대학이 연구지원체계평가에서 낮은 점수를 받아 간접비고시비율이 5.19%로 정해지자 그 고시 부분의 취소를 청구함

- 1 - 서 울 행 정 법 원 제 6부 판 결 사 건2024구합68446 간접비고시비율 취소청구 원 고1. **** 2. **** 피 고과학기술정보통신부장관 변 론 종 결2025. 4. 11. 판 결 선 고2025. 5. 23. 주 문 1.원고들의 청구를 기각한다. 2.소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 2. 29. 개정 고시한 과학기술정보통신부 고시 제2024-10호「국가연구개 발사업 연구개발비 사용 기준」제114조 제2항 [별표 6] 중 B의 간접비고시비율을 5.19%로 정한 부분을 취소한다. - 2 - 이 유 1.처분의 경위 가. 원고 ****는 B 등을 유지.경영할 목적으로 설립된 학교법인이고, B는 국 가연구개발혁신법 제2조 제3호에서 정한 ‘연구개발기관’에 해당한다. 원고 **** 은 B의 산학협력에 관한 업무를 관장하는 것을 목적으로 설립된 법인으로, 연구개발비 사용에 관하여는 국가연구개발혁신법 제13조 제4항,「국가연구개발사업 연구개발비 사 용 기준」(이하 ‘연구개발비 사용 기준’이라고 한다) 제2조 제7호에 따라 ‘대학’에 해당 한다. 나. 피고는 연구개발비 사용 기준에 따라 2년마다 비영리기관인 연구개발기관의 간 접비고시비율(간접비비율 1) 을 정하기 위한 기준비율을 의미한다)을 정하는데, 2024. 2. 29. 개정 고시한 연구개발비 사용 기준(과학기술정보통신부 고시 제2024-10호, 이하 ‘이 사건 고시’라고 한다) 제114조 제2항 [별표 6]을 통하여 B의 간접비고시비율을 5.19%로 정하였다(이하 위 고시 중 B의 간접비고시비율을 5.19%로 정한 부분을 ‘이 사 건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 변론 전체의 취지 2.관계 법령 별지 기재와 같다. 3.본안전항변에 관한 판단 가. 피고의 주장 요지 이 사건 처분은 피고가 2023년도 연구지원체계평가(이하 ‘이 사건 평가’라 한다) 1) 연구개발과제의 전체 연구개발기간동안의 간접비를 직접비 중 현물 부담액과 위탁연구개발비, 국제공동연구개발 비 및 연구개발부담비를 제외한 금액(수정직접비)으로 나눈 값을 말한다(연구개발비 사용 기준 제2조 제9호). - 3 - 결과 등에 따라 간접비고시비율을 산출한 것으로서 이 사건 평가 결과를 공지하는 사 실행위에 불과하므로 항고소송의 대상이 되는 행정처분으로 볼 수 없다. 나. 판단 관계 법령 및 변론 전체의 취지에 따라 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 피고 는 매년 연구개발기관을 대상으로 연구지원 체계 구축ᆞ운영에 대한 평가를 실시할 수 있고(국가연구개발혁신법 제25조 제1항), 피고가 고시하는 연구개발기관별 간접비 계상 기준에 이러한 연구지원체계평가 결과를 반영하여야 하는 것은 맞으나(같은 조 제3항), 한편 피고는 연구지원체계평가 결과뿐만 아니라 간접비고시비율 산출의 다른 기초자료 도 고려하여 연구개발기관의 간접비고시비율을 산출하여야 하고(연구개발비 사용기준 제114조 제1항 제1호), 달리 피고의 연구지원체계평가 자체가 원고들의 구체적 권리의 무에 직접적인 영향을 미친다고 볼 만한 자료가 없는 점, ② 반면 피고가 연구지원체 계평가 등을 고려하여 간접비고시비율을 산출하는 경우 연구개발기관은 그와 같은 간 접비고시비율 한도 