제약회사가 의료인 대상 심포지움 경비와 학회 시상금을 광고선전비로 처리해 법인세·부가가치세를 신고·납부함

- 1 - 서 울 행 정 법 원 제 5부 판 결 사 건2024구합57477 법인세등부과처분취소 원 고A 피 고**** 변 론 종 결2025. 5. 22. 판 결 선 고2025. 7. 10. 주 문 1. 피고가 2020. 8. 4. 원고에 대하여 한 별지1 법인세 부과처분 내역 기재 각 법인세 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다. 2. 피고가 2020. 7. 16. 원고에 대하여 한 2015년 1기분 부가가치세 30,642,820원(가산 세 11,695,339원 포함) 부과처분 및 2020. 8. 4. 원고에 대하여 한 별지2 부가가치 세 부과처분 내역 기재 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다. 3. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다. - 2 - 이 유 1. 처분의 경위 가. 원고는 주로 **, ** 내과, ** 분야의 전문의약품 등의 제조 및 판매업 등을 영위 하는 제약회사이다. 나. 원고는 2015 ~ 2019 사업연도의 법인세 및 부가가치세를 아래와 같이 신고·납부 하였다(위 신고를 ‘이 사건 신고’라 한다. 이하 같다). 다. 서울지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은, 이 사건 신고가 구 국세기본법(2021. 12. 21. 법률 제18586호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제81조의 6 제3항 제4호에서 정한 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료 가 있는 경우’에 해당한다는 이유로, 2020. 2. 18.부터 2020. 7. 2.까지 원고에 대한 2014 ~ 2019 사업연도 법인세 등 통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하 - 3 - 였다(당초 조사대상 과세기간을 ‘2014. 1. 1.부터 2018. 12. 31.까지’, 조사기간을 ‘2020. 2. 18.부터 2020. 5. 11.까지’로 하였다가, 위와 같이 조사대상 과세기간이 확대되고, 조 사기간도 연장되었다). 라. 조사청은 이 사건 세무조사를 실시하면서 사전통지를 하지 않고, 조사개시일인 2020. 2. 18. 원고에게 ‘세무조사를 하기 앞서 사전통지를 하고 있으나 귀하(귀사)에 대 해서는 국세기본법 제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지를 하지 아니 하 였습니다’는 내용이 기재된 세무조사통지서를 교부하였다. 마. 이 사건 세무조사 결과 조사청은 피고에게 원고의 소득금액을 아래와 같은 사유 로 경정하는 내용의 법인세 및 부가가치세 과세자료를 통보하였다. 바. 피고는 조사청의 통보에 따라 원고에 대하여, ① 2020. 7. 16. 2015년 1기분 부가 가치세 30,642,820원(가산세 11,695,339원 포함)을 경정·고지하는 한편, ② 2020. 8. 4. 별지1 법인세 부과처분 내역 기재와 같이 2015 ~ 2019 사업연도 법인세(가산세 포함) 합계 1,616,249,770원 및 별지2 부가가치세 부과처분 내역 기재와 같이 2015년 2기분 ① 원고가 의료인을 대상으로 심포지움(이하 ‘쟁점 심포지움’이라 한다)을 개최하고 광고 선전비를 계상한 비용 중 의료인과 그 가족에게 제공한 숙박비, 식사비 등 2,018,000,000원(이하 ‘쟁점 심포지움 경비’라 한다)을 접대비로 보아 한도초과분에 대 하여 손금불산입 ② 학술대회 행사 등에 후원하고 광고선전비로 계상한 학회 시상금 등 520,000,000원(이 하 ‘쟁점 시상금’이라 한다)을 비지정기부금으로 보아 손금불산입 ③ 재단법인 B에 연구용역비로 지급한 5억 원을 가공용역으로 보아 손금불산입 ④ 5,371,000,000원의 연구인력개발비의 세액공제 부인 ⑤ 원고가 그 지분을 100% 보유한 자회사 C의 마케팅 용역 등을 수행하고 수수료를 과 소 수취한 것으로 보아 407,000,000원을 익금산입 ⑥ 대표이사 D의 미국 E대학교 경영교육프로그램의 해외교육비 131,000,000원을 업무무 관비용으로 보아 손금부인 - 4 - ~ 2019년 2기분 부가가치세(가산세 포함) 합계 252,716,280원을 각 경정·고지하였다(이 하 위 법인세 및 부가가치세 경정·고지처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). 사. 원고가 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2021. 3. 4. 조세심판원에 심판청구를 하 였으나, 조세심판원은 2023. 12. 6. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한 다. 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 관계 법령 ■ 구 국세기본법(2021. 12. 21. 법률 제18586호로 개정되기 전의 것) 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세 무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같 다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. 