산업단지 산업시설용지 매매대금을 미리 완납하고, 그 땅에 공장건물을 지어 사용승인을 신청함

【심급】 2심 【세목】 취득세 【주문】 1. 제1심판결을 취소한다. 2. 이 사건 소 중 주위적 청구 부분을 각하한다. 3. 이 법원에서 추가한 예비적 청구에 따라, 피고가 2019. 7. 29. 원고에게 한 취득세 등 경정청구 거부처분을 취소한다. 4. 소송 총비용은 각자 부담한다. 【이유】 □ 청구취지 및 항소취지 1. 청구취지 가. 주위적 청구취지 피고가 원고에게 한 2019. 5. 20.자 취득세 62,610,020원, 농어촌특별세 3,130,500원, 지방교육세 6,261,000원 합계 72,001,520원의 추징 부과처분, 2019. 7. 23.자 위 각 세금의 징수처분 및 가산세 17,990원 부과처분을 각 취소한다. 나. 예비적 청구취지 주문 제3항과 같다(원고는 당심에서 예비적 청구를 추가하였다). 2. 항소취지 제1심판결을 취소한다. 주위적 청구취지와 같은 판결. □ 이 유 1. 처분의 경위 가. 원고는 2013. 7. 26. ****(이하 ‘소외 회사’라고 한다)로부터 소외 회사가 조성하는 산업단지(이하 ‘이 사건 산업단지’라고 한다) 중 **** 산업시설용지(일반공업지역) 3,967㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 21억 251만 원에 매수하기로 하는 용지매매계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다. 당시 작성된 계약서(을 제5호증)의 주요 내용은 아래와 같다. 대금납부방법구분납부약정일납부할 금액계약보증금2013-07-26210,251,0001차 중도금2013-12-20315,376,5002차 중도금2014-06-20315,376,5003차 중도금2014-12-20315,376,5004차 중도금2015-06-20315,376,5005차 중도금2015-12-20315,376,500잔금2016-06-30315,376,500합계2,102,510,000 을(소외 회사)은 갑(원고)이 매매대금을 납부하기로 한 날보다 미리 납부하는 경우에는 을이 정하는 이율에 따라 산정한 금액을 할인(이하 ‘선납할인’이라 한다)하여 수납할 수 있다. (이하 생략) 제4조(토지사용가능시기)① 토지사용가능시기라 함은 사용예정인 토지가 설계상의 계획고를 준수하여 절토 또는 성토된 것으로 그 토지에 작업차량이 진입가능한 가설용도로가 개설된 상태가 된 시점을 말한다.② 토지사용가능시기는 2016. 6. 30.로 한다. 단 을은 토지사용이 조기화될 수 있도록 조성공사에 최선을 다하되, 제7조 제2항 단서 중 어느 하나의 사유로 토지사용가능시기가 변동될 수 있다. 제5조(목적용지의 사용)② 갑은 매매대금을 완납하고 소유권이전등기 후에 목적용지를 지정용도로 사용할 수 있다. 다만 소유권이전등기 전이라고 하더라도 갑이 미납잔대금(지연손해금을 포함한다)을 완납하고 토지사용을 요청할 경우 을은 용지조성공사 진척 정도를 판단하여 갑의 토지사용이 가능하다고 판단될 경우 미리 갑에게 그 사용을 승낙할 수 있다. 나. 원고는 이 사건 계약에서 정한 잔금 지급일인 2016. 6. 30.보다 이른 2015. 3. 18.까지 선납할인 받은 대금 2,066,176,899원을 완납하였고, 2016. 5. 31. 피고에게 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세특례제한법’이라 한다) 제78조 제4항에 의하여 경감된 취득세, 농어촌특별세, 지방교육세를 신고ㆍ납부하였다. 다. 소외 회사는 2017. 3. 31. 이 사건 산업단지 개발사업에 관하여 부분준공인가를 받은 후 2017. 5. 10. 이 사건 토지에 관하여 ‘○○시 ○○면 ○○리 15○-5 공장용지 3966㎡’로 소유권보존등기를 마쳤고, 원고는 2017. 6. 27. 이 사건 계약을 원인으로 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다. 라. 원고는 이 사건 토지 위에 공장건물을 완공한 다음 2019. 4. 23. 피고에게 사용승인을 신청하였고, 피고는 2019. 5. 16. 사용승인을 하였다. 마. 원고는 2019. 5. 20. 이 사건 토지의 취득에 관하여 위와 같이 경감된 취득세의 감면분 62,610,020원, 농어촌특별세의 감면분 3,130,500원, 지방교육세의 감면분 6,261,000원 합계 72,001,520원(취득세, 농어촌특별세, 지방교육세의 각 감면분을 통틀어 이하 ‘취득세 등’이라 한다)을 신고(이하 ‘이 사건 신고’라고 한다)하였다. 바. 원고가 취득세 등을 납부하지 아니하자 피고는 2019. 7. 2. 원고에게 납부불성실 가산세 17,990원을 부과하였다. 그리고 원고는 피고에게 2019. 7. 23. 취득세 등과 위 가산세를 납부(이 사건 신고와 함께 이하 ‘이 사건 신고ㆍ납부’라고 한다)하였고, 2019. 7. 26. 취득세 등 및 가산세의 납부가 부당하다며 경정청구를 하였으나, 피고는 2019. 7. 29. 