특수관계인들로부터 비상장주식 334,000주를 두 차례에 걸쳐 정해진 주당 가격으로 매입함

- 1 - 서 울 행 정 법 원 제 2부 판 결 사 건2020구합81809 법인세등부과처분취소 원 고 피 고1. 강남세무서장 2. 중부세무서장 변 론 종 결2021. 8. 19. 판 결 선 고2021. 10. 5. 주 문 1.피고 강남세무서장이 2019. 5. 2. 원고 ○○○ 유한회사에 대하여 한 2016 사업연도 법인세(가산세 포함) 319,029,030원의 부과처분 중 57,053,618원을 초과하는 부분을 취소한다. 2.피고 중부세무서장이 원고 ●●●에 대하여 2020. 4. 5. 한 2015년 귀속 양도소득세 (가산세 포함) 30,501,510원 및 2020. 4. 1. 한 2015년 4분기 증권거래세(가산세 포 함) 1,533,030원의, 2020. 4. 1. 원고 ◎◎◎에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 (가산세 포함) 85,365,090원 및 2015년 4분기 증권거래세(가산세 포함) 4,289,700원 의 각 부과처분을 취소한다. 3.원고 ○○○ 유한회사의 피고 강남세무서장에 대한 나머지 청구를 기각한다. - 2 - 4.소송비용 중 원고 ○○○ 유한회사와 피고 강남세무서장 사이에 생긴 부분 중 1/6 은 원고 ○○○ 유한회사가, 나머지는 피고 강남세무서장이 각 부담하고, 원고 ●● ●, ◎◎◎와 피고 중부세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 중부세무서장이 부담한 다. 청 구 취 지 주문 제2항 및 피고 강남세무서장이 2019. 5. 2. 원고 ○○○ 유한회사에 대하여 한 2016 사업연도 법인세(가산세 포함) 319,029,030원의 부과처분을 취소한다. 이 유 1. 처분의 경위 가. 원고 ○○○ 유한회사(이하 ‘원고 회사’라 한다)는 2010. 12. 6. 경영컨설팅, 금융 투자업 등을 목적으로 설립된 법인이고, 2015년 당시 원고 회사의 대표이사이던 ◇◇ ◇과 그 친족인 원고 ●●●, ◎◎◎ 및 ◆◆◆, ★★★, □□□는 각 원고 회사의 특 수관계인 지위에 있었다. 나. 원고 회사는 아래 표 기재와 같이 2015. 7. 23. ◇◇◇, ◆◆◆, ★★★으로부터 비상장법인인 주식회사 ■■■■(이하 ‘■■■■’이라 한다) 주식 합계 190,000주[이하 ‘이 사건 (1)주식’이라 한다]를 1주당 24,603원에, 2015. 11. 23. 원고 ●●●, ◎◎◎ 및 □□□로부터 ■■■■ 주식 합계 144,000주[이하 ‘이 사건 (2)주식’이라 하고, 이 사건 (1)주식과 통틀어 ‘이 사건 주식’이라 한다]를 1주당 26,603원에 각 취득하였다. - 3 - 거래일양도인주식 수거래가액거래금액 2015. 7. 23. ◇◇◇130,000주 1주당 24,603원 3,198,390,000원 ◆◆◆30,000주738,090,000원 ★★★30,000주738,090,000원 소계190,000주4,674,570,000원 2015. 11. 23. 원고 ●●●30,000주 1주당 26,603원 798,090,000원 원고 ◎◎◎84,000주2,234,652,000원 □□□30,000주798,090,000원 소계144,000주3,830,832,000원 다. ■■■■은 2015. 7. 23. 주식회사 ☆☆☆☆로부터 서울 ***-* 토지, 같은 동 ***-** 토지 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 2개의 감정평가기관 (♡♡감정평가법인, ♥♥감정평가법인)이 평가한 감정가액의 평균액인 25,818,095,360 원에 매수하고, 그 소유권이전등기를 마친 2015. 7. 27. ♧♧은행으로부터 이 사건 부 동산을 담보로 200억 원(이하 ‘이 사건 차입금’이라 한다)을 3년 거치 후 5년간 분할상 환(여신기간 8년)하는 조건으로 차입하였다. 라. ♣♣지방국세청장은 2018. 12. 12.부터 2019. 3. 4.까지 원고 회사의 2016 사업연 도(2015. 4. 1. ∼ 2016. 3. 31.)에 대한 법인제세 통합세무조사를 실시한 결과 원고 회 사가 특수관계인들로부터 이 사건 주식을 시가보다 낮은 가액에 매입한 경우에 해당한 다고 보아, 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제2항 제1호에 따라 그 차액인 1,133,882,000원을 원고 회사의 해당 사업연도 익금에 산입하고 원고 ●●●, ◎◎◎의 저가양도금액에 대해 양도소득세 및 증권거래 세를 과세하도록 관련 과세자료를 통보하였다. 