영농조합법인이 법인세 면제 신청 시 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않음

• 원고는 1994년 3월 설립된 영농조합법인으로 사료 제조업을 영위함.
• 2015년과 2016년 사업연도 법인세 신고 시 조세특례제한법 제66조에 따른 법인세 면제를 신청함.
• 세무서는 2017년 11월경 원고가 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않은 것을 확인하고 수정신고를 안내함.
• 원고가 이를 이행하지 않자, 세무서는 2018년 3월 법인세 면제를 배제하고 2015년 168,895,750원, 2016년 191,083,490원을 부과함.
• 원고는 조세심판원에 불복 청구했으나 기각되자 소송을 제기함.

원고(영농조합법인)가 2015, 2016년 법인세 면제 신청 시 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않아 세무서가 면제를 배제하고 법인세를 부과한 처분이 적법하다고 판단됨. 법원은 시행령 규정이 조세법률주의에 위반되지 않고, 가산세 부과에 정당한 사유가 없다고 보아 원고의 청구를 기각함.

• 조세특례제한법 시행령 제63조 제7항은 모법인 조세특례제한법 제66조 제8항의 위임에 따라 농업경영체 등록확인서 제출을 요구한 것이므로 위임의 한계를 벗어나지 않음.
• 원고가 2017년 11월에야 농업경영체로 등록한 점을 고려하면, 2015년과 2016년에는 감면요건을 갖추지 못함.
• 가산세 부과에 정당한 사유가 있다는 주장에 대해, 법령의 부지나 오인은 정당한 사유에 해당하지 않으며, 세무서의 안내 부재나 개정세법 해설서 미기재도 정당한 사유로 볼 수 없음.

조세감면을 받기 위해서는 법령이 요구하는 서류를 반드시 제출해야 하며, 이를 알지 못했다는 사정만으로는 가산세를 면제받을 수 없다. 특히 시행령 규정이 모법의 위임 범위 내에 있다면 조세법률주의에 위반되지 않는다.