종교법인이 교회 명의 부동산을 자기 명의로 등기하고 주차장 부지와 부목사관을 종교 목적에 사용해 왔다.

【심급】 1심 【세목】 지방교육세 【주문】 1. 피고가 원고에 대하여 2001. 10. 8. 한 2001년도분 종합토지세 46,177,550원 중 16,332,660원, 지방교육세 9,235,510원 중 3,266,530원, 농어촌특별세 6,422,110원 중 2,226,540원을 각 초과하는 부분에 대한 부과처분 및 2002. 3. 26. 한 별지 목록 제1기재 부동산에 대한 등록세 3,900,000원, 교육세 858,000원, 취득세 2,600,000원, 농어촌특별세 286,000원, 같은 목록 제2기재 부동산에 대한 등록세 6,450,000원, 교육세 1,419,000원, 취득세 4,300,000원, 농어촌특별세 473,000원, 같은 목록 제3기재 부동산에 대한 등록세 7,500,000원, 교육세 1,650,000원, 취득세 5,000,000원, 농어촌특별세 550,000원의 각 부과처분을 각 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【이유】 1. 처분의 경위 다음의 사실은 갑제1호증의 1 내지 5, 갑제2호증의 1, 2, 을제1호증의 1, 2, 을제2호증의 1 내지 3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없다. 가. 원고는 대한예수교장로회 ****에 속하는 모든 교회의 예배, 전도, 교육 및 구호 기타 자선사업에 필요한 토지, 건물 및 설비품을 소유, 유지함을 목적으로 설립된 법인이고, 그 산하 교회인 **** 소재 ****(이하 ‘****’라 한다)는 예배당, 교육관 등 부동산을 직접 사용·관리하면서 다만 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였다. 나. ****는 1989년부터 1999년까지 사이에 **** 등 6필지 토지(위 6필지 토지는 2002. 5. 23. ****로 합필되었다, 이하 ‘이 사건 주차장 부지’라 한다)를 원고 명의로 취득하여 교육관 및 주차장으로 사용하다가 그 지상건물을 철거한 다음 별지 목록 제4기재 건물(이하 ‘이 사건 주차장’이라 한다)을 신축하여 1999. 11. 29.경 피고로부터 사용승인을 받아 주차장으로 사용해 왔고, 한편 1997. 12. 20. 별지 목록 제1기재 부동산(이하 ‘이 사건 제1기재 부동산’이라 한다)을, 같은 해 11. 22. 같은 목록 제2기재 부동산(이하 ‘이 사건 제2기재 부동산’이라 한다)을, 같은 해 5. 7. 같은 목록 제3기재 부동산(이하 ‘이 사건 제3기재 부동산’이라 한다)을 취득하여 원고 명의로 소유권이전등기를 마친 다음 ****의 부목사관(이하 ‘이 사건 부목사관’이라 한다)으로 사용해 왔다. 다. 이에 대하여 피고는 원고에 대하여 2001. 10. 8. 이 사건 주차장 부지가 종교법인의 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 볼 수 없다는 이유로 2001년분 종합토지세 등 과세대상에 이 사건 주차장 부지를 포함하여 종합토지세 46,177,550원, 도시계획세 1,739,400원, 지방교육세 9,235,510원, 농어촌특별세 6,422,110원을 각 부과하였고(그 후 원고의 요구에 따라 피고는 2001. 12. 24. 원고에게 2001년분 종합토지세 등 과세대상 중 다툼이 있는 이 사건 주차장 부지를 제외한 나머지 토지에 관한 종합토지세 등 세액을 다음과 같이 계산하여 고지하였는바, 그 세액은 종합토지세 16,332,660원, 도시계획세 1,739,410원, 지방교육세 3,266,530원, 농어촌특별세 2,226,540원이다), 한편 2002. 3. 26. 이 사건 부목사관이 종교사업에 직접 사용된 것으로 볼 수 없다는 이유로 이 사건 제1 내지 3기재 각 부동산에 대하여 주문 기재와 같은 등록세, 취득세 등의 부과처분을 하였다(이하 위 2001. 10. 8.자로 한 종합토지세 등 부과처분 중 2001. 12. 24.자로 고지된 종합토지세 등 세액을 제외한 나머지 부분과 2002. 3. 26.자로 한 취득세, 등록세 등 부과처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다). 