학교법인이 신축한 의과대학·부속병원 지하 주차장을 전문업체에 임대·운영하게 하면서 취득세 감면을 신고·납부함

- 1 - 서 울 행 정 법 원 제 2부 판 결 사 건2024구합67269 취득세등부과처분취소 원 고A 피 고서울특별시 **** 변 론 종 결2025. 9. 25. 판 결 선 고2025. 11. 13. 주 문 1. 피고가 2022. 3. 21. 원고에게 한 취득세 2,684,269,870원(가산세 포함), 지방교육세 142,416,680원(가산세 포함), 농어촌특별세 282,775,690원(가산세 포함)의 각 부과 처분을 모두 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다. 이 유 1.처분의 경위 - 2 - 가.원고는 고등교육법에 따른 학교인 ****를 경영하는 법인으로, 2018. 8. 24. 서울 C 지상에 **** 의과대학(이하 ‘이 사건 의과대학’이라 한다) 건물을, 2018. 12. 28. 서울 D 지상에 이 사건 의과대학의 부속병원인 ****(이하 ‘이 사건 부속병원’ 이라 한다) 건물을 각 신축하였다(이하 이 사건 의과대학 건물과 이 사건 부속병원 건 물을 통틀어 ‘이 사건 건물’이라 한다). 나.원고는 이 사건 건물을 신축하면서 건물 지하에 주차장(이하 ‘이 사건 주차장’이 라 한다)을 설치하였는데, 그중 ➀ 이 사건 의과대학 주차장 13,372.25㎡에 대해서는 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지 특법’이라 한다) 제41조 제1항에 따라 취득세를 면제받고, ➁ 이 사건 부속병원 주차장 77,693.44㎡ 중 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득한 66,382.31㎡ 부분에 대해서는 구 지특법 제41조 제7항 제1호에 따라 100분의 50을 감면한 취득세 7,287,505,790원을 신고ᆞ납부하였다. 다.피고는, 원고가 이 사건 주차장을 G에게 임대하여 구 지특법 제41조 제1항, 제7 항 제1호에서 정한 감면 요건인 ‘직접 사용’에 해당하지 않는다는 이유로, 2022. 3. 21. 원고에게 이 사건 주차장에 대한 취득세 2,938,308,290원(가산세 포함), 지방교육세 155,890,510원(가산세 포함), 농어촌특별세 311,356,650원(가산세 포함)을 각 부과하였 다(이하 ‘당초 처분’이라 한다). 라.원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2024. 2. 20. ‘이 사건 부속병원 주차장 66,382.31㎡의 취득가격을 다시 산정하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다’는 결정을 하였다. 마.피고는 2024. 3. 22. 조세심판원 결정에 따라 이 사건 부속병원 주차장에 대한 - 3 - 취득세 등을 감액경정하였다(이하 위와 같이 감액되고 남은 당초 처분을 ‘이 사건 처분’ 이라 하고, 구체적인 내용은 아래와 같다). 구분당초 처분감액경정이 사건 처분 취득세2,938,308,290254,038,4202,684,269,870 지방교육세155,890,51013,473,830142,416,680 농어촌특별세311,356,65028,580,960282,775,690 (단위: 원, 가산세 포함) [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4, 5, 6호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2.관계 법령 별지 기재와 같다. 3.이 사건 처분의 위법 여부 가.원고의 주장 구 지특법 제41조 제1항, 제7항 제1호의 ‘직접 사용’은 부동산 소유자가 해당 부동 산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것이면 충분하고, 부동산 소유 자가 스스로 사용하는지 또는 제3자에게 임대 또는 위탁하는지 여부는 ‘직접 사용’과 무관하다. 원고는 이 사건 주차장의 관리를 전문업체인 G에게 위탁하고 G의 업무를 관리ᆞ감독함으로써 이 사건 주차장을 교육업 및 의료업에 ‘직접 사용’하였다. 그럼에 도 불구하고 피고는 이 사건 주차장이 G와의 임대차계약을 통해 운영되어 위 규정의 ‘직접 사용’에 해당하지 않는다고 보아 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 위 법하다. 나.