원고가 신주인수권을 행사해 기존 지분율을 넘는 주식을 저가로 취득함

• 2012년 9월, 원고는 OO회사가 발행한 신주인수권부사채 20억 원어치를 인수했다.
• 원고는 신주인수권을 행사해 기존 지분율 5.44%를 넘는 1,695,496주를 저렴한 가격에 취득했다.
• 2016년 5월, 세무당국은 1차 조사를 했고 무혐의 통지를 했다.
• 2017년 4월부터 6월까지 재조사를 실시했고, 2017년 8월과 10월에 법인세 부과와 결손금 감액 처분을 내렸다.
• 원고는 재조사가 금지된 재조사라고 주장하며 처분 취소를 요구했다.

원고는 신주인수권 행사로 기존 지분율을 초과해 주식을 저가에 취득한 것에 대해 법인세를 더 내라는 처분을 받았다. 쟁점은 세무당국의 재조사 금지 위반 여부와 부당행위계산 부인 적용 여부였으며, 법원은 일부 처분을 취소하고 나머지는 인정했다.

• 최초 1차 조사는 세무조사에 해당하며, 원고는 이에 대해 무혐의 통지를 받았다.
• 그러나 1차 조사와 별개로 2017년 실시된 재조사는 법적으로 금지된 재조사에 해당하지 않는다고 봤다.
• 세무조사는 납세자의 영업 자유와 법적 안정성을 침해할 수 있어 중복 조사가 원칙적으로 금지되지만, 예외적으로 허용되는 경우가 있다.
• 원고가 기존 지분율을 초과해 저가로 주식을 취득한 행위는 부당행위계산 부인 대상에 해당한다.
• 법원은 세무당국의 처분 중 일부 금액에 대해선 과세가 부당하다고 판단해 취소했다.

원고는 신주인수권 행사로 지분을 초과 취득했으나, 세무당국의 재조사와 법인세 부과처분 중 일부는 법적 절차상 문제가 있어 취소됐다. 다만, 일부 과세 처분은 타당하다고 인정됐다.