중고 휴대폰을 매입·판매·수출하는 법인이 실물거래 없이 매입세금계산서를 수취한 것으로 조사되어, 이에 대응하는 매출원가가 전액 부인되고 법인세가 경정·고지되었다.

- 1 - 서 울 행 정 법 원 제 2부 판 결 사 건2024구합63885 법인세부과처분취소 원 고A 피 고관악세무서장 변 론 종 결2025. 3. 13. 판 결 선 고2025. 4. 17. 주 문 1. 피고가 2022. 7. 25. 원고에게 한 2020 사업연도 법인세 650,146,250원의 경정처분 을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다. 이 유 1. 처분의 경위 - 2 - 가. 원고는 통신기기 판매업, 전자상 거래업 등을 영위할 목적으로 2017. 1. 17. 설립 된 회사로 2020년 1월부터 12월까지 중고 휴대폰을 매입하여 국내에 판매하거나 해외 로 수출하였다. 나. 서울지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2021. 9. 29.부터 2022. 5. 30.까지 원고에 대하여 2020 사업연도 법인세 통합조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시한 결과 원고가 2020년 제2기(2020. 7. 1.부터 2020. 12. 31.까지)에 주식회사 **** 외 23 개 매입처로부터 실물거래 없이 공급가액 2,192,682,955원의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취한 것으로 보아 관련 자료를 피고에게 통보하였다. 다. 이에 따라 피고는 2022. 7. 25. 원고에게 원고가 이 사건 세금계산서의 매입액을 법인세법상 매출원가로 손금처리한 부분을 부인하여 법인세 과세표준을 2,157,946,955 원 증가시킨 후 이에 대해 법인세 650,146,250원(가산세 포함)을 경정.고지하였다(이 하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5호증, 을 제1, 4호증(가지번호 포함, 이하 같다) 의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 관계 법령 [별지] 관계 법령 기재와 같다. 3. 이 사건 처분의 위법 여부 가. 원고 주장의 요지 피고는 가공거래로 의심되는 이 사건 세금계산서 수취분에 대해, 그와 관련하여 원고가 신고한 매출은 수출신고필증, 국내거래명세서 등에 근거하여 정상적인 수입금 액으로 인정하였으면서도 이에 대응하는 중고 핸드폰 구매비용인 매출원가는 전액을 - 3 - 필요경비로 인정하지 않았다. 그런데 법인세법 제66조 제3항, 같은 법 시행령 제104조 는 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우 추계과세 등 대체적인 방법에 의하여 이를 계산하도록 규정하고 있으므로, 피고가 수출신고자료에 의해 휴대폰 매출액을 인정하는 이상 그에 대응하는 매출원가는 증빙이 없는 경우 추 계조사의 방법에 의하여서라도 산정이 가능한 범위에서 이를 산정하여 소득금액을 계 산하였어야 한다. 나. 판단 1) 관련 법리 과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대 부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하 여금 증명케 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌려야 한 다. 다만 경험칙상 필요경비의 발생이 명백한 경우에 있어서는 납세의무자의 증명이 없거나 불충실하다 하여 필요경비를 영(0)으로 보는 것은 경험칙에 반하므로, 과세관청 이 실지조사가 불가능한 경우에 시행하는 추계조사의 방법에 의하여 산정이 가능한 범 위 내에서는 과세관청이 그 금액을 증명하여야 하고 납세의무자가 이보다 많은 필요경 비를 주장하는 경우에는 납세의무자에게 그 증명의 필요가 돌아간다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등 참고). 2) 구체적 판단 - 4 - 위 인정사실, 앞서 든 각 증거, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같 은 사정들을 종합하면, 피고가 이 사건 처분을 하면서 이 사건 세금계산서에 따른 매 출원가를 전부 부인하면서도 추계조사의 방법에 의하여 산정이 가능한 매출원가에 관 하여 아무런 입증을 하지 않은 것은 위법하다. 따라서 이 사건 처분은 취소되어야 한 다. 가) 조사청은 이 사건 조사 당시 원고가 신고한 휴대폰 매출액은 수출신고필증, 국내거래명세서 등에 의하여 정상거래로 판단하여 이를 그대로 인정하였다. 나) 휴대폰의 IMEI 1) 는 각 단말기마다 고유하게 부여되는 식별번호로서 중고 휴 대폰 판매의 경우 이를 통하여 휴대폰의 매출액과 휴대폰 구매비용인 매출원가를 1:1 로 대응시키는 것이 가능하므로 휴대폰의 IMIE에 대응하는 매출액이 존재하는 경우 그 에 대응하는 중고 휴대폰 구매비용인 매출원가도 존재한다고 보는 것이 경험칙에 부합 한다. 그런데 피고는 휴대폰의 IMEI에 대응하는 매출액은 그대로 인정하면서도 그에 대응하는 매출원가의 경우에는 휴대폰 모델, IMEI, 판매단가 등 세부내역을 확인할 수 있는 증빙이 제출된 일부만을 인정하고 이 사건 세금계산서에 대응하는 부분은 가공증 빙으로 보아 그에 따른 매출원가를 전액 부인하였다. 다) 법인세법 제66조 제3항은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1 항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류 에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.’고 규정하고, 같은 법 시행령 제104조 제1항은 ‘법 제66조 제3항 단서에서 “대통 령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.’