세무당국은 섬유가공업자의 2016년 종합소득세를 다시 계산하면서 세무조사로 확인한 기초재고자산을 반영하지 않았다.

- 1 - 서 울 행 정 법 원 제 8부 판 결 사 건2020구합72850 종합소득세부과처분취소 원 고 피 고 변 론 종 결2021. 5. 4. 판 결 선 고2021. 6. 1. 주 문 1.피고가 **** 원고에 대하여 한 2016년 귀속 종합소득세 ****원(가산세 포 함)의 부과처분을 취소한다. 2.소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다. 이 유 1. 처분의 경위 - 2 - 가. 원고는 ‘****’이라는 상호로 섬유가공업을 영위하고 있는 개인사업자이다. 나. 원고는 2016. 5. 31.경 2015년 귀속 종합소득세에 관하여 기초재고자산 **** 원, 기말재고자산 ****원, 과세표준 ****원으로 하여 종합소득세 ****원 (가산세 포함)을 신고.납부하였고, 2017. 5. 31.경 2016년 귀속 종합소득세에 관하여 기초재고자산 ****원, 기말재고자산 ****원, 과세표준 ****원으로 하여 종 합소득세 ****원(가산세 포함)을 신고.납부하였다. 다. 피고는 2018. 5. 2.부터 2018. 6. 1.까지 원고의 2016년 귀속 종합소득세에 관한 개인통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하여 원고가 2016년 기초재고자 산 **** 및 기말재고자산 ****원을 각 과소계상하였다고 판단하였다. 이에 피 고는 2018. 8. 9. 원고에게 2015년 귀속 종합소득세 ****원(가산세 포함)을 경정. 고지하였고, 2016년 귀속 종합소득세 ****원의 환급결정을 하였다. 라. 원고는 2018. 8. 9.자 2015년 귀속 종합소득세 경정처분에 불복하여 **** 조 세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 **** 위 심판청구를 인용하여 위 2015년 귀속 종합소득세 경정처분을 취소하였다(이하 ‘이 사건 심판결정’이라 한다). 마. 이 사건 심판결정에 따라 피고는 **** ****자 2015년 귀속 종합소득세 경정처분을 취소하였고, **** 원고에게 2016년 귀속 종합소득세 ****원(가산 세 포함)을 경정.고지하였다(이하 ‘이 사건 당초 처분’이라 한다). 이와 같이 이 사건 당초 처분이 이루어진 이유는 이 사건 심판결정에 따라 ****자 2015년 귀속 종합 소득세 경정처분이 취소되어 2015년 기말재고자산(=2016년 기초재고자산) 과소계상액 ****원이 감액되었으므로 2018. 8. 9.자 2016년 귀속 종합소득세 환급결정 당시 증액하였던 2016년 기초재고자산 과소계상액 ****원을 감액하였기 때문이다. - 3 - 바. 그 후 피고는 직권으로 **** 이 사건 당초 처분 중 중소기업특별세액 ○○ ○○원을 감면하고 신고불성실가산세 ****원을 감액하였으며, **** 중소기업 특별세액 ****원을 추가로 감면하여 이 사건 당초 처분 중 합계 ****원을 감 액경정하였다. 그리하여 이 사건 당초 처분은 ****원(가산세 포함)만 남게 되었다 (이하 ‘이 사건 당초 처분 중 감액되고 남은 부분을 ’이 사건 처분‘이라 한다). 사. 원고는 이 사건 당초 처분에 불복하여 **** 조세심판원에 심판청구를 하였 으나, 조세심판원은 **** 위 심판청구 중 피고가 위와 같이 직권으로 감액경정한 부분은 각하하고 나머지 심판청구는 기각하였다. 2. 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 피고는 이 사건 세무조사를 통하여 2016년 기초재고자산과 기말재고자산이 과소 계상되었다고 판단하였음에도 기초재고자산의 과소계상액은 고려하지 아니한 채 기말 재고자산만을 증액하여 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 연도별로 과세 하는 소득세에서 2016년 기초재고자산을 제대로 고려하지 않았을 뿐만 아니라 과세표 준과 세액의 경정을 실지조사에 의하지 않았으므로 위법하다. 나. 관계 법령 별지 기재와 같다. 다. 판 단 가. 소득세법 제80조 제3항 및 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523 호로 개정되기 전의 것) 제142조 제1항, 제143조 제1항의 각 규정내용을 종합하면, 종 합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정 - 4 - 하는 것이 원칙이고, 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙 서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과 세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되 는 것이므로, 납세자가 소득세법이 정하는 장부를 비치.