학교법인이 수익용 기본재산을 임대하고 양도하여 임대료와 양도차익을 얻음.

• 학교법인인 원고가 소유한 수익용 기본재산을 임대하고 양도하여 임대료 6,425,000원과 양도차익 47,520,066원을 얻음.
• 원고는 법인세 신고를 하지 않았고, 피고는 이에 대해 법인세 34,374,030원(특별부가세 17,839,020원 포함)과 방위세 2,642,780원을 부과함.
• 원고는 양도차익이 특별부가세 면제 대상이며, 수익을 교육사업에 지출했으므로 손금으로 인정되어야 한다고 주장함.
• 원고는 특별부가세 면제 신청을 법인세 신고기한 내에 하지 않았고, 법인세 신고 시 필요한 서류도 제출하지 않았음.
• 원고는 수익사업과 비영리사업의 회계 구분을 하지 않았으나, 수익에서 발생한 소득을 교육사업에 지출한 점을 근거로 손금산입을 주장함.

학교법인인 원고가 수익용 기본재산을 양도하고 임대수입을 얻었으나, 법인세 신고와 특별부가세 면제 신청을 신고기한 내에 하지 않아 특별부가세 부과는 적법했다. 다만, 수익사업에서 발생한 소득을 교육사업에 지출한 부분은 손금으로 인정되어 법인세 일부 부과처분은 취소되었다. 쟁점은 특별부가세 면제 신청의 절차적 요건과 회계 구분 미이행에 따른 손금산입 여부였다.

• 특별부가세 면제를 받으려면 법인세 신고와 함께 면제 신청서를 신고기한 내에 제출해야 하는데, 원고는 이를 지키지 않아 면제받을 수 없었다.
• 법인세 신고 시 기업회계기준에 따른 손익계산서 등 서류를 제출하지 않아 적법한 신고로 볼 수 없었다.
• 원고가 수익사업과 비영리사업의 회계를 구분하지 않았으나, 수익에서 발생한 소득을 교육사업에 지출한 사실이 확인되어 손금산입을 인정했다.
• 세무회계원칙을 지키지 않은 경우라도, 법령에 명시적 근거가 없으면 손금산입을 부인할 수 없으며, 실질에 맞게 과세하는 것이 타당하다.
• 다만, 장부 미비치에 따른 무기장가산세는 부과될 수 있다.
• 방위세 부과는 법인세 부과처분과 연동되므로, 법인세 부과가 위법한 부분은 방위세 부과도 취소되었다.

학교법인은 법인세 신고와 특별부가세 면제 신청을 신고기한 내에 하지 않아 특별부가세 면제는 인정되지 않았다. 그러나 수익사업에서 얻은 소득을 교육사업에 지출한 점은 손금으로 인정되어 법인세 일부 부과처분은 취소되었다. 회계 구분 미이행만으로 손금산입을 부인할 수 없다는 점이 중요하다.