마. 이에 따라 피고 강남세무서장은 2019. 5. 2. 원고 회사에 대하여 2016 사업연도 귀속 법인세(가산세 포함, 이하 같다) 319,029,030원을 경정·고지하였고, 피고 중부세무 서장은 원고 ●●●에 대하여 2020. 4. 5. 2015년 귀속 양도소득세(가산세 포함, 이하 - 4 - 같다) 30,501,510원 및 2020. 4. 1. 2015년 4분기 증권거래세(가산세 포함, 이하 같다) 1,533,030원을, 2020. 4. 1. 원고 ◎◎◎에 대하여 2015년 귀속 양도소득세 85,365,090 원 및 2015년 4분기 증권거래세 4,289,700원을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 바. 이에 불복하여 원고 회사는 2019. 7. 24. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2020. 7. 21. 기각되었고, 원고 ●●●, ◎◎◎는 2020. 5. 27. 조세심판원에 심판청구 를 제기하였으나 2020. 10. 26. 기각되었다. 2. 처분의 적법 여부 가. 원고들의 주장 요지 1) 원고 회사의 이 사건 (1)주식 관련 주장 구 법인세법 제15조 제2항 제1호는 ‘숨은 이익분여’를 규제한다는 점에서 구 법인 세법 제52조의 부당행위계산의 부인 규정과 취지·목적이 동일하고, 위와 같은 규정이 1996. 12. 31. 대통령령 제15192호로 개정된 법인세법 시행령 제12조 제1항 제10호에 서 마련되었을 당시 매도자에게 소득세법상 부당행위계산 부인 규정이 적용되는 경우 에만 익금 산입하기 위해 도입된 것이었으므로, 과세의 형평을 도모하기 위해 시가와 거래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경 우에 한하여 부당행위계산 부인 규정을 적용하도록 한 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제3항은 구 법인세법 제15조 제2항 제1호의 경우에도 동일하게 적용되어야 한다. 그런데 원고 회사의 이 사 건 (1)주식 거래가액은 1주당 24,603원으로서 피고들이 재평가한 1주당 25,502원과 약 3%의 차이밖에 없으므로, 이 사건 (1)주식의 거래와 관련하여서는 구 법인세법 제15조 - 5 - 제2항의 적용이 배제되어야 한다. 2) 원고들의 이 사건 (2)주식 관련 주장 ■■■■은 특수관계 없는 금융기관으로부터 이 사건 차입금을 차입하였고, 원고 들은 이 사건 (2)주식의 거래가액을 구 상속세 및 증여세법(2015. 12. 15. 법률 제 13557호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제60조 이하의 보충적 평 가방법에 따라 결정하면서 이 사건 부동산의 취득가액 약 258억 원과 이 사건 차입금 200억 원을 반영하여 ■■■■의 순자산가액을 산정하였는데, 피고들은 이 사건 차입 금의 원본 회수기간이 5년을 초과한다는 이유로 구 상증세법 시행령(2016. 2. 5. 대통 령령 제26960호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조 제2항, 구 상증세법 시행규칙 (2019. 3. 20. 기획재정부령 제719호로 개정되기 전의 것, 이하 달리 특정하지 않는 이 상 같다) 제18조의2 제2항 제1호에 따라 이 사건 차입금의 현재가치 할인분을 반영하 여 이 사건 (2)주식의 가액을 재평가하였다. 그러나 2015년 당시 ■■■■의 가중평균 차입이자율, 금융기관으로부터 차입한 운전자금의 이자율, 신한은행이 이 사건 부동산 을 담보로 제시하였던 이자율 등을 고려할 때 이 사건 차입금의 이자율을 시장이자율 로 볼 수 있으므로, 이 사건 차입금의 시가 평가액은 위 명목이자율에 따라 현재가치 로 할인된 금액인 원금 200억 원으로 보아야 하고, 이 사건 차입금과 같은 담보부 채 무의 경우 구 상증세법 시행령 제58조 제2항이 적용될 수 없다. 만일 구 상증세법 시 행령 제58조 제2항 및 구 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항 제1호가 원본의 회수기 간이 5년 이상인 모든 채무를 기획재정부장관이 고시한 8%의 이자율로 할인하여 가액 을 산정하도록 하는 규정이라면 주식의 시가를 제대로 반영할 수 없게 되므로 위 각 규정은 위임입법의 한계를 벗어난 것으로 무효라고 보아야 한다. 