기장한 바 없더라도 계약서 등 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은 실지조사 방법에 의하여 결정하여야 하고, 추계조사 방법에 의해서는 아니 된다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결 등 참조). 나. 앞서 인정한 사실관계, 앞서 든 각 증거 및 갑 제4호증의 기재 등에 의하여 알 수 있는 다음 사정들을 이러한 법리에 비추어 살펴보면, 피고는 이 사건 세무조사를 통한 실지조사에 의하여 2016년 기초재고자산이 밝혀졌음에도 이를 고려하지 않은 채 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 실지조사에 의하지 않은 경정으로서 위법 하여 취소되어야 한다. ① 소득세법 제5조 제1항은 소득세의 과세기간을 1월 1일부터 12월 31일까지 1 년으로 규정하고 있으므로, 2016년 귀속 종합소득세를 산정할 때에도 2016. 1. 1.부터 2016. 12. 31.까지의 소득을 기준으로 하여야 한다. 2016년의 소득을 계산할 때 기초재 고자산은 2015년 및 그 이전에 발생한 원가가 자산화된 것이므로 2016년에 비용이 되 는 반면, 기말재고자산은 2016년에 발생한 원가가 자산화되는 것이므로 2016년에는 비 용이 되지 아니하고 이후에 처분됨으로써 비용이 된다. 따라서 2016년 기초재고자산은 2016년 귀속 종합소득세의 과세표준을 산정하기 위한 구성요소이다. ② 이 사건 세무조사는 원고의 2016년 귀속 종합소득세에 관하여 이루어졌는데, 피고는 위 세무조사에서 2016년 기초재고자산을 확인하기 위하여 2015년 기말재고자 - 5 - 산에 관한 조사를 실시한 결과 2015년 기말재고자산을 ****원으로 파악하여 ○○ ○○원이 과소계상되었다고 판단하였고, 2016년 기말재고자산을 ****원으로 파악 하여 ****원이 과소계상되었다고 판단하였다. 2015년 기말재고자산은 2016년 기초 재고자산을 의미하므로 위와 같이 실제 금액을 파악한 이상 2016년 귀속 종합소득세 산정에 이를 고려하여야 한다. ③ 피고는 이 사건 세무조사에서 동일한 방법으로 2015년 기말재고자산과 2016 년 기말재고자산을 조사하여 확인한 점, 위 세무조사는 2018. 5. 2.부터 2018. 6. 1.까 지 1개월에 걸쳐 이루어진 점, 피고가 2016년 기말재고자산에 관하여는 실지조사에 의 한 것으로서 타당하고 합리적으로 산출되었다고 주장하고 있는 점, 위 세무조사에서 확인한 2015년 기말재고자산 산정에 필요한 증빙서류가 없다거나 그 중요부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없다고 볼 만한 자료가 없는 점 등을 고려하면, 피고 가 파악한 2015년 기말재고자산이 2016년 기말재고자산과 달리 원고의 자의적인 추정 에 따라 산정된 것에 불과하다고 단정할 수 없고, 이 또한 실지조사에 의한 것이므로 그 밝혀진 금액을 기준으로 종합소득세의 과세표준을 결정함이 타당하다. ④ 2016년 귀속 종합소득세를 산정하면서 2016년 기초재고자산을 이 사건 세무 조사에서 확인한 금액으로 증액하는 경우에는 2016년 기초재고자산 금액이 **** 원이 됨에 반하여, 이 사건 심판결정에 따라 ****자 2015년 귀속 종합소득세 경정 처분이 취소된 결과 2015년 기말재고자산이 ****원이 되어 원칙적으로 동일하여 야 할 두 금액이 상당한 차이가 있게 된다. 그런데 이 사건 심판결정은 이 사건 세무 조사가 2016년 귀속 종합소득세를 조사범위로 하였음에도 2015년 기말재고자산을 경 정하면서 2015년 귀속 종합소득세를 경정한 것일 뿐만 아니라 2015년 기초재고자산이 - 6 - 정상적으로 계상되었는지는 조사하지 않은 점 등을 이유로 한 것이므로, 그 차이가 있 을 수밖에 없다. ⑤ 피고는 국세기본법 제81조의3이 규정한 납세자의 성실성 추정에 따라 원고가 **** 신고한 2015년 기말재고자산을 진실한 것으로 보고 2015년 기말재고자산을 2016년 기초재고자산으로 하여 이 사건 처분을 하였으므로 적법하다고 주장한다. 그러 나 2016년 귀속 종합소득세에 관하여 이 사건 세무조사가 실시되어 2016년 기초재고 자산을 조사하게 된 점, 2016년 귀속 종합소득세의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있 어 소득세법 제80조 제2항 제1호에 따라 그 과세표준과 세액이 경정되게 된 점 등을 고려하면, 원고의 2016년 기초재고자산 신고에 관하여 납세자의 성실성이 추정된다고 할 수 없다. 3. 결 론 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한 다.