고 하면서 제1 1) International Mobile Equipment Identity의 약자로 스마트폰에 단말기를 구별하기 위하여 부여되는 15자리 고유번호이다. - 5 - 호로 ‘소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’를 규정하고 있는바, 위 규정에 따르면 수입금액이나 필요경비 중 실지조사 에 의하여 산정가능한 것은 실지조사에 의하여 하는 것을 원칙으로 하되 실지조사가 불가능한 경우에 추계가 허용된다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결 등 참조). 따라서 이 사건과 같이 실지조사를 통해 원고가 신고한 휴대폰 매출액을 수입금액으로 인정하였으나 그에 대응하는 필요경비, 즉 매출원가에 대하여 증빙서류가 없거나 중요 부분이 허위로 기재되어 신뢰성이 없는 때에는 추계조사 방법에 의하여 산정이 가능한 범위 내에서 피고가 그 금액을 입증하여야 한다. 라) 이에 대하여 피고는 대법원 1988. 5. 24. 선고 86누121 판결, 대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결, 대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두2673 판결 등을 들면서 이 사건의 경우에는 법인세법 시행령 제104조 제1항이 정한 ‘장부 또는 증명서류가 없 거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’에 해당하지 아니하여 이 사건 세금계산서 에 대응하는 매출원가 부분을 추계조사의 방법으로 산정할 수 없다고 주장한다. 즉, 납 세의무자가 신고한 비용 중 일부에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지는 경우 그러한 비용이 실제로 지 출되었다는 점에 대해서는 그에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기 용이한 납세 의무자가 이를 증명할 필요가 있고, 납세의무자가 증명활동을 하지 않고 있는 필요경 비에 대해서는 부존재의 추정을 하는 것이 타당한데, 원고가 신고한 휴대폰 매출액에 대응하는 매출원가와 관련하여 이 사건 세금계산서에 대응하는 매출원가 부분에 대해 서는 원고가 그 거래품목, IMEI, 매입단가 등을 확인할 수 있는 객관적인 자료를 제출 하지 못하고 있으므로 해당 부분의 매출원가는 인정할 수 없으나 나머지 매출원가 부 - 6 - 분은 원고의 장부나 증빙의 내용이 명백히 허위임을 인정할 증거가 없으므로, 원고의 2020 사업연도 법인세 산정과 관련하여 필요한 장부와 증빙서류의 중요부분이 없거나 허위에 해당한다고 할 수 없다는 것이다. 그러나 피고가 들고 있는 판례의 사례들은 납세의무자가 주장하는 해당 필요 경비가 실제로 발생하였는지 여부 또는 발생한 것이 확실하다고 하더라도 소득금액 2) 에 이미 반영된 것인지 여부가 불분명한 경우로서 이러한 때에는 납세의무자가 적극적 으로 증명활동을 하지 않는 이상 부존재 추정을 하는 것이 타당할 수 있다. 그러나 원 고가 주장하는 필요경비는 매출액에 대응된 중고 휴대폰의 구매비용으로서 실제로 발 생하였으나 소득금액에 반영되지 않았음이 명백하므로, 위 사례들과 같이 납세의무자 인 원고가 객관적인 증빙을 제출하지 못한다고 하여 부존재를 추정하는 것은 경험칙에 반하고, 법인세법 시행령 제104조 제1항이 정한 ‘장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’에 해당하는 것으로 봄이 타당하다. 따라서 과세관청은 추계조사의 방법에 의하여 산정이 가능한 범위 내에서는 그 금액을 증명하여야 할 것 인바, 이와 다른 전제에 선 피고의 주장은 받아들이지 않는다. 4. 결론 그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한 다. 2) 법인세법 제14조 제1항에 따라 익금총액에서 손금총액을 차감하여 산정되는 것으로 매출액은 익금으로, 매출원가 내지 필요 경비는 손금으로 반영된다. - 7 - [별지] 관계 법령 ▣ 법인세법 제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금(益金)의 총액에서 그 사업연 도에 속하는 손금(損金)의 총액을 뺀 금액으로 한다. ② 내국법인의 각 사업연도의 결손금은 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로 한다. ③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다. 제66조(결정 및 경정) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조에 따른 신고를 하지 아 니한 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한 다. ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. 1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 2. 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조에 따른 매출ᆞ매입처별 계산서합 계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 시설 규모나 영업 현황으로 보아 신고 내 용이 불성실하다고 판단되는 경우 가. 제117조 제1항에 따른 신용카드가맹점 가입 요건에 해당하는 법인이 정당한 사유 없이 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드가맹점(법인만 해당한다. 이하 “신용카드가 맹점”이라 한다)으로 가입하지 아니한 경우 - 8 - 나. 