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 ⑴ 이 사건 주차장은 주차장법 제19조 소정의 주차장 설치의무규정에 따라 건축된 부설주차장으로 ****의 종교사업에 직접 사용되는 것이므로 종합토지세 등의 비과세대상에 해당됨에도 불구하고, 피고가 이 사건 주차장 부지를 종교단체에서 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 보아 종합토지세 등을 부과한 것은 위법하다. ⑵ 이 사건 부목사관의 등기, 취득 등에 적용되는지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정전의 지방세법’이라 한다) 제107조, 제127조는 1995. 12. 6. 법률 제4995호로 개정되기 전의지방세법(이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제107조,제127조가 취득세와 등록세의 비영리사업자에 대한 비과세대상으로 ‘그 용도에 직접 사용하는지 여부’를 요건으로 규정하고 있던 것과는 달리, 위 비과세 조항에 ‘직접’이라는 용어를 사용하지 않고 있는바, 그렇다면 **** 소속 부목사들의 사택으로 이용되는 이 사건 부목사관은 취득세 및 등록세의 비과세대상에 해당함에도 불구하고 종교사업에 직접 사용되지 아니한다는 이유로 취득세 및 등록세의 비과세대상이 아니라고 본 것은 위법하다. ⑶ 피고는 원고가 이 사건 부목사관을 취득하거나 등기할 당시에는 취득세 및 등록세의 비과세대상으로 보아 이를 비과세하였다가 2000. 12. 29. 법률 제6312호로 지방세법이 당초의 구 지방세법과 같은 내용으로 개정되자 종전의 태도를 바꾸어 이 사건 부목사관에 대하여 취득세 및 등록세 등을 부과하였는바, 이는 소급과세금지의 원칙 또는 비과세관행에 반하는 것으로서 위법하다. 나. 관계법령 별지 기재와 같다. 다. 판단 ⑴ 이 사건 처분 중 종합토지세, 교육세, 농어촌특별세 부과처분에 대한 판단 종합토지세는 비영리사업자가 토지를 그 사업에 직접 사용하고 있지 아니하는 한지방세법 제234조의12 제2호의 규정에 따른 비과세 대상이 될 수 없다고 할 것이고(대법원 1997. 12. 12. 선고 97누14644 판결참조), 위 조항 소정의 “직접 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1995. 4. 14. 선고 94누8211,94누8228 판결, 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 참조). 한편, 위 관계법령 중 주차장법 소정의 각 규정을 종합하여 보면, 건축물, 골프연습장 기타 주차수요를 유발하는 시설(이하 ‘시설물’이라 한다)에 부대하여 설치되는 부설주차장은 시설물의 부지가 너비 12m 이하인 도로에 접하여 있는 경우 그 도로의 맞은편 토지에 부설주차장을 당해 도로에 접하도록 설치하는 경우에는 시설면적 100㎡당 1대의 비율로 산정한 주차대수에 상당하는 규모의 부설주차장을 당해 부지의 경계선으로부터 부설주차장의 경계선까지의 직선거리 300m 이내 또는 도보거리 600m 이내의 부지 인근에 설치할 수 있고, 주차장법 제19조는 주차수요를 유발하는 시설물을 건축하고자 하는 자에게 부설주차장을 설치하는 의무와 그에 따른 부설주차장의 설비기준을 대통령령으로 정하도록 규정하고 있기는 하나, 부설주차장의 구비여부를 그 시설물의 인·허가의 요건으로 삼고 있을 뿐, 부설주차장의 설치 자체를 인·허가의 대상으로 보거나 그에 관한 인·허가절차를 별도로 규정하지는 않고 있다. 돌이켜 이 사건에 와서 보건대, 갑제6 내지 8호증, 갑제10호증, 갑제11호증, 갑제12호증의 1 내지 9, 갑제13호증, 갑제16호증의 1 내지 10, 갑제17호증, 갑제18호증의 1 내지 6, 갑제19호증의 1 내지 99의 각 기재 또는 사진영상에 변론의 전취지를 종합하면, 이 사건 주차장은 **** 본당의 부지와 접한 6m 도로의 맞은편에 위치하고 있는데, 당초 원고는 1999. 3.경 이 사건 주차장에 관하여 주용도를 자동차관련시설로, 층수를 지상 1층, 지하 2층으로, 주차대수를 운전자가 자동차를 직접 운전하여 주차장으로 들어가는 방식인 자주식으로 옥내 124대, 옥외 60대로 하여 건축허가를 받은 다음 주차장 전용건축물인 이 사건 주차장을 건축하고, 같은 해 11. 29.