설령 이 사건 차입금 - 6 - 의 명목가액을 시가로 평가할 수 없다고 하더라도 이 사건 차입금은 담보부 채무이므 로 구 상증세법 제66조에 따라 담보가액인 200억 원으로 평가되어야 한다. 나. 인정사실 갑 제2호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이 인정된다. 1) 원고들은 아래와 같이 구 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 이 사건 (1)주식의 가액을 24,603원으로, 이 사건 (2)주식의 가액을 26,603원으로 산정하였다. 가) 이 사건 (1)주식 (1) 순손익가치(①) ◦ 발행주식총수(ⓡ) : 600,000주 ◦ 최근 3년간의 순손익액(원 미만 버림, 이하 같다) 구 분2014년2013년2012년 순손익액(ⓠ)1,730,574,886원949,852,571원918,385,796원 1주당 순손익액(ⓠ/ⓡ)ⓐ = 2,884원ⓑ = 1,583원ⓒ = 1,530원 ◦ 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액[= {(ⓐ×3)+(ⓑ×2)+(ⓒ×1)} / 6] : 2,224원 ◦ 1주당 가액[= 가중평균액 / 순손익가치환원율(10%)] : 22,240원 (2) 순자산가치(②) ◦ 자산(Ⓐ) : 23,221,954,575원 ◦ 부채(Ⓛ) : 6,332,361,882원 ◦ 순자산가액(Ⓝ= Ⓐ-Ⓛ) : 16,889,592,693원 ◦ 1주당 가액(Ⓝ/ⓡ) : 28,149원 - 7 - (3) 1주당 평가액[= {(①×3)+(②×2)} / 5] : 24,603원 나) 이 사건 (2)주식 (1) 순손익가치(①) 1) : 22,240원 (2) 순자산가치(②) ◦ 자산(Ⓐ) : 49,359,771,387원(이 사건 부동산 장부가액 포함) ◦ 부채(Ⓛ) : 31,652,252,889원(이 사건 차입금 장부가액 포함) ◦ 순자산가액(Ⓝ= Ⓐ-Ⓛ) : 17,707,518,498원 ◦ 1주당 가액(Ⓝ/ⓡ) : 29,513원 (3) 1주당 평가액[= {(①×2)+(②×3)} / 5] 2) : 26,603원 2) ♣♣지방국세청에서는 아래 표 기재와 같이 ■■■■이 누락한 수입배당금 익금 불산입액과 퇴직급여 추계액 및 2015. 5. 20.자 경정분 등을 반영하고, 이 사건 (2)주식 과 관련하여 구 상증세법 시행령 제58조 제2항, 구 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2 항 제1호를 적용하여 산정한 이 사건 차입금의 현재가치 할인액을 순자산가치의 부채 에 반영하여 이 사건 각 주식 가액을 평가하였다. 가) 이 사건 (1)주식 1) 가) (1)항과 동일 2) 부동산과다보유법인 - 8 - 구 분평가금액(천원)증감(천원) 1주당 가액(원) 비 고 순손익가치 2012년1,555,560637,174 24,380 ◦ 수입배당금 익금불산입, 조사 경정분 추가반영 2013년1,069,051119,198 2014년1,695,942△34,633 순자산가치 자산23,221,955- 27,186 부채6,909,962577,600 ◦ 퇴직급여 추계액 누락분 (577,600천원) 반영 1주당 평가액25,502(899원 증가) 나) 이 사건 (2)주식 구 분평가금액(천원)증감(천원) 1주당 가액(원) 비 고 순손익가치 2012년1,555,560637,174 24,380 ◦ 수입배당금 익금불산입, 조사 경정분 추가반영 2013년1,069,051119,198 2014년1,695,942△34,633 순자산가치 자산49,359,771- 39,233 부채25,819,798△5,832,455 ◦ 퇴직급여 추계액 누락분 (634,200천원) 반영 ◦ 이 사건 차입금 평가감 (△6,466,655천원) 반영 1주당 평가액33,291(6,688원 증가) 3) 피고 강남세무서장은 이 사건 주식 평가액과 매입가액의 차액 1,133,882,000원을 익금에 산입하여 원고 회사의 2016 사업연도 귀속 법인세 319,029,030원을 증액경정· 고지하였다. 