종교법인이 취득한 토지에 3년 이내 종교시설을 짓지 못하자 세금을 부과한 사건

【심급】 1심 【세목】 취득세 【주문】 1. 피고가 2008. 9. 1. 원고에 대하여 한 취득세 7,320,600원, 농어촌특별세 732,060원, 등록세 3,660,300원, 지방교육세 672,060원의 각 부과처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【이유】 이 유 1. 처분의 경위 가. 원고는 카톨릭성직자양성사업, 사회복지사업을 위한 시설 설치운영 등을 목적으로 하는 종교법인인바, 2005. 5. 27.****답 3,604㎡(이하 ‘이 사건 토지’이라 한다)를 취득하면서, 이 사건 토지를 종교시설(사제관)로 사용할 것이라는 사유를 들어 지방세 감면신청을 하였다. 나. 이에 피고는 2005. 6. 1. 위 토지의 취득이지방세법 제107조 제1호,제127조의 규정에 의하여 취득세, 등록세 등을 부과하지 아니하는 경우에 해당한다는 이유로 비과세결정을 하고, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 비과세한 세액을 추징한다는 내용의 비과세결정통지를 하였다. 다. 그런데 원고가 위 취득일부터 3년이 경과할 때까지 이 사건 토지에 종교시설을 건축하지 아니하자, 피고는 2008. 9. 1. 원고가 이 사건 토지를 당해 사업용으로 사용하기 위한 기본적인 절차인 개발행위허가나 건축허가를 득하기 위한 노력을 하지 아니하였으므로지방세법 제107조 단서및제127조 제1항 단서에서 정한 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에 해당한다고 보고, 원고에 대하여 이 사건 토지에 대한 취득세 7,320,600원, 농어촌특별세 732,060원, 등록세 3,660,300원, 지방교육세 672,060원을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다) [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 을 제1, 4 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 토지 상에 종교시설을 신축하기 위하여 준비를 해 왔는데, 이 사건 토지 취득일로부터 약 2년이 경과한 2007. 6. 4.부터 개발행위허가가 제한되었고, 이로 인해 종교시설을 건축하기 위한 허가를 받는 것이 불가능하게 되어 토지취득일로부터 3년 이내에 성당을 신축할 수 없게 된 것이므로, 이 사건 토지를 종교시설 부지로 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 보아야 한다. 나. 피고의 주장 2006. 1. 23. 이 사건 토지 일대에 대한 지구단위계획이 수립되지 아니하여 이 사건 토지상에 건물신축 등 개발행위가 가능하게 되었음에도, 원고는 그로부터 약 1년 6개월 동안 성당 신축을 위한 토지의 형질변경, 건축허가 등의 구체적 노력을 전혀 하지 아니한 점 등에 비추어 보면 원고가 이 사건 토지를 종교시설 부지로 사용하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 할 수 없다. 다. 관련 법령 별지 기재와 같다. 라. 인정사실 (1) 2003. 1. 22. 경기도고시 제2003-4호로 이 사건 토지 일대가 지구단위계획구역으로 지정되자,****장은 2004. 6. 5. ****고시 제2004-167호로 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제63조에 기하여 이 사건 토지를 포함한****일원 229,770㎡를 개발행위허가 제한구역으로 지정·고시하였다가, 2006. 1. 23. ****고시 제2006-33호로 위 경기도고시로 결정·고시된 관내 제1종 지구단위계획구역 중 3년 이내에 제1종 지구단위계획이 결정·고시되지 아니한 지역에 대하여국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제53조등 규정에 의하여 지구단위계획구역지정의 효력이 실효되었음을 고시하였고, 이로써 이 사건 토지에 대한 위 개발행위허가 제한구역고시도 그 효력을 상실하였다. (2) 원고는 이 사건 토지에 대한 위 개발행위허가 제한구역고시가 그 효력을 상실하자, 이 사건 토지에 성당을 건축하기 위한 준비작업에 착수하여 2007. 5.경에는 건축연면적 약 220평, 구조 경량철골조로 된 임시 성전을 건축하기로 결정하였다. (3)****장은 2020년 용인 도시기본계획수립이 완료됨에 따라 2007. 6. 4. ****고시 제2007-194호로 다시 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제63조에 기하여 이 사건 토지를 포함한 6,504,000㎡ 등을 개발행위허가 제한구역으로 지정·고시하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제7 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 마. 판단 지방세법 제107조및제127조 제1항은 용도구분에 의한 취득세·등록세 비과세를 규정하면서 그 하나로 각제1호에서 종교 또는 제사 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득을 들고 있고, 각 본문 단서에서는 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세·등록세를 부과한다고 규정하고 있는 바, 여기서 '정당한 사유'란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 자신이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다 하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애 정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다 하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다. 앞서 든 사실관계에 비추어 보면, 이 사건 토지는 원고가 이를 취득하기 이전에는 개발제한구역으로 지정되어 있었으나, 그 무렵까지 지구단위계획이 수립되지 아니하여 조만간 위 지구단위계획이 실효되어 개발제한구역에서 해제될 수 있는 상황이었고, 실제 이 사건 토지가 개발제한구역에서 해제되자, 원고는 이 사건 토지상에 성당을 건축하기 위한 준비에 착수하여 2007. 5.경에는 그 구체적인 계획을 세우기까지 하였던 점,****장은 그 직후인 2007. 6. 4. 이 사건 토지가 다시 개발행위허가 제한구역으로 지정되어 더 이상 성당건축공사를 추진할 수 없게 된 점, 원고가 신축하고자 하였던 성당건물은 연면적, 구조 등에 비추어 1년 이상의 장기간의 공사기간이 소요된다고 보기는 어려운 점 등을 인정할 수 있는바, 이러한 여러 사정을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 토지를 종교시설 부지로 사용하지 못한 것은 원고가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유인****장의 2007. 6. 4.자 개발행위허가제한구역 고시로 인한 것이므로, 이 사건 토지를 그 취득 및 등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 사용하지 아니한 경우에 해당한다고 할 수 없다. 3. 결론 그렇다면, 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 3년 이내에 이 사건 토지를 그 용도에 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 없는 것으로 보아 행하여진 이 사건 각 부과처분은 모두 위법하므로, 그 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.