신용카드가맹점이 정당한 사유 없이 제117조제2항을 위반하여 신용카드에 의한 거 래를 거부하거나 신용카드 매출전표를 사실 과 다르게 발급한 경우 다. 제117조의2 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입하여야 하는 법인 및 「부가가 치세법」 제46조 제4항에 따라 현금영수증가맹점 가입 대상자로 지정받은 법인이 정 당한 사유 없이 「조세특례제한법」 제126조의3에 따른 현금영수증가맹점(이하 “현금 영수증가맹점”이라 한다)으로 가입하지 아니한 경우 라. 현금영수증가맹점이 정당한 사유 없이 현금영수증 발급을 거부하거나 사실과 다르게 발급한 경우 4. 삭제 ③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준 과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다. ④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경 정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. ▣ 법인세법 시행령 제104조(추계결정 및 경정) ① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 경우를 말한다. 1. 소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허 위인 경우 2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ᆞ상품ᆞ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비 추어 허위임이 명백한 경우 3. 기장의 내용이 원자재사용량ᆞ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우 ② 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하 나의 방법에 따른다. 1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 - 9 - 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과 금액은 없는 것으로 본다. 가. 매입비용(사업용 유형자산 및 무형자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같 다)과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료로서 증명서류에 의하여 지출하였 거나 지출할 금액 나. 대표자 및 임원 또는 직원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증명서류에 의하여 지급 하였거나 지급할 금액 다. 사업수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조의 규정에 의한 기준경비율(이하 “기준경 비율”이라 한다)을 곱하여 계산한 금액 2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재지변 등으로 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실 된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 고려하 여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로 서 과세표준신고 후에 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실된 때에는 법 제60조에 따른 신 고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고 전에 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실된 때 에는 직전 사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다. 3. 「조세특례제한법」 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 때(조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우는 제외한다)에는 다음 각 목에 따라 계산한 금액 중 적은 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정하 는 방법 가. 수입금액에서 수입금액에 「소득세법 시행령」 제145조에 따른 단순경비율을 곱한 금액을 뺀 금액 나. 수입금액에 직전 사업연도의 소득률을 곱하여 계산한 금액 다. 제1호의 방법에 따라 계산한 금액 ③ 법 제66조 제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 다음 각 호의 금액을 더한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한 다. 1. 제11조(제1호는 제외한다)의 수익(비영리법인의 경우에는 법 제4조제3항에 따른 수익사 업에서 생기는 수익으로 한정하며, 이하 이 호에서 “사업외수익”이라 한다)의 금액에서 다음 각 목의 금액을 차감한 금액 - 10 - 가. 사업외수익에 직접 대응되고 증명서류나 객관적인 자료에 의하여 확인되는 원가상당 액 나. 사업외수익에 해당 사업연도 중에 지출한 손비 중 환입된 금액이 포함된 경우에는 그 금액 다. 부동산을 임대하는 법인의 수입이자가 사업외수익에 포함된 경우에는 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입이자 상당액 2. 특수관계인과의 거래에서 제88조 및 제89조에 따라 익금에 산입하는 금액 3. 법 제34조 또는 「조세특례제한법」에 따라 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금이 있는 법인의 경우 그 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금. 끝.