내에서만 간접비를 계상ᆞ사용하여야 하는 의무를 부담하고(국가연 구개발혁신법 제13조 제4항), 그러한 사용기준을 위반하는 경우 부정행위로서 제재처 분을 받을 수 있는 점(국가연구개발혁신법 제31조 제1항 제2호, 제32조 제1항 제3호) 등을 종합하면, 원고들에 대한 간접비고시비율을 정한 이 사건 처분은 원고의 구체적 권리ᆞ의무에 직접 영향을 미치는 행위로서 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 할 것이다. 피고의 본안전항변은 이유 없다. 4.이 사건 처분의 위법 여부 가. 위임입법의 한계를 일탈하였다는 주장에 관한 판단 1) 원고들 주장의 요지 - 4 - 피고는 이 사건 고시의 위임에 따라 마련한 ‘2023년도 대학 국가연구개발사업 간 접비고시비율 산출기준’(이하 ‘이 사건 산출기준’이라 한다)에서 ‘연구지원체계평가 결과 가 50점 미만인 대학’에 대하여 간접비고시비율을 5%로 적용하도록 하였다. 그런데 이 사건 고시는 연구지원체계평가 결과의 점수에 따라 일괄적으로 간접비고시비율을 5%로 적용할 수 있도록 위임하고 있지 않다. 그럼에도 피고가 연구지원체계평가 결과가 50점 미만인 대학에 대하여 간접비고시비율을 5%로 정한 것은 적법한 위임 없이 규정한 것 이어서 위법하므로, 이에 근거한 이 사건 처분 역시 위법하다. 2) 판단 국가연구개발혁신법 제13조 제4항은 ‘연구개발기관은 과학기술정보통신부장관이 연구개발기관 유형에 따른 직접비ᆞ간접비의 계상한도 및 인정기준, 비용 정산의 방법 ᆞ절차, 연구개발기관별 간접비 계상기준 등을 포함하여 고시하는 연구개발비 사용 기 준에 따라 연구개발비를 계상ᆞ사용하여야 한다’고 규정하고, 그 위임에 따른 이 사건 고시는 제114조에서 간접비고시비율 산출에 관한 사항을 구체적으로 정하면서 ‘그 밖 에 간접비고시비율 산출에 관한 사항은 과학기술정보통신부장관이 정하는 바에 따른 다’(제8항)고 정하여 이 사건 고시에서 규정되지 않은 간접비고시비율 산출에 관한 사 항을 이 사건 산출기준에 재위임하였다. 이에 따라 이 사건 산출기준은 ‘① 간접비고시 비율 산출 미 신청 대학, ② 연구지원체계평가 미 참여 대학, ③ 연구지원체계평가의 결과가 50점 미만인 대학, ④ 간접비실사비율 또는 최종 간접비고시비율이 5% 미만인 대학’의 경우 간접비고시비율을 5%로 정하도록 하였다. 이러한 관계 법령 등의 내용 및 체계에다가, ‘간접비’란 연구개발기관이 연구개 발과제를 수행하는 데 공통적으로 소요되는 비용으로서 개별 연구개발과제로부터 직접 - 5 - 산출할 수 없는 비용을 말하는 것으로(국가연구개발혁신법 제13조 제3항 제2호) 간접 비고시비율을 통하여 직접비뿐만 아니라 간접비를 연구개발비의 항목으로 인정하는 취 지는 연구개발 역량을 높이기 위한 지원책 중의 하나로 그 계상한도 및 인정기준 등에 대하여 행정청에 폭넓은 재량이 부여되어 있다고 볼 수 있는 점, 연구지원체계평가의 결과가 50점 미만인 대학에 대하여 간접비고시비율을 5%로 정하는 것은 연구지원체계 평가를 고려하여 간접비고시비율을 산출하도록 한 이 사건 고시 제114조 제1항 등 규 정에도 부합하는 점 등을 고려하면, 이 사건 산출기준에서 연구지원체계평가 결과가 50점 미만인 대학에 대하여 간접비고시비율을 5%로 정한 것은 국가연구개발혁신법과 이 사건 고시의 순차적 위임에 따른 위임 범위에서 간접비고시비율에 관한 구체적인 사항을 규정하고 있다고 봄이 타당하므로(나아가 피고는 위 기준에 따른 간접비고시비 율을 일부 조정하여 B의 간접비고시비율을 5.19%로 정하였다), 이 부분 산출기준이 위 임입법의 한계를 일탈하여 위법하다는 취지의 원고들 주장은 이유 없다. 