경정청구를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 15호증, 을 제5호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다) 및 변론 전체의 취지 2. 관계 법령 별지 기재와 같다. 3. 이 사건 소 중 주위적 청구 부분의 적법 여부 원고는 피고가 2019. 5. 20. 취득세 등의 추징 부과처분, 2019. 7. 23. 취득세 등 및 가산세의 부과처분을 하였음을 전제로 주위적 청구로 위 각 처분의 취소를 구한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 원고는 2019. 5. 20. 취득세 등을 신고하고, 2019. 7. 23. 취득세 등과 가산세를 납부한 사실이 인정될 뿐, 달리 원고가 주장하는 위 추징 부과처분 등이 존재한다고 볼 만한 증거가 없다. 따라서 존재하지 아니하는 처분의 취소를 구하는 이 사건 주위적 청구 부분의 소는 부적법하다. 설령 원고가 이 사건 신고ㆍ납부가 처분임을 전제로 주위적 청구로 이 사건 신고ㆍ납부의 취소를 구하는 취지로 선해하더라도 달리 볼 수 없다. 즉, 취득세와 지방교육세는 신고납부방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고 과세관청의 별도의 부과처분은 부존재하며, 구 지방세기본법(2010. 3. 31. 법률 제10219호로 제정되어 2011. 1. 1.부터 시행된 것)에 경정청구제도가 도입되면서, 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다는 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전문 개정되어 2011. 1. 1.부터 시행되기 전의 것) 제72조 제1항이 삭제됨으로써 2011. 1. 1. 이후로는 취득세와 지방교육세의 신고납부를 처분으로 의제할 수 없게 되었다. 그리고 농어촌특별세는 취득세 등 본세를 전제로 하고 있고(농어촌특별세법 제2조 제2항 제1호), 농어촌특별세법 시행령 제6조 제2항은 “농어촌특별세를 국세기본법 제45조 및 제46조의 규정에 의하여 수정신고 및 추가자진납부를 하는 경우 수정신고의 기한·납부방법, 가산세 경감 등은 당해 본세의 예에 의한다.”고 규정하고 있는 등 불복방법에 대하여도 본세에 의지하는 종속적인 성격의 세금이다. 따라서 이 사건 신고ㆍ납부는 항고소송의 대상이 되는 처분에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 부분 소는 부적법하다. 4. 예비적 청구에 관한 판단 가. 이 사건의 쟁점 원고는 산업단지에 산업용 건축물을 건축하기 위하여 이 사건 토지를 취득하여 구 지방세특례제한법 제78조 제4항에 따라 취득세 등을 경감받았다. 그런데 피고는 원고가 정당한 사유 없이 이 사건 토지의 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 이 사건 토지 위에 신축된 공장건물에 대한 사용승인(사용승인일이 구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호의 해당 용도로 직접 사용한 날에 해당한다)을 받지 못하였으므로, 구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에 따라 취득세 등을 추징할 수 있어 이 사건 처분이 정당하다고 주장한다. 이에 대하여 원고는 이 사건 토지의 취득일로부터 3년 이내에 위 사용승인을 받았거나 설령 3년이 경과하였다 하더라도 정당한 사유가 있어 경정청구가 받아들여져야 한다고 주장한다. 따라서 이 사건 토지의 취득일과 정당한 사유의 존부를 살펴 이 사건 처분의 적법 여부를 판단한다. 나. 이 사건 토지의 취득일에 관하여 1) 원고의 주장 이 사건 토지의 취득일은 부분준공인가일인 2017. 3. 31. 또는 이 사건 계약서상 잔금지급약정일인 2016. 6. 30.이다. 2) 판단 구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제7조 제2항에 따르면, 부동산 등의 취득은 민법 등 관계 법령에 따른 등기 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 취득한 것으로 보고, 구 지방세법 제10조 제7항, 구 지방세법 시행령(2016. 12. 30. 대통령령 제27710호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법 시행령’이라 한다) 제73조 제2항 제1호, 구 지방세법 제10조 제5항 제3호, 구 지방세법 시행령 제18조 제3항 제2호에 따르면, 금융거래내역 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장, 보조장 등 법인장부에 따라 취득가격이 증명되는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일에 취득한 것으로 본다. 그런데 원고가 2015. 3. 18. 