법인등기부상 본점을 대도시 밖에서 대도시 안으로 옮긴 뒤 5년 안에 부동산을 취득함

- 1 - 서 울 행 정 법 원 제 2부 판 결 사 건2025구합53566 취득세 등 부과처분 취소청구 원 고A 피 고서울특별시 ****청장 변 론 종 결2026. 4. 16. 판 결 선 고2026. 6. 4. 주 문 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 12. 8. 원고에게 한 취득세 1,127,860,960원(가산세 포함) 및 지방교육세 210,126,160원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다. 이 유 1.처분의 경위 - 2 - 가.원고는 2010. 8. 11. 설립되어 금융 자문 및 컨설팅 등을 영위하는 법인으로, 그 발행주식 총수를 대표이사 B이 소유하고 있다. 나.원고의 법인등기부상 본점 소재지, B의 주민등록상 주소지는 아래와 같다. 원고의 법인등기부상 본점 소재지B의 주민등록상 주소지 기간 1) 주소 대도시 여부 2) 기간주소 대도시 여부 2010. 8. 1. ~2013. 7. 31. 서울 **** **** ****대도시 내 2008. 2. 25. ~2014. 6. 12. 서울 **** **** (F건 물) 대도시 내 2013. 8. 1. ~2014. 11. 20. 서울 **** **** **** 대도시 밖 (산업단지) 2014. 6. 13. ~2022. 3. 27. 서울 **** **** (O 건물) 2014. 11. 21. ~2015. 11. 30. 서울 **** I 대도시 내 2015. 12. 1. ~2024. 3. 28. 서울 **** **** (****) 2022. 3. 28. ~현재 서울 **** **** (O 건물) 2024. 3. 29. ~현재 서울 **** **** (M건 물) 다.원고는 2018. 12. 11. 서울 **** Q 등 4필지 및 지상 건축물(이하 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 취득하고, 구 지방세법(2019. 12. 31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제7호 나목에 따른 일반세율(4.0%)을 적용 1) 이전 연월일 기준 2) 수도권정비계획법 제6조에 따른 과밀억제권역으로서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률을 적용받는 산업단지는 제외된다 [구 지방세법(2019. 12. 31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항 참조]. - 3 - 하여, 피고에게 취득세 764,599,980원, 지방교육세 76,459,980원, 농어촌특별세 38,229,990원을 신고ᆞ납부하였다. 라.피고는, 원고가 본점을 대도시 밖에서 대도시로 전입한 2014. 11. 21. 이후 5년 이내에 이 사건 부동산을 취득하였다는 이유로 구 지방세법 제13조 제2항 제1호에 따른 중과세율(8.0%)을 적용하여, 2022. 12. 8. 원고에게 취득세 1,127,860,960원(가산세 포함), 지방교육세 210,126,160원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 5, 10, 11, 20호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2.관계 법령 별지 기재와 같다. 3.이 사건 처분의 위법 여부 가.원고의 주장 서울 **** ****(이하 ‘구로동 사무실’이라 한다)는 형식적으로 원고의 본점 소재지 로 등기된 장소일 뿐 실질적으로 본점 역할을 수행한 장소가 아니다. 구로동 사무실은 다른 법인의 휴대폰 창고로서 원고의 사업을 영위할 인적ᆞ물적 설비를 갖추지 못하였 다. 원고는 별도로 사무실을 두지 않고 대표이사 B의 1인 회사로 운영되었으므로, B 이 거주하던 서울 **** 주소지를 원고의 본점으로 보아야 한다. 구로동 사무실이 원 고의 본점이라는 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다. 나.관련 판례 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자 에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험의 법칙에 비추어 과세요건사실이 - 4 - 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는 납세의무자가 문제로 된 해당 사실이 경험의 법칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 해당 사건에서 그와 같은 경험의 법칙의 적용을 배 제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점 등을 증명하지 못하는 한 해당 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2006. 9. 22. 선고 2006두6383 판결 등 참조). 다.판단 상업등기에는 원칙적으로 등기된 사항이 진실하다는 사실상의 추정력이 인정된다. 앞서 본 바와 같이 원고의 법인등기부상 본점이 2014. 11. 21. 대도시 밖에 해당하는 구로동 사무실에서 대도시 내로 변경된 것으로 등기되어 있으므로, 원고가 2014. 11. 21. 본점을 대도시 밖에서 대도시로 전입하였다고 추정되고, 원고는 그로부터 5년 이 내인 2018. 12. 11. 이 사건 부동산을 취득하였다. 따라서 구로동 사무실이 원고의 본 점에 해당하지 않는다고 볼 수 있는 특별한 사정에 관한 증명이 없다면, 이 사건 처분 이 과세요건을 충족하지 못하여 위법하다고 볼 수 없다. 그런데 앞서 든 증거, 갑 제12호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음 사정, 즉 ➀ 원고는 구로동 사무실에 관하여 임대차계 약을 체결한 후 2013. 