나. 충분한 서류 보완의 기회를 보장받지 못하였다는 주장에 관한 판단 1) 원고들 주장의 요지 피고가 이 사건 평가 과정에서 B에 대한 서면평가와 현장평가를 동시에 실시함 에 따라, B는 서면평가 과정에서 누락된 자료나 현장평가를 위해 필요한 추가자료를 보 완하여 제출할 기회를 충분히 보장받지 못하였으므로, 피고는 행정기본법 제11조 제1항 이 정한 성실의무를 위반하여 원고들의 절차적 권리를 침해하였다. 2) 판단 갑 제4호증(가지번포 포함), 을 제1 내지 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지 에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 피고는 2023년도 연구지원체계평가를 - 6 - 실시하면서 그 신청 접수 마감일을 2023. 4. 26. 18:00까지로 하였으나, 원고들은 정해 진 기간 내에 평가신청을 하지 않다가 2023. 7. 18.경에야 뒤늦게 구제방안을 마련해 달라는 요청을 하였고, 이에 피고는 적극행정의 일환으로 추가 신속평가를 실시하면서 그 평가방법으로 ‘서면평가와 현장평가를 동시에 실시’할 것임을 고지하였던 점, ② 이 에 원고들은 추가 신청기간에 추가 신청을 하면서 위와 같은 평가방법에 대하여 별다 른 이의를 제기하지 않았던 점, ③ 나아가 원고들은 2023. 9. 18. 피고로부터 연구지원 체계평가 업무를 위탁받아 이를 실시하는 한국과학기술기획평가원에 서면평가를 위한 자체평가보고서 및 증빙자료를 제출하였고 현장평가는 그로부터 약 일주일이 경과한 2023. 9. 25. 이루어졌으므로, 원고들로서는 그 사이에 자료를 검토하여 추가로 제출할 기회가 있었던 점, ④ 서면평가는 연구개발기관이 제출한 자체평가보고서를 점검하는 형태로 이루어지므로 평가에 필요한 자료를 제출하는 것은 기본적으로 연구개발기관 스스로의 몫인 점 등에 비추어 보면, 이 사건 처분에 원고들 주장과 같은 절차적 위법 이 있다고 보기 어렵다. 따라서 이 부분 원고들의 주장도 이유 없다. 다. 연구지원 서비스 만족도 조사가 제외된 것이 위법하다는 주장에 관한 판단 1) 원고들 주장의 요지 국가연구개발혁신법 제25조 제1항 제2호가 연구지원체계평가의 항목으로 ‘연구 개발기관의 연구지원에 대한 소속 연구자의 만족도’를 명시하고 있음에도, 피고가 이 사건 평가에서 100점 만점 중 10점을 차지하는 ‘연구지원 서비스 만족도 조사’ 항목을 제외하여 평가한 후 위 항목을 0점으로 처리한 것은 위법하다. 2) 판단 앞서 든 증거들에다가 을 제4, 7호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정 - 7 - 되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 국가연구개발혁신법 제25조 제1항은 ‘과학기술정보통 신부장관은 매년 제24조 제2항에 따른 연구개발기관을 대상으로 연구지원기준 준수 정 도, 연구개발기관의 연구지원에 대한 소속 연구자의 만족도, 연구개발기관의 간접비 계 상ᆞ집행ᆞ관리 실태에 관한 사항을 포함하는 연구지원 체계 구축ᆞ운영에 대한 평가 를 실시할 수 있다’고 규정하고 있으므로 그 문언의 형식과 내용에 비추어 위 각 사항 을 반드시 포함하여야 한다고 보기 어려운 점, ② 앞서 본 바와 같이 피고는 2023년도 연구지원체계평가를 실시하면서 2023. 