법학전문대학원 설치인가를 신청한 대학들 중 일부 대학에 대해 설치인가 처분이 이루어졌으나, 위원회의 심의 과정에서 이해관계가 있는 위원이 참여한 점이 문제되었다.

• 2007년 11월 30일, 여러 대학들이 법학전문대학원 설치인가 신청서를 제출했다.
• 2008년 1월부터 2월까지, 법학교육위원회는 서면심사와 현지조사를 통해 대학별 평가와 점수를 매겼다.
• 2008년 8월 25일, 법학교육위원회는 예비인가를 받은 대학들을 대상으로 최종 설치인가 심의를 진행했다.
• 2008년 8월 29일, 교육과학기술부장관은 25개 대학에 대해 법학전문대학원 설치인가를 확정하고 9월 2일 통보했다.
• 원고는 전남대, 전북대, 제주대, 원광대에 대한 설치인가 처분이 위법하다며 행정소송을 제기했다.
• 법원은 위원 중 일부가 자기 소속 대학 심의에 부적절하게 관여한 점을 인정했으나, 전체 처분의 무효는 아니라고 판단했다.

교육과학기술부장관이 2008년 9월 2일 전남대 등 4개 대학에 법학전문대학원 설치인가를 한 처분에 대해 원고가 위법성을 주장했다. 쟁점은 위원회의 심의 과정에서 이해관계가 있는 위원이 참여했는지 여부였으며, 법원은 일부 위원의 부적절한 관여가 있었으나 전체 처분이 무효가 될 정도는 아니라고 판단해 원고의 주장을 대부분 기각했다.

• 법학교육위원회 위원 중 소속 대학이 심의 대상인 경우 해당 대학 심의에는 관여하지 못하도록 규정되어 있으나, 경원 관계 대학 심의까지 포함하는 것은 아니라고 해석했다.
• 일부 위원이 자기 소속 대학 심의에 관여한 사실은 인정되나, 이는 중대한 하자라기보다는 취소 사유에 불과하다고 봤다.
• 예비인가와 최종 설치인가는 연속된 절차로, 예비인가 단계의 하자가 최종 처분에 영향을 미친다고 판단했다.
• 원고를 포함한 대학들은 입학정원 배분 등에서 경쟁 관계에 있어, 원고가 처분을 다툴 자격이 있다고 인정했다.
• 전체 처분의 공공복리와 법적 안정성을 고려해, 일부 하자가 있다고 해서 처분 전체를 무효로 할 필요는 없다고 판단했다.

법학전문대학원 설치인가 과정에서 일부 위원이 자기 대학 심의에 부적절하게 참여한 점은 인정되었으나, 그 하자가 전체 설치인가 처분을 무효로 할 정도는 아니라고 법원이 판단했다. 이에 따라 원고의 주장은 대부분 받아들여지지 않았다.