제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해 당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다. 4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청) ① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사 유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 "사전통지"라 한다)하여 야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정 되는 경우에는 그러하지 아니하다. ④ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 세무조사를 하는 경우 세 무조사를 개시할 때 다음 각 호의 사항이 포함된 세무조사통지서를 세무조사를 받을 납세자에게 교부하여야 한다. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 사전통지 사항 - 5 - 3. 이 사건 처분의 위법 여부 가. 원고 주장의 요지 1) 절차상 하자 이 사건 세무조사 당시 조사청은 ① 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호의 수시 세무조사대상 선정사유가 존재하지 않음에도 원고를 세무조사 대상으로 선정하여 과세 자료를 수집하였고, ② 정당한 사유 없이 구 국세기본법 제81조의7 제1항에서 정한 세 무조사 사전통지를 생략하였으며, 생략한 사유를 구체적으로 고지하지 않았다. 이 사건 세무조사에는 위와 같은 중대한 절차상 하자가 존재하므로 위법한 세무조사에 터 잡은 이 사건 처분 역시 위법하다. 2) 실체법적 하자 ① 쟁점 심포지움 경비는 불특정 의료인을 대상으로 원고가 생산·판매하는 제품의 홍보 및 판촉을 위하여 통상적인 비용의 한계 내에서 지출된 비용으로 법인세법상 광 고선전비 또는 판매부대비용에 해당한다. 또한, ② 원고는 제품의 홍보수단으로 쟁점 시상금을 지급하면서 일반적인 기부금과 달리 직접 시상자 선정 및 지급 절차 등에 관 여하였으므로 쟁점 시상금은 법인세법상 광고선전비에 해당한다. 그럼에도 피고가 위 각 비용의 실질을 접대비 및 비지정기부금으로 보고 이 사건 처분을 한 것은 위법하다. 나. 절차상 하자 주장에 대한 판단 1) 관련 법리 가) 구 국세기본법 제81조의6 제3항은 ‘세무공무원은 정기선정에 의한 조사 외에 2. 사전통지를 하지 아니한 사유 3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 - 6 - 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다‘고 규정하면서 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’(제4호)를 세무조사대상 선정사유 중 하나로 들고 있다. 한편 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국 한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용되는 것이고(헌법재판소 1992. 12. 24. 선고 92헌가8 전원재판부 결정, 헌법재판소 1998. 5. 28. 선고 96헌바4 전원재판부 결정 등 참조), 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 과세자료의 수 집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위하여 필요불가결할 뿐만 아니라 종국적으로는 조세의 탈루를 막고 납세자의 성실한 신고를 담보하는 중요한 기능을 수행하는 세무조 사에 있어서도, 위와 같은 적법절차의 원칙은 마땅히 준수되어야 한다. 그런데 국세기본법은 2002. 12. 18. 법률 제6782호로 개정되면서 세무조사의 공정 성과 객관성을 확보하고, 세무조사가 과세목적 이외에 다른 목적으로 이용되거나 자의 적인 세무조사권 발동으로 오·남용된다는 시비를 차단하고자 구 국세기본법 제81조의 3 제1항과 같이 ‘세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한 의 범위 안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여 서는 아니 된다’는 규정을 신설하는 한편(그 후 위 조항은 구 국세기본법 제81조의4 제1항으로 이동되었다), 구 국세기본법 제81조의6 제3항 각 호 사유가 있는 경우에 정 기선정에 의한 조사 외에도 세무조사대상으로 선정할 수 있도록 하는 규정을 마련하였 다. 이와 같이 세무조사대상의 기준과 선정방식에 관한 구 국세기본법 제81조의6이 도 입된 배경과 취지, 구 국세기본법 제81조의6이 포함된 제7장의2에 관한 국세기본법과 - 7 - 개별 세법의 관계 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제81조의6이 마련된 이후에는 개별 세법이 정한 질문·조사권은 구 국세기본법 제81조의6이 정한 요건과 한계 내에 서만 허용된다고 보아야 한다. 또한 구 국세기본법 제81조의6이 정한 세무조사대상 선 정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세 처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어기고 구 국세기본법 제81조의6과 제81조의4 제1항을 위반한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 위법하다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결 등 참조). 나) 한편, 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호에서 말하는 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라고 함은 납세자가 세무조사의 대상이 되는 사항과 관련하여 과세관청에 신고한 내용에 탈루나 오류의 혐의가 있을 개연성이 객관성과 합리성이 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우라고 해 석함이 상당하다. 