2. 6. 온라인 설명회를 개최하여 이에 관한 설명 을 하였고, 이에 따라 위 연구지원체계평가는 그 신청서 및 서류 접수 마감 시점을 2023. 4. 26. 18:00까지로, 서면평가는 2023. 5. 11.부터 2023. 5. 30.까지로, 그 결과 통보일은 2023. 6. 27.로 하여 진행되었으며, 2023. 6. 27.부터 2023. 7. 3까지 이의신 청을 접수받아 2023. 7. 3.부터 2023. 7. 13.까지 재검토를 진행하여 2023. 7. 28. 이의 신청 재검토 회의를 하는 일정으로 진행된 점, ③ 대다수의 대학들은 당초 신청 마감 일까지 연구지원체계평가 신청을 하였는데, 이에 반하여 원고들은 그 소속 직원이 2023. 3. 10. 위 평가 안내에 관한 이메일을 열람하였음에도 정해진 기간 내에 신청하 지 않았고 2023. 7. 18.경에야 뒤늦게 구제방안을 마련해 달라는 요청을 하였던 점(한 편 원고들은 그 소속 직원이 휴직 중이었고 해당 이메일을 읽지 않은 상태에서 일괄 삭제하였다는 취지로 주장하나, 피고의 전산시스템상 원고 측이 2023. 3. 9. 해당 이메 일을 열람한 것으로 되어 있고, 원고들 역시 2023. 7. 18. 피고에게 구제방안을 마련해 달라는 요청을 하면서 ‘담당자가 2023. 3. 9. 이메일을 받았고 그 내용을 인지하였지만 당시 휴직 중이었고 연구지원체계평가의 중요성을 몰라 관련 내용을 전달하지 못하였 다’고 하였던 점 등에 비추어 원고들이 제출한 증거들만으로는 위와 같은 사실인정을 - 8 - 뒤집기에 부족하다), ④ 피고는 기존 연구지원체계평가에서는 공문을 보내 연락을 하였 던 것과 달리 2023년도 평가에서는 한국과학기술기획평가원 자료 업로드 포털을 활용 하여 연락을 하는 등의 변화가 있어 평가신청을 누락한 기관이 발생할 가능성이 있다 는 이유에서 신청 기간을 준수하지 못한 기관에 대하여 적극적 행정의 일환으로 추가 적으로 신속평가를 실시하기로 하면서, 다만 추가적 신속평가에서는 일정 등을 고려하 여 평가 항목 중 ‘연구지원 서비스 만족도 조사’ 항목은 제외하기로 한 점, ⑤ 원고들 은 이러한 평가방법을 인지하였음에도 별다른 이의를 제기하지 않은 채 추가 신청기간 에 추가 신청을 하였고, 당시 B를 포함한 4개의 대학이 추가 신청을 하였는데 이 사건 소에서 원고들이 다투는 이외에 다른 대학은 위와 같은 평가방법을 다투고 있지도 않 은 것으로 보이는 점, ⑥ 2023년도 연구지원체계평가는 당초 2023. 7.경까지 이의신청 에 대한 재검토까지 마무리하는 일정으로 계획되었고, 추가 평가 역시 2023. 10.경 최 종 등급 및 결과를 통보하는 일정으로 계획되었던 점, ⑦ 한국과학기술기획평가원은 주식회사 리서치랩과 연구지원 서비스 만족도 조사 용역계약을 체결하고 위 회사가 그 조사를 실시하도록 하였는데, 그 주요 일정은 ‘조사대상 연구자 리스트 요청 및 인구통 계 배너 의견수렴(직급, 직종 등), ’web survey 서버 구축‘, ’기관별 URL 발송 및 조사 실시‘, ’데이터 처리 및 분석‘, ’최종 보고서 작성‘으로 그 예정 기간이 2023. 4. 26.부터 2023. 6. 1.까지이므로, 추가적 신속평가 절차에서는 그 일정상 만족도 조사를 하기 어 려울 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 이 사건 평가에서 ‘연구지원 서비스 만족도 조 사’ 항목을 제외한 것에 위법이 있다고 볼 수 없다. 