관련 규정 - 4 - 구 지특법 제41조 제1항 본문은 ‘고등교육법에 따른 학교를 경영하는 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다’고 규정 하고, 같은 조 제7항 제1호 나목은 ‘고등교육법에 따라 설립된 의과대학의 부속병원에 대해서는 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세의 100분의 50을 경감한다’고 규정하고 있다. 한편 구 지특법 제2조 제1항 제8호는 같은 법에서 사용하는 ‘직접 사용’이란 ‘부동산 등의 소유 자가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것’을 말한다 고 정의하고 있다. 다.인정사실 1)원고는 2018. 12. 19. G와 이 사건 주차장에 관하여 아래와 같은 내용의 임대 운영 계약을 체결하였고(이하 ‘이 사건 주차장 계약’이라 한다), 이에 따라 G는 이 사 건 주차장을 운영하면서 주차장이용객으로부터 주차요금을 징수하였다. 제1조(총칙) 이 사건 부속병원(이하 ‘갑’이라 함)과 G(이하 ‘을’이라 함)는 계약서상의 제반사항을 신의와 성실을 바탕으로 긴밀한 관계를 유지하며 차량의 원활한 주차관리를 위하여 주차장 및 주차관련 시설을 ‘을’에게 임대하고 다음과 같은 조건으로 주차장 관리 임대차 계약을 체결한다. 제2조(임대차 물건의 표시) 이 사건 부속병원 내 주차장(병원 및 의과대학 주차장 2,206면) 제4조(영업시간) 주간 09:00 ~ 18:00까지로 하며, 야간은 18:00 ~ 익일 09:00까지로 한다. 단, 운영상 필요하다고 판단되는 경우 ’'갑’'과 ‘'을"이 상호 협의 하에 변경할 수 있다. 제5조(월임대료 및 임대보증금) 1. ‘을’은 ‘갑’에게 아래의 월간 임대료를 매월 10일까지 현금으로 납부함을 원칙으로 한다. - 5 - 구분년간 임대료월간 임대료비고 1년차(2019년)240,000,00020,000,00012개월분 임대료 선납(2019. 3월 이내) 2년차(2020년)360,000,00030,000,0001개월분 임대료 매월 10일 납부 3년차(2021년)1,270,000,000105,833,333〃 4년차(2022년)1,320,000,000110,000,000〃 5년차(2023년)1,320,000,000110,000,000〃 계4,510,000,00075,166,6675년 누적 / 월평균 2. ‘을’은 ‘갑’에게 본 임대차 계약을 체결함에 있어 계약 보증금으로 500,000,000원을 2019년 3월 이내에 납부하여야 한다. (단, 임대보증금에 대한 이자는 계상하지 않는다) 제10조(주차요금 및 수납방법) 1. 주차장 요금은 최초 30분 1,000원으로 하며 추가 10분당 500원으로 한다. ① 외래진료 차량은 4시간, 응급실 이용환자, 입원 및 퇴원하는 환자차량은 입차부터 24시간 무료주차를 원칙으로 하며 초과 시 부터 10분당 500원을 징수한다. ② 응급실 이용환자, 입, 퇴원 당일 보호자 차량 1대에 한하여 입차시 부터 24시간 무료주자 이며, 수술 당일 또는 중환자가 일반 병동으로 전실시에는 당일 밤 12시까지 무료주차이며 초과시부터 10분당 500원을 징수한다. ④ 1인 병실에 입원하는 보호자 차량은 1일 1대에 한하여 2시간 무료주차를 허용한다. ⑤ 입원환자 1명당 심야시간(22:00-08:00)에 방문하는 보호자 차량 1대에 한하여 주차 요금 1,000원을 산정한다(해당병동 도장 확인). ⑥ 입원환자 보호자용으로 기간권을 적용한다(3일 20,000원, 1일 추가시 5,000원). ⑦ 수술당일 차량 입차시부터 24시간 무료로 한다. ⑧ 본원 의과대학 및 ** 대학원생은 17:00 이후 입차 차량은 5,000원, 17:00 이전에 입차 차량 은 일반차량요금을 징수한다(학생증으로 확인). ⑨ 일과시간 이후에 응급수술 및 진료차 입차하는 교직원 미등록 차량은 신분증 확인 후 무료 통과한다. 2. 1일 최고 주차비는 20,000원을 초과하지 못한다. 3. 외래환자의 차량확인은 진료비 영수증 또는 입, 퇴원 및 각 검사예약 확인증에 한하여 ‘을’ 쪽의 확인원이 확인토록 한다. 4. 공무수행상 내원하는 차량의 주차료는 1시간까지는 무료로 하며 1시간 초과시 부터는 10분당 - 6 - 2)G는 2019. 7.경부터 이 사건 의과대학 및 이 사건 부속병원의 직원에게 이 사 건 주차장(주차면수 2,206면)에 대한 정기주차권을 발급하였는데, 월평균 정기주차권 발급 현황은 아래와 같다. 