농협 조합이 취득세 감면을 받은 토지를 사들인 뒤 유예기간 1년이 지나도록 고유업무에 직접 사용하지 않음

【심급】 1심 【세목】 취득세 【주문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【이유】 1.처분의 경위 가.원고는 조합원의 농업생산성을 높이고 조합원이 생산한 농산물의 판로확대 및 유통원활화를 도모하며,조합원이 필요로 하는 기술,자금,자재 및 정보 등을 제공함으로써 조합원의 경제적,사회적,문화적 지위를 향상시킬 목적으로 설립된 법인이다. 나.피고는2018. 1. 11.**** 일원에 관한○○시 도시관리계획(도로,도축장·시장)결정을 변경하여 이를○○시 고시 제2018-7호로 고시하였고, 2018. 3. 26.원고를○○시 도시계획시설(도축장,시장)사업(이하, ’이 사건 사업‘이라 한다)의 시행자로 지정하여 이를○○시 고시 제2018-39호로 고시하였다. 다.원고는 이 사건 사업에 따라 축산물종합유통센터(이하, ’이 사건 센터‘라 한다)신축공사를 추진하기 위하여2018. 6. 7.피고로부터 **** 외26필지 합계48,592㎡(이하, ’이 사건 각 토지‘라 한다)를 매수하였고,그 다음날인 같은 해6. 8.원고 앞으로 각 소유권이전등기를 마쳤다.한편 원고는 피고로부터 이 사건 각 토지에 관하여 구 지방세특례제한법(2020. 12. 29.법률 제17771호로 개정되기 전의 것)제14조 제3항에 따라’고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산‘이라는 이유로 취득세 등을 감면받았다. 라.그런데 피고는2019. 12. 10.원고가 정당한 사유 없이 이 사건 각 토지의 취득일로부터1년(이하, ‘유예기간’이라 한다)이 경과할 때까지 이 사건 각 토지를 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다며 구 지방세특례제한법(2020. 1. 15.법률 제16865호로 개정되기 전의 것)제178조에 따라 원고에게 취득세137,402,030원,농어촌특별세5,947,540원,교육세11,895,100원,합계155,244,670원을 부과·고지하였다(이하, ’이 사건 처분‘이라 한다). 마.원고는 이 사건 처분에 불복하여2020. 3. 4.조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은2020. 5. 26.이를 기각하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실,갑 제1, 7내지11호증,을 제1내지3호증의 각 기재(가지번호가 있는 것은 가지번호를 포함,이하 같다),변론 전체의 취지 2.이 사건 처분의 적법여부 가.원고의 주장 원고는 이 사건 사업과 관련하여 농협중앙회 고정투자심의위원회의 고정투자심의 및 승인,실시계획인가 및 그 과정에서의 관계 행정기관의 장과 협의,농협중앙회의 권고에 따른 설계 재검토,이 사건 각 토지에서 영농을 하는 농민들과의 보상 등 문제로 시간이 지연되어 유예기간이 경과할 때까지 이 사건 각 토지를 고유업무에 사용하지 못하였다.특히 상수공급문제 및 폐수처리문제에 관하여 피고는 도시관리계획결정 단계에서부터 아무런 대책이 없었고,원고에게 이러한 문제를 사전에 알려주지 않는 등 피고의 책임으로 인해 지연되었다고 볼 사정이 있고,원고는 이를 포함한 이 사건 사업과 관련한 위와 같은 문제들을 해결하기 위해 진지한 노력을 하였으므로,구 지방세특례제한법(2020. 1. 15.법률 제16865호로 개정되기 전의 것)제178조의 정당한 사유가 있다. 나.관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다. 다.판단 1)관련 법리 구 지방세특례제한법 제178조의‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지,제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다.그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서,부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단,목적사업에 사용할 수 없는 법령상,사실상의 장애사유 및 장애정도,납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다. 법령에 의한 금지·제한 등 부동산을 취득할 당시1년 내에 그 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나,설령 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서 부동산을 취득하였고,취득 후1년 내에 당해 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면,취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 고유업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한,그 법령상의 장애사유는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다(대법원2017. 