원고가 임야를 250억 원에 팔고 기본세율로 양도소득세를 신고했으나, 과세관청이 거주 요건을 충족하지 못했다며 중과세율을 적용해 세금을 더 매겼다.

- 1 - 서 울 행 정 법 원 제 4부 판 결 사 건2023구합83738 양도소득세부과처분취소 원 고A 피 고**** 변 론 종 결2025. 3. 7. 판 결 선 고2025. 3. 28. 주 문 1.원고의 청구를 기각한다. 2.소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2021. 2. 8. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 1,358,324,693원(가산세 293,552,703원 포함)의 부과처분을 취소한다. 이 유 1. 처분의 경위 - 2 - 가. 원고는 2019. 10. 14. B(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)와 사이에 별지 1 부동산의 표시 기재 각 부동산(이하 ‘이 사건 각 토지’라 하고, 이 사건 각 토지 중 순번 1 내지 5 부동산을 ‘이 사건 임야’라 한다)을 250억 원에 매도하기로 하는 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였다. 나. 원고는 이 사건 매매계약에 따른 매매대금을 모두 지급받은 다음 2019. 10. 31. 이 사건 회사에 이 사건 각 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었다. 이후 원고는 2019. 12. 11. 이 사건 임야 양도분에 관하여 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834 호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제104조 제1항 제1호, 제55조 제1항에 따른 기본세율이 적용된다는 전제에서 2019년 귀속 양도소득세 6,646,194,580 원을 신고·납부하였다. 다. 이에 관하여 피고는 2021. 2. 8. 원고에게 1) 원고가 이 사건 각 토지에 물류(산 업)단지를 조성하기 위해 필요한 인·허가 취득 관련 업무 등에 관한 용역비 46억 6,000만 원(이하 ‘이 사건 용역비’라 한다)을 양수인에게 대위변제하게 하였음에도 이를 양도가액에서 누락하여 양도가액을 과소신고하였고, 2) 이 사건 임야 양도분에 대하여 구 소득세법 제104조 제1항 제8호의 중과세율을 적용하여야 한다는 전제에서 2019년 귀속 양도소득세 3,110,524,370원(가산세 포함, 이하 같다)을 경정·고지하였다. 라. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2023. 8. 18. ‘이 사건 각 토지의 양도가액에서 이 사건 용역비를 제외하는 것으로 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다’는 내용의 결정을 하였다. 이에 따라 피고는 2023. 9. 11. 원고에 대한 위 2019년 귀속 양도소득세 부과처분 중 1,752,199,677원을 감액경정하였다(이하 위와 같이 감액경정 후 원고에 대하여 남은 - 3 - 2019년 귀속 양도소득세 1,358,324,693원의 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 7, 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 관련 법령 별지 2 기재와 같다. 3. 이 사건 처분의 위법 여부 가. 쟁점 원고가 이 사건 임야의 양도일인 2019. 10. 31. 직전 3년 중 2년 이상 이 사건 임 야의 소재지인 ****에 사실상 거주하였다면, 이 사건 임야가 비사업용 토지에서 제 외될 수 있고, 1) 그 경우 이 사건 임야에 관하여 구 소득세법 제104조 제1항 제8호의 중과세율을 적용할 수 없다. 따라서 원고가 2019. 10. 31. 직전 3년 중 2년 이상(이하 ‘이 사건 기간’이라 한다) ****에 사실상 거주하였는지 문제된다. 나. 원고의 주장 요지 원고는 2016. 3. 1.부터 2018. 2. 28.