에 대하여는 취득세를 부과하는 것으로 해석한다면, 동일한 재산에 대하 여 당해 재산을 직접 취득한 법인은 취득세를 비과세 받음에도 불구하고 이를 간주취 득하는 과점주주에게만 취득세를 부담시킨다는 점에서 헌법상 평등원칙, 재산권 보장 원칙, 비례의 원칙에 반하는 위헌적인 규정이다. 나. 피고들의 주장 (1) 법인의 부동산 등 당해 재산 자체의 취득행위와 지방세법 제105조 제6항에 의 한 과점주주의 취득간주행위는 서로 개념을 달리하는 독립적인 취득행위로서 별도의 과세객체에 해당하고, 취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세 력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종이므로, 과점주주가 기부채납 자산을 간주취득 한 이상 이에 대한 취득세 부과는 적법하다. - 5 - (2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건뿐만 아니라 비과세요건도 특별한 사정이 없 는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바, 과점주주에 대한 취득세 감면 및 비과세에 관하여 별도의 규정 이 없는 이상 과점주주의 간주취득에 대하여는 취득세를 부과함이 타당하다. (3) 기부채납 계약은 기부자가 자신의 소유인 재산을 국가 등에 증여하는 의사표 시를 하고 국가 등이 이를 승낙하는 의사를 표시함으로써 성립하는 증여계약의 일종인 데, 이러한 증여계약의 당사자는 ****이지 원고가 아니므로, 원고는 기부채납을 조 건으로 이 사건 부동산을 취득한 자에 해당하지 아니한다. (4) 대법원 2001. 1. 30. 선고 99두6897 판결도 당해법인이 부동산 등을 취득하면 서 취득세를 면제받았다고 하여 바로 과점주주로 된 자의 취득세 납세의무도 면제되는 것은 아니라고 판시하고 있다. (5) 지방세법 제105조 제6항은 입법 목적의 정당성, 방법의 적절성, 법익의 균형성 도 만족하고 있으므로 재산권을 침해하지 않는다. 다. 관계법령 별지 기재와 같다. 라. 판단 (1) 간주취득세 제도 지방세법 제105조 제6항은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등 자산을 취득한 것으로 보고 있는데, 당해 법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세를 납부한 것과는 별도로 과점주주에게도 당해 법인의 부동산 등의 장부가액을 취득지분의 비율로 취득한 것으로 보아 취득세를 - 6 - 부담하도록 하는 제도가 간주취득세 제도인바, 이는 주식 또는 지분의 독과점을 억제 하고 이를 분산하도록 세제면에서 규제하는데 그 목적이 있는 것으로서 과점주주가 되 면 당해법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운영할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없으므로 바로 이 점에서 담 세력이 나타난다고 보아 과세하는 것이다(대법원 1980. 7. 22. 선고 79누136 판결, 대 법원 1994. 5. 24. 선고 92누11138 판결 참조). (2) 간주취득제도 자체의 위헌여부 및 조세법률주의 지방세법 제105조 제6항은 법인의 과점주주가 된 경우 당해 법인의 자산에 대 한 관리·처분권을 취득하게 되어 실질적으로 당해 법인의 자산을 취득한 것이나 다름 없게 되므로 공평과세 및 실질과세원칙상 취득세를 과세하는 것으로서 입법 목적의 정 당성이 인정되고, 재산의 이전에 의하여 실질적으로 담세력이 발생한 곳에 과세하는 것으로 공평과세를 기할 수 있으므로 그 방법의 적절성이 인정된다. 또한 법인의 과점 주주에 대한 간주취득세 부과는 일반적인 취득세 부과와 달리 법인의 과점주주의 간주 취득세에만 특별히 무거운 세율을 적용하지 않으며, 법인의 모든 과점주주에게 취득세 를 부과하는 것이 아니라 법인 설립 시의 과점주주는 취득세 부과 대상에서 제외하고 있고 사실적 지배력을 가진 과점주주에게만 취득세를 부과토록 하여 취득세 부과 대상 이 되는 과점주주의 범위를 필요한 정도 내로 제한하고 있는 등 지방세법 제105조 제 6항이 추구하는 공평과세 부과라는 입법목적 달성을 위해 필요 이상의 과잉된 수단이 사용되었다고 볼 수 없고 법익의 균형성도 만족하고 있으므로 재산권을 침해하지 않는 다(헌법재판소 2006. 6. 29. 선고 2005헌바45 결정, 헌법재판소 2008. 4. 24. 