8. 18.선고2017두42293판결,대법원2012. 12. 13.선고2011두1948판결 등 참조). 2)인정사실 다툼 없는 사실,갑 제12내지16, 18내지25, 32내지61호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면 다음과 같은 사실이 인정된다. 가)원고는2018. 3. 14.농협중앙회장에게 이 사건 사업에 관한 고정투자 심의요청을 하였고, 2018. 9. 21.위 심의요청에 따른 보완자료를 제출하였으며,농협중앙회는2018. 10. 16.고정투자심의회를 개최하여2020년 말까지 출자금144억 원을 조성하고, 2020년 말까지 제적립금61억4,000만 원을 확대할 것 등을 조건으로 하여 원고의 고정투자 심의요청을 승인하였다. 나)원고는 이 사건 사업의 시행자로서2018. 9. 30.까지 피고에게 실시계획인가를 신청하여야 하는데,위와 같이 농협중앙회로부터 고정투자심의요청에 관한 승인이 지연되자 피고에게 실시계획인가 신청기한을2019. 5. 31.까지로 변경해달라는 요청을 하였고, 2019. 6. 24.에서야 피고에게 실시계획인가를 신청하였다. 다)이에 피고는2019. 7. 1.경부터 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제92조에 따른 자체협의 및 관계 행정기관의 장과의 협의를 시작하여, 2020. 1. 23.원고가 제출한 실시계획을 인가하였다(○○시 고시 제2020-17호). 라)한편,원고는2019. 1. 10.이 사건 센터의 상수공급 가능여부에 관하여○○시 상수도관리사무소에 안교배수지의 수압 및 유입량 등을 질의하였고,같은 해8. 26.피고에게 이 사건 센터의 상수공급 가능여부에 관하여 질의하였는데,피고는 같은 해10. 28.원고에게‘기존배수지(운휴중) V=1,080㎡,상수도관로(D150) L=3.5㎞에 대하여 시설개량 또는 신설하여 공급받도록 계획되어 있으므로○○시 상수도원인자부담금 조례 제4조 제1항(부담금 부과대상 및 범위)에 따른 원인자부담금을 납부할 경우 상수도 수돗물 공급이 가능할 것으로 판단됩니다.’라는 회신을 하였다. 마)피고는2017. 2. 15.이 사건 사업에 관한 소규모환경영향평가 용역을 발주한 것을 비롯해 이후 원고와 이 사건 사업으로 인한 폐수처리 방안에 관하여 협의를 해왔는데,대구지방환경청은2019. 8. 13.피고에게‘(폐수처리 방안의 경우)생물학적 산소요구량(BOD),총질소(T-N),총인(T-P)등 수치가 높은 도축장 폐수 특성상 적정처리가 어려우며,적정처리가 되지 않은 고농도 폐수 유입 등 수질오염사고 발생으로 인근 하천수 환경에 부정적인 영향이 발생할 것으로 예상되므로,하수처리장 추가 증설 및 오·폐수1차 처리 후 연계처리 등의 다양한 방안을 고려하여 공공하수처리시설로의 오·폐수 연계 처리계획을 수립·제시하여야 함’이라는 취지로 소규모환경영향평가서의 보완을 요청하며,그 보완 시까지 협의를 중단하였다. 바)이에 피고는2019. 11.경 이 사건 사업으로 인해 발생하는 폐수를 풍산공공하수처리장에 연계처리하기로 최종결정하였고, 2019. 12. 10.경 대구지방환경청 역시 이에 동의함으로써 이 사건 사업에 관한 소규모환경영향평가에 관한 협의가 완료되었다. 사)원고는2018. 7. 27.이 사건 센터의 설계용역에 관한 입찰공고를 하면서 같은 해8. 30.농협중앙회에 사전 기술지원 검토를 요청하였고, 2018. 9. 6.주식회사○○엔지니어링종합건축사무소(이하, ‘○○’이라 한다)와 설계용역계약을 체결하였으며,○○은 원고에게2019. 1. 18.계획설계도서를, 2019. 2. 15.경 기본설계도서를 각 납품하였다.그런데 원고는2019. 9. 20.위 설계용역에 관하여○○에게 증축에 대한 배치 변경,우·돈 지육(枝肉)출하 레일 교차로 인한 작업중단 현상 발생 등을 이유로 설계중지를 요청하였다가, 2020. 4. 6.○○에게 설계중지 해제를 요청하였다. 아)손○○외5인(이하, ‘손○○등’이라 한다)은 이 사건 각 토지 중 일부를 대부받아 영농을 하고 있었는데,원고는2018. 2.경 손○○등과 이 사건 각 토지 중 손○○등이 점유하고 있는 부분에 관한 보상 관련 계약서를 작성하고,같은 해11. 6.경에는 위 점유부분과 그 지장물에 관한 감정을 의뢰하는 등 보상절차를 진행해왔으나,위 손○○등은 원고와의 협상을 거절하며 위 점유부분의 인도를 거절하였으며,이에 원고는2019. 4. 2.위 손○○등을 상대로 토지인도청구의 소를 제기하였다(대구지방법원○○지원2019가단20993). 3)판단 위 인정사실과 같이 원고가 이 사건 사업을 추진하기 위하여 시간과 비용을 투자하는 등 노력한 사실이 인정되기는 한다.그러나 위 인정사실과 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면,원고가 유예기간이 경과할 때까지 이 사건 각 토지를 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있다고 보기에는 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.