까지 **** **** ****를 임차하여 위 아파 트(이하 ‘이 사건 ****’라 한다)에서 거주하였고, 2018년 3월경부터 2019. 11. 18.까 지 ****에 있는 F의 집(이하 ‘이 사건 단독주택’이라 한다) 게스트룸에서 거주하였 다. 이를 통해 원고는 2019. 10. 31. 직전 3년 중 2년 이상 ****에 사실상 거주하였 다. 다. 원고가 이 사건 기간 ****에 사실상 거주하였는지 여부 1) 인정사실 1) 다른 요건인 ‘2019. 10. 13. 직전 3년 중 2년 이상 원고의 주민등록이 ****에 되어 있을 것’이라는 요건이 충족되었음은 당 사자 사이에 다툼이 없다. - 4 - 다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거들과 갑 제11 내지 13, 19 내지 21, 26, 27호증, 을 제3 내지 16호증의 각 기재 또는 영상에 변론 전 체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다. 가) 1990년경부터 원고가 운영하는 치과에서 방사선 관련 업무를 하던 G는 2007년경부터 원고의 운전기사로 근무하였고, 원고가 ****에 주민등록을 둔 2015년 6월경부터 2019년 10월경까지도 원고로부터 계속 급여를 받았다. 나) G는 이 사건 처분에 앞선 세무조사 과정에서 2021. 1. 5. 서울지방국세청에 출석하여 아래 내용과 같은 취지로 진술하였다(이하 ‘G의 진술’이라 한다). 다) 원고의 농협은행(계좌번호: 생략, 이하 ‘이 사건 계좌’라 한다) 체크카드(이하 ○ 원고의 기사 일을 하면서 항상 지켜본 사실에 따르면 원고가 안성에 거주한 기간은 2016년 6월경부터 2018년 2월경까지이고, 살았던 곳도 이 사건 **** 한 곳이며, 이 사 건 단독주택으로는 출근한 적이 없고, 원고가 이 사건 ****에 거주한 기간 외에는 서울 용산 소재 원고의 아파트로 출퇴근하였다. 이 사건 단독주택에는 F 교수라는 지인과 식사 한다고 하여 두 번 정도 식사 차 원고를 모시고 간 것 이외에는 간 적이 없다. ○ 원고는 2018년 2월 이후 서울에 거주하면서 원고 명의의 농협은행 체크카드를 **** 필라테스 강사인 I가 사용하게 한 것으로 알고 있다. I가 위 카드를 사용한 금액은 원고의 농협계좌로 직접 현금 입금한 것으로 알고 있다. ○ 원고는 안성에 거주할 때 **** 내에서 판매하는 홍삼제품을 구매하였는데 2018년 서울에 온 후에도 본인에게 구매지시를 하였다. 이에 본인은 **** 홍삼제품 판매관계자 에게 주문을 하고 I에게 구매결제 연락을 하면 I가 사용하고 있던 원고의 농협은행 카드로 **** 매장에 가서 결제하고, 택배로 **** 원고 집으로 홍삼을 배달하는 형태로 거 래가 이루어졌다. - 5 - ‘이 사건 체크카드’라 한다)는 2018년 3월경부터 2019년 7월경까지 ‘K농업협동조합’에 서 100회 이상 결제에 사용되었다. K농업협동조합은 이 사건 단독주택으로부터 약 30Km 이상 떨어진 위치에 있고, I가 2011. 9. 30. 전입신고를 한 **** L로부터 약 200m 떨어진 위치에 있다. 라) 원고는 2017년 8월경부터 2018년 1월경까지 이 사건 체크카드 결제를 통해 M으로부터 홍삼을 구매하였다. 2018년 4월경부터 2019년 6월경까지도 이 사건 체크카 드를 통해 M으로부터 홍삼 구매를 위한 결제가 이루어졌는데, 이 사건 체크카드 결제 일과 같은 날 또는 이에 매우 근접한 날에 원고는 홍삼 구매를 위한 금액을 이 사건 계좌에 입금하였다. 마) 원고는 이 사건 회사 등과 이 사건 각 토지에 관하여 2018. 6. 27.자 합의 서, 2019. 4. 5.자 변경 합의서, 2019. 7. 31.자 합의서를 작성하였는데, 위 각 합의서에 는 원고의 주소가 ****구 N아파트 O호(이하 ‘이 사건 용산 N아파트’라 한다)로 기재되어 있다. 또한 원고는 2019. 6. 27. 및 2019. 10. 14. ****에서 본인의 인감 증명서를 발급받았다. 나아가 원고를 제3채무자로 하는 2019. 8. 16.자 채권가압류신청 서에도 이 사건 용산 N아파트가 원고의 주소로 기재되어 있고, 이에 따른 수원지방법 원 평택지원의 2019. 