가) 익금 산입액 ◦ 이 사건 (1)주식 : 170,810,000원(= 899원 × 190,000주) ◦ 이 사건 (2)주식 : 963,072,000원(= 6,688원 × 144,000주) ◦ 합계 : 1,133,882,000원(= 170,810,000원 + 963,072,000원) 나) 경정고지세액: 319,029,030원 - 9 - (과소신고가산세 22,677,640원, 납부지연가산세 69,574,999원 포함) 4) 피고 중부세무서장은 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전 의 것, 이하 같다) 제101조 제1항 및 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제 27829호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조 제3항 제1호, 제5항, 구 증권거래세 법(2015. 12. 29. 법률 제13628호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조 제1항 제2호 (가)목 단서 (1), 구 증권거래세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제1항 제1호에 따라, 구 상증세법상 보충적 평가방법에 의 한 이 사건 (2)주식의 평가액을 기초로 양도가액을 산정하여 원고 ●●●, ◎◎◎의 각 2015년 귀속 양도소득세 및 2015년 4분기 증권거래세를 증액경정·고지하였다. 다. 이 사건 (1)주식 관련 주장에 대한 판단 1) 구 법인세법 제15조 제2항 제1호는 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 시가 보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 매입가액의 차액에 상당하는 금액을 익금으 로 보도록 규정하고 있다. 한편 구 법인세법 제52조 제1항은 ‘납세지 관할 세무서장 또 는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래 로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.’라고 규정하고, 제4항은 ‘부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.’라고 규정하고 있으며, 그 위임 을 받은 구 법인세법 시행령 제88조는 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”의 개별적·구체적인 행위유형으로 ‘자산을 시가보다 높은 가액으 로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우’(제1호), ‘자산을 무상 또는 - 10 - 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우’(제3호), ‘금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ᆞ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우’(제 6호), ‘금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ᆞ요율이나 임차료로 차용하거 나 제공받은 경우’(제7호) 등을 정하고 제9호에서 ‘그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의 2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다 고 인정되는 경우’를 정하고 있으며, 제3항에서 ‘제1항 제1호·제3호·제6호·제7호 및 제9 호(제1항 제1호·제3호·제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거 래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우 에 한하여 적용한다.’라고 규정하고 있다. 2) 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경 우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납 세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하 게 되므로 허용되지 아니한다(대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 참조). 살피건대, 구 법인세법 제15조 제2항 제1호에 따라 법인이 특수관계에 있는 개인 으로부터 유가증권을 저가에 매입하여 그 차액을 익금으로 산입함에 있어서는 부당행 위계산의 부인에 있어 일정한 행위유형에 관한 구 법인세법 시행령 제88조 제3항을 적 용할 수 없다. 