따라서 원고의 위 주장은 이유 없다. 가)원고는2018. 3. 14.농협중앙회장에게 이 사건 사업에 관한 고정투자 심의요청을 하였고, 2018. 10. 16.이 되어서야 농협중앙회로부터 조건부승인을 받았는데,이는 원고의 내부적인 사정에 불과하다.또한 원고는 위와 같이 조건부승인을 받지 못하였다는 이유로 피고에게 실시계획인가 신청기한을2018. 9. 30.에서2019. 5. 31.로 변경하였는데 위2019. 5. 31.은 유예기간 만료일인2019. 6. 7.의 일주일 전에 불과하고,위와 같이 변경된 실시계획인가 신청기한을 고려하면2019. 6. 7.까지 이 사건 사업에 관한 나머지 절차를 완료하여 이 사건 센터 신축공사의 착공에까지 나아가는 것은 현실적으로 불가능해 보인다. 나)원고는 유예기간이 지난 이후인2019. 6. 24.에서야 피고에게 실시계획인가를 신청하였는데,이후 위 신청에 대한 인가과정 등에서 이 사건 사업 추진에 관한 지연사유가 발생하였다고 하더라도 위와 같이 원고가 유예기간이 도과한 후 실시계획인가를 신청한 이상,이는 부수적으로 고려할 사유에 불과하다. 다)원고는 이 사건 사업의 연구용역단계부터 관여한 이상 이 사건 사업의 규모를 알 수 있었고,위와 같은 고정투자심의요청에 관한 승인절차는 농협중앙회의 회원조합지도·지원규정에 기재되어 있으므로,원고는 고정투자심의가 필요한 사실 및 심의요청부터 승인까지 소요되는 기간 등을 충분히 예상할 수 있었을 것으로 보인다.그럼에도 원고는 위와 같이 고정투자심의요청을 한 후 약7개월이 지나서야 승인을 얻었고,그로 인해 피고에게 실시계획인가 신청기한의 변경까지 요청하였다. 라)피고는 원고가 신청한 실시계획을 약7개월이 지난 후에 인가하였고,그 과정에서 원고는 피고 및 대구지방환경청과 이 사건 사업에 관한 상수도공급문제,폐수처리문제에 관하여 협의를 하면서 일련의 노력을 하였다.그러나 앞서 본 바와 같이 원고가 피고에게 이 사건 사업에 관한 실시계획을 제출한 시점은 이미 유예기간이 지난2019. 6. 24.이어서 위와 같이 원고가 노력한 사정만으로 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다. 마)원고는 이 사건 사업에 관한 상수도공급문제,폐수처리문제가 해결되지 않아 실시설계 역시 지연되었다고 주장하나,그러한 사유 이외에도 앞서 본 바와 같이 원고는2019. 9. 20.위 설계용역에 관하여○○에게 증축에 대한 배치 변경,우·돈 지육(枝肉)출하 레일 교차로 인한 작업중단 현상 발생 등을 이유로 설계중지를 요청하기도 하였다.결국 상수도공급,폐수처리 문제뿐만 아니라 농협중앙회의 기술검토요청회신으로 인해 이 사건 센터의 실시설계가 지연되었다고 봄이 상당하고,이 점은 원고의 내부적인 사정에 해당한다. 바)또한 원고가2018. 2.경부터 이 사건 각 토지 일부를 대부하여 점유하고 있는 손○○등과 보상협의를 진행하였으나,협의가 이뤄지지 않아 소송으로 이어진 사실은 앞서 본 바와 같은데,위와 같은 손○○등과의 보상 문제는 원고가 이 사건 각 토지의 취득 이전부터 알고 있었던 사실이다.또한 이는 보상가격으로 인한 문제로 보이고,그러한 보상가액 산정으로 인해 협의가 이루어지지 않은 사정만으로 이를 정당한 사유로 보기는 어렵다. 사)원고는 이 사건 각 토지를 취득한 후부터 약2년9개월,이 사건 처분일로부터 약1년4개월이 지난 이 사건 변론종결일(2021. 3. 24.)까지도 이 사건 센터 신축공사의 착공조차 하지 못하고 있는데,결국 원고가 이 사건 각 토지를 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘겼다고 보기도 어렵다. 3.결론 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. [별지] 관계 법령 ■구 지방세특례제한법(2020. 12. 29.법률 제17771호로 개정되기 전의 것) 제14조(농업협동조합 등의 농어업 관련 사업 등에 대한 감면) ③ 「농업협동조합법」에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다),「수산업협동조합법」에 따라 설립된 조합(어촌계 및 조합공동사업법인을 포함한다),「산림조합법」에 따라 설립된 산림조합(산림계 및 조합공동사업법인을 포함한다)및 엽연초생산협동조합이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다.이하 이 항에서 같다)에 대해서는 취득세를,과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 각각2020년12월31일까지 면제한다. ■구 지방세특례제한법(2020. 1. 15.법률 제16865호로 개정되기 전의 것) 제178조(감면된 취득세의 추징) 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다. 1.정당한 사유 없이 그 취득일부터1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 끝.