9. 18.자 2019카단*****호 가압류 결정은 이 사건 용산 N아파트 주소로 송달되었으며, 2019. 9. 24. 원고가 이를 직접 수령하였다. 2) 판단 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고가 2018년 3월경부터 2019. 11. 18.까지 이 사건 단독주택에서 사실상 거주하였다고 볼 수 없다. 그러므로 이와 다른 전제에 - 6 - 있는 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 가) 구 소득세법 제104조 제1항 제8호가 규정하는 중과세율 적용 배제와 관련하 여 구 소득세법 제104조의3 제1항 제2호 나목, 구 소득세법 시행령(2023. 2. 28. 대통 령령 제33267호로 개정되기 전의 것) 제168조의9 제2항이 정하는 ‘거주’ 또는 ‘사실상 의 거주’는 위 중과세율 적용 배제의 취지 등에 비추어 볼 때, 임야의 소재지와 동일한 시·군·구 안의 지역이나 연접한 지역에 임시 거처를 두는 정도가 아니라 기본적인 생 활의 근거지를 두는 것을 의미한다고 보는 것이 타당하다. 나) G는 원고의 운전기사로 근무하며 2016년 4월경부터 2018년 1월경까지 원고 로부터 월 1,930,000원의 급여를 받았다. 위 급여는 이 사건 계좌를 통해 지급되었는 데, 위 급여 지급에 관한 이 사건 계좌의 거래내역 중 ‘처리점’란에는 ‘P농협’이 기재되 어 있다. G는 원고가 이 사건 단독주택에서 거주하기 시작하였다고 주장하는 2018년 3월경부터는 원고로부터 월 1,800,000원의 급여를 받았는데, 위 급여는 이전과 달리 원 고의 신한은행 계좌(계좌번호: 생략, 이하 ‘이 사건 신한은행 계좌’라 한다)를 통해 지 급되었고, 위 계좌의 거래내역 중 ‘처리점’란에는 ‘한남동금융센터’ 또는 ‘구로동’이 기 재되어 있다. 다) G가 2018년 3월경 이후에도 원고로부터 계속 급여를 지급받은 것에 비추어 볼 때, G는 위 시점 이후에도 원고의 운전기사로 근무한 것으로 보인다. 원고가 2018 년 4월경 이후 M을 통해 홍삼을 구매한 방법에 관한 G의 진술은 직접 경험하지 않고 서는 진술하기 어려울 정도로 구체적이고, 이 사건 계좌의 거래내역 및 이 사건 체크 카드 결제내역에 부합한다. 또한 원고가 2018년 2월경 이후 이 사건 체크카드를 I에게 사용하게 하였고, I가 위 카드 사용 금액을 이 사건 계좌에 현금 입금한 것으로 알고 - 7 - 있다는 G의 진술 역시 이 사건 계좌의 거래내역 및 이 사건 체크카드 결제내역에 부 합한다. 나아가 1990년경부터 원고의 업무를 돕던 G가 허위의 진술을 할 만한 동기나 경위 등을 찾아볼 수 없다. 이에 비추어 보면, ‘원고가 안성에 거주한 기간은 2016년 6 월경부터 2018년 2월경까지이다. 원고가 이 사건 ****에 거주한 기간 외에는 서울 용산 소재 원고의 아파트로 출퇴근하였다’는 G의 진술은 신빙성이 있다. 라) 원고는 2018년 3월경 이후 이 사건 각 토지에 관한 여러 계약서를 작성하면 서 원고의 주소지를 이 사건 용산 N아파트로 기재하였고, 본인의 인감증명서를 서울 용산에서 발급받았으며, 법원으로부터 송달된 서류를 이 사건 용산 N아파트에서 본인 이 직접 수령하기도 하였다. 또한 G에 대한 급여 역시 2018년 3월 이전과 달리 이 사 건 농협은행 계좌가 아닌 이 사건 신한은행 계좌를 통해 지급되었고, 급여의 액수에도 변경이 있었음은 앞서 본 바와 같다. 이는 원고가 2018년 3월경 이후 이 사건 용산 N 아파트에 거주하였다고 볼 수 있는 객관적인 사정이다. 이와 비교하여 원고가 이 사건 단독주택에서 실제 거주하였다면 통상적으로 발생하였을 것으로 추단되는 이 사건 단 독주택 부근에서의 원고의 카드 사용내역, 금융거래 내역이 발견되지 않는다. 마) 원고는 2018년 3월경부터 2019년 7월경까지의 이 사건 체크카드 결제내역 에 관하여, 원고가 I에 대한 감사의 표시로 가끔 위 카드를 빌려준 것이라고 주장한다. 그러나 I는 이 사건 체크카드를 사용한 기간 이 사건 계좌에 지속적으로 일정 금액을 입금하였고, 원고가 이 사건 계좌에 일정 금액을 입금하면 I가 이 사건 체크카드를 통 해 결제하는 방식으로 원고가 M으로부터 홍삼을 구매하기도 하였다. 