기간2019년 7~12월2020년2021년2022년2023년 평균 수량442541628724799 500원을 징수한다[공무용 무료주차(1시간용)권 1,400매, 특별주차권 600매를 매월 지급한다]. 5. 장례식장 이용의 경우 상주차량은 3대에 한하여 무료 주차를 허용한다(단, VIP실 상가는 상가 당 6대에 한하여 무료 주차를 허용한다). 6. **, **지역에서 본원과 협력병원 체결 병원 및 의사회 전원에게 주차권을 발행한다. 7. ‘갑’의 업무용 차량(‘갑’의 총무과 확인)에 대하여는 무료로 한다. 8. 상기 사항 이외의 경우 ‘갑‘ 측의 판단에 ’을‘은 협조해야 한다. 제12조(’을‘의 관리책임) 2. 주차장의 운영과 관련하여 주차장내에서의 인명, 차량 및 차량 적체물 등 제반사고에 대한 민 ᆞ형사상의 모든 책임을 ’을‘이 진다. 5. 민원의 해결 과정에서 ’을‘은 ’갑‘과 협의하여야 하며 정당한 사유 없이 민원해결을 위한 ’갑‘ 의 요구를 거부할 수 없다. 6. 민원 해결에 소요되는 일체의 비용은 ’을‘이 부담한다. 8. ’을‘은 주차장 이용자에게 불친절 또는 위압감을 주는 행위를 절대할 수 없으며 주변상인 및 기타 용도로 주차를 허용하는 행위를 할 수 없다. 제15조(계약해지) 2. ’갑‘은 ’을‘에게 다음 각 호의 사유가 발생하였을 때에는 30일전에 서면 통보로서 계약의 전부 또는 일부를 변경하거나 해지할 수 있다. ③ ’을‘의 경영부실 또는 관리운영능력 부재일 시 ⑥ ’을‘의 불성실 등으로 위탁업무를 지속할 수 없다고 ’갑‘이 판단할 경우 ⑩ 본 계약에서 ’을‘이 투입하여야 할 인원이 파업, 태업 등 노동쟁의로 인하여 ’'을‘의 업무수행이 불가능하다고 ’갑‘이 판단할 때 - 7 - 3)원고는 2019. 3.경 이 사건 부속병원 청소업체에게 이 사건 주차장의 야간 청소 업무를 위탁하고, 2020. 1.경 H에게 이 사건 주차장 중 5면을 사용하도록 하였다. 또한 원고는 이 사건 주차장에 2019. 7.경 전기차 공용충전기 10대를, 2021. 3.경 중앙분리대 용 표지판을 각 설치하였다. 4)한편, 2019. 10.경 이 사건 주차장에서 면회객이 바닥에 묻어 있던 기름을 밟고 넘어져 슬개골이 골절되는 사고가 발생하였는데, 원고는 이에 대한 손해배상책임을 부담 하고 G에게 별도로 구상하지 않았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 9 내지 16호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 라.구체적 판단 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합 하면, 이 사건 주차장은 원고가 구 지특법 제41조 제1항, 제7항 제1호에 따라 교육업 및 의료업에 ‘직접 사용’하기 위하여 취득한 부동산에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 1)이 사건 주차장 계약은 원고가 G에게 이 사건 주차장의 운영권을 부여하고 그 대가로 G로부터 일정한 금원을 지급받는다는 점에서 기본적으로 임대차계약의 성격을 갖고 있기는 하다. 그러나 이 사건 주차장 계약은 원고가 주차장 이용시간, 주차요금 및 무료주차 기준 등 G의 구체적인 주차장 운영 방식에 관여할 수 있도록 하고, G의 관리운영능력 부재, 위탁업무 지속 불가능 등을 계약해지 사유로 규정하는 등 이 사건 주차장이 이 사건 의과대학 및 이 사건 부속병원의 목적이나 용도에 맞게 제공될 수 있도록 정하고 있다는 점에서 통상적인 임대차계약에 해당한다고 보기 어렵다. 2)위와 같은 사정에다가 이 사건 주차장 계약에서 ‘주변상인 및 기타 용도로 주차 - 8 - 를 허용하는 행위를 할 수 없다’고 정하고 있는 점을 더하여 보면, G는 이 사건 주차장 계약에 따라 이 사건 주차장을 이 사건 건물 및 ** 등 부속시설의 주차장으로 사용하여 야 하는 제약을 받는다. 실제로 이 사건 주차장 중 상당 부분이 이 사건 의과대학 및 이 사건 부속병원의 직원에게 제공되었고, 이 사건 주차장의 위치 및 구조상 이 사건 건물 이용자가 아닌 사람이 이 사건 주차장을 이용하기는 어려운 것으로 보인다. 또한 원고는 이 사건 주차장의 청소, 시설물 설치 등 일부 관리 업무를 직접 수행하고, 이 사건 주차장에 관한 손해배상책임을 부담하기도 하였다. 이러한 사정에 비추어 볼 때, 원고는 이 사건 건물에서 교육업 및 의료업을 경영하기 위하여 이 사건 주차장을 사용 하고 있다고 볼 수 있다. 3)2023. 3. 14. 