운수업 법인이 차량을 지입차주에게 양도하고 부가가치세를 신고하지 않았으며, 토지와 지상물을 함께 양도하면서 가액 구분이 분명했음에도 기준시가 공제 방식으로 과세가 이루어졌다.

• 원고는 OO지역에서 운수업 및 서비스업(추럭지입)을 영위하는 법인으로, 1978년 2기 3예정(1978. 7. 1.~9. 30.) 부가가치세를 신고하면서 과세표준금액 0원, 매출세액 0원, 매입세액 금3,207,891원, 환급세액 금3,207,891원을 피고에게 신고하였다.
• 피고는 당초 원고가 신고한 대로 결정하였다가 1981. 9. 18. 원고가 1978. 7. 26.부터 8. 31.까지 차량 17대를 금70,317,368원에 매입하여 이를 그 금액대로 각 지입차주에게 양도하였으므로 부가가치세 금7,031,736원을 신고납부하여야 함에도 이를 이행하지 않았다고 보아 추가 부과고지하였다.
• 원고는 1978년 2기 4예정(1978. 10. 1.~12. 31.) 부가가치세를 신고하면서 과세표준금액 금2,951,000원, 매출세액 금295,100원, 매입세액 금5,313,650원, 환급세액 금5,018,550원을 신고하였는데, 피고는 1981. 9. 18. 원고가 1978. 9. 7.부터 9. 27.까지 차량 13대를 금52,955,498원에 매입하여 각 지입차주에게 양도하였다며 추가 부과고지하였다.
• 원고는 1979년 1기분 부가가치세를 신고하면서 과세표준금액 금7,370,310원, 매출세액 금737,031원, 매입세액 금10,076,924원을 공제한 금9,339,893원을 환급세액으로 신고하였는데, 피고는 1981. 9. 18. 원고가 차량 4대, 냉동탑 4개를 금83,341,787원에 매입하여 각 지입차주에게 양도하였다며 추가 부과고지하였다.
• 피고는 원고의 1979년 2기분 부가가치세를 갱정결정하면서 과세표준금액을 금25,274,000원으로 하고 매출세액 금2,527,400원에 가산세를 더하고 매입세액 등을 공제한 금1,198,851원을 부과고지하였다.
• 원고가 1979. 11. 15. OO지역 소재 토지와 지상건물을 금12,000,000원에, 같은 달 27일 다른 토지와 지상물을 금18,400,000원에 각각 양도하였는데, 피고는 토지와 지상물의 가액 구분계산이 불분명하다고 보아 총공급가액 금30,400,000원에서 토지 기준시가 금11,511,000원을 공제한 금18,889,000원을 지상물 공급가액으로 하여 부가가치세 금2,111,070원을 추가 부과하였다.

원고인 운수업 법인이 차량을 지입차주에게 양도한 뒤 부가가치세를 신고하지 않아 피고인 세무서장이 추가 부과처분을 내렸고, 또한 토지와 지상물을 함께 양도하면서 가액 구분이 분명함에도 피고가 기준시가 공제 방식으로 부가가치세를 부과한 사건이다. 원고는 지상물 공급가액을 2,650,000원으로 보아야 한다고 주장했고, 법원은 피고가 1981. 9. 3. 원고에 대하여 한 1981년 수시분(1979년 2기 귀속분) 부가가치세 금2,111,070원의 부과처분을 취소하고 원고의 나머지 청구는 기각하였다.

• 법원은 원고가 차량을 지입차주에게 양도한 행위가 부가가치세법상 재화의 공급에 해당하여 과세대상이 된다고 보았다. 다만 원고가 신고하지 않은 부분에 대한 추가 부과처분 자체는 인정하면서도, 토지와 지○○ 양도 부분에 대해서는 가액 구분이 분명함에도 피고가 기준시가 공제 방식을 적용한 것은 잘못이라고 판단하였다.
• 부가가치세법 시행령 제49조의2는 토지와 지상물을 함께 양도하면서 그 가액의 구분계산이 불분명한 경우에만 기준시가 공제 방식을 적용하도록 규정하고 있는데, 이 사건에서는 원고가 지상물 공급가액을 금2,650,000원으로 명확히 구분하여 신고하였으므로 구분계산이 불분명한 경우에 해당하지 않는다고 보았다.
• 따라서 피고가 총공급가액에서 토지 기준시가를 공제한 금18,889,000원을 지상물 공급가액으로 보아 과세한 부분은 위법하므로, 1981. 9. 3.자 부가가치세 금2,111,070원 부과처분은 취소되어야 한다고 판결하였다.
• 반면 차량 양도와 관련된 1981. 9. 18.자 부가가치세 금26,859,898원 부과처분에 대해서는 원고의 청구를 기각하였는데, 이는 차량 양도가 과세대상임에도 원고가 신고를 이행하지 않았다는 점이 인정되었기 때문이다.
• 소송비용은 5분하여 그 4를 원고가, 나머지를 피고가 부담하도록 하여, 원고가 일부 승소하고 일부 패소한 것으로 판단하였다.

이 사건은 토지와 지상물을 함께 양도할 때 가액 구분이 분명하면 기준시가 공제 방식이 아닌 실제 구분된 가액으로 부가가치세를 과세해야 한다는 점을 보여준다. 또한 차량 지입차주에 대한 양도도 부가가치세 과세대상이 될 수 있음을 확인시켜 주며, 세무신고 시 거래의 성격과 가액 구분을 명확히 하는 것이 중요하다는 교훈을 준다.