경 피고로부터 자동차관련시설로 사용승인을 받은 후 현재까지 ****의 교인 등을 위한 주차장으로 사용해 온 사실을 인정할 수 있고, 달리 반증이 없는바, 위 인정사실에 의하면 ****가 이 사건 주차장 부지상에 예배당, 선교관, 교육관 등에 부대하여주차장법 제19조소정의 주차장 설치의무규정에 의거한 부설주차장인 이 사건 주차장을 건축하여 사용하는 것은지방세법 제234조의12 제2호에서 규정하는 종교단체인 ****의 목적사업에 직접 사용하는 것으로서 이는 종합토지세 등의 비과세대상이라 할 것이고(이와 관련하여 피고가 들고 있는대법원 1997. 12. 12. 선고 97누14644 판결은 해당 토지를 교회 본당의 임시주자창으로 사용하는 것에 불과하여 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다는 취지이므로 이 사건과는 사안을 달리하는 것이어서, 이 사건에 적용되기에는 적당하지 아니하다), 그에 따라 교육세(한편, 2000. 12. 29. 법률 제6296호로 교육법이 개정되면서 종합토지세의 납세의무자는 원칙적으로 교육세의 납세의무가 없고, 다만 2000. 12. 31. 이전에 종합토지세를 부과한 분에 한하여 교육세를 부과할 수 있도록 규정되었는바, 사정이 이와 같다면 원고는 종합토지세액을 과세표준으로 하는 교육세의 납세의무가 없다 할 것이므로, 이 점에 있어서도 위법하다), 농어촌특별세 비과세대상에 해당한다고 할 것이다. 따라서 이 사건 처분 중 종합토지세, 교육세, 농어촌특별세 부과처분은 위법하다고 할 것이다. ⑵ 이 사건 처분 중 등록세, 취득세, 교육세, 농어촌특별세 부과처분에 대한 판단 구 지방세법 제107조,제127조는 비영리단체의 취득세 및 등록세의 비과세요건으로 “그 사업에 직접 사용하지 않는 경우”라고 규정하고 있었으나, 이 사건 부목사관의 취득에 적용되는 개정전의지방세법 제107조,제127조는 위 비과세요건에서 “직접”이라는 단어를 삭제하고 단지 “그 사업에 사용하지 않는 경우”라고 개정한 점에다가, 갑제14호증, 갑제15호증의 각 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 행정자치부가 위 개정법령에 따라 종교단체가 담임목사 등 성직자의 주거용으로 사용하기 위한 사택의 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 비과세하면서 그 성직자의 범위를 대한예수교장로회 등의 경우에는 목사, 부목사, 전도사 등으로 한정하여 업무를 처리해 온 점 등을 더하여 고려하여 보면, 개정전의지방세법 제107조, 제127조에서 규정하고 있는 취득세와 등록세의 종교단체에 대한 비과세대상은 그 부동산이 종교사업에 사용되면 족하고, 반드시 그것이 직접적 또는 중추적으로 사용되는 경우에 한할 것은 아니라고 볼 것이다. 이 사건에 돌아와 보건대, 앞서 든 각 증거와 증인 윤정중의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, ****는 이 사건 부목사관의 등기, 취득시인 1997.경 당회장인 위임목사 1명, 부목사 19명, 전도사 80여명을 두고 있었는데, 그 중 부목사는 위임목사를 보좌하여 예배, 성경공부, 선교, 신도간 친목도모, 봉사활동 등 종교활동을 담당해 온 사실, 한편 ****는 1997년경 이 사건 부목사관을 매수하여 현재까지 ****에 소속된 부목사들의 사택으로 사용해 온 사실을 인정할 수 있고, 달리 반증이 없는바, 비록 부목사가 교회의 필요에 따라 당회장인 위임목사를 보좌하기 위하여 수시로 노회의 승낙을 받아 임명되어 임시로 시무하는 목사라는 점에서 그 교회의 종교활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고는 할 수 없다고 하더라도 위임목사를 보좌하여 예배, 성경공부, 선교 등 종교활동을 직접 담당해 오고 있으므로, 이 사건 부목사관이 **** 소속 부목사들의 사택용으로 사용되고 있는 이상 종교단체의 목적사업에 사용되는 것으로 봄이 상당하고, 이는 개정전의 지방세법에서 규정하고 있는 취득세 및 등록세의 비과세대상에 해당하므로, 그에 따라 교육세 및 농어촌특별세 비과세대상에 해당한다고 할 것이다. 따라서 이 사건 처분 중 취득세, 등록세, 교육세, 농어촌특별세 부과처분도 원고의 나머지 주장에 대하여 더 나아가 판단할 필요 없이 위법하다고 할 것이다. 3. 결론 그렇다면, 이 사건 처분이 위법함을 들어 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.