구체적인 이유는 다음과 같다. ① 법인이 자산을 저가로 양수하는 경우 원칙적으로 저가양수로 인해 법인이 분여 받은 이익에 대하여는 그 단계에서 과세하지 않고, 타인으로부터 매입한 자산의 취득 가액은 매입가액에 부대비용을 더한 금액을 취득가액으로 하므로(구 법인세법 제41조 - 11 - 제1항 제1호) 저가인 양수가액이 취득가액으로 계상되어 추후 그 자산에 대한 감가상 각비를 계상하거나 처분할 때 시가와의 차액만큼 손금산입액이 적어지고 소득금액이 늘어나는 방식으로 과세가 이루어진다. 그러나 구 법인세법 제15조 제2항 제1호는 법 인이 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 저가매입하는 경우에는 그 시가와 매입가 액의 차액을 매입시점이 속하는 사업연도의 익금으로 간주하고, 이 경우 위 규정에 의 하여 익금에 산입한 금액을 자산의 취득가액에 포함시킴으로써(구 법인세법 시행령 제 72조 제3항 제1호) 저가로 매입할 때에 그 차액에 대해 과세하도록 하고 있다. 이는 법인과 특수관계에 있는 개인 사이의 주식 등 유가증권의 저가매입에 의한 조세부담 회피를 방지하는 데에 주된 취지가 있다. ② 구 법인세법 제15조 제2항 제1호는 법인이 제52조 제1항에 따른 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 같은 조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경 우 시가와 그 매입금액의 차액에 상당하는 금액을 익금에 산입하도록 규정하고 있을 뿐, 그 전제로 거래의 상대방인 개인이 구 소득세법 제101조 제1항에 따른 부당행위계 산 부인의 적용을 받아 양도소득세가 부과되었을 것을 정하고 있지 않다. 또한 구 법 인세법 제15조 제2항 제1호는 법인이 특수관계인으로부터 유가증권을 저가매입한 경 우 그 차액을 익금으로 보아 법인세를 부과하도록 정한 규정인 반면, 구 소득세법 제 101조 제1항은 양도소득이 있는 거주자가 특수관계인에게 자산을 저가양도하는 등 특 수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 그 행위 또는 계산과 관계없이 소득금액을 계산하도록 함으로써 양도 소득세를 부과하도록 정한 규정이므로, 적용대상이 다르고 규정 취지도 같지 않다. ③ 구 법인세법 제15조 제2항 제1호는 ‘특수관계인’의 범위와 ‘시가’에 대하여만 - 12 - 구 법인세법 제52조 제1항, 제2항에 따르도록 규정하고 있을 뿐 구 법인세법 제52조 제1항에 따라 부당행위계산으로서 부인되는 경우인 ‘특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우’일 것을 요구하고 있지 않고, ‘시가와 거래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 100분의 5 에 상당하는 금액 이상일 것’을 요구하는 구 법인세법 시행령 제88조 제3항은 구 법인 세법 제52조 제1항에 따라 부당행위계산 부인의 대상이 되는 일정한 행위유형에 대한 적용요건일 뿐이므로, 구 법인세법 제15조 제2항 제1호를 적용함에 있어 구 법인세법 시행령 제88조 제3항에 따라 ‘시가와 거래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상일 것’을 요건으로 한다고 제한 해석할 수 없다. 3) 따라서 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다. 라. 이 사건 (2)주식 관련 주장에 대한 판단 1) 구 법인세법 제15조 제2항 제1호는 같은 법 제52조 제2항에 따른 시가보다 낮 은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액을 익금으로 본다고 규정하고 있고, 제52조 제2항은 시가에 대해 ‘건전한 사회 통념 및 상거래 관행 과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함)’으로 정의하 고 있으며, 제3항은 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다. 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제89조는 ① 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따 르고(제1항), 시가가 불분명한 경우에는 ② 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 - 13 - 그 가액으로 하되, 주식 등을 제외하며(제2항 제1호), ③ 이러한 방법에 의할 수 없는 경우에는 구 상증세법 제61조부터 제66조까지의 규정 등을 준용하여 평가한 가액에 의하도록 하고 있다(제2항 제2호). 