8. 12. 법인등기부상 본점 소재지로 변경등기를 마쳤을 뿐 아니 라 2013. 8. 26. 부가가치세법에 따른 사업장 소재지로 정정신고를 한 점, ➁ 이후 원 고는 구로동 사무실을 본점 내지 사업소 소재지로 하여 구로세무서장에게 법인지방소 득세, 주민세 균등분 등을 신고ᆞ납부한 점, ➂ 구로동 사무실을 본점 소재지로 등기한 2013. 8. 1.부터 2014. 11. 20.까지 원고의 매출이 발생하지 않은 것으로 보이는바, 같 은 기간 B의 서울 **** 주소지에서 원고의 사업이 행하여졌다고 볼 만한 객관적인 - 5 - 자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 구로동 사무실이 원고 의 본점에 해당하지 않는다고 인정하기 어렵다. 결국 구로동 사무실이 원고의 본점이라는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법 하지 않다. 4.결론 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. - 6 - 별지 관계 법령 ▣ 구 지방세법(2019. 12. 31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것) 제6조(정의) 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다. 19. “중과기준세율”이란 제11조 및 제12조에 따른 세율에 가감하거나 제15조제2항에 따른 세율의 특례 적용기준이 되는 세율로서 1천분의 20을 말한다. 제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 7. 그 밖의 원인으로 인한 취득 나. 농지 외의 것: 1천분의 40 제13조(과밀억제권역 안 취득 등 중과) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조제1항의 표 준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다. 다만, 제11 조제1항제8호에 해당하는 주택을 취득하는 경우의 취득세는 같은 조 제1항의 표준세율과 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용하고, 「수도권정비계획법」 제6조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지는 제외한다. 이하 이 조 및 제28조에서 "대도시"라 한다)에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "대도시 중과 제외 업종"이라 한다)에 직접 사용 할 목적으로 부동산을 취득하거나, 법인이 사원에 대한 분양 또는 임대용으로 직접 사용할 목적으로 대통령령으로 정하는 주거용 부동산(이하 이 조에서 "사원주거용 목적 부동산"이 라 한다)을 취득하는 경우의 취득세는 제11조에 따른 해당 세율을 적용한다. 1. 대도시에서 법인을 설립[대통령령으로 정하는 휴면(休眠)법인(이하 "휴면법인"이라 한다) 을 인수하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다]하거나 지점 또는 분사무소를 설치 하는 경우 및 법인의 본점ᆞ주사무소ᆞ지점 또는 분사무소를 대도시 밖에서 대도시로 - 7 - 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다. 이하 이 항 및 제28조제2항에서 같 다)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립ᆞ설치ᆞ전입 이후의 부동산 취득을 포함 한다)하는 경우 ⑧ 제2항에 따른 중과세의 범위와 적용기준, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1 항과 제2항에 따른 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다. 제74조(정의) 주민세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다. 1. "균등분"이란 개인 또는 법인에 대하여 제78조제1항에 따라 균등하게 부과하는 주민세를 말한다. 제76조(납세지) ① 균등분은 다음 각 호에서 정하는 납세지를 관할하는 지방자치단체에서 주소지 또는 사업소 소재지마다 각각 부과한다. 3. 법인: 사업소 소재지 제89조(납세지 등) ① 지방소득세의 납세지는 다음 각 호와 같다. 2. 법인지방소득세: 사업연도 종료일 현재의 「법인세법」 제9조에 따른 납세지. 다만, 법인 또는 연결법인이 둘 이상의 지방자치단체에 사업장이 있는 경우에는 각각의 사업장 소 재지를 납세지로 한다. ▣ 구 지방세법 시행령(2019. 12. 31. 대통령령 제30318호로 개정되기 전의 것) 제27조(대도시 부동산 취득의 중과세 범위와 적용기준) ③ 법 제13조제2항제1호에 따른 대도시에서의 법인 설립, 지점ᆞ분사무소 설치 및 법인의 본점 ᆞ주사무소ᆞ지점ᆞ분사무소의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인 또는 행정안 전부령으로 정하는 사무소 또는 사업장(이하 이 항에서 "사무소등"이라 한다)이 그 설립ᆞ 설치ᆞ전입 이전에 법인의 본점ᆞ주사무소ᆞ지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 취득은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)으로 하고, 같은 호에 따른 그 설립ᆞ설치ᆞ전입 이후의 부동산 취득은 법인 - 8 - 또는 사무소등이 설립ᆞ설치ᆞ전입 이후 5년 이내에 하는 업무용ᆞ비업무용 또는 사업용ᆞ 비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다. 이 경우 부동산 취득에는 공장의 신설ᆞ증설, 공장 의 승계취득, 해당 대도시에서의 공장 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득을 포함한다. 끝.