항만공사가 매립지 중 안벽 부분을 취득한 뒤 안벽 가액을 빼고 취득세 감면을 신청했으나, 과세관청이 안벽 가액까지 과세표준에 넣어 농어촌특별세를 부과함

• OO지역 항만에서 공유수면을 매립해 부두 축조공사가 진행됐다. 시행사 등은 2006년 10월 항만공사 시행허가를, 2007년 6월 실시계획승인을 받아 공사를 시작했고, 2009년 11월 준공인증을 받았다.
• 매립지는 전체 45,020㎡로, 그중 선박이 접안하는 안벽 부분이 4,320㎡, 배후부지로 조성된 부분이 40,700㎡였다. 안벽은 해저에 콘크리트 말뚝을 박고 사석을 쌓은 뒤 콘크리트 구조물을 설치하고 슬래그와 모래를 채우는 방식으로 시공됐다.
• 원고인 항만공사는 2010년 7월 1일 매립지를 약 576억 9천만 원(배후부지 135억 7천만 원 + 안벽 441억 원)에 취득하고 같은 해 8월 소유권이전등기를 마쳤다.
• 원고는 2010년 7월 29일 안벽 가액을 뺀 배후부지 가액 135억 7천만 원만 과세표준으로 삼아 취득세·등록세 면제를 신청했고, 과세관청은 이를 받아들여 면제 결의를 했다.
• 그러나 과세관청은 이후 안벽 가액도 과세표준에 포함해야 하고 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세는 감면 대상이 아니라고 보아, 2012년 2월 17일 원고에게 농어촌특별세 590,974,870원(가산세 포함)을 부과했다.
• 원고는 안벽이 항만법상 항만시설(구축물)이어서 토지가 아니고, 납세고지서에 산출근거가 빠져 절차적으로도 위법하다며 이 부과처분의 취소를 구하는 소송을 냈다.

항만공사(원고)는 공유수면을 매립해 조성한 매립지(배후부지와 안벽)를 취득하면서 안벽 가액을 제외한 배후부지 가액만 과세표준으로 삼아 취득세·등록세 감면을 신청했고, 과세관청(피고)은 안벽도 토지에 해당한다며 안벽 가액까지 과세표준에 포함해 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 약 5억 9천만 원(가산세 포함)을 부과했다. 원고는 안벽이 항만시설(구축물)이어서 토지가 아니고, 납세고지서에 산출근거도 빠졌다며 부과처분 취소를 청구했으나, 법원은 안벽이 지적공부에 잡종지로 등록된 토지로서 과세대상이고 절차상 하자도 없다고 보아 청구를 받아들이지 않았다.

• 취득세 부과 대상인 '토지'는 측량·수로조사 및 지적에 관한 법률이 다루는 토지, 즉 지적공부에 소재·지번·지목·면적·경계 등이 등록된 것을 뜻한다고 풀이했다.
• 이 사건 안벽은 배후부지와 함께 지적공부에 '잡종지'로 등록된 토지이므로, 겉모습이 콘크리트 구조물이더라도 취득세·등록세 과세대상 토지에 해당한다고 봤다.
• 공유수면매립지의 토지 중 인공 구조물을 토지에 편입해 등록하는 경우 바깥쪽 어깨부분을 지상경계로 정하도록 한 시행령 규정도 근거로 삼아, 안벽 부분이 토지로 등록될 수 있음을 확인했다.
• 따라서 안벽 가액을 과세표준에 포함해 농어촌특별세를 부과한 처분이 실질과세 원칙이나 조세법률주의 원칙에 어긋난다고 볼 수 없다고 판단했다.
• 납세고지서에 안벽과 배후부지 각각의 세액·가산세 산출근거를 적지 않았다는 원고의 절차 위법 주장도 받아들이지 않아, 결국 원고의 청구를 기각했다.

겉보기에 콘크리트 구조물처럼 보이는 항만 안벽이라도 지적공부에 토지로 등록되어 있으면 취득세 등 과세대상 토지로 다뤄진다는 점을 보여준 사건이다. 공유수면 매립지의 구조물 부분을 취득할 때는 등록 형태에 따라 세금 부담이 달라질 수 있으므로, 감면 신청 전에 과세표준 범위를 꼼꼼히 확인할 필요가 있다.