이 사건의 경우 위 ①, ②에 의한 가격 내지 가액이 존재하지 않거나 적용할 수 없으므로 구 상증세법에 따른 보충적 평가방법에 의하여 이 사건 (2)주식의 시가를 평가하여야 한다. 2) 구 상증세법 제63조 제1항 제2호는 ‘제1호 외에 국채·공채 등 그 밖의 유가증권 의 평가는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방 법으로 평가한다.’라고 규정하고, 구 상증세법 시행령 제58조 제2항은 ‘대부금·외상매출 금 및 받을 어음 등의 채권가액과 입회금·보증금 등의 채무가액은 원본의 회수기간·약 정이자율 및 금융시장에서 형성되는 평균이자율 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하 는 바에 따라 평가한 가액으로 한다. 다만, 채권의 전부 또는 일부가 평가기준일 현재 회수불가능한 것으로 인정되는 경우에는 그 가액을 산입하지 아니한다.’라고 규정하며, 구 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항은 ‘영 제58조 제2항 본문에서 "기획재정부령으 로 정하는 바에 따라 평가한 가액"이란 다음 각 호의 1의 방법에 의하여 평가한 가액 을 말한다.’고 하면서 제1호에서 ‘원본의 회수기간이 5년을 초과하거나 회사정리절차 또는 화의절차의 개시 등의 사유로 당초 채권의 내용이 변경된 경우에는 각 연도에 회 수할 금액(원본에 이자상당액을 가산한 금액을 말한다)을 영 제58조의2 제2항 제1호 (가)목에 따른 적정할인율에 의하여 현재가치로 할인한 금액의 합계액. 이 경우 「소득 세법」 제94조 제1항 제4호 (나)목의 규정에 의한 시설물이용권에 대한 입회금·보증금 등으로서 원본의 회수기간이 정하여지지 아니한 것은 그 회수기간을 5년으로 본다.’라 고 규정하고 있다. - 14 - 3) 살피건대, 관련 규정의 문언 내용과 체계, 취지 등에 비추어 보면, 원본의 회수 기간이 5년을 초과하는 입회금·보증금 등의 채무가액을 적정할인율에 의하여 현재가치 로 할인한 금액의 합계액으로 평가한 가액으로 하도록 규정한 구 상증세법 시행령 제 58조 제2항, 구 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항 제1호는 부동산 담보대출금 채무 인 이 사건 차입금에 대하여는 적용되지 않는다고 보아야 한다. 구체적인 이유는 다음 과 같다. ① 비상장주식의 경우에도 원칙적으로 시가에 의하여 가액을 산정하여야 하나, 시 가를 산정하기 어려운 경우에는 보충적 평가방법에 의하게 된다(구 상증세법 제60조 제1항, 제3항 참조). 구 상증세법 시행령에 따른 비상장주식의 보충적 평가는 1주당 순 손익가치와 순자산가치를 가중평균한 가액으로 하고(제54조 제1항), 1주당 순자산가치 는 당해 법인의 순자산가액을 발행주식총수로 나누어 산정하며(구 상증세법 시행령 제 54조 제2항), 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 구 상증세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감하는 방법으로 계산한다(제 55조 제1항). 이때 입회금·보증금 등의 채무가액은 원본의 회수기간·약정이자율 및 금 융시장에서 형성되는 평균이자율 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액으로 하고(구 상증세법 시행령 제58조 제2항), 그 원본의 회수기간이 5년을 초과하는 등의 경우에 있어서는 각 연도에 회수할 금액을 구 상증세법 시행령 제58조 의2 제2항 제1호 (가)목에 따른 적정할인율에 의하여 현재가치로 할인한 금액의 합계 액으로 평가하게 된다(구 상증세법 시행규칙 제18조의2 제2항 제1호). 이는 골프장업 이나 리조트업 등을 영위하는 법인 등이 부담하는 입회금·보증금 등에 관한 채무가액 을 위 적정할인율에 의하여 현재가치로 할인한 금액(이하 ‘현재가치 할인액’이라 한다) - 15 - 으로 산정함으로써 입회금·보증금 등에 관한 채무액이 과다하게 산정되는 것을 방지하 는데 그 목적이 있다. ② 구 상증세법 시행규칙(2003. 12. 31. 