비영리 법인이 병원 신관건물 신축과 주차장 운영 관련 부가가치세 매입세액 산정 방법을 두고 과세관청과 다툼을 벌임

• 비영리 법인인 원고가 서울 OO지역에서 병원과 주차장, 장례식장 등 여러 사업을 운영하고 있었다.
• 2005년부터 2008년까지 병원 신관건물을 신축했고, 2009년부터 신관 지하주차장 일부를 외부 업체에 임대했다.
• 원고는 신관건물 신축과 주차장 운영에 관련된 부가가치세 매입세액을 신고하면서, 공통매입세액의 불공제액 산정 방법에 대해 과세관청과 다툼이 있었다.
• 과세관청은 원고의 신고 내용과 다르게 매입세액을 재계산해 경정고지 및 환급 거부 처분을 내렸다.
• 원고는 이에 불복해 조세심판원에 심판을 청구했으나 기각되었고, 법원에 소송을 제기했다.

원고인 비영리 법인은 병원 신관건물 신축과 주차장 운영에 따른 부가가치세 공통매입세액의 불공제액 산정 방법을 두고 과세관청과 다툼을 벌였다. 쟁점은 신관건물 신축 시 예정사용면적 비율 적용 여부, 직영주차장 공통매입세액 산정 시 유료·무료 주차 비율 적용 여부, 그리고 신관주차장 임대에 따른 매입세액 환급 인정 여부였다. 법원은 원고의 주장을 받아들이지 않고 과세관청의 처분이 적법하다고 판단했다.

• 2007년 제1기와 제2기에는 신관건물이 완공되지 않아 예정사용면적 비율을 적용할 수 없고, 신관건물은 기존 병원의 확장에 불과해 별도의 독립된 사업으로 보지 않았다.
• 따라서 신관건물 관련 공통매입세액은 병원 전체의 과세·면세 공급가액 비율에 따라 안분하는 것이 적절하다고 보았다.
• 직영주차장의 경우, 무료 주차는 의료서비스의 일부로 제공된 것으로 판단해 주차장업을 별도의 과세사업으로만 보지 않고 병원 전체 공급가액 비율로 안분했다.
• 신관주차장 임대는 외형상 임대했으나 실질적으로는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 매입세액 환급 대상이 아니라고 봤다.
• 이와 같은 이유로 과세관청의 부가가치세 경정고지 및 환급 거부 처분이 적법하다고 판단했다.

비영리 법인이 병원 신관 신축과 주차장 운영에 따른 부가가치세 매입세액 산정 방식에 대해 과세관청과 다툼을 벌였으나, 법원은 신관건물이 기존 병원의 일부로 보아 병원 전체 공급가액 비율에 따라 매입세액을 안분하는 과세관청의 방식을 인정했다. 또한 주차장 운영과 임대 관련 매입세액 환급도 인정하지 않았다.