원고가 토지를 취득하며 취득세 등을 신고납부한 뒤 매도인 요청으로 매매대금을 수정하고 초과납부세액 환급을 청구함

【심급】 1심 【세목】 기타 【주문】 1. 피고가 2007. 12. 14. 원고에 대하여 한 환급거부처분 중****에 관한 취득세 12,960,110원 중 9,160,110원, 농어촌특별세 1,296,010원 중 916,010원, 등록세 12,960,110원 중 9,160,110원, 교육세 2,592,020원 중 1,832,020원을 초과하는 부분을 각 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용 중 3/5는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 【이유】 이 유 1. 처분의 경위 가. 원고는, (1) 2007. 10. 11.소외 ****,****으로부터 ****임야 66,678㎡에 대한 합계 11,570.3/124,595 지분(이하 ‘이 사건 제1토지’라 한다)을 합계 4,285,479,194원(매매대금 3,968,000,000원+취득부대비용 317,479,194원)에 취득함에 따라 취득세 42,854,800원, 농어촌특별세 4,285,480원, 등록세 42,854,800원, 교육세 8,570,960원(원래 취득세 85,709,580원, 농어촌특별세 8,570,940원, 등록세 85,709,580원, 지방교육세 17,141,900원이나 노인복지시설 설치 부지에 해당하여 1/2 감경되었다)으로　 하여 신고ㆍ납부하고, (2) 같은 날소외 ****으로부터같은 동 315-5번지118㎡(이하 ‘이 사건 제2토지’라 한다)를 648,005,926원(매매대금 600,000,000원+취득부대비용 48,005,926원)에 취득함에 따라 취득세를 12,960,110원, 농어촌특별세를 1,296,010원, 등록세를 12,960,110원, 지방교육세를 2,592,020원으로 신고하고(이 사건 제2토지에 대한 취득세 등은 감면대상이 아니다), 2007. 10. 11. 및 2007. 11. 8. 이를 납부하였다. 나. 원고는 2007. 12. 7. 이 사건 각 토지의 매매대금이 당초 신고한 가액과 달리 2,290,478,140원, 410,000,000원라고 주장하면서, 이에 따른 취득가액의 수정신고를 하고, 이 사건 제1토지 및 제2토지에 관한 초과납부세액인 취득세 등의 환부를 구하였으나, 2007. 12. 14. 피고는 이 사건의 경우는 수정신고의 대상이 될 수 없다고 보아 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다) [인정근거] 갑 제17호증의 1 내지 4, 갑 제28, 29호증의 각 1, 2, 갑 제31호증, 을 제1, 2호증, 을 제3호증의 1 내지 8, 을 제4, 5호증의 각 1 내지 4, 을 제6호증의 1 내지 6의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 거부처분의 적법여부 가. 이 사건 제1토지에 대한 판단 (1) 원고의 주장 원고는 도시계획시설(노인복지시설)을 설치하기 위하여 당초 이 사건 제1토지를 포함한 ****임야 122,266㎡ 중****,****지분 전부를 매매대금 42억 원에 매수하기로 하였으나, 위산 22-1임야 중 66,678㎡에 대하여만 도시계획시설결정이 이루어졌고 도시계획결정이 이루어지지 아니한 부분은 관련법령에 따라 원고와 같은 일반법인에게 매도하는 것이 불가능하여 위산 22-1토지를 도시계획결정이 이루어진 ****임야 66,678㎡와 도시계획결정이 이루어지지 않은같은 동 308-11임야 55,588㎡(위 토지 중****,****지분 전부를 ‘이 사건 제3토지’라 한다)로 분필한 다음 이 사건 제1토지눈 원고가 3,968,000,000원에, 이 사건 제3토지는(원고의 대주주인****의 대주주)이 232,000,000원에 매수하기로 하는 계약을 체결한 바 있으나, 이후 매도인들이 세금문제 등으로 매매대금의 수정을 요구하여 이 사건 제1토지의 매매대금을 2,290,478,140원으로, 이 사건 제3토지의 매매대금을 1,909,521,860원으로 수정하고 이 사건 제3토지의 취득세 등을 위 매매대금에 따라 납부하였으므로, 이 사건 제1토지에 대한 취득세 등도 수정된 매매대금인 2,290,478,140원을 기준으로 산정하여야 할 것이다. (2) 관련법령 별지 기재와 같다. (3) 판단 지방세법 제71조 제1항에서 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 수정신고 할 수 있는 대상을 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적ㆍ가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우와 신고납부 당시에 있어서 증빙서류의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸한 경우로 규정하고 있다. 