선고 2006헌바107 결정). - 7 - 이와같이 과점주주에 대하여 간주취득세를 부과할 수 있도록 취득을 간주하는 규정인 지방세법 제105조 제6항 자체는 과점주주의 재산권을 침해하지 않는다고 할 것이나, 간주취득제도가 원래의 취득개념에는 포섭되지 아니하는 것을 취득으로 간주 하여 과세하는 예외적인 규정일 뿐만 아니라, 실제 과점주주가 취득하는 주식의 가치 는 당해 법인의 순자산가치(자산 - 부채)를 반영한 것임에도 불구하고 과점주주가 취 득한 것으로 간주되는 것은 부채가 전혀 반영되지 아니한 자산가치 전체이어서 과다하 게 취득세를 부과하는 면이 있는 만큼 그 해석을 엄격하게 해야 할 필요성이 있고, 그 렇게 해석하는 것이 조세법률주의 원칙에 부합한다. 피고들은 간주취득세 제도가 당연하다는 전제하에 그 비과세·감면규정의 적용을 조세법률주의에 의하여 엄격하게 해석해야 한다고 주장하나, 이는 간주취득세 제도의 목적과 취지를 오해한 데서 비롯된 것으로 보인다. (3) 대법원 2001. 1. 30. 선고 99두6897 판결의 해석 위 사건에서 원고는, 법인이 도세감면조례에 의하여 취득세 및 등록세를 면제받 은 이상 그 후에 그 법인의 과점주주가 된 자에 대하여도 당해 법인의 부동산 등을 취 득한 것으로 보지 아니하여야 한다는 취지로 다투었으나, 위 판결은 당해 법인이 부동 산 등을 취득하면서 취득세 등을 면제받았다고 하여 바로 과점주주로 된 자의 취득세 납세의무도 면제되는 것은 아니라고 판시함으로써, 과점주주가 된 때 과점주주를 기준 으로 지방세 감면 여부를 다시 심사하여야 한다는 취지로 판시하였다. 실제로 위 사건 에서 도세감면조례는 농공단지 안에서 토지 등을 “최초로 분양받은 자”만을 취득세 면 제대상자로 하는 인적 비과세였으므로, 면제대상자는 법인에 한정될 뿐 그 이후에 과 점주주가 됨으로써 법인 소유의 부동산을 다시 취득한 것으로 간주된 자는 최초로 분 - 8 - 양받은 자에 해당하지 아니하므로 면제대상자에 해당하지 아니한다고 판단한 것이다. 이에 비해 이 사건은, 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 를 과세하지 아니한다는 지방세법 제106조 제2항의 해석과 관련하여, 원고가 과점주주 가 될 때인 2008. 0. 00.을 기준으로 “원고가” 기부채납을 조건으로 해당 부동산을 취 득한 것으로 볼 수 있는지를 판단하면 되는 것이므로, 위 판례의 존재만으로 피고들의 이 사건 처분이 적법하다고 단정할 수는 없다. (4) 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산과 과점주주의 비과세 여부 기부채납 계약은 기부자가 자신의 소유인 재산을 국가 등에 증여하는 의사표시 를 하고 국가 등이 이를 승낙하는 의사를 표시함으로써 성립하는 증여계약의 일종인 데, 이러한 기부채납 계약은 ****와 ****시 및 ****시와 사이에 이루어진 것이기 는 하나, 갑 제9호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, ****의 대표이사 는 국토****부 ****에게 ****의 출자자가 변경되었음을 보고하고 그 출자자변경의 승인을 요청하였고, 국토****부 ****은 출자자변경에 대하여 승인하면서 향후 출자자 변경이 있을 경우에는 ‘**** 복합물류터미널 확장 민간투자사업 실시협약 제9조’ 및 ‘민간투자사업 일반지침‘의 규정에 따라 반드시 국토****부 ****의 사전승인 등 필요한 절차를 이행하도록 하고, 위 절차를 이행하지 아니할 경우에는 위 실시협약 제58조의 규정에 따라 협약을 해지할 수 있다는 취지의 회신을 보낸 사실을 인정할 수 있는바, ① ****의 과점주주가 된 원고는 아무런 제약이 없는 새로운 부동산을 취득하는 것이 아니라 ****의 장부상의 자산, 즉, 국가 등에의 귀속 또는 기부채납 조건이 있는 부동산을 취득하는 것인 점, ② ****의 과점주주가 바뀌었다고 하여 국가 등 에 대한 무상귀속 또는 기부채납 의무가 소멸되지는 않을 뿐만 아니라, 화물복합터미 - 9 - 널 등 사회기반시설에 관한 민간투자사업의 경우에는 원고가 과점주주가 되더라도 해 당시설을 임의처분할 수 없는 것이어서, 원고가 ****의 재산을 사실상 임의처분하 거나 관리운영할 수 있는 지위도 향후 기부채납의무를 이행해야 한다는 의미에서 일정 부분 제약이 있는 점, ③ 간주취득세 제도는 과점주주가 되면 당해법인의 재산을 사실 상 임의처분하거나 관리운영할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없으므로 바로 이 점에서 담세력이 나타난다고 보아 과세 하는 것임을 고려할 때, 기부채납 법인의 과점주주가 된 자에게 기부채납의 대상이 된 부동산에 관하여까지 취득세를 과세하여야 할 정당한 입법 목적을 찾을 수 없는 점, ④ 지방세법 제106조 제2항은 “기부채납을 조건으로 취득하는 부동산”에 대하여는 취 득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으므로, 그 취득 당시 장차 국가 등에 무상귀 속 또는 기부채납될 것이 예정되어 있는 부동산에 대하여는 누가 그 부동산을 취득하 든 취득세가 비과세 되는 것으로 해석하여야 하는 점 등에 비추어 보면, 기부채납법인 의 과점주주에 대하여도 그 기부채납의 대상이 된 부동산에 관하여는 지방세법 제106 조 제2항에 따라 비과세하여야 한다. (5) 소결 결국 이 사건 각 처분은 비과세대상에 대하여 과세한 것으로서 위법하다. 3. 