선납할인된 대금을 완납한 사실은 앞서 본 바와 같고, 앞서 든 증거, 을 제8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 앞서 본 원고의 대금완납이 소외 회사의 원장에 기록되어 있는 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 원고의 이 사건 토지의 취득은 법인장부에 따라 취득가격이 증명되는 유상승계취득에 해당하므로, 원고는 사실상의 잔금지급일인 2015. 3. 18. 이 사건 토지를 취득한 것으로 보아야 한다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다. 다. 정당한 사유의 존부에 관하여 1) 피고의 주장 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 소외 회사의 이 사건 산업단지 조성공사가 진행중이서 바로 이 사건 토지를 사용할 수 없는 정당한 사유가 있었다. 하지만 소외 회사가 피고에게 보낸 공문에 따르면, 2016. 4.경부터 이 사건 토지의 사용이 가능하였으므로, 그 무렵 이 사건 토지의 사용에 관한 위와 같은 장애사유가 제거되어 정당한 사유가 소멸되었는데, 그로부터 3년이 지나 공장건물의 사용승인이 이루어졌다. 2) 판단 구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에서 말하는 ‘정당한 사유'란 그 취득 토지를 산업용 건축물 등의 건축 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나, 또는 내부적으로 토지를 위 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말한다. 이러한 법리에 비추어 보건대, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 제1심의 소외 회사에 대한 사실조회결과 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 소외 회사는 2016. 3. 17. ○○시 도시개발과에 ’○○테크노밸리 건축허가 검토 요청사항과 관련 회신‘이라는 제목의 공문을 보냈는데, 그 공문에 “당사는 사업시행자 자격으로 토지사용에 지장이 없다고 판단되어 토지사용이 가능함(16년 4월부터 토지사용이 가능하며 착공시기에 맞춰 16년 3월부터 건축허가 신청예정)”이라고 기재되어 있고, 이 사건 토지도 2016. 4.경부터 사용가능하였던 사실, 이 사건 토지에 인접한 ○○시 ○○면 ○○리 15○-4 지상의 공장건물에 관하여 2016. 4. 7. 건축허가가 나서 2016. 5. 3. 착공이 이루어졌고 2016. 12. 7. 사용승인이 이루어졌으며, 이 사건 토지 인근의 위 ○○리 1530-2 지상의 창고시설에 대하여 2016. 4. 5. 건축허가가 나서 2016. 4. 14. 착공이 이루어졌고, 2016. 10. 12. 사용승인이 이루어진 사실, 2016년 11월자 이 사건 토지 주변 항공사진을 보면, 이 사건 토지 주변에 도로가 개설되어 있었고, 건축물이 완공되었거나 신축 중이었던 사실을 인정할 수 있다. 그러나 한편, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 앞서 인정한 사실만으로 2016. 4.경부터 원고가 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 것에 대한 정당한 사유가 소멸되었다고 볼 수 없고, 2016. 6. 30. 비로소 위와 같은 정당한 사유가 소멸되었다고 볼 수 있다. 따라서 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다. 1) 원고가 2015. 3. 18. 대금을 완납할 당시 이 사건 토지를 포함한 이 사건 산업단지 조성공사가 진행 중이어서 원고는 이 사건 토지를 사용할 수 없었던 상태이었다. 그리고 이 사건 계약서 제4조에 따르면, 이 사건 토지의 사용가능시기가 2016. 6. 30.로 기재되어 있으므로, 원고는 2016. 6. 30. 전에 이 사건 토지를 사용할 수 없다고 인식하였고, 그러한 인식은 정당하다고 볼 수 있다. 2) 이 사건 계약서 제5조에 따르면, 원고가 이 사건 토지를 사용하기 위해서는 먼저 원고가 소외 회사에 이 사건 토지사용을 요청하고 소외 회사는 조성공사 진척 정도를 판단하여 토지사용이 가능하다고 판단될 경우 미리 원고에게 그 사용을 승낙한다. 그런데 원고는 2016. 6. 30. 이전에 소외 회사에 이 사건 토지의 사용을 요청하지 아니하였고, 소외 회사도 2016. 6. 30. 이전에 원고에게 이 사건 토지의 사용이 가능함을 알리지 아니하였다. 그리고 그 밖에 다른 경로로 원고가 2016. 6. 30. 이전에 이 사건 토지의 사용이 가능하였다는 사정을 알았다고 볼 만한 자료도 없다. 따라서 설령 이 사건 토지가 2016. 4.경부터 사용가능한 상태이었다 하더라도 원고는 이러한 사정을 알 수 없었고, 알지 못한 데에 원고의 잘못이 있다고 볼 수 없다. 3) 소결론 따라서 원고의 이 사건 토지 취득일은 2015. 