원고가 해외 석유개발 사업 지분을 일부 양도한 뒤 실제 지분이 5%라고 주장하며 법인세 경정청구를 함

• 원고는 1981년 석유 개발업 등을 목적으로 설립된 법인으로, 인도네시아 국영 석유회사와 생산물 분배계약을 맺고 해상 광구 개발사업을 진행해왔다.
• 2011년 5월 원고는 외국회사와 새로운 생산물 분배계약을 체결해 지분율이 외국회사 80%, 원고 20%로 조정되었고, 이후 원고는 세이셸에 설립된 외국회사와 원고 지분 20% 중 10%를 형식적으로만 보유하면서 실질적으로 양도하는 내용의 계약을 체결했다.
• 2013년 4월 원고는 인도네시아에 설립된 외국회사와 원고 지분 20% 중 10%를 양도하는 계약을 체결하고 매각대금 6,500만 달러를 받았으며, 산업통상자원부에 투자비율을 원고 5%, 외국회사 5%, 다른 외국회사 10%로 신고했다.
• 원고는 1차 지○○양도 계약에 따른 변동만 반영해 원고 지분이 10%라고 보고 2013~2016 사업연도 법인세를 신고·납부했다.
• 2018년 5월 원고는 실제 지분이 5%에 불과하다며 2013~2016 사업연도 법인세 환급을 구하는 경정청구를 했으나, 과세관청이 2개월 내에 결과를 통지하지 않아 거부처분으로 간주되었다.
• 원고는 조세심판원에 불복했지만 2019년 6월 기각되었고, 이후 법원에 거부처분 취소 소송을 제기했으나 2020년 6월 12일 변론종결 후 청구가 모두 기각되었다.

원고는 인도네시아 해상 광구 사업과 관련해 지분을 양도한 결과 실제 지분이 5%에 불과하다며 2013~2016 사업연도 법인세를 돌려달라고 요청했지만, 과세관청이 이를 받아들이지 않았고 법원도 원고의 청구를 모두 기각했다. 재판에서는 원고가 주장하는 지분율 변동이 세금 계산에 반영될 만한 실제 양도였는지가 쟁점이었다.

• 법원은 원고가 제출한 계약서와 신고 내역 등을 종합해 볼 때, 원고가 주장하는 지분율 변동이 실제로 세금 계산에 반영될 만한 실질적인 지분 양도에 해당한다고 보기 어렵다고 판단했다.
• 원고와 외국회사 사이의 계약은 형식적으로만 지분을 보유하면서 실질적으로는 양도하는 내용이었고, 이러한 내부 약정만으로 과세관청에 신고된 지분율을 뒤집을 수 없다고 본 것이다.
• 원고는 1차 지○○양도 계약에 따라 지분을 양도하고 매각대금을 받았지만, 그 이후의 지분 변동을 세법상 과세표준 계산에 소급해 적용할 만한 근거가 부족하다고 판단했다.
• 결국 원고가 경정청구를 통해 주장하는 실제 지분 5%는 과세관청이 인정할 만한 객관적 증명이 되지 못했고, 따라서 과세관청의 경정거부처분은 적법하다고 결론 내렸다.

이 사건은 해외 자원개발 사업에서 지분 양도가 형식과 실질이 다를 때 세금 계산에 어떤 지분율을 기준으로 해야 하는지가 문제 된 사례다. 법원은 신고된 지분율과 실제 계약 내용을 꼼꼼히 따져 과세관청의 판단을 존중했고, 납세자가 주장하는 실질 지분율이 세법상 인정되려면 객관적 증명이 필요하다는 점을 보여준다.