결론 그렇다면, 원고의 청구는 이유있으므로, 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판 결한다. 재판장 판사 정태학 _________________________ - 10 - 판사 박진숙 _________________________ 판사 안재천 _________________________ - 11 - 관계법령 지방세법 제22조(출자자의 제2차납세의무) 2. 과윐주주(주주 딐는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 딐는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 딐는 출자 총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다) 이하 생략 제 29조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다. 1. 취득세 : 취득세 과세물건을 취득하는 때 제 105조(납세의무자등) ⑥ 법인의 주식 딐는 지분을 취득함으로써 과윐주주가 된 때에는 그 과윐주주는 당해 법인의 부동산 , 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄 회원권 딐는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다 . 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 딐는 지분을 취득함으로써 과윐주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다 . 제106조(국가등에 대한 비과세) ① 국가·지방자치단체·지방자치단체조합·외국정부 묏 주한국제기구의 취득에 대하여는 취득세 를 부과하지 아니한다 . 다만, 대한민국 정부기관의 취득에 대하여 과세하는 외국정부의 취 득에 대하여는 그러하지 아니하다 . ② 국가·지방자치단체 딐는 지방자치단체조합에 귀속 딐는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민 간투자법 」 제4조제3호의 규정에 의한 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다)을 조건으로 취 득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다 . 사회기반시설에 대한 민간투자법 제 4조(민간투자사업의 추진방식) 민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다. 1. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 딐는 지방자치단체에 귀속되 며 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운씁권을 인정하는 방식 (제2호에 해당하는 경우를 제외한다 ) 2. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 딐는 지방자치단체에 귀속되 - 12 - 며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운씁권을 인정하되, 그 시설을 국가 딐는 지방자치 단체 등이 픑약에서 정한 기간동안 임차하여 사용 ᆞ수익하는 방식 3. 사회기반시설의 준공후 일정기간동안 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 딐는 지방자치단체에 귀속되는 방식 4. 사회기반시설의 준공과 동시에 사업시행자에게 당해시설의 소유권이 인정되는 방식 5. 민간부문이 제9조의 규정에 의하여 사업을 제안하거나 제12조의 규정에 의하여 변경제 안을 하는 경우 당해 사업의 추진을 위하여 제 1호 내지 제4호외의 방식을 제시하여 주무관 청이 타당하다고 인정하여 채택한 방식 6. 기타 주무관청이 제10조의 규정에 의하여 수립한 민간투자시설사업기본계획에 제시한 방식