나아가 이 사건 체크카드가 사용된 장소, 횟수 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 그대로 믿기 어렵 다. - 8 - 바) F는 이 법정에 증인으로 출석하여 원고 주장에 부합하는 일부 증언을 하기 는 하였다. 그러나 F가 ‘원고가 2018년 3월경 이 사건 ****에서 이 사건 단독주택 으로 주거지를 옮길 때나, 2019년 11월경 이 사건 단독주택에서 이 사건 용산 N아파 트로 이사할 때 특별히 옮긴 짐이 없다’, ‘원고가 병원에 간다거나 하는 일은 다 서울 에서 처리하였다’는 취지로 증언한 점에 비추어 볼 때, 원고가 2018년 3월경부터 이 사건 단독주택을 임시 거처를 넘어 기본적인 생활의 근거지로 사용하였다고 볼 수는 없다. 나아가 F가 ‘원고가 이동이 필요할 때는 본인의 차로 함께 갔다 오는 경우가 많 았다’고 진술하면서도, ‘원고가 해외여행을 갈 때 본인이 공항까지 데려다 준 적은 없 다’고 진술하고, 원고의 운전기사로 근무하던 G가 2018년 3월경 이후에도 원고로부터 계속 급여를 지급받았음에도 ‘G가 원고를 위해 운전할 필요가 없었다’고 진술하는 등 그 자체로 모순되거나 객관적인 자료에 반하는 것으로 볼 수 있는 증언을 한 점에 비 추어 볼 때, F의 일부 증언을 근거로 원고가 2018년 3월경부터 이 사건 단독주택에 거 주하였다고 볼 수 없다. 라. 소결 원고가 2018년 3월경부터 이 사건 단독주택에 거주하였음을 전제로, 원고가 이 사 건 임야의 양도일인 2019. 10. 31. 직전 3년 중 2년 이상 ****에 거주하였다는 원고 의 주장은 받아들일 수 없다. 4. 결론 그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. - 9 - 별지 1 - 10 - 별지 2 관련 법령 ■ 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것) 제55조(세율) ① 거주자의 종합소득에 대한 소득세는 해당 연도의 종합소득과세표준에 다음의 세율을 적용 하여 계산한 금액(이하 "종합소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(지적공부)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하 여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다. - 11 - 1. 제94조제1항제1호ᆞ제2호 및 제4호에 따른 자산　제55조제1항에 따른 세율 8. 제104조의3에 따른 비사업용 토지 제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제104조제1항제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정 하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다. 나. 대통령령으로 정하는 바에 따라 임야 소재지에 거주하는 자가 소유한 임야 ■ 구 소득세법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33267호로 개정되기 전의 것) 제168조의6(비사업용 토지의 기간기준) 법 제104조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 - 12 - 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 제168조의9(임야의 범위 등) ② 법 제104조의3제1항제2호나목에서 "임야소재지에 거주하는 자가 소유한 임야"라 함은 임야 의 소재지와 동일한 시(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)ᆞ군ᆞ구(자치구인 구를 말한 다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시ᆞ군ᆞ구 또는 임야로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주하는 자가 소유하는 임야를 말한다.