행정2025누4090서울고등법원 2심2025-09-25 선고검수완료

물류단지 내 부지에 물류시설용 건축물을 신축한 후 취득세 감면을 받으려고 경정청구를 했으나 거부되자 소송을 제기함

상소인: 쌍방
행정
행정 사건은 형량(징역·벌금)이 없습니다. 결과는 좌측 '행정 판결 결과' 카드를 확인하세요.

한눈에 요약

서울고등법원 2025누4090 행정 사건(2025년 9월 25일 선고, 2심)의 판결이다. 적용 법조는 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제22조 제1항이다.

⚖️ 본 정보는 참고용입니다
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01

사건 개요

무슨 일이 있었나

  • 원고는 물류단지로 지정된 OO지역 내 부지(이 사건 부지)를 임차한 뒤 그 위에 물류시설용 건축물(이 사건 건축물)을 신축했습니다.
  • 원고는 이 건축물 신축이 취득세 감면 규정(이 사건 경감규정)에 해당한다고 보고, 피고에게 취득세 감면을 적용해 달라는 경정청구를 했습니다.
  • 피고는 처음에는 물류단지 지정 요건을 갖추지 못했다는 이유로 거부처분(이 사건 처분)을 했습니다.
  • 이후 원고가 이의신청을 하자, 피고는 이의신청 절차부터 '물류시설용 부동산' 요건을 충족하지 못했다는 사유를 추가했습니다.
  • 원고는 2023년 3월 13일 이의신청을 했으나 같은 해 9월 25일 기각되었고, 10월 19일 조세심판원에 심판청구를 했지만 2024년 5월 29일 기각되었습니다.
  • 이에 원고는 거부처분을 취소해 달라는 행정소송을 제기했고, 1심과 2심 모두 원고의 청구를 받아들이지 않았습니다.

한눈에 보는 결론

원고가 물류단지 안에 물류시설용 건축물을 지었으니 취득세를 깎아달라고 요청했지만, 피고는 감면 요건을 충족하지 못한다며 거부했습니다. 원고는 이 거부처분을 취소하라며 행정소송을 냈고, 1심과 2심 모두 원고의 청구를 받아들이지 않았습니다. 피고가 뒤늦게 다른 감면 요건 결여를 이유로 추가한 것도 문제없다고 판단되어, 원고와 피고의 항소가 모두 기각되었습니다.

법원은 왜 그렇게 판단했나

  • 법원은 취득세 감면을 받으려면 ① 물류단지 안일 것, ② 물류사업을 직접 하려는 사람이 직접 사용하기 위해 취득할 것, ③ 대통령령이 정한 물류시설용 부동산일 것, 이 세 가지 요건을 모두 갖춰야 한다고 봤습니다.
  • 피고가 처음에는 ① 요건 결여를 이유로 들었다가 나중에 ③ 요건 결여를 추가한 것은, '원고가 부지를 임차해 건축물을 신축했다'는 같은 사실관계 안에서 법적 평가만 달리한 것이라 문제없다고 판단했습니다.
  • 원고는 심판청구 단계부터 ③ 요건 충족 여부를 충분히 다퉜기 때문에 방어권이 침해되지 않았고, 세금 부과·징수에는 행정절차법이 적용되지 않아 절차 위반도 아니라고 봤습니다.
  • 원고가 근거로 든 행정안전부 질의회신은 '토지를 먼저 취득하는 경우'를 전제로 한 해석이라 이 사건에 그대로 적용하기 어렵다고 봤습니다.
  • 1심과 2심 모두 원고와 피고의 주장이 크게 다르지 않고, 증거를 다시 살펴봐도 1심 판단이 정당하다고 인정해 양쪽 항소를 모두 기각했습니다.

핵심 정리

취득세 감면을 받으려면 법에서 정한 여러 요건을 모두 충족해야 하며, 행정청이 소송 중에 감면 요건 결여 사유를 추가하더라도 기초 사실이 같으면 허용될 수 있다는 점을 보여준 사례입니다. 또한 세금 부과·징수에는 행정절차법이 적용되지 않아 절차상 하자가 문제되지 않는다는 점도 확인할 수 있습니다.

행정 판결 결과

이 사건결과 미상

※ 행정 사건은 형량(징역·벌금)이 없고 '행정처분 취소/유지' 가 결과입니다. 원고 승소율 = (승소 + 0.5×일부) ÷ 전체.