나아가 이 사건 평가 당시 평가위 원들은 원고들이 제출한 자료들을 바탕으로 서면평가를 진행한 후 자료의 보완을 요청 하고 이후 진행된 현장평가까지 거친 후 최종 45점을 부여하였고, ‘충분한 계도기간과 - 9 - 설명회, 관련 시스템 숙지 기간이 부여되었음에도 1차 평가기간 중에 접수하지 못하고 2차 추가 평가에서도 미흡하고 부실한 증빙을 제출함으로써 결과적으로 평가지침서와 해설서를 따르지 않고 내부 판단으로만 평가에 임한 것이 최종 평가 결과로 나타났다 고 평가됨’이라는 최종 평가를 하기도 하였던바, 피고의 위와 같은 평가과정에 다른 재량권.일탈남용의 위법이 있었다고 볼 만한 증거도 없다. 이 부분 원고들의 주장도 이유 없다. 5.결론 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. - 10 - [별지] 관계 법령 ▣ 국가연구개발혁신법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 3. “연구개발기관”이란 다음 각 목의 기관ᆞ단체 중 국가연구개발사업을 수행하는 기관ᆞ단체 를 말한다. 나. 「고등교육법」 제2조에 따른 학교(이하 “대학”이라 한다) 제13조(연구개발비의 지급 및 사용 등) ① 연구개발과제의 연구개발비는 정부가 지원하는 연구개발비와 대통령령으로 정하는 바에 따 라 연구개발기관이 부담하는 연구개발비를 포함하여 산정한다. ② 중앙행정기관의 장은 소관 국가연구개발사업의 추진목적ᆞ성격 등을 고려하여 연구개발비 의 지급 횟수, 시기, 지급 조건ᆞ방법 등을 정할 수 있다. ③ 연구개발비는 다음 각 호의 비용으로 구성하며, 그 사용용도는 대통령령으로 정한다. 1. 직접비: 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 소요되는 비용으로서 개별 연구개 발과제로부터 직접 산출할 수 있는 비용 2. 간접비: 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 공통적으로 소요되는 비용으로서 개별 연구개발과제로부터 직접 산출할 수 없는 비용 ④ 연구개발기관은 과학기술정보통신부장관이 다음 각 호의 사항을 포함하여 고시하는 연구개 발비 사용 기준에 따라 연구개발비를 계상ᆞ사용하여야 한다. 1. 연구개발기관 유형에 따른 직접비ᆞ간접비의 계상한도 및 인정기준, 비용 정산의 방법ᆞ 절차 2. 연구개발기관별 간접비 계상기준 3. 연구개발비 사용 계획의 변경을 위하여 사전 승인이 필요한 경우에 대한 사항 4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제25조(연구지원체계평가) ① 과학기술정보통신부장관은 매년 제24조 제2항에 따른 연구개발기관을 대상으로 다음 각 호 의 사항을 포함하는 연구지원 체계 구축ᆞ운영에 대한 평가(이하 “연구지원체계평가”라 한 다)를 실시할 수 있다. - 11 - 1. 연구지원기준 준수 정도 2. 연구개발기관의 연구지원에 대한 소속 연구자의 만족도 3. 연구개발기관의 간접비 계상ᆞ집행ᆞ관리 실태 ③ 과학기술정보통신부장관은 제13조 제4항 제2호에 따라 고시하는 연구개발기관별 간접비 계 상기준에 연구지원체계평가 결과를 반영하여야 한다. ④ 연구지원체계평가의 절차 및 방법, 제2항에 따른 평가 결과의 통보 및 공개 절차, 제3항에 따른 평가 결과의 반영 기준은 대통령령으로 정한다. 