재정경제부령 제342호로 개정되기 전의 것) 제18조의2 제2항 제1호는 ‘원본의 회수기간이 3년을 초과하거나 회사정리절차 또 는 화의절차의 개시 등의 사유로 당초 채권의 내용이 변경된 경우에는 각 연도에 회수 할 금액(원본에 이자상당액을 가산한 금액을 말한다)을 영 제58조의2 제2항 제1호 (가) 목에 의하여 금융기관이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율에 의하여 현재가치로 할인한 금액의 합계액’이라고만 규정하 고 있었는데, 상증세법 시행규칙이 2003. 12. 31. 재정경제부령 제342호로 개정되면서 제18조의2 제2항 제1호 후문으로 ‘이 경우 소득세법 제94조 제1항 제4호 (나)목의 규 정에 의한 시설물이용권에 대한 입회금·보증금 등으로서 원본의 회수기간이 정하여지 지 아니한 것은 그 회수기간을 5년으로 본다.’는 내용이 추가되어 시설물이용권에 대한 입회금·보증금의 가액도 현재가치 할인액으로 평가할 수 있다는 취지로 개정되었다. 그런데 조세심판원은 2009. 12. 28. ‘「상속세 및 증여세법 시행령」 제58조 제2 항 및 같은 법 시행규칙 제18조의2 제2항 제1호는, “채권, 회수기간, 회수할 금액” 등 의 용어를 보더라도 채권의 평가에 관한 규정이지, 부채로서의 시설물이용권의 입회금· 보증금 등 예수금 평가에 관한 규정이라 할 수 없고, 이 규정을 부채에도 적용하도록 준용규정을 마련하지 아니하였으며, 특히 2003. 12. 31. 신설된 같은 법 시행규칙 제18 조의2 제2항 제1호 후단에 부채에 관하여 규정하지 아니하였던 점으로 보아, 이를 부 채평가에 관한 규정으로 볼 수 없다.’고 보아 주식평가 시 골프장의 회원들로부터 입회 금으로 수취한 예수보증금인 부채에 대해 현재가치할인 평가방법을 적용하여 과세할 - 16 - 수 없다고 결정하였다(조심 2009서3737호). 그에 따라 2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 개정된 구 상증세법 시행령 제58 조 제2항에서 ‘입회금·보증금 등의 채무가액’에 대하여도 원본의 회수기간·약정이자율 및 금융시장에서 형성되는 평균이자율 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 평가한 가액으로 한다고 규정하였는데, 이는 구 상증세법 시행규칙 제18조의2 제 2항 제1호를 부채인 시설이용권의 입회금·보증금 등의 예수금 평가에 관한 규정으로 하려는 취지이고, 위와 같은 규정의 연혁, 문언 및 그 취지에 비추어 볼 때 입회금·보 증금 등의 성격이 아닌 다른 채무에 대해서까지 현재가치 할인액으로 그 가액을 평가 하도록 하는 규정이라고 볼 수는 없다. ③ 이 사건에서 피고들은 ■■■■의 1주당 주식가액을 보충적 평가방법에 의해 산정하면서, 이 사건 부동산을 담보로 대출받은 이 사건 차입금의 원본 회수기간이 5 년을 초과한다는 이유로 구 상증세법 시행령 제58조 제2항, 구 상증세법 시행규칙 제 18조의2 제2항 제1호를 적용하여 그 가액을 현재가치 할인액으로 평가하였다. 그러나 이 사건 차입금은 입회금·보증금 채무이거나 그에 준하는 채무라고 볼 수 없으므로 위 규정에 따라 가액을 평가할 수 없다. 4) 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 있다. 마. 정당세액의 계산 1) 이 사건 (2)주식의 시가 아래 표 기재와 같이 이 사건 차입금에 대해 구 상증세법 시행령 제58조의2 제2 항 제1호 (가)목을 적용하지 않고 구 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 산정한 이 사건 (2)주식의 1주당 가액은 26,825원이다. - 17 - 구 분평가금액(천원)증감(천원) 1주당 가액(원) 비 고 순손익가치 2012년1,555,560637,174 24,380 ◦ 수입배당금 익금불산입, 조사 경정분 추가반영 2013년1,069,051119,198 2014년1,695,942△34,633 순자산가치 자산49,359,771- 28,456 부채32,286,453634,200 ◦ 퇴직급여 추계액 누락분 (634,200천원) 반영 1주당 평가액26,825(222원 증가) 2) 원고 회사의 2016 사업연도 법인세 구 법인세법 제15조 제2항 제1호에 따라 원고 회사의 익금에 산입될 금액과 그에 따른 정당한 법인세 경정세액을 산정하면 아래와 같다. 