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03

양형 인자

이 사건 판결문에서 가중·감경 사유가 별도로 명시·추출되지 않았습니다. 일부 판결은 양형 인자를 본문 안에 풀어 적기만 하고 따로 분류하지 않습니다.

↑ 가중 사유0건

기록된 사유 없음

↓ 감경 사유0건

기록된 사유 없음

【심급】 2심 【세목】 취득세 【주문】 1. 원고와 피고의 항소를 모두 기각한다. 2. 항소비용 중 원고의 항소로 인한 부분은 원고가, 피고의 항소로 인한 부분은 피고가 각 부담한다. 【이유】 1. 제1심판결 인용 원고와 피고의 각 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심 및 이 법원이 적법하게 채택하여 조사한 증거들을 원고와 피고의 주장에 비추어 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이 법원의 판결이유는 제2항과 같이 고치거나 추가하는 외에는 제1심판결의 이유와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 인용한다. 2. 고치거나 추가하는 부분 ○ 3쪽 11줄과 12줄 사이에 다음 내용을 추가하고, 12줄의 [인정근거] 란에 “갑 제7, 12, 13,호증”을 추가한다. 『바. 원고는 2023. 3. 13. 이 사건 처분에 대하여 이의신청을 하였으나 2023. 9. 25. 기각되었고, 이에 2023. 10. 19. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 5. 29. 심판청구를 기각하였다.』 ○ 7쪽 마지막 줄의 “가)” 다음에 “원고는, 위와 같은 처분사유의 추가는 처분의 기초사실에 동일성이 없고, 원고의 방어권을 침해하며, 행정절차법 제23조 제1항의 처분의 근거와 이유 제시 규정에도 위배되어 위법하다고 주장한다.”를 추가한다. ○ 8쪽 6~9줄의 “종전 처분사유 … 허용된다.” 부분을 다음과 같이 고친다. 『이 사건 경감규정은 ① 물류시설법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지 내일 것, ② 물류사업을 직접 하려는 자가 물류사업에 직접 사용하기 위해 취득할 것, ③ 대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산일 것의 요건을 모두 갖출 경우 위 조항에 기한 취득세 감면이 된다고 정하고 있다. 원고가 이 사건 부지 지상에 이 사건 건축물을 신축한 행위가 이 사건 경감규정에 해당하여 취득세 감면을 받기 위해서는, 위 요건을 모두 충족해야 한다. 그러므로 피고가 당초 이 사건 경감규정 중 ① 요건 결여를 이 사건 처분사유로 삼았다가 이의신청 절차부터 ③ 요건 결여 사유를 추가한 것은, ‘원고가 이 사건 부지를 임차하여 그 지상에 이 사건 건축물을 신축하였다’는 하나의 객관적 사실관계에 관하여 과세요건의 구성과 법적 평가만을 달리할 뿐 과세요건이 되는 기초사실을 달리하는 것은 아니다. 원고는 심판청구 절차부터 ③ 요건 충족 여부에 관하여도 충분히 다투어 왔을 뿐만 아니라, 행정절차법 제3조 제2항, 행정절차법 시행령 제2조 제5호에 따라 조세관계법령에 의한 조세의 부과ㆍ징수에 관한 사항은 행정절차법이 적용되지 아니한다. 위와 같은 피고의 처분사유 추가는 허용되고, 원고의 위 주장은 이유 없다.』 ○ 9쪽 12줄과 13줄 사이에 다음 내용을 추가한다. 『원고는, 원고의 주장을 뒷받침하는 근거 중 하나로 행정안전부 질의회신(갑 제16호증)을 제시하고 있다. 그러나 위 질의회신은 ‘행정안전부 유권해석례[지방세특례제도과-865(21.4.12.)]’를 참조하고 있고, 을 제5호증의 기재에 따르면 위 질의회신은 ‘물류단지개발사업시행자의 분양 사정상 토지 취득일 전에 미리 토지 사용승낙을 받아 5년 이내에 건축물을 신축하는 경우 취득세 감면대상에 해당되는지 여부’를 질의한 것에 대한 회신으로서, ‘토지 취득을 전제로’ 건축물을 먼저 신축하는 경우에 대한 해석이라 할 것이어서, 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다.』 ○ 11쪽 14줄의 “2014두12505 판결” 다음에 “, 대법원 2022. 10. 27. 자 2022두49311 심리불속행 판결로 확정된 서울고등법원 2021누64957 판결”을 추가한다. 3. 결론 그렇다면 제1심판결은 정당하므로 원고와 피고의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각한다.

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