3. 18.이지만 그 당시 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있었고, 그 정당한 사유는 2016. 6. 30. 소멸하였다. 그런데 원고는 그로부터 3년 내인 2019. 5. 16. 공장건물 사용승인을 받아 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하였으므로, 구 지방세특례제한법 제78조 제5항 제1호에서 정한 감면된 취득세 추징의 요건이 성립하지 아니하였다. 결국 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 5. 결론 그렇다면 이 사건 소 중 주위적 청구에 관한 부분은 부적법하여 각하하고, 예비적 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 그런데 주위적 청구에 관한 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 이를 취소하고 이 부분 소를 각하하며, 당심에 추가된 예비적 청구에 따라 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 관계 법령 ■ 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것) 제78조(산업단지 등에 대한 감면) ④ 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 제1호 각 목의 지역(이하 "산업단지 등"이라 한다)에서 취득하는 부동산에 대해서는 제2호 각 목에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다. 1. 대상 지역 가. 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지 나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역 다. 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지 2. 경감 내용 가. 산업용 건축물 등을 건축하려는 자[공장용 건축물(「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물을 말한다)을 건축하여 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다]가 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2016년 12월 31일까지 경감한다. 다. 가목의 부동산에 대해서는 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 100분의 75를 경감)한다. ⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 제4항에 따라 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 ■ 구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것) 제7조 (납세의무자 등) ② 부동산등의 취득은 「민법」, 「자동차관리법」, 「건설기계관리법」, 「항공안전법」, 「선박법」, 「입목에 관한 법률」, 「광업법」, 「수산업법」 또는 「양식산업발전법」 등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다. 제10조 (과세표준) ⑤ 다음 각 호의 취득(증여·기부, 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다. 3. 판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득 ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. ■ 구 지방세법 시행령(2016. 12. 30. 대통령령 제27710호로 일부개정되기 전의 것) 제18조(취득가격의 범위 등) ③ 법 제10조 제5항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다. 2. 법인장부: 금융회사의 금융거래 내역 또는 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서. (단서 생략) 제73조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다. 1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일 ■ 산업입지 및 개발에 관한 법률 ① 사업시행자가 산업단지개발사업을 완료하였을 때에는 지체 없이 대통령령으로 정하는 바에 따라 실시계획승인권자의 준공인가를 받아야 한다. ⑦ 제1항에 따른 준공인가 전에는 산업단지개발사업으로 조성된 용지나 설치된 시설물을 사용할 수 없다. 다만, 사업시행자(제16조 제1항 제3호 중 산업단지개발계획에 적합한 시설을 설치하여 입주하려는 자는 제외한다)가 산업단지개발사업에 지장이 없다고 인정하는 경우에는 그러하지 아니하다.