법률 제19232호로 개정된 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호는 ‘직접 사용’의 범위에서 ‘이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우’를 제외한다고 규정하였다. 그러나 원고가 이 사건 건물을 취 득할 당시 시행되던 구 지특법 제2조 제1항 제8호 및 제41조 제1항, 제7항은 ‘직접 사 용’의 범위에서 ‘임대하여 사용하는 경우’를 제외하고 있지 않았는바, 위 규정의 문언과 체계 등을 종합하면 그 ‘직접 사용’의 범위에 원고 스스로 그와 같은 용도에 사용하는 경우뿐만 아니라 제3자에게 위탁 또는 임대하여 그와 같은 용도에 사용하는 경우도 포 함되는 것으로 해석할 수 있다고 보인다. 4)한편, 피고가 들고 있는 대법원 2021. 9. 9. 선고 2021두34558 판결은 위탁관리 부동산투자회사가 부동산을 신탁하여 임대한 사안에 관한 것으로서 원고가 이 사건 주 차장을 직접 소유하는 이 사건과는 사안을 달리하므로, 이 사건에 원용하기 적절하지 않다. - 9 - 4.결론 그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. - 10 - [별지] 관계 법령 ▣ 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 2. "수익사업"이란 「법인세법」 제3조제3항에 따른 수익사업을 말한다. 8. "직접 사용"이란 부동산ᆞ차량ᆞ건설기계ᆞ선박ᆞ항공기 등의 소유자가 해당 부동산ᆞ차량 ᆞ건설기계ᆞ선박ᆞ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. ② 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 특별한 규정이 없으면 「지방세기본법」, 「지방세징수법」 및 「지방세법」에서 정하는 바에 따른다. 다만, "제3장 지방소득세 특례"에서 사용하는 용어의 뜻은 「지방세기본법」, 「지방세징수법」 및 「지방세법」에서 정하는 경우를 제외하고 「조세 특례제한법」 제2조에서 정하는 바에 따른다. 제41조(학교 및 외국교육기관에 대한 면제) ① 「초ᆞ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국 교육기관 설립ᆞ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 "학교등"이라 한다)가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득 하는 부동산(대통령령으로 정하는 기숙사는 제외한다)에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징 한다. 1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우 2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니 하는 경우 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ᆞ증여하거나 다른 용도로 사용 하는 경우 - 11 - ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에도 불구하고 「고등교육법」 제4조에 따라 설립된 의과대학(한 의과대학, 치과대학 및 수의과대학을 포함한다)의 부속병원에 대해서는 다음 각 호에 따라 취득세 및 재산세를 각각 경감한다. 1. 다음 각 목의 기간에 따라 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세 나. 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지: 100분의 50 ▣ 지방세특례제한법(2023. 3. 14. 법률 제19232호로 개정된 것) 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "고유업무"란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 2. "수익사업"이란 「법인세법」 제4조제3항에 따른 수익사업을 말한다. 8. "직접 사용"이란 부동산ᆞ차량ᆞ건설기계ᆞ선박ᆞ항공기 등의 소유자(「신탁법」 제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ᆞ차량ᆞ건설 기계ᆞ선박ᆞ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용(이 법에서 임대를 목적 사업 또는 업무로 규정한 경우 외에는 임대하여 사용하는 경우는 제외한다)하는 것을 말한다. 끝.