그런데, 갑 제1 내지 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고는 당초****,****으로부터 위산 22-1토지 중****,****지분을 42억 원에 취득하기로 하였으나, 이 사건 제1토지를 포함한 부분에만 도시계획결정이 이루어져, 이 사건 제1, 3토지에 대한 감정평가 결과(이 사건 제1토지 1,150,000원, 이 사건 제3토지 45,000원)를 고려하여 각 매매대금을 3,968,000,000원 및 232,000,000원으로 정한 후 우선 2007. 10. 11. 도시계획결정에 따른 사업을 조속히 추진하고자 이 사건 제1토지에 관한 매매계약을 체결하고 이를 취득하여 위 매매대금에 따라 취득세 등을 신고납부한 사실, ② 그런데, 매도인 측이 이 사건 제1토지에 대한 소유권이전등기 이후 세금문제 등을 이유로 매매대금을 각각의 면적비율에 따라 수정할 것을 요청하였고, 이에 2007. 10. 30. 이 사건 제1토지의 매매대금을 2,290,478,140원으로 하여 부동산거래계약변경신고 및 소유권경정등기를, 이 사건 제3토지에 대하여 매매대금을 1,909,521,860원으로 한 소유권이전등기를 경료한 사실을 인정할 수 있는바, 위와 같이 감정 등을 통하여 정상적으로 정해진 매매대금을 매도인의 세금문제 등을 해결하기 위하여 그 요청에 따라 편의로 수정한 것에 불과한 경우를 두고 위 규정에서 들고 있는 과세요건 성립 후의 사정변경으로 과세표준액 등을 변경하여야 할 경우에 해당한다고 볼 수 없고, 달리 지방세법상 수정신고 사유에 해당한다고 볼 만한 자료도 없다. 나. 이 사건 제2토지에 대한 판단 (1) 원고의 주장 원고는 2006. 12.경 ****답 553㎡(위 토지에서 이 사건 제2토지와 ****답 55㎡가 분할되어 나옴) 중 위 노인복지시설을 위하여 도로로 편입되는 부분은 모두 6억 원에 매수하기로 약정하였는데, 먼저 위 토지 중 이 사건 제2토지가 노인복지시설을 위한 도로부지로 확정됨에 따라 2007. 10. 11. 매매대금 600,000,000원으로 매매계약을 체결하고 이를 취득하였다. 그 후 ****답 55㎡(이하 ‘이 사건 제4토지’라 한다)도 추가로 도로부지에 편입됨에 따라 당초 약정한 매매금액 6억 원을 각 면적(118㎡, 55㎡)을 기준으로 매매대금을 안분하여 이 사건 제4토지의 매매대금을 1억 9천만 원으로, 이 사건 제2토지의 매매대금을 4억 1천만 원으로 변경하는 내용의 계약을 체결하고, 이 사건 제4토지의 취득세 등을 위 매매대금에 따라 납부하였으므로, 이 사건 제2토지에 대한 취득세 등도 수정된 매매대금인 4억 1천만원을 기준으로 산정하여야 할 것이다. (2) 판단 갑 제18 내지 26호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고는 2006. 12.경 ****답 553㎡ 중 노인복지시설을 위하여 도로로 편입되는 부분은 모두 6억 원에 매수하기로 약정한 사실, ② 위315-3토지 중 이 사건 제2토지가 노인복지시설을 위한 도로부지로 먼저 확정됨에 따라 2007. 10. 11. 이 사건 제2토지에 관하여 매매대금을 600,000,000원으로 한 매매계약서를 작성하여 이를 취득한 후 이에 따라 이 사건 제2토지에 관한 취득세 등을 신고납부한 사실, ③ 그 후 2007. 10. 15. ****로 사업지 진입부 교차로 가각부의 선형을 직선화하는 등의 내용의 교통영향평가협의 결과를 반영한 도시관리계획 변경결정 및 고시가 이루어졌는데 이에 따르면 이 사건 제4토지가 위 진입도로에 포함된 사실, ④ 그에 따라 원고는 2007. 11. 26. 이 사건 제4토지를 추가로 취득하기로 하되 매매대금은 이 사건 제2, 4토지의 각 면적을 기준으로 안분하여 이 사건 제2토지는 4억 1천만 원, 이 사건 제4토지는 1억 9천만 원으로 각 정하고 이에 따라 이 사건 제4토지에 관한 취득세 등을 신고납부한 사실을 인정할 수 있는 바, 이와 같이 원고가 이 사건 제2토지 취득시 매매대금을 6억 원으로 한 계약서를 작성하고 이에 따라 취득세 등을 신고납부하기는 하였으나, 이는 당초 이 사건 사업에 필요한 도로부지가 이 사건 제2토지뿐이였기 때문이고, 이후 교통영향평가협의에 따라 이 사건 제4토지 역시 노인복지시설의 진입도로부지에 포함됨에 따라 매수한 것으로, 이는 당초315-6토지의 취득 당시부터 도로부지에 필요할 경우 그 매매대금에 포함하기로 예정되어 있어 이 사건 제4토지의 매매대금 역시 위 6억원에 포함되어 있었다고 할 것이므로, 이는 수정신고할 수 있는 대상을 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적ㆍ가액 등이 변경된 경우에 해당하여 수정신고의 대상이 된다고 할 것이다. 3. 결 론 그렇다면. 피고의 이 사건 거부처분 중 이 사건 제2토지 부분에 관한 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.