가) 익금 산입액 ◦ 이 사건 (1)주식 : 170,810,000원(= 899원 × 190,000주) ◦ 이 사건 (2)주식 : 31,968,000원(= 222원 × 144,000주) ◦ 합계 : 202,778,000원(= 170,810,000원 + 31,968,000원) 나) 정당한 법인세 경정세액: 57,053,618원 ◦ 법인세(본세) : 40,555,600원(= 202,778,000원 × 20%) ◦ 과소신고가산세 : 4,055,560원(= 40,555,600원 × 10%) ◦ 납부지연가산세 : 12,442,458원 [= (40,555,600원 × 0.03% × 956일) + (40,555,600원 × 0.025% × 80일)] 3) ◦ 합계 57,053,618원 (= 40,555,600원 + 4,055,560원 + 12,442,458원) 3) 국세기본법 시행령이 대통령령 제29534호로 개정됨에 따라 그 시행일인 2019. 2. 12.부터 납부지연가산세율이 종전의 1일 0.03%에서 1일 0.025%로 변경되었다. - 18 - 3) 원고 ●●●, ◎◎◎의 각 2015년 귀속 양도소득세, 2015년 4분기 증권거래세 가) 양도주식의 거래가액 및 구 상증세법상 보충적 평가방법에 의한 시가 양도인주식 수 거래가액 (1주당 26,603원) 시가 (1주당 26,825원) 차액 (1주당 222원) 비고 (시가의 100분의 5) 원고 ●●● 30,000주798,090,000원804,750,000원6,660,000원 40,237,500원 (=804,750,000원×0.05) 원고 ◎◎◎ 84,000주2,234,652,000원2,253,300,000원18,648,000원 112,665,000원 (=2,253,300,000원×0.05) 나) 정당한 양도소득세 경정세액: 각 0원 구 소득세법 시행령 제167조 제3항 본문은 ‘법 제101조 제1항에서 "조세의 부담 을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때 를 말한다.’라고 하면서, 단서에서 ‘다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한한다.’라고 규정하고 있다. 그런데 원고 ●●●, ◎◎◎의 각 양도주식 거래가액과 시가의 차액이 3억 원 이 상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 해당하지 아니함은 계산 상 분명하므로, 구 소득세법 시행령 제167조 제3항 단서에 따라 구 소득세법 제101조 의 부당행위계산의 부인 규정이 적용되지 않는바, 이 사건 각 처분 중 원고 ●●●, ◎ ◎◎에 대한 각 2015년 귀속 양도소득세 부과처분은 그 전부를 취소하여야 한다. 다) 정당한 증권거래세 경정세액: 각 0원 구 증권거래세법 제7조 제1항 제2호 (가)목 단서 (1)은 같은 법 제3조 제1호 외의 주권 등을 양도하는 경우 ‘「소득세법」 제101조 등에 따라 시가액보다 낮은 가액으로 양도된 것으로 인정되는 경우’에는 그 시가액을 과세표준으로 하도록 규정하고 있고, 구 증권거래세법 시행령 제4조 제1항 제1호는 위 규정의 시가액에 대해 ‘「소득세법 - 19 - 시행령」 제167조 등에 따라 시가로 인정된 해당 주권 등의 가액’을 말한다고 규정하 고 있다. 그런데 위 나)항에서 본 바와 같이 원고 ●●●, ◎◎◎와 원고 회사 사이의 이 사건 (2)주식 양도는 구 소득세법 제101조에 따른 부당행위계산 부인의 대상이 되지 아 니하므로 구 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 산정한 시가액을 증권거래세의 과세 표준으로 삼을 수 없다. 따라서 이 사건 각 처분 중 원고 ●●●, ◎◎◎에 대한 각 2015년 4분기 증권거래세 부과처분도 그 전부를 취소하여야 한다. 4) 소결론 따라서 이 사건 각 처분 중 피고 강남세무서장이 원고 회사에 대하여 한 2016 사 업연도 법인세 부과처분은 위 정당세액 57,053,618원을 초과하는 범위에서 위법하므로 취소되어야 하고, 피고 중부세무서장이 원고 ●●●, ◎◎◎에 대하여 한 각 2015년 귀속 양도소득세 부과처분, 2015년 4분기 증권거래세 부과처분은 모두 위법하여 취소 되어야 한다. 3. 결 론 그렇다면 원고 회사의 피고 강남세무서장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하며, 원고 ●●●, ◎◎◎의 피고 중부세 무서장에 대한 각 청구는 이유 있어 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.