회사가 대도시 내 부동산을 취득하고 지점설치등기를 마친 후 세금을 적게 냈다는 이유로 과세관청이 등록세 등을 추가로 부과함.

【심급】 1심 【세목】 등록면허세 【주문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 정비사업전문관리업, 건축설계 및 감리용역업, 부동산 임대업 및 분양업, 숙박업 등을 목적으로 하는 회사로, 2007. 9. 14.****로부터 ****대 245.3㎡,같은 동 ****대 487.9㎡,같은 동 84-41대 133.2㎡ 및위 ****토지 지상 지하 1층, 지상 6층 규모의 숙박시설 건물(위 3필지의 토지 및 건물을 이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매수한 다음, 2007. 10. 2. 원고 명의의 소유권이전등기를 마치고, 그 무렵 취득가액 2,709,090,909원을 과세표준으로 하여 지방세법 소정의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 54,181,810원 등을 신고․납부하였다. 나. 이후 피고는 원고가 이 사건 부동산을 취득할 무렵인 2007. 10. 11. 이 사건 부동산 중 숙박시설 건물 소재지인 ****를 소재지로 한 지점설치등기(이하 ‘이 사건 지점설치등기’라 한다)를 마친 사실을 확인하고, 이 사건 부동산에 관한 원고 명의의 등기가 대도시 안에서의 지점의 설치에 따른 부동산등기라고 보아 2009. 1. 13. 원고에 대하여 당초 등록세 신고․납부시 과세표준에서 누락한 대출상환수수료 7,500,000원을 포함한 2,716,590,090원을 과세표준으로 하고지방세법 제138조 제1항 제3호의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 원고가 이미 납부한 세액을 차감하여 산출한 등록세(가산세 포함) 144,712,850원, 지방교육세(가산세 포함) 27,766,290원을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 15호증, 을 제1 6호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 원고가 임대용으로 이 사건 부동산을 취득한 후 곧바로 원고의 전 대표이사이자 실질적 사주인****의 친구인****에게 보증금 없이 차임 월 10,000,000원, 임대차기간 2007. 10. 2.부터 2009. 10. 2.까지로 정하여 임대하였는데, 이 사건 부동산의 매도인이자 이 사건 부동산에서 ‘****’을 운영하던****이 속히 이 사건 부동산상의 사업자명의를 정리해 줄 것을 요구함에 따라 편의상 이 사건 지점설치등기를 마친 것일 뿐, 이 사건 부동산에서 지점으로서 영업을 수행한 바가 전혀 없고, 단지****이 2008. 1.부터 현재까지 원고에게 차임을 지급하면 그의 계산으로 이 사건 부동산을 소재지로 한 지점 또는 모텔을 운영하고 있으므로, 원고의 지점으로서의 실질을 갖추고 있다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 부동산에 관한 등기는지방세법 제138조 제1항 제3호에서 정하고 있는 지점설치에 따른 부동산등기에 해당하지 않음에도 불구하고 위 규정 소정의 등록세 중과대상에 해당한다고 보아 한 이 사건 처분은 위법하다. 나. 관계 법령 별지 기재와 같다. 다. 판단 (1)지방세법 제138조 제1항 제3호가 규정하고 있는 등록세 중과세 요건인 대도시 내에서의 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 부동산등기에 있어서 지점 또는 분사무소라 함은 법인세법·부가가치세법 또는 소득세법의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 그 명칭 여하를 불문하고 인적·물적 설비를 갖추고 계속하여 당해 법인의 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말하고, 여기서 말하는 인적설비란 당해 법인의 지휘·감독하에 인원이 상주하는 것을 뜻할 뿐이고 그 고용형식이 반드시 당해 법인에 직속하는 형태를 취할 것을 요구하는 것은 아니다(대법원 1998. 4. 24. 선고 98두2737 판결,대법원 2007. 8. 24. 선고 2005두13469 판결등 참조). (2) 이 사건의 경우 이 사건 부동산에 관한 등기가 등록세 중과세 요건인 대도시 내에서의 지점의 설치에 따른 부동산등기에 해당하는지 여부에 관하여 본다. 갑 제4 내지 7, 16, 17호증, 을 제2 내지 8호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 이 사건 소유권이전등기를 마친 2007. 10. 2. 피고에 대하여 영업소 명칭을 ‘****’로, 영업소 소재지를 이 사건 부동산(****)으로, 영업의 종류(형태)를 숙박업(여관업)으로 하여 영업신고를 한 사실, 그 후 원고는 2007. 10. 11. 부동산 소재지인 ****을소재지로 하는 지점설치등기를 마치고, 같은 달 12.****에게 개업일을 2007. 10. 12., 사업장 소재지를 ****으로, 사업의 종류를 숙박업으로, 사업의 종목을 모텔로 하여 원고 지점 사업자등록을 한 사실, 그 무렵부터 이 사건 부동산에서 영업 중인 ‘****’(이하 ‘이 사건 모텔’이라 한다)은 2007. 5.경부터 원고 회사의 전무로 재직하였던****이 위 모텔 사무실에서 상주하면서 운영하여 왔는데,****은 2008. 12.경까지 원고 회사의 전무라는 직함과 원고 지점의 소재지로 이 사건 부동산 지번(****)이 기재된 명함을 사용하여 왔으며, 2007. 5. 1.부터 2008. 1. 1.까지 원고의 직장보험에 가입되어 있었던 사실, 한편 이 사건 모텔에는****외에도 카운터에서 일하는 직원 1명, 청소원들이 상주하면서 근무하고 있는 사실 및 원고는 원고 지점 명의로 법인균등할 주민세, 소득세할 주민세 및 사업소세를 각 신고ㆍ납부해 온 사실을 인정할 수 있다. 살피건대, 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 숙박업 등을 목적으로 하는 원고가 이 사건 소유권이전등기를 마친 날 이 사건 모텔을 영업소로 한 영업신고를 하고, 거의 같은 시기에 이 사건 지점설립등기까지 마친 점, 원고의 직원이던****이 그 때부터 이 사건 모텔에 상주하면서 원고 회사 전무의 직함으로 이 사건 모텔 운영을 하여 온 점, 원고는 이 사건 지점설치등기는 편의상 이루어진 것에 불과하다고 하면서도 지점 명의로 법인균등할 주민세 및 사업소세 등을 자진신고ㆍ납부해 온 점 등을 종합하여 보면, 원고의 지점으로 등기된 이 사건 모텔은 원고의 숙박업과 관련된 업무를 수행하는 원고의 지점으로서의 기능을 하고 있다고 할 것이고, 이에 반하는 듯한 증인****의 일부 증언은 믿기 어려우며, 갑 제 내지 11, 14호증(각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기 어렵다. 따라서 이 사건 부동산에 관한 등기는 대도시 내에서의 지점설치에 따른 부동산등기에 해당한다고 할 것이므로 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다. 3. 결론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.