다) 나아가 세무조사가 납세자의 재산권이나 영업에 미치는 막대한 영향, 과세관청 이 함부로 세무조사를 하는 경우에 발생할 수 있는 각종 부작용 등에 비추어 보면, 세 무조사는 위와 같이 법이 정한 사유에 해당하는 경우에 한하여 개시될 수 있고, 세무 조사 개시 사유에 해당하는지 여부는 엄격하게 해석되어야 하며(대법원 2016. 12. 15. 선고 2016두47659 판결 참조), 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 대하여는 과세처분이 적법하다고 주장하는 과세관청에게 증명책임이 있는 것이 원칙이 므로, 적법하게 세무조사가 개시되었다는 점 역시 과세관청이 증명하여야 한다. 2) 구체적 판단 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들, 을 제1호증의 각 기재, 이 법원에 현저한 사실 - 8 - 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들을 앞서 본 법리 에 비추어 보면, 이 사건 세무조사는 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호에서 정한 세무조사 대상자 선정사유에 해당하지 아니함에도 세무조사권을 남용하여 이루어진 것 으로 위법하고, 이 사건 처분도 위와 같이 위법한 세무조사를 통하여 수집한 과세자료 에 기초하여 이루어진 것으로서 적법절차의 원칙에 위반되어 위법하다고 봄이 타당하 다. 따라서 이 사건 처분은 나머지 점에 관하여 나아가 살필 필요 없이 위법하여 취소 되어야 한다. 가) 조사청이 이 사건 세무조사를 개시하면서 내세운 사유는 구 국세기본법 제81 조의6 제3항 제4호이고 피고도 위 사유를 주장하고 있으므로, 이 사건 세무조사에 위 제4호의 사유가 있는지 문제된다. 나) 조사청은, 2010년 11월부터 의약품 및 의료기기 거래에서 불법 리베이트를 제 공한 자와 수수한 자 모두를 처벌하는 ‘리베이트 쌍벌제’가 실시되자, 제약업체의 리베 이트 관행이 학술지 등 잡지사나 행사대행사 등이 제약업체를 대리하여 학술대회를 지 원하는 형식으로 변칙적으로 행하여졌고, 제약회사인 F가 2011년 1월경부터 2016년 1 월경까지 의학전문잡지사인 G, H가 개최하는 각종 학술행사를 통하여 종합병원 의사 들에게 리베이트를 제공하였다는 약사법 위반 혐의로 검찰조사[이하 ‘이 사건 검찰조 사’라 한다. 이후 G 등에 대한 기소가 이루어져 G에 대하여 벌금 1,500만 원 및 일부 공소사실에 대하여는 면소판결이 확정되었다(**지방법원 2020. 1. 17. 선고 2016고단 **** 판결, 같은 법원 2021. 11. 29. 선고 2020노**** 판결)]를 받았고, 원고 또한 2015년 초반까지 위 G, H를 통하여 심포지움을 개최한 점, 원고가 위 의학전문잡지사 가 리베이트 조사를 받게 되자 다른 행사 대행업체로 거래처를 변경한 점, 원고의 - 9 - 2013 ~ 2019 사업연도 법인세 신고자료에 따르면 2014년 6월 실시된 세무조사 이후 아래와 같이 접대비 지출이 감소한 반면 광고선전비 지출은 증가한 점을 근거로, 이 사건 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있다고 보아 이 사건 세무조사를 실시하였다. (단위 : 백만원) 구분`13년`14년`15년`16년`17년`18년`19년합계 접대비6501323831212020912 광 고 선 전 비 계3,5925,6796,2166,0165,1094,4134,91235,937 심포지엄5871,1101,0778824676607215,504 제품설명회 3,005 3,5593,7723,3963,4932,532 4,191 23,948 기타1,0101,3671,7381,1491,2216,485 다) 그러나 원고가 2015년 초반까지 거래하던 의학전문잡지사들이 다른 제약회사 와 관련되어 리베이트 혐의로 검찰조사를 받았다고 하여 원고가 위 잡지사 등을 통하 여 의사 등에게 리베이트를 제공하였다거나 2015년 초반 이후 다른 대행업체 등을 통 하여 리베이트를 제공하였다고 단정할 수 없고 그러한 사실을 객관적으로 인정할만한 아무런 증거가 없는 점, 2015년경부터 접대비 지출이 감소하고 광고선전비 지출이 증 가한 것이 이 사건 신고 내용에 탈루나 오류가 있었기 때문인지 아니면 접대비를 적게 지출하고 광고선전비를 많이 지출할 사유가 있었던 것인지 알 수 없는 점 등에 비추 어, 피고가 이 사건 세무조사 사유로 들고 있는 위 나)항의 사정들이 이 사건 신고 내 용에 탈루나 오류의 혐의가 있어 조세탈루의 개연성이 객관성과 합리성이 있는 자료로 뒷받침되어 상당한 정도로 인정되는 경우에 해당한다고 보기 어렵다. 라) 실제로 이 사건 세무조사는 객관적인 자료에 의해 조사청이 탈루나 오류의 혐 의가 있다고 본 ‘쟁점 심포지움’과 ‘쟁점 시상금’ 이외에도 원고의 연구용역비, 연구인 - 10 - 력개발비, 수수료, 원고 대표이사의 교육비 등에 대해서까지 조사영역이 확장되었는데, 이는 이 사건 세무조사가 ‘법인세 통합조사’로 조사청이 조사대상 과세기간 동안의 원 고의 모든 회계자료를 제출받아 기존 세금 신고내용과 일일이 대조하고 오류를 찾아내 는 방식으로 이루어졌기 때문인 것으로 보인다. 이와 같이 조사청은 원고의 조세탈루 나 오류를 인정할 만한 객관적인 자료가 존재하지 않음에도 막연한 추측에 기반하여 이 사건 세무조사에 착수한 이후 조사의 범위를 확대하였는데, 이는 최소성의 원칙에 도 위반한 것으로 보인다. 4. 결론 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로, 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판 결한다. - 11 - 별지1 법인세 부과처분 내역 - 12 - 끝. - 13 - 별지2 끝.