제38조(업무의 위탁) ① 과학기술정보통신부장관은 제20조, 제23조 제1항, 제24조, 제25조 제1항, 제26조 제1항, 제 33조 제4항에 따른 업무의 일부를 대통령령으로 정하는 기관 또는 단체에 위탁할 수 있다. ▣ 국가연구개발혁신법 시행령 제52조(연구지원체계의 평가) ① 과학기술정보통신부장관은 다음 각 호의 사항을 포함한 법 제25조 제1항에 따른 연구지원 체계 구축ᆞ운영에 대한 평가(이하 “연구지원체계평가”라 한다) 실시계획을 수립하여 매년 3월 31일까지 제51조에 따른 연구개발기관에 통보해야 한다. 1. 해당 연도 연구지원체계평가 대상 기관 2. 연구지원체계평가 평가지표 3. 연구지원체계평가에 필요한 자료 제출의 범위 및 기한 4. 연구지원체계평가의 방법 및 일정 5. 연구지원체계평가에 따른 후속 조치 제67조(업무의 위탁) ④ 과학기술정보통신부장관은 법 제38조 제1항에 따라 다음 각 호의 업무를 「과학기술기본법」 제20조에 따른 한국과학기술기획평가원에 위탁한다. 2. 법 제25조 제1항에 따른 연구지원체계평가의 실시 ▣ 국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준 제2조(정의) 이 기준에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 7. "대학"이란 「고등교육법」 제2조에 따른 학교, 다른 법률에 따라 설치된 이에 준하는 교 - 12 - 육기관, 평생교육시설 및 「산업교육진흥 및 산학협력 촉진에 관한 법률」 제25조에 따라 설립한 산학협력단을 말한다. 제112조(간접비고시비율 산출기준) ① 과학기술정보통신부장관은 2년 마다 비영리기관인 연구개발기관의 간접비고시비율을 산출 하기 위하여 간접비고시비율 산출기준을 마련하고, 영 제22조 제1항에 따른 간접비계상기 준산출위원회의 심의를 거쳐 확정하여야 한다. ② 과학기술정보통신부장관은 간접비고시비율 산출기준을 30일 이상 공고하여야 한다. 제113조(간접비고시비율 산출 신청) ① 간접비고시비율 산출을 받으려는 비영리기관인 연구개발기관은 다음 각 호의 문서를 작성 하여 과학기술정보통신부장관에게 신청하여야 한다. 1. 별지 제18호 서식에 따른 간접비고시비율 산출 신청서 2. 간접비고시비율을 산출하는 연도의 직전 2개 회계연도 동안의 과학기술정보통신부장관이 정하는 회계원칙에 따른 간접비고시비율 산출의 기초자료(대학의 경우에 별지 제19호 서 식에 따른 국가연구개발사업 간접비 지출내역서와 별지 제20호 서식에 따른 국가연구개 발사업 간접비 학교회계전출금 지출내역서를 포함하나, 「특정연구기관 육성법 시행령」 제3조 각 호에 해당하는 경우에는 제외한다. 이하 같다) 제114조(간접비고시비율 산출) ① 과학기술정보통신부장관은 제113조 제1항에 따라 간접비고시비율 산출을 신청한 연구개발 기관에 대하여 다음 각 호의 사항을 고려하여 해당 연구개발기관의 간접비고시비율을 산출 하여야 한다. 1. 제113조 제1항 제2호에 따른 간접비고시비율 산출의 기초자료 2. 법 제25조 제3항에 따른 연구지원체계평가 결과 ② 제1항에 따른 비영리기관인 연구개발기관의 간접비고시비율은 별표 6과 같다. ③ 간접비고시비율을 산출하지 아니한 대학의 간접비고시비율은 5퍼센트로 하고, 대학이 아닌 비영리기관 및 제113조 제2항 단서에 해당하는 연구개발기관의 간접비고시비율은 17퍼센 트로 한다. 다만, 간접비계상기준산출위원회가 정하는 의무 산출기관이 간접비고시비율을 산출하지 아니한 경우에 해당 연구개발기관의 간접비고시비율은 5퍼센트로 한다. ⑧ 그 밖에 간접비고시비율 산출에 관한 사항은 과학기술정보통신부장관이 정하는 바에 따른 다. 끝.